| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 753691 | 133 (0.650) | 13 (0.080) | 8/130 | NT | 9.2% | intergenic (+34/+62) | USA300HOU_RS03675/yvdD | hypothetical protein/LOG family protein YvdD |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 753716 | 148 (0.900) | intergenic (+59/+37) | USA300HOU_RS03675/yvdD | hypothetical protein/LOG family protein YvdD | |||||
Only 100 of 248 total aligned reads displayed.
AGTAAGTATCATTTATTAAAAAGGCAAGTGCGCTATTACATTAATCTTCGAAAGTGAAAAATTTATACATAAGCGTAACAAACACCCCTAACATTGTTTAGCTGATGATAACAATATTAGGGGTGTTTGTTTATTTTTTAACCTTAGAATGATTAATCGTATGAACGAGTACCCAGAGGTT > USA300TCH1516_ALE/753601‑753781 | agtaagtaTCATTTATTAAAAAGGCAAGTGCGCTATTACATTAATCTTCGAAAGTGAAAAATTTATACATAAGCGTAACAAACACCCCTAA > 1:501334‑M1/1‑91 (MQ=255) gtaagtaTCATTTATTAAAAAGGCAAGTGCGCTATTACATTAATCTTCGAAAGTGAAAAATTTATACATAAGCGTAACAAACACCCCTAAc < 2:3199021/91‑1 (MQ=255) gtaagtaTCATTTATTAAAAAGGCAAGTGCGCTATTACATTAATCTTCGAAAGTGAAAAATTTATACATAAGCGTAACAAACACCCCTAAc > 2:729762/1‑91 (MQ=255) aagtaTCATTTATTAAAAAGGCAAGTGCGCTATTACATTAATCTTCGAAAGTGAAAAATTTATACATAAGCGTAACAAACACCCCTAACAt > 1:1034118/1‑91 (MQ=255) aTCATTTATTAAAAAGGCAAGTGCGCTATTACATTAATCTTCGAAAGTGAAAAATTTATACATAAGCGTAACAAACACCCCTAACATTGtt < 2:2586459/91‑1 (MQ=255) ttaAAAAGGCAAGTGCGCTATTACATTAATCTTCGAAAGTGAAAAATTTATACATAAGCGTAACAAACACCCCTAACATTGTTTAGCtgat > 2:1963063/1‑91 (MQ=255) aaaaaGGCAAGTGCGCTATTACATTAATCTTCGAAAGTGAAAAATTTATACATAAGCGTAACAAACACCCCTAACATTGTTCAGCtgacgc > 2:3526657/1‑88 (MQ=255) aaaaGGCAAGTGCGCTATTACATTAATCTTCGAAAGTGAAAAATTTATACATAAGCGTAACAAACACCCCTAACATTGTTTAGCTgatgat > 1:2644514/1‑91 (MQ=255) aaaaGGCAAGTGCGCTATTACATTAATCTTCGAAAGTGAAAAATTTATACATAAGCGTAACAAACACCCCTAACATTGTTTAGCTgatgat > 2:1123526/1‑91 (MQ=255) aaGGCAAGTGCGCTATTACATTAATCTTCGAAAGTGAAAAATTTATACATAAGCGTAACAAACACCCCTAACATTGTTTAGCTGATGATaa > 2:1015639/1‑91 (MQ=255) aGGCAAGTGCGCTATTACATTAATCTTCGAAAGTGAAAAATTTATACATAAGCGTAACAAACACCCCTAACATTGTTTAGCTGATGATAAc < 1:3754524/91‑1 (MQ=255) aGGCAAGTGCGCTATTACATTAATCTTCGAAAGTGAAAAATTTATACATAAGCGTAACAAACACCCCTAACATTGTTTAGCTGATGATAAc < 2:1570105/91‑1 (MQ=255) ggCAAGTGCGCTATTACATTAATCTTCGAAAGTGAAAAATTTATACATAAGCGTAACAAACACCCCTAAcattgttatcatcagctaaaca < 1:888335‑M1/91‑23 (MQ=255) gCAAGTGCGCTATTACATTAATCTTCGAAAGTGAAAAATTTATACATAAGCGTAACAAACACCCCTAACATTGTTTAGCTGATGATAACaa > 1:2540491/1‑91 (MQ=255) cAAGTGCGCTATTACATTAATCTTCGAAAGTGAAAAATTTATACATAAGCGTAACAAACACCCCTAACATTGTTTAGCTGATGATAACAat > 1:1933563/1‑91 (MQ=255) cAAGTGCGCTATTACATTAATCTTCGAAAGTGAAAAATTTATACATAAGCGTAACAAACACCCCTAACATTGTTTAGCTGATGATAACAat > 2:2994548/1‑91 (MQ=255) cAAGTGCGCTATCACATTAATCTTCGAAAGTGAAAAATTTATACATAAGCGTAACAAACACCCCTAACATTGTTTAGCTGATGATAACAat > 1:3053158/1‑91 (MQ=255) aGTGCGCTATTACATTAATCTTCGAAAGTGAAAAATTTATACATAAGCGTAACAAACACCCCTAACATTGTTTAGCTGATGATAACAATAt < 1:3735187‑M2/91‑2 (MQ=255) gTGCGCTATTACATTAATCTTCGAAAGTGAAAAATTTATACATAAGCGTAACAAACACCCCTAAtattgttatcatcagctaaacaatgtt < 1:3928354‑M1/91‑28 (MQ=255) gTGCGCTATTACATTAATCTTCGAAAGTGAAAAATTTATACATAAGCGTAACAAACACCCCTAACATTGTTTAGCTGATGATAACAATAtt < 2:53095‑M2/91‑3 (MQ=255) gTGCGCTATTACATTAATCTTCGAAAGTGAAAAATTTATACATAAGCGTAACAAACACCCCTAACATTGTTTAGCTGATGATAACAATAtt < 1:755126‑M2/91‑3 (MQ=255) gTGCGCTATTACATTAATCTTCGAAAGTGAAAAATTTATACATAAGCGTAACAAACACCCCTAACATTGTTTAGCTGATGATAACAATAtc < 2:2903375‑M2/91‑3 (MQ=255) tGCGCTATTACATTAATCTTCGAAAGTGAAAAATTTATACATAAGCGTAACAAACACCCCTAAtattgttatcatcagctaaacaatgtta < 1:2202466‑M1/91‑29 (MQ=255) tGCGCTATTACATTAATCTTCGAAAGTGAAAAATTTATACATAAGCGTAACAAACACCCCTAACATTGTTTAGCTGATGATAACAATAtta < 1:2851222‑M2/91‑4 (MQ=255) gcgcTATTACATTAATCTTCGAAAGTGAAAAATTTATACATAAGCGTAACAAACACCCCTAACATTGTTTAGCTGATGATAACAATAttag > 2:2757205‑M2/1‑87 (MQ=255) cgcTATTACATTAATCTTCGAAAGTGAAAAATTTATACATAAGCGTAACAAACACCCCTAACATTGTTTAGCTGATGATAACAATAttagg > 1:1405571‑M2/1‑86 (MQ=255) aTTACATTAATCTTCGAAAGTGAAAAATTTATACATAAGCGTAACAAACACCCCTAACATTGTTTAGCTGATGATAACAATAttaggggtg < 1:298466‑M2/91‑10 (MQ=255) aCATTAATCTTCGAAAGTGAAAAATTTATACATAAGCGTAACAAACACCCCTAACATTGTTTAGCTGATGATAACAATAttaggggtgttt < 1:1632731‑M2/91‑13 (MQ=255) aCATTAATCTTCGAAAGTGAAAAATTTATACATAAGCGTAACAAACACCCCTAACATTGTTTAGCTGATGATAACAATAttaggggtgttt > 1:364249‑M2/1‑79 (MQ=255) aCATTAATCTTCGAAAGTGAAAAATTTATACATAAGCGTAACAAACACCCCTAACATTGTTTAGCTGATGATAACAATAttaggggtgttt < 2:1301160‑M2/91‑13 (MQ=255) cATTAATCTTCGAAAGTGAAAAATTTATACATAAGCGTAACAATCACCCCTAACGTTGTTTAGCTGATGATAACAATAttaggggtgtttg > 2:3681719‑M2/1‑78 (MQ=255) cATTAATCTTCGAAAGTGAAAAATTTATACATAAGCGTAACAAACACCCCTAACATTGTTTAGCTGATGATAACAATAttaggggtgtttg > 2:511178‑M2/1‑78 (MQ=255) aTTAATCTTCGAAAGTGAAAAATTTATACATAAGCGTAACAAACACCCCTAACATTGTTTAGCTGATGATAACAATAttaggggtgtttgt > 1:2474047‑M2/1‑77 (MQ=255) tAATCTTCGAAAGTGAAAAATTTATACATAAGCGTAACAAACACCCCTAACATTGTTTAGCTGATGATAACAATATTAGGGGTgtttgttt > 2:3235094/1‑91 (MQ=255) aaTCTTCGAAAGTGAAAAATTTATACATAAGCGTAACAAACACCCCTAACATTGTTTAGCTGATGATAACAATATTAGGGGTGTTTGTTTa < 1:883668/91‑1 (MQ=255) aaTCTTCGAAAGTGAAAAATTTATACATAAGCGTAACAAACACCCCTAACATTGTTTAGCTGATGATAACAATATTAGGGGTGTTTGTTTa < 1:2116612/91‑1 (MQ=255) cTTCGAAAGTGAAAAATTTATACATAAGCGTAACAAACACCCCTAACATTGTTTAGCTGATGATAACAATATTAGGGGTGTTTGTTTAttt > 1:380897/1‑91 (MQ=255) cTTCGAAAGTGAAAAATTTATACATAAGCGTAACAAACACCCCTAACATTGTTTAGCTGATGATAACAATATTAGGGGTGTTTGTTTAttt < 2:3716398/91‑1 (MQ=255) ttCGAAAGTGAAAAATTTATACATAAGCGTAACAAACACCCCTAACATTGTTTAGCTGATGATAACAATATTAGGGGTGTTTGTTTAtttt < 1:3300427/91‑1 (MQ=255) ttCGAAAGTGAAAAATTTATACATAAGCGTAACAAACACCCCTAACATTGTTTAGCTGATGATAACAATATTAGGGGTGTTTGTTTAtttt > 2:1713148/1‑91 (MQ=255) ttCGAAAGTGAAAAATTTATACATAAGCGTAACAAACACCCCTAACATTGTTTAGCTGATGATAACAATATTAGGGGTGTTTGTTTAtttt < 1:499199/91‑1 (MQ=255) cGAAAGTGAAAAATTTATACATAAGCGTAACAAACACCCCTAACATTGTTTAGCTGATGATAACAATATTAGGGGTGTTTGTTTAtttttt > 2:3145128/1‑91 (MQ=255) cGAAAGTGAAAAATTTATACATAAGCGTAACAAACACCCCTAACATTGTTTAGCTGATGATAACAATATTAGGGGTGTTTGTTTAtttttt > 1:1557281/1‑91 (MQ=255) cGAAAGTGAAAAATTTATACATAAGCGTAACAAACACCCCTAACATTGTTTAGCTGATGATAACAATATTAGGGGTGTTTGTTTAtttttt < 1:2966418/91‑1 (MQ=255) aaaGTGAAAAATTTATACATAAGCGTAACAAACACCCCTAACATTGTTTAGCTGATGATAACAATATTAGGGGTGTTTGTTTATTTTTTat > 2:639144/1‑90 (MQ=255) aaGTGAAAAATTTATACATAAGCGTAACAAACACCCCTAACATTGTTTAGCTGATGATAACAATATTAGGGGTGTTTGTTTATTTTTTAAc > 2:2349256/1‑91 (MQ=255) aGTGAAAAATTTATACATAAGCGTAACAAACACCCCTAACATTGTTTAGCTGATGATAACAATATTAGGGGTGTTTGTTTATTTTTTAAcc > 1:3710315/1‑91 (MQ=255) gTGAAAAATTTATACATAAGCGTAACAAACACCCCTAACATTGTTTAGCTGATGATAACAATATTAGGGGTGTTTGTTTATTTTTTAACCt < 2:1777945/91‑1 (MQ=255) gTGAAAAATTTATACATAAGCGTAACAAACACCCCTAACATTGTTTAGCTGATGATAACAATATTAGGGGTGTTTGTTTATTTTTTAACCt > 1:2679305/1‑91 (MQ=255) gTGAAAAATTTATACATAAGCGTAACAAACACCCCTAACATTGTTTAGCTGATGATAACAATATTAGGGGTGTTTGTTTATTTTTTAACCt < 1:73388/91‑1 (MQ=255) aaaaaTTTATACATAAGCGTAACAAACACCCCTAACATTGTTTAGCTGATGATAACAATATTAGGGGTGTTTGTTTATTTTTTAACCTTAg < 2:2827444/91‑1 (MQ=255) aaaaTTTATACATAAGCGTAACAAACACCCCTAACATTGTTTAGCTGATGATAACAATATTAGGGGTGTTTGTTTATTTTTTAACCTTAGa > 2:1260929/1‑91 (MQ=255) aaaaTTTATACATAAGCGTAACAAACACCCCTAACATTGTTTAGCTGATGATAACAATATTAGGGGTGTTTGTTTATTTTTTAACCTTAGa > 2:1670011/1‑91 (MQ=255) aaaTTTATACATAAGCGTAACAAACACCCCTAACATTGTTTAGCTGATGATAACAATATTAGGGGTGTTTGTTTATTTTTTAACCTTAGaa < 1:2291934/91‑1 (MQ=255) aaaTTTATACATAAGCGTAACAAACACCCCTAACATTGTTTAGCTGATGATAACAATATTAGGGGTGTTTGTTTATTTTTTAACCTTAGaa < 2:1425785/91‑1 (MQ=255) aaaTTTATACATAAGCGTAACAAACACCCCTAACATTGTTTAGCTGATGATAACAATATTAGGGGTGTTTGTTTATTTTTTAACCTTAGaa < 1:419224/91‑1 (MQ=255) tttATACATAAGCGTAACAAACACCCCTAACATTGTTTAGCTGATGATAACAATATTAGGGGTGTTTGTTTATTTTTTAACCTTAGAATGa < 1:2043906/91‑1 (MQ=255) ttATACATAAGCGTAACAAACACCCCTAACATTGTTTAGCTGATGATAACAATATTAGGGGTGTTTGTTTATTTTTTAACCTTAGAATGAt < 1:1517209/91‑1 (MQ=255) tataCATAAGCGTAACAAACACCCCTAACATTGTTTAGCTGATGATAACAATATTAGGGGTGTTTGTTTATTTTTTAACCTTAGAATGAtt < 1:2371625/91‑1 (MQ=255) tataCATAAGCGTAACAAACACCCCTAACATTGTTTAGCTGATGATAACAATATTAGGGGTGTTTGTTTATTTTTTAACCTTAGAATGAtt < 2:1797528/91‑1 (MQ=255) tataCATAAGCGTAACAAACACCCCTAACATTGTTTAGCTGATGATAACAATATTAGGGGTGTTTGTTTATTTTTTAACCTTAGAATGAtt > 2:880957/1‑91 (MQ=255) ataCATAAGCGTAACAAACACCCCTAACATTGTTTAGCTGATGATAACAATATTAGGGGTGTTTGTTTATTTTTTAACCTTAGAATGATTa > 2:981864/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |