| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 869579 = | 278 (1.360) | 25 (0.140) | 12/140 | NT | 9.3% | intergenic (+1262/+60) | smpB/USA300HOU_RS04240 | SsrA‑binding protein/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 869621 = | 247 (1.390) | intergenic (+1304/+18) | smpB/USA300HOU_RS04240 | SsrA‑binding protein/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 108 total aligned reads displayed.
TGAGTTATATGTTGAGTTGATAAATAGCATCCTAAAATAAAAATAAACATACTAAGATTAGCTATGAAGGAATCTATGACGATAGATTTTTTCATAGCTA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/869678‑869579‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ttcatagctaATCTTAGTATGTTTATTTTTATTTTAGGATGCTATTTATCAACTCAACATATAACTCACTATTTTTATAACCTTCTAATATATCATTAAC > USA300TCH1516_ALE/869621‑869710 TGAGTTATATGTTGAGTTGATAAATAGCATCCTAAAATAAAAATAAACATACTAAGATTAGCTATGAAGGAATCTATGACGATAGATTTTT > 1:679229/1‑91TGAGTTATATGTTGAGTTGATAAATAGCATCCTAAAATAAAAATAAACATACTAAGATTAGCTATGAAGGAATCTATGACGATAGATTTTT < 2:3344224/91‑1 GAGTTATATGTTGAGTTGATAAATAGCATCCTAAAATAAAAATAAACATACTAAGATTAGCTATGAAGGAATCTATGACGATAGATTTTTT < 1:2301670/91‑1 GAGTTATATGTTGAGTTGATAAATAGCATCCTAAAATAAAAATAAACATACTAAGATTAGCTATGAAGGAATCTATGACGATAGATTTTTT > 2:2707154/1‑91 AGTTATATGTTGAGTTGATAAATAGCATCCTAAAATAAAAATAAACATACTAAGATTGGCTATGAAGGAATCTATGACGATAGATTTTTTC > 1:1303892/1‑91 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TATATGTTGAGTTGAAAAAAAACAAAAAAAAATAAAAATAAACATACTAAGATTAGCTATGAAGGAATCTATGACGATAGATTTTTTCATA < 2:1860170/91‑1 ATATGTTGAGTTGATAAATAGCATCCTAAAATAAAAATAAACATACTAAGATTAGCTATGAAGGAATCTATGACGATAGATTTTTTCATAG < 2:716997/91‑1 ATATGTTGAGTTGATAAATAGCATCCTAAAATAAAAATAAACATACTAAGATTAGCTATGAAGGAATCTATGACGATAGATTTTTTCATAG > 2:365656/1‑91 TATGTTGAGTTGATAAATAGCATCCTAAAATAAAAATAAACATACTAAGATTAGCTATGAAGGAATCTATGACGATAGATTTTTTCATAGC < 2:2702822/91‑1 TATGTTGAGTTGATAAATAGCATCCTAAAATAAAAATAAACATACTAAGATTAGCTATGAAGGAATCTATGACGATAGATTTTTTCATAGC < 2:430973/91‑1 TATGTTGAGTTGATAAATAGCATCCTAAAATAAAAATAAACATACTAAGATTAGCTATGAAGGAATCTATGACGATAGATTTTTTCATAGC < 1:708777/91‑1 TATGTTGAGTTGATAAATAGCATCCTAAAATAAAAATAAACATACTAAGATTAGCTATGAAGGAATCTATGACGATAGATTTTTTCATAGC > 2:3217738/1‑91 TATGTTGAGTTGATAAATAGCATCCTAAAATAAAAATAAACATACTAAGATTAGCTATGAAGGAATCTATGACGATAGATTTTTTCATAGC < 2:2520824/91‑1 TATGTTGAGTTGATAAATAGCATCCTAAAATAAAAATAAACATACTAAGATTAGCTATGAAGGAATCTATGACGATAGATTTTTTCATAGC < 2:2702789/91‑1 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |