| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 760026 = | 226 (1.110) | 21 (0.130) | 12/132 | NT | 11.3% | coding (1674/1674 nt) | USA300HOU_RS03705 | Putative multidrug export ATP‑binding/permease protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 760070 = | 145 (0.870) | intergenic (+44/+83) | USA300HOU_RS03705/mgrA | Putative multidrug export ATP‑binding/permease protein/HTH‑type transcriptional regulator MgrA | |||||
AGTAATGTTTAGAATTTATTAAGAATAGAAAAACAATTAGCACGCGTAAGCTTGTTAGTTAAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAG‑TTTTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/760129‑760026‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tcaagcag‑ttttttAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATGACAAAAGTTAATTATTTT > USA300TCH1516_ALE/760070‑760159 AGTAATGTTTAGAATTTATTAAGAATAGAAAAACAATTAGCACGCGTAAGCTTGTTAGTTAAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTAT > 2:1563723/1‑91AGTAATGTTTAGAATTTATTAAGAATAGAAAAACAAATAGCACGAGTAAGCTTGTTAGTTACAAAACTGCTAGAAAGGTATCTTAGCCTAT > 2:216337/1‑91 GTAATGTTTAGAATTTATTAAGAATAGAAAAACAATTAGCACGCGTAAGCTTGTTAGTTAAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATC > 1:3342869/1‑91 GTAATCTTTAGAATTTATTAAGAATTGAAAAACAATTAGCACGCGTAAGCTTGCTAGTTAAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATC < 1:3682607/91‑1 TAATGTTTAGAATTTATTAAGAATAGAAAAACAATTAGCACGCGTAAGCTTGTTAGTTAAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCA < 1:1824558/91‑1 TAATGTTTAGAATTTATTAAGAATAGAAAAACAATTAGCACGCGTAAGCTTGTTAGTTAAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCA < 2:2540146/91‑1 AATGTTTAGAATTTATTAAGAATAGAAAAACAATTAGCACGCGTAAGCTTGTTAGTTAAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAA > 1:1201178/1‑91 AATGTTTAGAATTTATTAAGAATAGAAAAACAATTAGCACGCGTAAGCTTGTTAGTTAAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAA < 1:3048869/91‑1 AATGTTTAGAATTTATTAAGAATAGAAAAACAATTAGCACGCGTAAGCTTGTTAGTTAAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAA < 1:3048825/91‑1 AATGTTTAGAATTTATTAAGAATAGAAAAACAATTAGCACGCGTAAGCTTGTTAGTTAAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAA > 1:813391/1‑91 AATGTTTAGAATTTATTAAGAATAGAAAAACAATTAGCACGCGTAAGCTTGTTAGTTAAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAA > 1:813180/1‑91 AATGTTTAGAATTTATTAAGAATAGAAAAACAATTAGCACGCGTAAGCTTGTTAGTTAAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAA > 1:574951/1‑91 TGTTTAGAATTTATTAAGAATAGAAAAACAATTAGCACGCGTAAGCTTGTTAGTTAAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGC < 1:3794541/91‑1 TGTTTAGAATTTATTAAGAATAGAAAAACAATTAGCACGCGTAAGCTTGTTAGTTAAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGC < 1:2810201/91‑1 TGTTTAGAATTTATTAAGAATAGAAAAACAATTAGCACGCGTAAGCTTGTTAGTTAAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGC < 1:3874479/91‑1 TGTTTAGAATTTATTAAGAATAGAAAAACAATTAGCACGCGTAAGCTTGTTAGTTAAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGC < 1:1576987/91‑1 TGTTTAGAATTTATTAAGAATAGAAAAACAATTAGCACGCGTAAGCTTGTTAGTTAAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGC < 1:1560473/91‑1 TGTTTAGAATTTATTAAGAATAGAAAAACAATTAGCACGCGTAAGCTTGTTAGTTAAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGC < 1:3876638/91‑1 GTTTAGAATTTATTAAGAATAGAAAAACAATTAGCACGCGTAAGCTTGTTAGTTAAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCA < 2:1595106/91‑1 GTTTAGAATTTATTAAGAATAGAAAAACAATTAGCACGCGTAAGCTTGTTAGTTAAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCA > 1:3201266/1‑91 TTTAGAATTTATTAAGAATAGAAAAACAATTAGCACGCGTAAGCTTGTTAGTTAAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAG < 1:586558/91‑1 TTTAGAATTTATTAAGAATAGAAAAACAATTAGCACGCGTAAGCTTGTTAGTTAAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAG > 2:3489464/1‑91 TTTAGAATTTATTAAGAATAGAAAAACAATTAGCACGCGTAAGCTTGTTAGTTAAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAG < 2:35491/91‑1 TTTAGAATTTATTAAGAATAGAAAAACAATTAGCACGCGTAAGCTTGTTAGTTAAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAG < 2:3596362/91‑1 TTTAGAATTTATTAAGAATAGAAAAACAATTAGCACGCGTAAGCTTGTTAGTTAAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAG < 1:1236126/91‑1 TTAGAATTTATTAAGAATAGAAAAACAATTAGCACGCGTAAGCTTGTTAGTTAAAAATCTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAG‑T < 2:1450053/91‑1 TTAGAATTTATTAAGAATAGAAAAACAATTAGCACGCGTAAGCTTGTTAGTTAAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAG‑T > 2:2394495/1‑91 TTAGAATTTATTAAGAATAGAAAAACAATTAGCACGCGTAAGCTTGTTAGTTAAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAG‑T < 2:1450959/91‑1 TTAGAATTTATTAAGAATAGAAAAACAATTAGCACGCGTAAGCTTGTTAGTTAAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAG‑T < 2:1128410/91‑1 TTAGAATTTATTAAGAATAGAAAAACAATTAGCACGCGTAAGCTTGTTAGTTAAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAG‑T > 1:2594749/1‑91 TTAGAATTTATTAAGAATAGAAAAACAATTAGCACGCGTAAGCTTGTTAGTTAAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAG‑T > 1:573168/1‑91 ggATTTATTAAGAATAGAAAAACAATTAGCACGCGTAAGCTTGTTAGTTAAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAG‑TTTT < 2:2934672/89‑1 GAATTTATTAAGAATAGAAAAACAATTAGCACGCGTAAGCTTGTTAGTTAAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAG‑TTTT > 2:1841248/1‑91 GAATTTATTAAGAATAGAAAAACAATTAGCACGCGTAAGCTTGTTAGTTAAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAG‑TTTT > 2:2154859/1‑91 GAATTTATTAAGAATAGAAAAACAATTAGCACGCGTAAGCTTGTTAGTTAAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAG‑TTTT < 1:2101520/91‑1 GAATTTATTAAGAATAGAAAAACAATTAGCACGCGTAAGCTTGTTAGTTAAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAG‑TTTT > 1:1086976/1‑91 AATTTATTAAGAATAGAAAAACAATTAGCACGCGTAAGCTTGTTAGTTAAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAG‑TTTTT < 1:756779/91‑1 ATTTATTAAGAATAGAAAAACAATTAGCACGCGTAAGCTTGTTAGTTAAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAG‑TTTTTT > 1:2859174/1‑91 ATTTATTAAGAATAGAAAAACAATTAGCACGCGTAAGCTTGTTAGTTAAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAG‑TTTTTT > 1:227903/1‑91 ATTTATTAAGAATAGAAAAACAATTAGCACGCGTAAGCTTGTTAGTTAAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAG‑TTTTTT > 1:2022674/1‑91 TTAAGAATAGAAAAACAATTAGCACGCGTAAGCTTGTTAGTTAAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAG‑CTTTTTAACTA > 2:2164694/1‑91 GCACGCGTAAGCTTGTTAGTTAAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAG‑TTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATT > 1:1136651/1‑91 GTAAGCTTGTTAGTTAAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAG‑TTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTT > 2:995713/1‑91 CTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAG‑TTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAA > 1:423386/1‑91 TGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAGTTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGATTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAA > 1:2673710/1‑91 TGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAG‑TTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAAC > 1:1463653/1‑91 CTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAG‑TTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACAT > 1:3727952/1‑91 TTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAG‑TTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATT > 2:3294731/1‑91 TTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAG‑TTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATT > 1:1641068/1‑91 TGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAG‑TTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTA > 1:2732706/1‑91 AAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAG‑TTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACT > 2:2019096/1‑91 AAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAG‑TTTTTTAGCTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGGTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTT > 1:3505731/1‑91 AAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAG‑TTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTT > 1:2298904/1‑91 AAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAG‑TTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTT > 1:3225201/1‑91 AAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAG‑TTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTT > 1:2543929/1‑91 AAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAG‑TTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGATTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTT > 1:3505760/1‑91 AGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAG‑TTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTT > 1:786082/1‑91 AGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAG‑TTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTT > 1:2271031/1‑91 AGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAG‑TTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTT > 1:2409273/1‑91 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G‑TTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCGAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATGACAAAAGTTAAT < 2:3305341/91‑1 G‑TTTTTTAACTAACAAGCTTACGCATGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATGACAAAAGTTAAT < 2:3677665/91‑1 TTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATGACAAAAGTTAATT > 2:241420/1‑91 TTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATGACAAAAGTTAATTA < 2:3105477/91‑1 TTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATGACAAAAGTTAATTA < 1:2135449/91‑1 TTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATGACAAAAGTTAATTAT < 2:2985993/91‑1 TTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATGACAAAAGTTAATTAT < 2:2985980/91‑1 TTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATGACAAAAGTTAATTAT > 2:25571/1‑91 TTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATGACAAAAGTTAATTAT > 2:3456872/1‑91 TTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATGACAAAAGTTAATTAT < 2:2550979/91‑1 TTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATGACAAAAGTTAATTATT < 2:695482/91‑1 TTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATGACAAAAGTTAATTATTT < 2:908741/91‑1 TTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATGACAAAAGTTAATTATTT < 2:1818959/91‑1 TTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATGACAAAAGTTAATTATTT > 2:1811907/1‑91 TAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTTTTTTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATGACAAAAGTTAATTATTTT > 2:3926913/1‑91 TAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATGACAAAAGTTAATTATTTT < 2:3895842/91‑1 TAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATGACAAAAGTTAATTATTTT < 2:1236126/91‑1 TAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATGACAAAAGTTAATTATTTT > 1:648606/1‑91 AGTAATGTTTAGAATTTATTAAGAATAGAAAAACAATTAGCACGCGTAAGCTTGTTAGTTAAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAG‑TTTTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/760129‑760026‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tcaagcag‑ttttttAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATGACAAAAGTTAATTATTTT > USA300TCH1516_ALE/760070‑760159 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |