| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 799573 = | 210 (1.030) | 10 (0.060) | 6/128 | NT | 6.3% | intergenic (+5/‑235) | opuBB/hisC_1 | Choline transport system permease protein OpuBB/Histidinol‑phosphate aminotransferase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 799622 = | 132 (0.810) | intergenic (+54/‑186) | opuBB/hisC_1 | Choline transport system permease protein OpuBB/Histidinol‑phosphate aminotransferase | |||||
Only 100 of 251 total aligned reads displayed.
AAAGATTATTTAAAAGCAAAAGGGTTAATCAAATAACGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATGATTAAAAAATATGACATGTTAAACACAATGTAAGCTATTATGATG > USA300TCH1516_ALE/799533‑799712 | tgcatgtttaaattgaacataattatagatttaaatataaCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCgttgtt > 1:2802746‑M1/41‑91 (MQ=255)aaaGATTATTTAAAAGCAAAAGGGTTAATCAAATAACGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCgttgtt > 1:21852/1‑91 (MQ=255) aaGATTATTTAAAAGCAAAAGGGTTAATCAAATAACGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTta < 1:258966/91‑1 (MQ=255) aaGATTATTTAAAAGCAAAAGGGTTAATCAAATAACGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTta < 1:1163156/91‑1 (MQ=255) aaGATTATTTAAAAGCAAAAGGGTTAATCAAATAACGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTta < 1:2083624/91‑1 (MQ=255) aGATTATTTAAAAGCAAAAGGGTTAATCAAATAACGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTtat > 2:25595/1‑91 (MQ=255) gATTATTTAAAAGCAAAAGGGTTAATCAAATAACGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTtata > 2:3094794/1‑91 (MQ=255) attTAAAAGCAAAAGGGTTAATCAAATAACGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTa > 2:3827693/1‑91 (MQ=255) ttAAAAGCAAAAGGGTTAATCAAATAACGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTaaa < 1:743077/91‑1 (MQ=255) aaaaGCAAAAGGGTTAATCAAATAACGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATc < 1:3262791/91‑1 (MQ=255) aaaGCAAAAGGGTTAATCAAATAACGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCt > 1:561138/1‑91 (MQ=255) aaaGCAAAAGGGTTAATCAAATAACGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCt < 1:2042169/91‑1 (MQ=255) aaGCAAAAGGGTTAATCAAATAACGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCta > 1:3411544/1‑91 (MQ=255) aaGCAAAAGGGTTAATCAAATAACGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCta > 1:2626073/1‑91 (MQ=255) aGCAAAAGGGTTAATCAAATAACGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCtat < 1:3042145/91‑1 (MQ=255) gCAAAAGGGTTAATCAAATAACGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCtata < 2:1459092/91‑1 (MQ=255) cAAAAGGGTTAATCAAATAACGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCCAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATaa > 1:1203268/1‑91 (MQ=255) aaaaGGGTTAATCAAATAACGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAAt < 1:791196/91‑1 (MQ=255) aaaGGGTTAATCAAATAACGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAAtt > 1:2757449/1‑91 (MQ=255) aaaGGGTTAATCAAATAACGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAAtt > 1:287330/1‑91 (MQ=255) aaaGGGTTAATCAAATAACGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAAtt < 2:29978/91‑1 (MQ=255) aGGGTTAATCAAATAACGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTAt > 1:2454231/1‑91 (MQ=255) aGGGTTAATCAAATAACGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTAt > 2:2547844/1‑91 (MQ=255) gggTTAATCAAATAACGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATg > 1:4094/1‑91 (MQ=255) gggTTAATCAAATAACGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATg > 1:1792507/1‑91 (MQ=255) gggTTAATCAAATAACGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATg > 1:3087472/1‑91 (MQ=255) gggTTAATCAAATAACGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATg > 2:399634/1‑91 (MQ=255) gggTTAATCAAATAACGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATg < 1:1008050/91‑1 (MQ=255) ggTTAATCAAATAACGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGt > 1:1066121/1‑91 (MQ=255) ttAATCAAATAACGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTc < 1:459954/91‑1 (MQ=255) ttAATCAAATAACGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTc > 1:1344997/1‑91 (MQ=255) tAATCAAATAACGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCa > 1:2532642/1‑91 (MQ=255) aaTCAAATAACGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCaa > 2:3160218/1‑91 (MQ=255) aaTCAAATAACGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCaa < 1:3213166/91‑1 (MQ=255) aTCAAATAACGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAAt > 1:3440827/1‑91 (MQ=255) aTCAAATAACGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAAt > 2:555825/1‑91 (MQ=255) aTCAAATAACGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAAt < 2:19268/91‑1 (MQ=255) tCAAATAACGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAAtt > 2:3802960/1‑91 (MQ=255) tCAAATAACGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAAtt < 1:1702220/91‑1 (MQ=255) cAAATAACGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAAttt > 2:2302228/1‑91 (MQ=255) aaaTAACGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTa > 1:3339260/1‑91 (MQ=255) aaTAACGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTaa > 1:966515/1‑91 (MQ=255) aTAACGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCCTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTaaa > 2:3689915/1‑91 (MQ=255) cGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATg > 1:1804281/1‑91 (MQ=255) cGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATg < 1:1524022/91‑1 (MQ=255) aCCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCa < 1:3910418/91‑1 (MQ=255) CAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCaat > 2:2222554‑M1/1‑91 (MQ=255) CAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCaat > 1:1079763‑M1/1‑91 (MQ=255) AACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCaata > 2:2892957‑M1/1‑91 (MQ=255) AACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCaata > 1:2273185‑M1/1‑91 (MQ=255) AACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCaata < 2:1078012‑M1/91‑1 (MQ=255) CGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCaataat < 1:1981561‑M1/91‑1 (MQ=255) GCCTCATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATg > 1:3189155‑M1/1‑91 (MQ=255) CCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATGa < 2:2429157‑M1/91‑1 (MQ=255) CACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATGAt > 2:3365621‑M1/1‑91 (MQ=255) ACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATGAtt > 1:2849227‑M1/1‑91 (MQ=255) CATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATGATTa > 1:1149661‑M1/1‑91 (MQ=255) TAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATGATTaaa > 1:1289947‑M1/1‑91 (MQ=255) TAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATGATTaaa < 1:293860‑M1/91‑1 (MQ=255) AAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATGATTaaaa < 1:3904794‑M1/91‑1 (MQ=255) AAGATGCGTAACACAAAATTATATCTTATGCGCCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTAAATTTAAACATGCAATAATGATTaaaa < 2:3555950‑M1/91‑1 (MQ=255) gatataatttggtgttacgcatcttatgtggcgttgTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATGATTaaaaaa > 1:2663054‑M2/37‑91 (MQ=255) gatataatttggtgttacgcatcttatgtggcgttgTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATGATTaaaaaa > 1:2858035‑M2/37‑91 (MQ=255) ATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATGATTAAAAAat > 1:3778690‑M1/1‑91 (MQ=255) ATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATGATTAAAAAat < 2:1729161‑M1/91‑1 (MQ=255) TGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATGATTAAAAAata < 2:1540595‑M1/91‑1 (MQ=255) TGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATGATTAAAAAata > 1:3527689‑M1/1‑91 (MQ=255) TGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATGATTAAAAAata > 1:681197‑M1/1‑91 (MQ=255) gCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATGATTAAAAAatat > 1:2693813/1‑91 (MQ=255) ataatttggtgttacgcatcttatgtggcgttgTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATAATTAAAAAatat > 2:3293005‑M2/34‑91 (MQ=255) gTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATGATTAAAAAATATGa < 2:514766/91‑1 (MQ=255) gTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATGATTAAAAAATATGa > 1:415528/1‑91 (MQ=255) tAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATGATTAAAAAATATGAc < 1:533884/91‑1 (MQ=255) acacCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATGATTAAAAAATATGACAt > 2:1254632/1‑91 (MQ=255) acCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATGATTAAAAAATATGACATGt < 1:2408665/91‑1 (MQ=255) aaTTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATGATTAAAAAATATGACATGTTaaa > 2:700939/1‑91 (MQ=255) aaTTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATGATT‑AAAAATATGACATGTTAAac < 2:849970/91‑1 (MQ=255) ttATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATGATTAAAAAATATGACATGTTAAaca < 1:3571828/91‑1 (MQ=255) tataTCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATGATTAAAAAATATGACATGTTAAacac < 1:3913091/91‑1 (MQ=255) atcttatgtggcgttgTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATGATTAAAAAATATGACATGTTAAACACAAt > 2:3242869‑M2/17‑91 (MQ=255) tcttatgtggcgttgTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATGATTAAAAAATATGACATGTTAAACACAATg < 2:2015534‑M2/76‑1 (MQ=255) tcttatgtggcgttgTTATATTTAAATCTAT‑ATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATGATTAAAAAATATGACATGTTAAACACAATGt > 2:103115‑M2/16‑91 (MQ=255) cttatgtggcgttgTTATATTTAAATCTATAATTATCTTAAATTTAAACAGGAAATAATGATTAAAAAATATGACATGTTAAACACAATGt < 2:3665086‑M2/77‑1 (MQ=255) cttatgtggcgttgTTATATTTAAATCTAGAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATGATTAAAAAATATGACATGTTAAACACAATGt > 2:3434562‑M2/15‑91 (MQ=255) ttatgtggcgttgTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATGATTAAAAAATATGACATGTTAAACACAATGTa < 2:2091979‑M2/78‑1 (MQ=255) atgtggcgttgTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATGATTAAAAAATATGACATGTTAAACACAATGTAAg > 1:1596532‑M2/12‑91 (MQ=255) atgtggcgttgTTATAGTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATGATTAAAAAATATGACATGTTAAACACAATGTAAg < 2:3786735‑M2/80‑1 (MQ=255) tgtggcgttgTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATGATTAAAAAATATGACATGTTAAACACAATGTAAGc > 1:917343‑M2/11‑91 (MQ=255) tgtggcgttgTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATGATTAAAAAATATGACATGTTAAACACAATGTAAGc > 2:3866151‑M2/11‑91 (MQ=255) tggcgttgTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATGATTAAAAAATATGACATGTTAAACACAATGTAAGCta < 2:1334518‑M2/83‑1 (MQ=255) ggcgttgTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATGATTAAAAAATATGACATGTTAAACACAATGTAAGCtat < 2:2023564‑M2/84‑1 (MQ=255) gcgttgTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATGATTAAAAAATATGACATGTTAAACACAATGTAAGCtatt < 1:2738784‑M2/85‑1 (MQ=255) cgttgTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATGATTAAAAAATATGACATGTTAAACACAATGTAAGCtatta > 2:1770982‑M2/6‑91 (MQ=255) cgttgTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATGATTAAAAAATATGACATGTTAAACACAATGTAAGCtatta > 2:1154758‑M2/6‑91 (MQ=255) gttgTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATGATTAAAAAATATGACATGTTAAACACAATGTAAGCtattat > 2:2744893‑M2/5‑91 (MQ=255) ttgTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATGATTAAAAAATATGACATGTTAAACACAATGTAAGCTATTatg < 2:451794‑M2/88‑1 (MQ=255) tgTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATGATTAAAAAATATGACATGTTAAACACAATGTAAGCTATTatga > 2:731512‑M2/3‑91 (MQ=255) ttATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATGATTAAAAAATATGACATGTTAAACACAATGTAAGCTATTatgatg < 2:317871/91‑1 (MQ=255) ttATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATGATTAAAAAATATGACATGTTAAACACAATGTAAGCTATTatgatg > 1:673067/1‑91 (MQ=255) ttATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATGATTAAAAAATATGACATGTTAAACACAATGTAAGCTATTatgatg > 2:1511502/1‑91 (MQ=255) | AAAGATTATTTAAAAGCAAAAGGGTTAATCAAATAACGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATGATTAAAAAATATGACATGTTAAACACAATGTAAGCTATTATGATG > USA300TCH1516_ALE/799533‑799712 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |