BRESEQ :: Evidence

New junction evidence
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*	?	USA300TCH1516_ALE	823814 =	144 (0.850)	11 (0.060)	9/134	NT	7.5%	intergenic (‑189/+7)	yjjP_2/dosC	Inner membrane protein YjjP/Diguanylate cyclase DosC

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                                                                 ataataGCAAAGGATTAACAGTTTTGTCGTTGTTATAAATTGATAATAGGGTTAAACATTACTTTGTTTCGCCCTTGATTTTTGGCTACAt                           >  2:3556389/1‑91 (MQ=255)

                                                                  taataGCAAAGGATTAACAGTTTTGTCGTTGTTATAAATTGATAATAGGGTTAAACATTACTTTGTTTCGCCCTTGATTTTTGGCTACATg                          <  1:3509168/91‑1 (MQ=255)

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                                                                        cAAAGGATTAACAGTTTTGTCGTTGTTATAAATTGATAATAGGGTTAAACATTACTTTGTTTCGCCCTTGATTTTTGGCTACATGCACCat                    <  1:856257/91‑1 (MQ=255)

                                                                          aaGGATTAACAGCTTTGTCGTTGTTATAAATTGATAATAGGGTTAAACATTACTTTGTTTCGCCCTTGATTTTTGGCTACATGCACCatat                  >  2:1398655/1‑91 (MQ=255)

                                                                           aGGAGTAACAGTTTTGTCGTTGTTATAAATTGATAATAGGGTTAAACATTACTTTGTTTCGCCCTTGATTTTTGGCTACATGCACCATATc                 <  2:912690/91‑1 (MQ=255)

                                                                            ggATTAACAGTTTTGTCGTTGTTATAAATTGATAATAGGGTTAAACATTACTTTGTTTCGCCCTTGATTTTTGGCTACATGCACCATATCg                >  2:1425301/1‑91 (MQ=255)

                                                                            ggATTAACAGTTTTGTCGGTGTTATAAATTGATAATAGGGTTAAACATTACTTTGTTTCGCCCTTGATTTTTGGCTACATGCACCATATCg                <  1:2625952/91‑1 (MQ=255)

                                                                             gattaacagttttGTCGTTGTTATAAATTGATAATAGGGTTAAACATTACTTTGTTTCGCCCTTGATTTTTGGCTACATGCACCATATCGt               <  2:2706136‑M2/78‑1 (MQ=255)

                                                                              attaacagttttGTCGTTGTTATAAATTGATAATAGGGTTAAACATTACTTTGTTTCGCCCTTGATTTTTGGCTACATGCACCATATCGTc              <  1:1872099‑M2/79‑1 (MQ=255)

                                                                              attaacagttttGTCGTTGTTATAAATTGATAATAGGGTTAAACATTACTTTGTTTCGCCCTTGATTTTTGGCTACACGCACCATATCGTc              <  1:415730‑M2/79‑1 (MQ=255)

                                                                               ttaacagttttGTCGTTGTTATAAATTGATAATAGGGTTAAACATTACTTTGTTTCGCCCTTGATTTTTGGCTACATGCACCATATCGTCt             <  1:712288‑M2/80‑1 (MQ=255)

                                                                               ttaacagttttGTCGTTGTTATAAATTGATAATAGGGTTAAACATTACTTTGTTTCGCCCTTGATTTTTGGCTACATGCACCATATCGTCt             <  1:2059373‑M2/80‑1 (MQ=255)

                                                                                taacagttttGTCGTTGTTATAAATTGATAATAGGGTTAAACATTACTTTGTTTCGCCCTTGATTTTTGGCTACATGCACCATATCGTCTg            <  1:823223‑M2/81‑1 (MQ=255)

                                                                                 aacagttttGTCGTTGTTATAAATTGATAATAGGGTTAAACATTACTTTGTTTCGCCCTTGATTTTTGGCTACATGCACCATATCGTCTGc           >  2:3087954‑M2/10‑91 (MQ=255)

                                                                                 aacagttttGTCGTTGTTATAAATTGATAATAGGGTTAAACATTACTTTGTTTCGCCCTTGATTTTTGGCTACATGCACCATATCGTCTGc           <  1:2453652‑M2/82‑1 (MQ=255)

                                                                                   cagttttGTCGTTGTTATAAATTGATAATAGGGTTAAACATTACTTTGTTTCGCCCTTGATTTTTGGCTACATGCACCATATCGTCTGCAt         <  1:3806645‑M2/84‑1 (MQ=255)

                                                                                    agttttGTCGTTGTTATAAATTGATAATAGGGTTAAACATTACTTTGTTTCGCCCTTGATTTTTGGCTACATGCACCATATCGTCTGCATc        <  1:92784‑M2/85‑1 (MQ=255)

                                                                                       tttGTCGTTGTTATAAATTGATAATAGGGTTAAACATTACTTTGTTTCGCCCTTGATTTTTGGCTACATGCACCATATCGTCTGCATCttt     <  2:3739161‑M2/88‑1 (MQ=255)

TGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTTAATCTTTGCTATTATACTATGATTTAATAATAGCAAAGGATTAACAGTTTTGTCGTTGTTATAAATTGATAATAGGGTTAAACATTACTTTGTTTCGCCCTTGATTTTTGGCTACATGCACCATATCGTCTGCATCTTTAAA  >  USA300TCH1516_ALE/823724‑823904

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 22 ≤` `ATCG/ATCG` `< 37 ≤` `ATCG/ATCG` `< 41 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.