| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 799573 = | 210 (1.030) | 10 (0.060) | 6/128 | NT | 6.3% | intergenic (+5/‑235) | opuBB/hisC_1 | Choline transport system permease protein OpuBB/Histidinol‑phosphate aminotransferase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 799622 = | 132 (0.810) | intergenic (+54/‑186) | opuBB/hisC_1 | Choline transport system permease protein OpuBB/Histidinol‑phosphate aminotransferase | |||||
Only 100 of 277 total aligned reads displayed.
TGATGAACTATAAAGTAACAGTTAAAAATGAAGACCCATATACAGTTGCGAAAGATTATTTAAAAGCAAAAGGGTTAATCAAATAACGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAAT > USA300TCH1516_ALE/799483‑799663 | tgatgaACTATAAAGTAACAGTTAAAAATGAAGACCCATATACAGTTGCGAAAGATTATTTAAAAGCAAAAGGGTTAATCAAATAACGAcc > 2:2984447/1‑91 (MQ=255) atgaACTATAAAGTAACAGTTAAAAATGAAGACCCATATACAGTTGCGAAAGATTATTTAAAAGCAAAAGGGTTAATCAAATAACGACCaa < 2:2407649/91‑1 (MQ=255) ataatagcttacattgtgtttaacatgtcatattttttaatcattattgcatgtttaaattgaacataattatagatttaaatataacaac < 2:2536258‑M1/4‑1 (MQ=255) ataatagcttacattgtgtttaacatgtcatattttttaatcattattgcatgtttaaattgaacataattatagatttaaatataacaac > 2:2744893‑M1/88‑91 (MQ=255) ataatagcttacattgtgtttaacatgtcatattttttaatcattattgcatgtttaaattgaacataattatagatttaaatataacaac < 1:3952697‑M1/4‑1 (MQ=255) taatagcttacattgtgtttaacatgtcatattttttaatcattattgcatgtttaaattgaacataattatagatttaaatataaCAACg > 2:1770982‑M1/87‑91 (MQ=255) aatagcttacattgtgtttaacatgtcatattttttaatcattattgcatgtttaaattgaacataattatagatttaaatataaCAACGc < 1:2738784‑M1/6‑1 (MQ=255) atagcttacattgtgtttaacatgtcatattttttaatcattattgcatgtttaaattgaacataattatagatttaaatataaCAACGcc < 2:2023564‑M1/7‑1 (MQ=255) aCTATAAAGTAACAGTTAAAAATGAAGACCCATATACAGTTGCGAAAGATTATTTAAAAGCAAAAGGGTTAATCAAATAACGACCAACGcc < 2:2264416/91‑1 (MQ=255) tagcttacattgtgtttaacatgtcatattttttaatcattattgcatgtttaaattgaacataattatagatttaaatataaCAACGCca < 2:1334518‑M1/8‑1 (MQ=255) agcttacattgtgtttaacatgtcatattttttaatcattattgcatgtttaaattgaacataattatagatttaaatataaCAACGCcac < 1:2865862‑M1/9‑1 (MQ=255) gcttacattgtgtttaacatgtcatattttttaatcattattgcatgtttaaattgaacataattatagatttaaatataaCAACGCcaca > 2:3866151‑M1/82‑91 (MQ=255) ataAAGTAACAGTTAAAAATGAAGACCCATATACAGTTGCGAAAGATTATTTAAAAGCAAAAGGGTTAATCAAATAACGACCAACGCcaca < 2:421152/91‑1 (MQ=255) ataAAGTAACAGTTAAAAATGAAGACCCATATACAGTTGCGAAAGATTATTTAAAAGCAAAAGGGTTAATCAAATAACGACCAACGCcaca < 2:1037354/91‑1 (MQ=255) 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gTAACAGTTAAAAATGAAGACCCATATACAGTTGCGAAAGATTATTTAAAAGCAAAAGGGTTAATCAAATAACGACCAACGCCACATAAGa > 1:2510270/1‑91 (MQ=255) cattgtgtttaacatgtcatattttttaatcattattgcatgtttaaattgaacataattatagatttaaatataaCAACGCCACATAAGa < 2:2015534‑M1/15‑1 (MQ=255) tAACAGTTAAAAATGAAGACCCATATACAGTTGCGAAAGATTATTTAAAAGCAAAAGGGTTAATCAAATAACGACCAACGCCACATAAGAt > 2:3065840/1‑91 (MQ=255) attgtgtttaacatgtcatattttttaatcattattgcatgtttaaattgaacataattatagatttaaatataaCAACGCCACATAAGAt > 2:1121646‑M1/76‑91 (MQ=255) attgtgtttaacatgtcatattttttaatcattattgcatgtttaaattgaacataattatagatttaaatataaCAACGCCACATAAGAt > 2:3242869‑M1/76‑91 (MQ=255) aCAGTTAAAAATGAAGACCCATATACAGTTGCGAAAGATTATTTAAAAGCAAAAGGGTTAATCAAATAACGACCAACGCCACATAAGATGc < 2:358208/91‑1 (MQ=255) cAGTTAAAAATGAAGACCCATATACAGTTGCGAAAGATTATTTAAAAGCAAAAGGGTTAATCAAATAACGACCAACGCCACATAAGATGCg > 1:936346/1‑91 (MQ=255) cAGTTAAAAATGAAGACCCATATACAGTTGCGAAAGATTATTTAAAAGCAAAAGGGTTAATCAAATAACGACCAACGCCACATAAGATGCg < 1:3310/91‑1 (MQ=255) aGTTAAAAATGAAGACCCATATACAGTTGCGAAAGATTATTTAAAAGCAAAAGGGTTAATCAAATAACGACCAACGCCACATAAGATGCGt > 1:1343439/1‑91 (MQ=255) aGTTAAAAATGAAGACCCATATACAGTTGCGAAAGATTATTTAAAAGCAAAAGGGTTAATCAAATAACGACCAACGCCACATAAGATGCGt < 1:455730/91‑1 (MQ=255) aaaTGAAGACCCATATACAGTTGCGAAAGATTATTTAAAAGCAAAAGGGTTAATCAAATAACGACCATCGCCACATAAGATGCGTAACAcc < 2:1072197/91‑1 (MQ=255) aaaTGAAGACCCATATACAGTTGCGAAAGATTATTTAAAAGCAAAAGGGTTAATCAAATAACGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACAcc < 1:2833348/91‑1 (MQ=255) aaaTGAAGACCCATATACAGTTGCGAAAGATTATTTAAAAGCAAAAGGGTTAATCAAATAACGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACAcc > 2:3263558/1‑91 (MQ=255) tGAAGACCCATATACAGTTGCGAAAGATTATTTAAAAGCAAAAGGGTTAATCAAATAACGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCaaa > 2:967615/1‑91 (MQ=255) tattttttaatcattattgcatgtttaaattgaacataattatagatttaaatataaCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATtata > 1:267458‑M1/58‑91 (MQ=255) aCCCATATACAGTTGCGAAAGATTATTTAAAAGCAAAAGGGTTAATCAAATAACGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATtata > 2:3821032/1‑91 (MQ=255) aCCCATATACAGTTGCGAAAGATTATTTAAAAGCAAAAGGGTTAATCAAATAACGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATtata > 1:163825/1‑91 (MQ=255) attttttaatcattattgcatgtttaaattgaacataattatagatttaaatataaCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTatat > 1:675591‑M1/57‑91 (MQ=255) attttttaatcattattgcatgtttaaattgaacataattatagatttaaatataaCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTatat > 2:814496‑M1/57‑91 (MQ=255) atatACAGTTGCGAAAGATCATTTAAAAGCAAAAGGGGTAATCGAATACCGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCtt < 2:2107593/91‑1 (MQ=255) tataCAGTTGCGAAAGATTATTTAAAAGCAAAAGGGTTAATCAAATAACGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTa > 1:3707852/1‑91 (MQ=255) ataCAGTTGCGAAAGATTATTTAAAAGCAAAAGGGTTAATCAAATAACGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTAt < 2:573959/91‑1 (MQ=255) taCAGTTGCGAAAGATTATTTAAAAGCAAAAGGGTTAATCAAATAACGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTAtg < 1:2934369/91‑1 (MQ=255) aCAGTTGCGAAAGATTATTTAAAAGCAAAAGGGTTAATCAAATAACGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTAtgt < 2:1599827/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |