| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 782414 = | 191 (0.940) | 13 (0.070) | 7/140 | NT | 6.6% | intergenic (‑209/+133) | USA300HOU_RS03820/USA300HOU_RS03825 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 782453 = | 202 (1.140) | intergenic (‑248/+94) | USA300HOU_RS03820/USA300HOU_RS03825 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
ACTATTACTATACATTACAAATTTTTAAAATATACATTACACTCATTACTCAATGGAAAGCGTATGATTTCACAGCCCCCCTAGCTTGTAGAAATCATAC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/782513‑782414‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gaaatcatacGCTTTCCATTGAGTAATGAGTGTAATGTATATTTTAAAAATTTGTAATGTATAGTAATAGTATGTTGTAAATAAAAGTTTAACTCAGAAA > USA300TCH1516_ALE/782453‑782542 ACTATTACTATACATTACAAATTTTTAAAATATACATTACACTCATTACTCAATGGAAAGCGTATGATTTCACAGCCCCCCTAGCTTGTAG < 1:751321/91‑1 CTATTACTATACATTACAAATTTTTAAAATATACATTACACTCATTACTCAATGGAAAGCGTATGATTTCACAGCCCCCCTAGCTTGTAGA > 2:3141535/1‑91 CTATTACTATACATTACAAATTTTTAAAATATACATTACACTCATTACTCAATGGAAAGCGTATGATTTCACAGCCCCCCTAGCTTGTAGA > 2:1315123/1‑91 TATTACTATACATTACAAATTTTTAAAATATACATTACACTCATTACTCAATGGAAAGCGTATGATTTCACAGCCCCCCTAGCTTGTAGAA > 2:2944878/1‑91 TATTACTATACATTACAAATTTTTAAAATATACATTACACTCATTACTCAATGGAAAGCGTATGATTTCACAGCCCCCCTAGCTTGTAGAA < 2:2885861/91‑1 TATTACTATACATTACAAATTTTTAAAATATACATTACACTCATCACTCAATGGATAGCGTATGATTTCACAGCCCCCCTAGCTTGTTGAA > 2:2945256/1‑91 ATTACTATACATTACAAATTTTTAAAATATACATTACACTCATTACTCAATGGAAAGCGTATGATTTCACAGCCCCCCTAGCTTGTAGAAA > 2:557952/1‑91 TTACTATACATTACAAATTTTTAAAATATACATTACACTCATTACTCAATGGAAAGCGTATGATTTCACAGCCCCCCTAGCTTGTAGAAAT < 2:3062590/91‑1 TTACTATACATTACAAATTTTTAAAATATACATTACACTCATTACTCAATGGAAAGCGTATGATTTCACAGCCCCCCTAGCTTGTAGAAAT < 2:3062149/91‑1 TTACTATACATTACAAATTTTTAAAATATACATTACACTCATTACTCAATGGAAAGCGTATGATTTCACAGCCCCCCTAGCTTGTAGAAAT > 2:265046/1‑91 TTACTATACATTACAAATTTTTAAAATATACATTACACTCATTACTCAATGGAAAGCGTATGATTTCACAGCCCCCCTAGCTTGTAGAAAT > 2:1820369/1‑91 ACTATACATTACAAATTTTTAAAATATACATTACACTCATTACTCAATGGAAAGCGTATGATTTCACAGCCCCCCTAGCTTGTAGAAATCA > 1:2876640/1‑91 CTATACATTACAAATTTTTAAAATATACATTACACTCATTACTCAATGGAAAGCGTATGATTTCACAGCCCCCCTAGCTTGTAGAAATCAT < 1:1385489/91‑1 TATACATTACAAATTTTTAAAATATACATTACACTCATTACTCGATGGAAAGCGTATGATTTCACAGCCCCCCTAGCTTGTAGAAATCATA < 2:936248/91‑1 TATACATTACAAATTTTTAAAATATACATTACACTCATTACTCAATGGAAAGCGTATGATTTCACAGCCCCCCTAGCTTGTAGAAATCATA < 1:1718794/91‑1 ATATATTACAAATTTTTAAAATATACATTACACTCATTACTCAATGGAAAGCGTATGATTTCACAGCCCCCCTAGCTTGTAGAAATCATAC < 1:3193220/91‑1 ATACATTACAAATTTTTAAAATATACATTACACTCATTACTCAATGGAAAGCGTATGATTTCACAGCCCCCCTAGCTTGTAGAAATCATAC < 1:662941/91‑1 ATACATTACAAATTTTTAAAATATACATTACACTCATTACTCAATGGAAAGCGTATGATTTCACAGCCCCCCTAGCTTGTAGAAATCATAC < 1:848821/91‑1 ATACATTACAAATTTTTAAAATATACATTACACTCATTACTCAATGGAAAGCGTATGATTTCACAGCCCCCCTAGCTTGTAGAAATCATAC < 1:2828622/91‑1 ATACATTACAAATTTTTAAAAGATACATTACACTCATTACTCAATGGAAAGCGTATGATTTCACAGCCCCCCTAGCTTGTAGAAATCATAC < 1:1505300/91‑1 CGTATGATTTCACAGCCCCCCTAGCTTGTAGAAATCATA‑‑CTTTCCATTGAGTAATGAGTGTAATGTATATTTTAAAAATTTGTAATGTATA > 1:2786185/1‑91 GTATGATTTCACAGCCCCCCTAGCTTGTAGAAATCATACGCTTTCCATTGAGTAATGAGTGTAATGTATATTTTAAAAATTTGTAATGTAT > 2:2891348/1‑91 GATTTCACAGCCCCCCTAGCTTGTAGAAATCATACGCTTTCCATTGAGTAATGAGTGTAATGTATATTTTAAAAATTTGTAATGTATAGTA > 2:3175595/1‑91 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ACTATTACTATACATTACAAATTTTTAAAATATACATTACACTCATTACTCAATGGAAAGCGTATGATTTCACAGCCCCCCTAGCTTGTAGAAATCATAC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/782513‑782414‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gaaatcatacGCTTTCCATTGAGTAATGAGTGTAATGTATATTTTAAAAATTTGTAATGTATAGTAATAGTATGTTGTAAATAAAAGTTTAACTCAGAAA > USA300TCH1516_ALE/782453‑782542 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |