| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 823754 = | 152 (0.750) | 11 (0.060) | 9/134 | NT | 7.5% | intergenic (‑129/+67) | yjjP_2/dosC | Inner membrane protein YjjP/Diguanylate cyclase DosC |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 823814 = | 144 (0.850) | intergenic (‑189/+7) | yjjP_2/dosC | Inner membrane protein YjjP/Diguanylate cyclase DosC | |||||
ACAAAGTAATGTTTAACCCTATTATCAATTTATAACAACGACAAAACTGTTAATCCTTTGCTATTATTAAATCATAGTATAATAGCAAA‑GATTAACAGTTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/823855‑823754‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gattaacagttttGTCGTTGTTATAAATTGATAATAGGGTTAAACATTACTTTGTTTCGCCCTTGATTTTTGGCTACATGCACCATATCGTCTGCATCTTTA > USA300TCH1516_ALE/823814‑823902 ACAAAGTAATGTTTAACCCTATTATCAATTTATAACAACGACAAAACTGTTAATCCTTTGCTATTATTAAATCATAGTATAATAGCAAA‑GA > 2:2964208/1‑91ACAAAGTAATGTTTAACCCTATTATCAATTTATAACAACGACAAAACTGTTAATCCTTTGCTATTATTAAATCATAGTATAATAGCAAA‑GA > 2:2461324/1‑91ACAAAGTAATGTTTAACCCTATTATCAATTTATAACAACGACAAAACTGTTAATCCTTTGCTATTATTAAATCATAGTATAATAGCAAA‑GA > 2:2964190/1‑91ACAAAGTAATGTTTAACCCTATTATCAATTTATAACAACGACAAAACTGTTAATCCTTTGCTATTATTAAATCATAGTATAATAGCAAA‑GA > 1:928844/1‑91ACAAAGTAATGTTTAACCCTATTATCAATTTATAACAACGACAAAACTGTTAAGCCTTTGCTATTATTAAATCATAGTATAATAGCAAA‑GA < 1:442206/91‑1 CAAAGTAATGTTTAACCCTATTATCAATTTATAACAACGACAAAACTGTTAATCCTTTGCTATTATTAAATCATAGTATAATAGCAAA‑GAT < 1:358724/91‑1 CAAAGTAATGTTTAACCCTATTATCAATTTATAACAACGACAAAACTGTTAATCCTTTGCTATTATTAAATCATAGTATAATAGCAAA‑GAT < 2:1903341/91‑1 CAAAGTAATGTTTAACCCTATTATCAATTTATAACAACGACAAAACTGTTAATCCTTTGCTATTATTAAATCATAGTATAATAGCAAA‑GAT < 1:409831/91‑1 AAAGTAATGTTTAACCCTATTATCAATTTATAACAACGACAAAACTGTTAATCCTTTGCTATTATTAAATCATAGTATAATAGCAAA‑GATT < 2:1351828/91‑1 AAAGTAATGTTTAACCCTATTATCAATTTATAACAACGACAAAACTGTTAATCCTTTGCTATTATTAAATCATAGTATAATAGCAAA‑GATT > 2:1137533/1‑91 AAAGTAATGTTTAACCCTATTATCAATTTATAACAACGACAAAACTGTTAATCCTTTGCTATTATTAAATCATAGTATAATAGCAAA‑GATT < 1:3305819/91‑1 AAGTAATGTTTAACCCTATTATCAATTTATAACAACGACAAAACTGTTAATCCTTTGCTATTATTATATCATAGTATAATAGCAAA‑GATTA > 2:3411175/1‑91 AAGTAATGTTTAACCCTATTATCAATTTATAACAACGACAAAACTGTTAATCCTTTGCTATTATTAAATCATAGTATAATAGCAAA‑GATTA > 2:756382/1‑91 AAGTAATGTTTAACCCTATTATCAATTTATAACAACGACAAAACTGTTAATCCTTTGCTATTATTAAATCATAGTATAATAGCAAA‑GATTA > 1:542666/1‑91 AAGTAATGTTTAACCCTATTATCAATTTATAACAACGACAAAACTGTTAATCCTTTGCTATTATTAAATCATAGTATAATAGCAAA‑GATTA > 2:2878848/1‑91 AAGTAATGTTTAACCCTATTATCAATTTATAACAACGACAAAACTGTTAATCCTTTGCTATTATTAAATCATAGTATAATAGCAAA‑GATTA > 2:2874828/1‑91 AAGTAATGTTTAACCCTATTATCAATTTATAACAACGACAAAACTGTTAATCCTTTGCTATTATTAAATCATAGTATAATAGCAAA‑GATTA > 2:2874719/1‑91 AAGTAATGTTTAACCCTATTATCAATTTATAACAACGACAAAACTGTTAATCCTTTGCTATTATTAAATCATAGTATAATAGCAAA‑GATTA > 2:755788/1‑91 AAGTAATGTTTAACCCTATTATCAATTTATAACAACGACAAAACTGTTAATCCTTTGCTATTATTAAATCATAGTATAATAGCAAA‑GATTA < 1:3585575/91‑1 AAGTAATGTTTAACCCTATTATCAATTGATAACAACGACAAAACTGTTAATCCTTTGCTATTATTAAATCATAGTATAATAGCAAA‑GATTA < 1:3647817/91‑1 AGTAATGTTTAACCCTATTATCAATTTATAACAACGACAAAACTGTTAATCCTTTGCTATTATTAAATCATAGTATAATAGCAAA‑GATTAA < 1:578628/91‑1 AGTAATGTTTAACCCTATTATCAATTTATAACAACGACAAAACTGTTAATCCTTTGCTATTATTAAATCATAGTATAATAGCAAA‑GATTAA < 1:1696007/91‑1 AGTAATGTTTAACCCTATTATCAATTTATAACAACGACAAAACTGTTAATCCTTTGCTATTATTAAATCATAGTATAATAGCAAA‑GATTAA < 2:915857/91‑1 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AATGTTTAACCCTATTATCAATTTATAACAACGACAAAACTGTTAATCCTTTGCTATTATTAAATCATAGTATAATAGCAAA‑GATTAACAG > 2:1150382/1‑91 ATGTTTAACCCTATTATCAATTTATAACAACGACAAAACTGTTAATCCTTTTCTATTATTAAAACATAGTATAATAGCAAA‑GATTAACAGT > 2:441632/1‑91 ATGTTTAACCCTATTATCAATTTATAACAACGACAAAACTGTTAATCCTTTGCTATTATTAAATCATAGTATAATAGCAAA‑GATTAACAGT < 2:2220466/91‑1 ATGTTTAACCCTATTATCAATTTATAACAACGACAAAACTGTTAATCCTTTGCTATTATTAAATCATAGTATAATAGCAAA‑GATTAACAGT > 1:3877025/1‑91 ATGTTTAACCCTATTATCAATTTATAACAACGACAAAACTGTTAATCCTTTGCTATTATTAAATCATAGTATAATAGCAAA‑GATTAACAGT > 1:1287662/1‑91 TGTTTAACCCTATTATCAATTTATAACAACGACAAAACTGTTAATCCTTTGCTATTATTAAATCATAGTATAATAGCAAA‑GATTAACAGTT > 1:3586578/1‑91 TGTTTAACCCTATTATCAATTTATAACAACGACAAAACTGTTAATCCTTTGCTATTATTAAATCATAGTATAATAGCAAA‑GATTAACAGTT > 2:294616/1‑91 TGTTTAACCCTATTATCAATTTATAACAACGACAAAACTGTTAATCCTTTGCTATTATTAAATCATAGTATAATAGCAAA‑GATTAACAGTT > 2:1800514/1‑91 GTTTAACCCTATTATCAATTTATAACAACGACAAAACTGTTACTCCTTTGCTATTATTGAATCATAGTATAATAGCAAA‑GATTAACAGTTT < 2:968316/91‑1 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TTTGCTATTATTAAATCATAGTATAATAGCAAAGGATTAACAGTTTTGTCGTTGTTATAAATTGATAATAGGGTTAAACATTACTTTGTTT > 1:3470722/1‑91 TATTATTAAATCATAGTATAATAGCAAA‑GATTAACAGTTTTGTCGTTGTTATAAATTGATAATAGGGTTAAACATTACTTTGTTTCGCCCT > 2:2407923/1‑91 TATTAAATCATAGTATAATAGCAAAGGATTAACAGTTTTGTCGTTGTTATAAATTGATAATAGGGTTAAACATTACTTTGTTTCGCCCTTG > 1:537268/1‑91 GATTAACAGTTTTGTCGTTGTTATAAATTGATAATAGGGTTAAACATTACTTTGTTTCGCCCTTGATTTTTGGCTACATGCACCATATCGT < 2:2706136/91‑1 GATTAACAGTTTTGTCGTTGTTATAAATTGATAATAGGGTTAAACATTACTTTGTTTCGCCCTTGATTTTTGGCTACATGCACCATATCGT > 1:1722150/1‑91 ATTAACAGTTTTGTCGTTGTTATAAATTGATAATAGGGTTAAACATTACTTTGTTTCGCCCTTGATTTTTGGCTACATGCACCATATCGTC < 1:1872099/91‑1 ATTAACAGTTTTGTCGTTGTTATAAATTGATAATAGGGTTAAACATTACTTTGTTTCGCCCTTGATTTTTGGCTACATGCACCATATCGTC < 2:3797922/91‑1 ATTAACAGTTTTGTCGTTGTTATAAATTGATAATAGGGTTAAACATTACTTTGTTTCGCCCTTGATTTTTGGCTACACGCACCATATCGTC < 1:415730/91‑1 TTAACAGTTTTGTCGTTGTTATAAATTGATAATAGGGTTAAACATTACTTTGTTTCGCCCTTGATTTTTGGCTACATGCACCATATCGTCT < 1:2059319/91‑1 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TTTTGTCGTTGTTATAAATTGATAATAGGGTTAAACATTACTTTGTTTCGCCCTTGATTTTTGGCTACATGCACCATATCGTCTGCATCTT < 1:470995/91‑1 TTTGTCGTTGTTATAAATTGATAATAGGGTTAAACATTACTTTGTTTCGCCCTTGATTTTTGGCTACATGCACCATATCGTCTGCATCTTT < 1:2244786/91‑1 TTTGTCGTTGTTATAAATTGATAATAGGGTTAAACATTACTTTGTTTCGCCCTTGATTTTTGGCTACATGCACCATATCGTCTGCATCTTT < 2:3739161/91‑1 TTTGTCGTTGTTATAAATTGATAATAGGGTTAAACATTACTTTGTTTCGCCCTTGATTTTTGGCTACATGCACCATATCGTCTGCATCTTT < 1:3854506/91‑1 TTTGTCGTTGTTATAAATTGATAATAGGGTTAAACATTACTTTGTTTCGCCCTTGATTTTTGGCTACATGCACCATATCGTCTGCATCTTT < 2:1385898/91‑1 TTGTCGTTGTTATAAATTGATAATAGGGTTAAACATTACTTTGTTTCGCCCTTGATATTTGGCTACATGCACCATATCGTCTGCATCTTTA > 2:2755803/1‑91 ACAAAGTAATGTTTAACCCTATTATCAATTTATAACAACGACAAAACTGTTAATCCTTTGCTATTATTAAATCATAGTATAATAGCAAA‑GATTAACAGTTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/823855‑823754‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gattaacagttttGTCGTTGTTATAAATTGATAATAGGGTTAAACATTACTTTGTTTCGCCCTTGATTTTTGGCTACATGCACCATATCGTCTGCATCTTTA > USA300TCH1516_ALE/823814‑823902 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |