| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 760026 = | 226 (1.110) | 21 (0.130) | 12/132 | NT | 11.3% | coding (1674/1674 nt) | USA300HOU_RS03705 | Putative multidrug export ATP‑binding/permease protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 760070 = | 145 (0.870) | intergenic (+44/+83) | USA300HOU_RS03705/mgrA | Putative multidrug export ATP‑binding/permease protein/HTH‑type transcriptional regulator MgrA | |||||
Only 100 of 279 total aligned reads displayed.
TAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATGACAAAAGTTAATTATTTT > USA300TCH1516_ALE/759980‑760159 | tAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTta < 1:716421/91‑1 (MQ=255)tAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTAAAGCAGTTTTTta < 1:3564926/91‑1 (MQ=255) aGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTtaa > 2:2498377/1‑91 (MQ=255) aGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTtaa > 1:2144661/1‑91 (MQ=255) aGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTtaa > 1:1754588/1‑91 (MQ=255) gCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTtaac < 2:865978/91‑1 (MQ=255) cTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTtaact < 1:1241743/91‑1 (MQ=255) cTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTtaact > 2:1933580/1‑91 (MQ=255) cTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTtaact > 1:2296364/1‑91 (MQ=255) aTCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTtaactaac < 1:2423497/91‑1 (MQ=255) tCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACa < 2:3217117/91‑1 (MQ=255) tCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACa > 1:3175537/1‑91 (MQ=255) tCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACa < 2:2779125/91‑1 (MQ=255) aGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCGAGCAGTTTTTTAACTAACAAGc < 1:1443829/91‑1 (MQ=255) aGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGc < 2:1437797/91‑1 (MQ=255) ggTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCt > 1:3396845/1‑91 (MQ=255) ggTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCt > 1:1857857/1‑91 (MQ=255) ggTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCt > 2:2123048/1‑91 (MQ=255) gTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCtt > 1:3762719/1‑91 (MQ=255) gCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTAc > 2:2650639/1‑91 (MQ=255) cTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTAcg > 1:2976532/1‑91 (MQ=255) cTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTAcg > 2:7435/1‑91 (MQ=255) tttATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTAcgc < 1:3806/91‑1 (MQ=255) aTGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTg < 2:2951349/91‑1 (MQ=255) tGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGc > 1:1795182/1‑91 (MQ=255) ggAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCt < 2:3111429/91‑1 (MQ=255) ggAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCt < 2:3759268/91‑1 (MQ=255) gAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTa < 1:85047/91‑1 (MQ=255) gAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTa < 2:2838474/91‑1 (MQ=255) aaTATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGAGAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTaa < 2:454643/91‑1 (MQ=255) atatGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACATTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAAt > 2:3467691/1‑91 (MQ=255) tatGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAAtt < 2:3079036/91‑1 (MQ=255) tGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGt > 1:3929093/1‑91 (MQ=255) tGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGt > 2:3542394/1‑91 (MQ=255) tGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGt < 1:1008742/91‑1 (MQ=255) gATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGtt < 2:931839/91‑1 (MQ=255) gATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGtt > 1:224897/1‑91 (MQ=255) aTTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGttt < 1:1384735/91‑1 (MQ=255) ttCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGtttt > 1:3625499/1‑91 (MQ=255) tCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGttttt > 2:3355596/1‑91 (MQ=255) tCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGttttt < 1:1911244/91‑1 (MQ=255) cAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTc > 1:2828931/1‑91 (MQ=255) atatAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTa > 2:354965/1‑91 (MQ=255) taATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTc < 2:3858127/91‑1 (MQ=255) aaTGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCt > 2:1101208/1‑91 (MQ=255) aaTGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCt < 2:2255878/91‑1 (MQ=255) aaTGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACCAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCt > 1:2893394/1‑91 (MQ=255) aaTGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTGTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCt < 2:711258/91‑1 (MQ=255) aTGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCtt > 2:1229145/1‑91 (MQ=255) gCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTtaa < 1:1060362/91‑1 (MQ=255) cATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTtaat > 1:1119957/1‑91 (MQ=255) cATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTtaat > 1:2314718/1‑91 (MQ=255) AAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAAt > 1:2022674‑M1/1‑91 (MQ=255) AAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTc < 1:2101520‑M1/91‑1 (MQ=255) AAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTc > 2:2154859‑M1/1‑91 (MQ=255) AAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTc > 2:1841248‑M1/1‑91 (MQ=255) ACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTaa < 2:1128410‑M1/91‑1 (MQ=255) ACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTaa > 2:2394495‑M1/1‑91 (MQ=255) ACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTaa < 2:1450959‑M1/91‑1 (MQ=255) ctgcttgaaaggtttcttagcctatcaagcagttttttAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTaaa > 1:423386‑M2/39‑91 (MQ=255) tgcttgaaaggtttcttagcctatcaagcagttttttAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAAc > 1:1463653‑M2/38‑91 (MQ=255) GCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACa < 1:3794541‑M1/91‑1 (MQ=255) GCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACa < 1:3874479‑M1/91‑1 (MQ=255) GCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACa < 1:1560473‑M1/91‑1 (MQ=255) ttgaaaggtttcttagcctatcaagcagttttttAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACAtt > 2:3294731‑M2/35‑91 (MQ=255) ttgaaaggtttcttagcctatcaagcagttttttAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACAtt > 1:1641068‑M2/35‑91 (MQ=255) TTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACAtt > 1:1201178‑M1/1‑91 (MQ=255) TTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACAtt < 1:3048825‑M1/91‑1 (MQ=255) TTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACAtt > 1:574951‑M1/1‑91 (MQ=255) tgaaaggtttcttagcctatcaagcagttttttAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTa > 1:2732706‑M2/34‑91 (MQ=255) TGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTa < 1:1824558‑M1/91‑1 (MQ=255) GATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAGCAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCAATTCTTAATAAATTCTAAAGATTAc < 1:3682607‑M1/91‑1 (MQ=255) GATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTAc > 1:3342869‑M1/1‑91 (MQ=255) aaaggtttcttagcctatcaagcagttttttAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACt > 2:2019096‑M2/32‑91 (MQ=255) ATAGGCTAAGATACCTTTCTAGCAGTTTTGTAACTAACAAGCTTACTCGTGCTATTTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACt > 2:216337‑M1/1‑91 (MQ=255) ATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACt > 2:1563723‑M1/1‑91 (MQ=255) aaggtttcttagcctatcaagcagttttttAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACtt > 1:2543929‑M2/31‑91 (MQ=255) aaggtttcttagcctatcaagcagttttttAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACtt > 1:2298904‑M2/31‑91 (MQ=255) 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aCCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATg < 2:1328063/91‑1 (MQ=255) aCCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATg < 1:2618799/91‑1 (MQ=255) cTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATGAc < 1:1361849/91‑1 (MQ=255) tcaagcagttttttAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCCTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATGACaaa > 2:533855‑M2/15‑91 (MQ=255) caagcagttttttTATTATCAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATGACaaaa > 2:1203758‑M2/14‑91 (MQ=255) caagcagttttttAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATGACaaaa > 2:3407787‑M2/14‑91 (MQ=255) aagcagttttttAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATCCTAAACATTACTTTAATTGTCATGACAAAAg > 2:1661218‑M2/13‑91 (MQ=255) cagttttttAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATGACAAAAGTTa > 1:349306‑M2/10‑91 (MQ=255) gttttttAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATGACAAAAGTTAat > 2:605482‑M2/8‑91 (MQ=255) gttttttAACTAACAAGCTTACGCATGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATGACAAAAGTTAat < 2:3677665‑M2/84‑1 (MQ=255) ttttAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATGACAAAAGTTAattat > 2:25571‑M2/5‑91 (MQ=255) ttttAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATGACAAAAGTTAattat < 2:2985993‑M2/87‑1 (MQ=255) tAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTTTTTTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATGACAAAAGTTAATTAtttt > 2:3926913‑M2/2‑91 (MQ=255) tAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATGACAAAAGTTAATTAtttt > 1:648606‑M2/2‑91 (MQ=255) | TAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATGACAAAAGTTAATTATTTT > USA300TCH1516_ALE/759980‑760159 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |