| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 753691 | 133 (0.650) | 13 (0.080) | 8/130 | NT | 9.2% | intergenic (+34/+62) | USA300HOU_RS03675/yvdD | hypothetical protein/LOG family protein YvdD |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 753716 | 148 (0.900) | intergenic (+59/+37) | USA300HOU_RS03675/yvdD | hypothetical protein/LOG family protein YvdD | |||||
Only 100 of 229 total aligned reads displayed.
AAGTGCGCTATTACATTAATCTTCGAAAGTGAAAAATTTATACATAAGCGTAACAAACACCCCTAACATTGTTTAGCTGATGATAACAATATTAGGGGTGTTTGTTTATTTTTTAACCTTAGAATGATTAATCGTATGAACGAGTACCCAGAGGTTTGAAATTTAATATTGATTCAATTAA > USA300TCH1516_ALE/753626‑753806 | aaGTGCGCTATTACATTAATCTTCGAAAGTGAAAAATTTATACATAAGCGTAACAAATACCCCTAACATTGTTTAGCTGATGATAACAata > 1:3239418/1‑91 (MQ=255) aGTGCGCTATTACATTAATCTTCGAAAGTGAAAAATTTATACATAAGCGTAACAAACACCCCTAACATTGTTTAGCTGATGATAACAATAt > 2:141864‑M2/1‑90 (MQ=255) gTGCGCTATTACATTAATCTTCGAAAGTGAAAAATTTATACATAAGCGTAACAAACACCCCTAACATTGTTTAGCTGATGATAACAATAtt < 1:870665‑M2/91‑3 (MQ=255) gTGCGCTATTACATTAATCTTCGAAAGTGAAAAATTTATACATAAGCGTAACAAACACCCCTAACATTGTTTAGCTGATGATAACAATAtt < 1:755096‑M2/91‑3 (MQ=255) gTGCGCTATTACATTAATCTTCGAAAGTGAAAAATTTATACATAAGCGTAACAAACACCCCTAACATTGTTTAGCTGATGATAACAATAtt < 1:1860383‑M2/91‑3 (MQ=255) tGCGCTATTACATTAATCTTCGAAAGTGAAAAATTTATACATAAGCGTAACAAACACCCCTAACATTGTTTAGCTGATGATAACAATAtta < 1:2851222‑M2/91‑4 (MQ=255) gcgcTATTACATTAATCTTCGAAAGTGAAAAATTTATACATAAGCGTAACAAACACCCCTAACATTGTTTAGCTGATGATAACAATAttag > 2:2757205‑M2/1‑87 (MQ=255) cgcTATTACATTAATCCTCGAAAGTGAAAAATTTATACATAAGCGTAACAAACACCCCTAACATTGTTTAGCTGATGATAACAATAttagg > 2:3789153‑M2/1‑86 (MQ=255) cTATTACATTAATCTTCGAAAGTGAAAAATTTATACATAAGCGGAACAAACACCCCTAACATTGTTTAGCTGATGATAACAATAttagggg > 2:156507‑M2/1‑84 (MQ=255) aTTACATTAATCTTCGAAAGTGAAAAATTTATACATAAGCGTAACAAACACCCCTAACATTGTTTAGCTGATGATAACAATAttaggggtg < 2:2263666‑M2/91‑10 (MQ=255) aCATTAATCTTCGAAAGTGAAAAATTTATACATAAGCGTAACAAACACCCCTAACATTGTTTAGCTGATGATAACAATAttaggggtgttt < 2:1301160‑M2/91‑13 (MQ=255) aCATTAATCTTCGAAAGTGAAAAATTTATACATAAGCGTAACAAACACCCCTAACATTGTTTAGCTGATGATAACAATAttaggggtgttt < 1:1632731‑M2/91‑13 (MQ=255) cATTAATCTTCGAAAGTGAAAAATTTATACATAAGCGTAACAATCACCCCTAACGTTGTTTAGCTGATGATAACAATAttaggggtgtttg > 2:3681719‑M2/1‑78 (MQ=255) cATTAATCTTCGAAAGTGAAAAATTTATACATAAGCGTAACAAACACCCCTAACATTGTTTAGCTGATGATAACAATAttaggggtgtttg < 1:3534173‑M2/91‑14 (MQ=255) cATTAATCTTCGAAAGTGAAAAATTTATACATAAGCGTAACAAACACCCCTAACATTGTTTAGCTGATGATAACAATAttaggggtgtttg > 2:511178‑M2/1‑78 (MQ=255) aTTAATCTTCGAAAGTGAAAAATTTATACATAAGCGTAACAAACACCCCTAACATTGTTTAGCTGATGATAACAATAttaggggtgtttgt > 1:2474047‑M2/1‑77 (MQ=255) tAATCTTCGAAAGTGAAAAATTTATACATAAGCGTAACAAACACCCCTAACATTGTTTAGCTGATGATAACAATATTAGGGGTgtttgttt > 2:3235094/1‑91 (MQ=255) aaTCTTCGAAAGTGAAAAATTTATACATAAGCGTAACAAACACCCCTAACATTGTTTAGCTGATGATAACAATATTAGGGGTgtttgtttc > 2:3591004/1‑90 (MQ=255) aaTCTTCGAAAGTGAAAAATTTATACATAAGCGTAACAAACACCCCTAACATTGTTTAGCTGATGATAACAATATTAGGGGTGTTTGTTTa < 1:883668/91‑1 (MQ=255) aaTCTTCGAAAGTGAAAAATTTATACATAAGCGTAACAAACACCCCTAACATTGTTTAGCTGATGATAACAATATTAGGGGTGTTTGTTTa > 2:3469520/1‑91 (MQ=255) aTCTTCGAAAGTGAAAAATTTATACATAAGCGTAACAAACACCCCTAACATTGTTTAGCTGATGATAACAATATTAGGGGTGTTTGTTTAt > 1:2736608/1‑91 (MQ=255) ttCGAAAGTGAAAAATTTATACATAAGCGTAACAAACACCCCTAACATTGTTTAGCTGATGATAACAATATTAGGGGTGTTTGTTTAtttt < 1:3300427/91‑1 (MQ=255) tCGAAAGTGAAAAATTTATACATAAGCGTAACAAACACCCCTAACATTGTTTAGCTGATGATAACAATATTAGGGGTGTTTGTTTAttttt < 1:2063088/91‑1 (MQ=255) cGAAAGTGAAAAATTTATACATAAGCGTAACAAACACCCCTAACATTGTTTAGCTGATGATAACAATATTAGGGGTGTTTGTTTAtttttt < 1:2966418/91‑1 (MQ=255) cGAAAGTGAAAAATTTATACATAAGCGTAACAAACACCCCTAACATTGTTTAGCTGATGATAACAATATTAGGGGTGTTTGTTTAtttttt > 2:70242/1‑91 (MQ=255) cGAAAGTGAAAAATTTATACATAAGCGTAACAAACACCCCTAACATTGTTTAGCTGATGATAACAATATTAGGGGTGTTTGTTTAtttttt > 2:3145128/1‑91 (MQ=255) cGAAAGTGAAAAATTTATACATAAGCGTAACAAACACCCCTAACATTGTTTAGCTGATGATAACAATATTAGGGGTGTTTGTTTAtttttt > 2:3027223/1‑91 (MQ=255) gAAAGTGAAAAATTTATACATAAGCGTAACAAACACCCCTAGCATTGTTTAGCTGATGATAACAATATTAGGGGTGTTTGTGTATTTTTTa < 2:556144/91‑1 (MQ=255) aaGTGAAAAATTTATACATAAGCGTAACAAACACCCCTAACATTGTTTAGCTGATGATAACAATATTAGGGGTGTTTGTTTATTTTTTAAc > 2:2349256/1‑91 (MQ=255) aGTGAAAAATTTATACATAAGCGTAACAAACACCCCTAACATTGTTTAGCTGATGATAACAATATTAGGGGTGTTTGTTTATTTTTTAAcc > 1:3710315/1‑91 (MQ=255) gTGAAAAATTTATACATAAGCGTAACAAACACCCCTAACATTGTTTAGCTGATGATAACAATATTAGGGGTGTTTGTTTATTTTTTAACCt > 2:1641507/1‑91 (MQ=255) aagAAAAATTTATACATAAGCGTAACAAACACCCCTAACATTGTTTAGCTGATGATAACAATATTAGGGGTGTTTGTTTATTTTTTAACCt < 2:1500107/89‑1 (MQ=255) gAAAAATTTATACATAAGCGTAACAAACACCCCTAACATTGTTTAGCTGATGATAACAATATTAGGGGTGTTTGTTTATTTTTTAACCTTa < 2:157486/91‑1 (MQ=255) aaaaaTTTATACATAAGCGTAACAAACACCCCTAACATTGTTTAGCTGATGATAACAATATTAGGGGTGTTTGTTTATTTTTTAACCTTAg < 2:2827444/91‑1 (MQ=255) aaaaaTTTATACATAAGCGTAACAAACACCCCTAACATTGTTTAGCTGATGATAACAATATTAGGGGTGTTTGTTTATTTTTTAACCTTAg > 1:3775663/1‑91 (MQ=255) aaTTTATACATAAGCGTAACAAACACCCCTAACATTGTTTAGCTGATGATAACAATATTAGGGGTGTTTGTTTATTTTTTAACCTTAGAAt < 2:2950495/91‑1 (MQ=255) aTTTATACATAAGCGTAACAAACACCCCTAACATTGTTTAGCTGATGATAACAATATTAGGGGTGTTTGTTTATTTTTTAACCTTAGAATg < 1:1942204/91‑1 (MQ=255) ttATACATAAGCGTAACAAACACCCCTAACATTGTTTAGCTGATGATAACAATATTAGGGGTGTTTGTTTATTTTTTAACCTTAGAATGAt < 1:1517209/91‑1 (MQ=255) tataCATAAGCGTAACAAACACCCCTAACATTGTTTAGCTGATGATAACAATATTAGGGGTGTTTGTTTATTTTTTAACCTTAGAATGAtt < 2:1799422/91‑1 (MQ=255) tataCATAAGCGTAACAAACACCCCTAACATTGTTTAGCTGATGATAACAATATTAGGGGTGTTTGTTTATTTTTTAACCTTAGAATGAtt < 1:2366190/91‑1 (MQ=255) tataCATAAGCGTAACAAACACCCCTAACATTGTTTAGCTGATGATAACAATATTAGGGGTGTTTGTTTATTTTTTAACCTTAGAATGAtt < 2:1797528/91‑1 (MQ=255) ataCATAAGCGTAACAAACACCCCTAACATTGTTTAGCTGATGATAACAATATTAGGGGTGTTTGTTTATTTTTTAACCTTAGAATGATTa > 1:45724/1‑91 (MQ=255) ataCATAAGCGTAACAAACACCCCTAACATTGTTTAGCTGATGATAACAATATTAGGGGTGTTTGTTTATTTTTTAACCTTAGAATGATTa > 2:1359188/1‑91 (MQ=255) taCATAAGCGTAACAAACACCCCTAACATTGTTTAGCTGATGATAACAATATTAGGGGTGTTTGTTTATTTTTTAACCTTAGAATGATTaa < 2:3735633/91‑1 (MQ=255) taCATAAGCGTAACAAACACCCCTAACATTGTTTAGCTGATGATAACAATATTAGGGGTGTTTGTTTATTTTTTAACCTTAGAATGATTaa > 1:2624076/1‑91 (MQ=255) aCATAAGCGTAACAAACACCCCTAACATTGTTTAGCTGATGATAACAATATTAGGGGTGTTTGTTTATTTTTTAACCTTAGAATGATTAAt < 2:2105694/91‑1 (MQ=255) aCATAAGCGTAACAAACACCCCTAACATTGTTTAGCTGATGATAACAATATTAGGGGTGTTTGTTTATTTTTTAACCTTAGAATGATTAAt < 2:1022448/91‑1 (MQ=255) aTAAGCGTAACAAACACCCCTAACATTGTTTAGCTGATGATAACAATATTAGGGGTGTTTGTTTATTTTTTAACCTTAGAATGATTAATCg > 2:1872800/1‑91 (MQ=255) tAAGCGTAACAAACACCCCTAACATTGTTTAGCTGATGATAACAATATTAGGGGTGTTTGTTTATTTTTTAACCTTAGAATGATTAATCGt < 1:3657471/91‑1 (MQ=255) aGCGTAACAAACACCCCTAACATTGTTTAGCTGATGATAACAATATTAGGGGTGTTTGTTTATTTTTTAACCTTAGAATGATTAATCGTAt > 2:717453/1‑91 (MQ=255) cGTAACAAACACCCCTAACATTGTTTAGCTGATGATAACAATATTAGGGGTGTTTGTTTATTTTTTAACCTTAGAATGATTAATCGTATGa < 1:3045427/91‑1 (MQ=255) gTAACAAACACCCCTAACATTGTTTAGCTGATGATAACAATATTAGGGGTGTTTGTTTATTTTTTAACCTTAGAATGATTAATCGTATGaa > 1:3850324/1‑91 (MQ=255) aaacaCCCCTAACATTATTTAGCTGATGATAACAATATAAGGGGTGTTTGTTTATTTTTAAACCTTAGATTTATTAATCTTATGAACTAGt < 2:2455955/91‑1 (MQ=255) aacaCCCCTAACATTGTTTAGCTGATGATAACAATATTAGGGGTGTTTGTTTATTTTTTAACCTTAGAATGATTAATCGTATGAACGAGTa > 2:1919871/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |