| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 799573 = | 210 (1.030) | 10 (0.060) | 6/128 | NT | 6.3% | intergenic (+5/‑235) | opuBB/hisC_1 | Choline transport system permease protein OpuBB/Histidinol‑phosphate aminotransferase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 799622 = | 132 (0.810) | intergenic (+54/‑186) | opuBB/hisC_1 | Choline transport system permease protein OpuBB/Histidinol‑phosphate aminotransferase | |||||
TATTTTTTAATCATTATTGCATGTTTAAATTGAACATAATTATAGATTTAAATATAACAACGCCACATAAGATATAATTTGGTGTTACGCATCTTATGTGGCGTTG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/799678‑799573‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑atcttatgtggcgttgTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATGATTAAAAAATATGACATGTTAAACACAATGTAAGCTATTATGA > USA300TCH1516_ALE/799622‑799710 TATTTTTTAATCATTATTGCATGTTTAAATTGAACATAATTATAGATTTAAATATAACAACGCCACATAAGATATAATTTGGTGTTACGCA < 2:1540595/91‑1TATTTTTTAATCATTATTGCATGTTTAAATTGAACATAATTATAGATTTAAATATAACAACGCCACATAAGATATAATTTGGTGTTACGCA > 1:3527689/1‑91TATTTTTTAATCATTATTGCATGTTTAAATTGAACATAATTATAGATTTAAATATAACAACGCCACATAAGATATAATTTGGTGTTACGCA > 2:341852/1‑91TATTTTTTAATCATTATTGCATGTTTAAATTGAACATAATTATAGATTTAAATATAACAACGCCACATAAGATATAATTTGGTGTTACGCA < 2:2334077/91‑1TATTTTTTAATCATTATTGCATGTTTAAATTGAACATAATTATAGATTTAAATATAACAACGCCACATAAGATATAATTTGGTGTTACGCA > 1:681197/1‑91TATTTTTTAATCATTATTGCATGTTTAAATTGAACATAATTATAGATTTAAATATAACAACGCCACATAAGATATAATTTGGTGTTACGCA < 1:1036597/91‑1 ATTTTTTAATCATTATTGCATGTTTAAATTGAACATAATTATAGATTTAAATATAACAACGCCACATAAGATATAATTTGGTGTTACGCAT > 1:3208240/1‑91 ATTTTTTAATCATTATTGCATGTTTAAATTGAACATAATTATAGATTTAAATATAACAACGCCACATAAGATATAATTTGGTGTTACGCAT > 1:3778690/1‑91 ATTTTTTAATCATTATTGCATGTTTAAATTGAACATAATTATAGATTTAAATATAACAACGCCACATAAGATATAATTTGGTGTTACGCAT < 2:1729161/91‑1 TTTTTTAATCATTATTGCATGTTTAAATTGAACATAATTATAGATTTAAATATAACAACGCCACATAAGATATAATTTGGTGTTACGCATC > 1:116288/1‑91 TTTTAATCATTATTGCATGTTTAAATTTAACATAATTATAGATTTAAATATAACAACGGCGCATAAGATATAATTTTGTGTTACGCATCTT < 2:3555950/91‑1 TTTTAATCATTATTGCATGTTTAAATTGAACATAATTATAGATTTAAATATAACAACGCCACATAAGATATAATTTGGTGTTACGCATCTT > 2:3139034/1‑91 TTTTAATCATTATTGCATGTTTAAATTGAACATAATTATAGATTTAAATATAACAACGCCACATAAGATATAATTTGGTGTTACGCATCTT < 1:3904794/91‑1 TTTTAATCATTATTGCATGTTTAAATTGAACATAATTATAGATTTAAATATAACAACGCCACATAAGATATAATTTGGTGTTACGCATCTT < 1:3904843/91‑1 TTTTAATCATTATTGCATGTTTAAATTGAACATAATTATAGATTTAAATATAACAACGCCACATAAGATATAATTTGGTGTTACGCATCTT < 2:3556583/91‑1 TTTTAATCATTATTGCATGTTTAAATTGAACATAATTATAGATTTAAATATAACAACGCCACATAAGATATAATTTGGTGTTACGCATCTT < 1:3906078/91‑1 TTTAATCATTATTGCATGTTTAAATTGAACATAATTATAGATTTAAATATAACAACGCCACATAAGATATAATTTGGTGTTACGCATCTTA < 1:1110820/91‑1 TTTAATCATTATTGCATGTTTAAATTGAACATAATTATAGATTTAAATATAACAACGCCACATAAGATATAATTTGGTGTTACGCATCTTA < 1:293860/91‑1 TTTAATCATTATTGCATGTTTAAATTGAACATAATTATAGATTTAAATATAACAACGCCACATAAGATATAATTTGGTGTTACGCATCTTA > 1:1289947/1‑91 TTTAATCATTATTGCATGTTTAAATTGAACATAATTATAGATTTAAATATAACAACGCCACATAAGATATAATTTGGTGTTACGCATCTTA > 2:3541670/1‑91 TTAATCATTATTGCATGTTTAAATTGAACATAATTATAGATTTAAATATAACAACGCCACATAAGATATAATTTGGTGTTACGCATCTTAT < 1:2427226/91‑1 TTAATCATTATTGCATGTTTAAATTGAACATAATTATAGATTTAAATATAACAACGCCACATAAGATATAATTTGGTGTTACGCATCTTAT > 1:2747846/1‑91 TTAATCATTATTGCATGTTTAAATTGAACATAATTATAGATTTAAATATAACAACGCCACATAAGATATAATTTGGTGTTACGCATCTTAT < 1:2114987/91‑1 TTAATCATTATTGCATGTTTAAATTGAACATAATTATAGATTTAAATATAACAACGCCACATAAGATATAATTTGGTGTTACGCATCTTAT > 1:1796965/1‑91 TTAATCATTATTGCATGTTTAAATTGAACATAATTATAGATTTAAATATAACAACGCCACATAAGATATAATTTGGTGTTACGCATCTTAT > 1:1796678/1‑91 TAATCATTATTGCATGTTTAAATTGAACATAATTATAGATTTAAATATAACAACGCCACATAAGATATAATTTGGTGTTACGCATCTTATG > 1:1149661/1‑91 TAATCATTATTGCATGTTTAAATTGAACATAATTATAGATTTAAATATAACAACGCCACATAAGATATAATTTGGTGTTACGCATCTTATG > 1:1150153/1‑91 AATCATTATTGCATGTTTAAATTGAACATAATTATAGATTTAAATATAACAACGCCACATAAGATATAATTTGGTGTTACGCATCTTATGT > 1:2849227/1‑91 AATCATTATTGCATGTTTAAATTGAACATAATTATAGATTTAAATATAACAACGCCACATAAGATATAATTTGGTGTTACGCATCTTATGT > 1:2849551/1‑91 AATCATTATTGCATGTTTAAATTGAACATAATTATAGATTTAAATATAACAACGCCACATAAGATATAATTTGGTGTTACGCATCTTATGT > 1:3431176/1‑91 ATCATTATTGCATGTTTAAATTGAACATAATTATAGATTTAAATATAACAACGCCACATAAGATATAATTTGGTGTTACGCATCTTATGTG > 2:3365621/1‑91 ATCATTATTGCATGTTTAAATTGAACATAATTATAGATTTAAATATAACAACGCCACATAAGATATAATTTGGTGTTACGCATCTTATGTG > 2:386656/1‑91 TCATTATTGCATGTTTAAATTGAACATAATTATAGATTTAAATATAACAACGCCACATAAGATATAATTTGGTGTTACGCATCTTATGTGG < 2:2429157/91‑1 CATTATTGCATGTTTAAATTGAACATAATTATAGATTTAAATATAACAACGCCACATAAGATATAATTTGGTGTTACGCATCTTATGTGGC < 2:1222641/91‑1 CATTATTGCATGTTTAAATTGAACATAATTATAGATTTAAATATAACAACGCCACATAAGATATAATTTGGTGTTACGCATCTTATGAGGC > 1:3189155/1‑91 ATTATTGCATGTTTAAATTGAACATAATTATAGATTTAAATATAACAACGCCACATAAGATATAATTTGGTGTTACGCATCTTATGTGGCG < 1:1981561/91‑1 ATTATTGCATGTTTAAATTGAACATAATTATAGATTTAAATATAACAACGCCACATAAGATATAATTTGGTGTTACGCATCTTATGTGGCG < 1:1980880/91‑1 TATTGCATGTTTAAATTGAACATAATTATAGATTTAAATATAACAACGCCACATAAGATATAATTTGGTGTTACGCATCTTATGTGGCGTT > 2:2892957/1‑91 TATTGCATGTTTAAATTGAACATAATTATAGATTTAAATATAACAACGCCACATAAGATATAATTTGGTGTTACGCATCTTATGTGGCGTT > 1:2273185/1‑91 TATTGCATGTTTAAATTGAACATAATTATAGATTTAAATATAACAACGCCACATAAGATATAATTTGGTGTTACGCATCTTATGTGGCGTT < 2:1078012/91‑1 ATTGCATGTTTAAATTGAACATAATTATAGATTTAAATATAACAACGCCACATAAGATATAATTTGGTGTTACGCATCTTATGTGGCGTTG > 2:2222554/1‑91 ATTGCATGTTTAAATTGAACATAATTATAGATTTAAATATAACAACGCCACATAAGATATAATTTGGTGTTACGCATCTTATGTGGCGTTG > 1:1079763/1‑91 AACAACGCCACATAAGATATAATTTGGTGTTACGCATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCA > 1:2802746/1‑91 ACATAAGATATAATTTGGTGTTACGCATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATGATT > 2:2103642/1‑91 GATATAATTTGGTGTTACGCATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATGATTAAAAAA > 1:2858035/1‑91 GATATAATTTGGTGTTACGCATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATGATTAAAAAA > 1:2663054/1‑91 GATATAATTTGGTGTTACGCATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATGATTAAAAAA > 2:1980835/1‑91 ATATAATTTGGTGTTACGCATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATGATTAAAAAAT > 2:814496/1‑91 ATATAATTTGGTGTTACGCATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATGATTAAAAAAT > 1:675591/1‑91 TATAATTTGGTGTTACGCATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATGATTAAAAAATA > 1:267458/1‑91 ATAATTTGGTGTTACGCATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATGATTAAAAAATAT > 2:462573/1‑91 ATAATTTGGTGTTACGCATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATAATTAAAAAATAT > 2:3293005/1‑91 ATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATGATTAAAAAATATGACATGTTAAACACAAT > 2:3242869/1‑91 ATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATGATTAAAAAATATGACATGTTAAACACAAT > 2:1121646/1‑91 TCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATGATTAAAAAATATGACATGTTAAACACAATG < 2:2015534/91‑1 TCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATGATTAAAAAATATGACATGTTAAACACAATG > 1:550096/1‑91 TCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTAT‑ATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATGATTAAAAAATATGACATGTTAAACACAATGT > 2:103115/1‑91 TCTTATGTGGCGTTATTATATTTAAATCTATAATTATATTCAATTTAAACATGAAATAATAATTAAAAAATATGACATGTTAAACACAATG < 2:1786070/91‑1 CTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATCTTAAATTTAAACAGGAAATAATGATTAAAAAATATGACATGTTAAACACAATGT < 2:3665086/91‑1 CTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTAGAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATGATTAAAAAATATGACATGTTAAACACAATGT > 2:3434562/1‑91 CTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTAGAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATGATTAAAAAATATGACATGTTAAACACAATGT < 2:210017/91‑1 TTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATGATTAAAAAATATGACATGTTAAACACAATGTA < 2:2091979/91‑1 TATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATGATTAAAAAATATGACATGTTAAACACAATGTAA < 2:3173146/91‑1 ATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATGATTAAAAAATATGACATGTTAAACACAATGTAAG > 1:1596532/1‑91 ATGTGGCGTTGTTATAGTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATGATTAAAAAATATGACATGTTAAACACAATGTAAG < 2:3786735/91‑1 TGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATGATTAAAAAATATGACATGTTAAACACAATGTAAGC > 2:3866151/1‑91 TGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATGATTAAAAAATATGACATGTTAAACACAATGTAAGC > 1:917343/1‑91 GTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATGATTAAAAAATATGACATGTTAAACACAATGTAAGCT < 1:2865862/91‑1 TGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATGATTAAAAAATATGACATGTTAAACACAATGTAAGCTA < 2:1334518/91‑1 GGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATGATTAAAAAATATGACATGTTAAACACAATGTAAGCTAT < 2:2023564/91‑1 GGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATGATTAAAAAATATGACATGTTAAACACAATGTAAGCTAT < 1:3615482/91‑1 GCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATGATTAAAAAATATGACATGTTAAACACAATGTAAGCTATT > 1:3256988/1‑91 GCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATGATTAAAAAATATGACATGTTAAACACAATGTAAGCTATT < 1:2741488/91‑1 GCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATGATTAAAAAATATGACATGTTAAACACAATGTAAGCTATT < 1:2738784/91‑1 GCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATGATTAAAAAATATGACATGTTAAACACAATGTAAGCTATT < 2:3164335/91‑1 CGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATGATTAAAAAATATGACATGTTAAACACAATGTAAGCTATTA < 1:2510226/91‑1 CGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATGATTAAAAAATATGACATGTTAAACACAATGTAAGCTATTA > 2:1154758/1‑91 CGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATGATTAAAAAATATGACATGTTAAACACAATGTAAGCTATTA > 2:1770982/1‑91 CGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATGATTAAAAAATATGACATGTTAAACACAATGTAAGCTATTA < 1:2510293/91‑1 CGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATGATTAAAAAATATGACATGTTAAACACAATGTAAGCTATTA > 2:324927/1‑91 CGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATGATTAAAAAATATGACATGTTAAACACAATGTAAGCTATTA > 2:324522/1‑91 GTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATGATTAAAAAATATGACATGTTAAACACAATGTAAGCTATTAT < 2:2536258/91‑1 GTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATGATTAAAAAATATGACATGTTAAACACAATGTAAGCTATTAT < 1:3952697/91‑1 GTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATGATTAAAAAATATGACATGTTAAACACAATGTAAGCTATTAT > 2:2744893/1‑91 GTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATGATTAAAAAATATGACATGTTAAACACAATGTAAGCTATTAT > 1:1701348/1‑91 TTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATGATTAAAAAATATGACATGTTAAACACAATGTAAGCTATTATG < 2:451794/91‑1 TGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATGATTAAAAAATATGACATGTTAAACACAATGTAAGCTATTATGA > 2:731512/1‑91 TATTTTTTAATCATTATTGCATGTTTAAATTGAACATAATTATAGATTTAAATATAACAACGCCACATAAGATATAATTTGGTGTTACGCATCTTATGTGGCGTTG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/799678‑799573‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑atcttatgtggcgttgTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATGATTAAAAAATATGACATGTTAAACACAATGTAAGCTATTATGA > USA300TCH1516_ALE/799622‑799710 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |