| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 823754 = | 152 (0.750) | 11 (0.060) | 9/134 | NT | 7.5% | intergenic (‑129/+67) | yjjP_2/dosC | Inner membrane protein YjjP/Diguanylate cyclase DosC |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 823814 = | 144 (0.850) | intergenic (‑189/+7) | yjjP_2/dosC | Inner membrane protein YjjP/Diguanylate cyclase DosC | |||||
Only 100 of 326 total aligned reads displayed.
CAATTGAAGTTTACAACTTGTTGTTACAACTTTCAATAGTGAGACTTTGTGTTAGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTTAATC‑TTTGCTATTATACTATGATTTAATAATAGCAAAGGATTAACAGTTTTGTCGTTGTTATAAATTGATAATAGGGTTAA > USA300TCH1516_ALE/823664‑823843 | aaagatgcagacgatatggtgcatgtagccaaaaatcaagggcgaaacaaagtaatgtttaaccctattatcaatttataacaacgacaaa < 2:3739161‑M1/3‑1 (MQ=255) aTTGAAGTTTACAACTTGTTGTTACAACTTTCAATAGTGAGACTTTGTGTTAGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAA < 2:256732‑M1/91‑1 (MQ=255) tGAAGTTTACAACTTGTTGTTACAACTTTCAATAGTGAGACTTTGTGTTAGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAAC < 2:756176‑M1/91‑1 (MQ=255) gatgcagacgatatggtgcatgtagccaaaaatcaagggcgaaacaaagtaatgtttaaccctattatcaatttataacaacgacAAAACt < 1:92784‑M1/6‑1 (MQ=255) gAAGTTTACAACTTGTTGTTACAACTTTCAATAGTGAGACTTTGTGTTAGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACT < 2:2169893‑M1/91‑1 (MQ=255) atgcagacgatatggtgcatgtagccaaaaatcaagggcgaaacaaagtaatgtttaaccctattatcaatttataacaacgacAAAACTg > 1:1536331‑M1/85‑91 (MQ=255) aGTTTACAACTTGTTGTTACAACTTTCAATAGTGAGACTTTGTGTTAGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGT < 1:2781432‑M1/91‑1 (MQ=255) aGTTTACAACTTGTTGTTACAACTTTCAATAGTGAGACTTTGTGTTAGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGT > 2:1986104‑M1/1‑91 (MQ=255) gTTTACAACTTGTTGTTACAACTTTCAATAGTGAGACTTTGTGTTAGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTT < 1:1291947‑M1/91‑1 (MQ=255) gTTTACAACTTGTTGTTACAACTTTCAATAGTGAGACTTTGTGTTAGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTT < 1:609808‑M1/91‑1 (MQ=255) agacgatatggtgcatgtagccaaaaatcaagggcgaaacaaagtaatgtttaaccctattatcaatttataacaacgacAAAACTGTTaa < 1:2059319‑M1/11‑1 (MQ=255) tACAACTTGTTGTTACAACTTTCAATAGTGCGACTTTGTGTTAGTATGATGAACTCGTCTGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTTAAT > 2:1543205‑M1/1‑91 (MQ=255) tACAACTTGTTGTTACAACTTTCAATAGTGAGACTTTGTGTTAGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTTAAT > 2:415730‑M1/1‑91 (MQ=255) taaactTGTTGTTACAACTTTCAATAGTGAGACTTTGTGTTAGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTTAATC > 1:3110998‑M1/3‑91 (MQ=255) aCAACTTGTTGTTACAACTTTCAATAGTGAGACTTTGTGTTAGTATGATGAACATGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTTAATC < 1:3339487‑M1/91‑1 (MQ=255) aCTTGTTGTTACAACTTTCAATAGTGAGACTTTGTGTTAGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAATAACTGTTGATC‑ttt < 2:2885403/91‑1 (MQ=255) aCTTGTTGTTACAACTTTCAATAGTGAGACTTTGTGTTAGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTTAATC‑ttt > 2:588247/1‑91 (MQ=255) tgttgtTACAACTTTCAATAGTGAGACTTTGTGTTAGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTTAATC‑TTTGCt > 1:3614013/1‑91 (MQ=255) tgttgtTACAACTTTCAATAGTGAGACTTTGTGTTAGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTTAATC‑TTTGCt < 2:2625563/91‑1 (MQ=255) tgttATAACTTTCAATAGTGAGACTTTGTGTTAGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTTAATC‑TTTGCtatt > 2:2133354/1‑91 (MQ=255) gttACAACTTTCAATAGTGAGACTTTGTGTTAGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTTAATC‑TTTGCtatta < 2:1162676/91‑1 (MQ=255) ttACAACTTTCAATAGTGAGACTTTGTGTTAGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTTAATC‑TTTGCtattat > 1:1895747/1‑91 (MQ=255) tACAACTTTCAATAGTGAGACTTTGTGTTAGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTTAATC‑TTTGCTATtata > 2:873302/1‑91 (MQ=255) aCAACTTTCAATAGTGAGACTTTGTGTTAGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTTAATC‑TTTGCTATTATAc > 1:1589039/1‑91 (MQ=255) aCTTTCAATAGTGAGACTTTGTGTTAGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTTAATC‑TTTGCTATTATACTAt > 2:3605089/1‑91 (MQ=255) ttCAATAGTGAGACTTTGTGTTAGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTTAATC‑TTTGCTATTATACTATGAt > 1:2171714/1‑91 (MQ=255) tCAATAGTGAGACTTTGTGTTAGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTTAATC‑TTTGCTATTATACTATGAtt > 1:2561600/1‑91 (MQ=255) tCAATAGTGAGACTTTGTGTTAGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTTAATC‑TTTGCTATTATACTATGAtt > 1:1276743/1‑91 (MQ=255) tCAATAGTGAGACTTTGTGTTAGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTTAATC‑TTTGCTATTATACTATGAtt > 1:2978707/1‑91 (MQ=255) aaTAGTGAGACTTTGTGTTAGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTTAATC‑TTTGCTATTATACTATGATTta > 2:1703310/1‑91 (MQ=255) tAGTGAGACTTTGTGTTAGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTTAATtttgctattattaaatcatagtat < 1:1741854‑M1/91‑25 (MQ=255) aGTGAGACTTTGTGTTAGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTTAATC‑TTTGCTATTATACTATGATTtaata < 1:2255754/91‑1 (MQ=255) gTGAGACTTTGTGTTAGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTTAATCctttgctattattaaatcatagtata < 2:633185‑M1/91‑27 (MQ=255) gTGAGACTTTGTGTTAGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTTAATC‑TTTGCTATTATACTATGATTtaataa > 1:268486/1‑91 (MQ=255) gTGAGACTTTGTGTTAGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTTAATC‑TTTGCTATTATACTATGATTtaataa < 1:2088889/91‑1 (MQ=255) tGAGACTTTGTGTTAGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTTAATC‑TTTGCTATTATACTATGATTTaataat < 1:2832616/91‑1 (MQ=255) tGAGACTTTGTGTTAGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTTAATC‑TTTGCTATTATACTATGATTTaataat > 1:334929/1‑91 (MQ=255) agggcgaaacaaagtaatgtttaaccctattatcaatttataacaacgacAAAACTGTTAATC‑TTTGCTATTATACTATGATTTAataata > 2:2407923‑M1/51‑91 (MQ=255) agaCTTTGTGTTAGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTTAATC‑TTTGCTATTATACTATGATTTAATAATAg < 1:430905/91‑1 (MQ=255) agaCTTTGTGTTAGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTTAATC‑TTTGCTATTATACTATGATTTAATAATAg > 2:3018016/1‑91 (MQ=255) aCTTTGTGTTAGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTTAATC‑TTTGCTATTATACTATGATTTAATAATAGCa < 1:3305640/91‑1 (MQ=255) cTTTGTGTTAGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTTAATCctttgctattattaaatcatagtataatagca < 2:142305‑M1/91‑33 (MQ=255) tttGTGTTAGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTTAATCctttgctattattaaatcatagtataatagcaa < 2:3921708‑M1/91‑34 (MQ=255) tttGTGTTAGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTTAATCctttgctattattaaatcatagtataatagcaa < 1:200730‑M1/91‑34 (MQ=255) tttGTGTTAGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTTAATC‑TTTGCTATTATACTATGATTTAATAATAGCaaa < 2:825769/91‑1 (MQ=255) tttGTGTTAGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTTAATC‑TTTGCTATTATACTATGATTTAATAATAGCaaa < 2:3699445/91‑1 (MQ=255) tttGTGTTAGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACGGTTAATCctttgctattattaaatcatagtataatagcaa < 2:3255424‑M1/91‑34 (MQ=255) tttGTGTTAGAATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTTAATCctttgctattattaaatcatagtataatagcaa < 2:2785681‑M1/91‑34 (MQ=255) ttGTGTTAGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTTAATCctttgctattattaaatcatagtataatagcaaa < 1:1939911‑M1/91‑35 (MQ=255) aaacaaagtaatgtttaaccctattatcaatttataacaacgacAAAACTGTTAATCCTTTGCTATTATACTATGATTTAATAATAGCaaa > 1:3470722‑M1/45‑91 (MQ=255) aaacaaagtaatgtttaaccctattatcaatttataacaacgacAAAACTGTTAATC‑TTTGCTATTATACTATGATTTAATAATAGCAAAg > 2:2196754‑M1/45‑91 (MQ=255) aacaaagtaatgtttaaccctattatcaatttataacaacgacAAAACTGTTAATC‑TTTGCTATTATACTATGATTTAATAATAGCAAAgg > 1:781783‑M1/44‑91 (MQ=255) gtgtTAGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTTAATC‑TTTGCTATTATACTATGATTTAATAATAGCAAAGga < 1:1206223‑M2/91‑3 (MQ=255) gtgtTAGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTTAATC‑TTTGCTATTATACTATGATTTAATAATAGCAAAGga < 1:2707170‑M2/91‑3 (MQ=255) gtgtTAGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTTAATC‑TGTGCTATTATACTATGATTTAATAATAGCAAAGga > 2:1380803‑M2/1‑89 (MQ=255) tgtTAGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTTAATC‑TTTGCTATTATACTATGATTTAATAATAGCAAAGgat < 1:3079267‑M2/91‑4 (MQ=255) gtTAGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTTAATC‑TTTGCTATTATACTATGATTTAATAATAGCAAAGgatt < 1:712799‑M2/91‑5 (MQ=255) gtTAGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTTAATC‑TTTGCTATTATACTATGATTTAATAATAGCAAAGgatt > 1:1721749‑M2/1‑87 (MQ=255) gtTAGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTTAATC‑TTTGCTATTATACTATGATTTAATAACAGCAAAGgatt < 1:3586272‑M2/91‑5 (MQ=255) aagtaatgtttaaccctattatcaatttataacaacgacAAAACTGTTAATC‑TTTGCTATTATACTATGATTTAATAATAGCAAAGGATTa > 2:3383060‑M1/40‑91 (MQ=255) tAGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTTAATCctttgctattattaaatcatagtataatagcaaagattaa < 1:2394289‑M1/91‑41 (MQ=255) aGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTTAATC‑TTTGCTATTATACTATGATTTAATAATAGCAAAGgattaac > 1:1108000‑M2/1‑84 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |