| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 869579 = | 278 (1.360) | 25 (0.140) | 12/140 | NT | 9.3% | intergenic (+1262/+60) | smpB/USA300HOU_RS04240 | SsrA‑binding protein/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 869621 = | 247 (1.390) | intergenic (+1304/+18) | smpB/USA300HOU_RS04240 | SsrA‑binding protein/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 380 total aligned reads displayed.
TAAAAGGCGAGAGTAAAGCTTACTTGTTTATTATACATATTTAAAATCCAAGAGTCAGAACAGACTACTCCTCTTTATAACTATAAAAAATAGCTATGAAAAAATCTATCGTC‑ATAGATTCCTTCATAGCTAATCTTAGTATGTTTATTTTTATTTTAGGATGCTATTTATCAACTCAACA > USA300TCH1516_ALE/869489‑869669 | gttaatgatatattagaaggttataaaaatagtgagttatatgttgagttgataaatagcatcctaaaataaaaataaacatactaagatt < 1:1268556‑M1/1‑1 (MQ=255) aaaaGGCGAGAGTAAAGCTTACTTGTTTATTATACATATTTAAAATCCAAGAGTCAGAACAGACTACTCCTCTTTATAACTATAAAAAATa > 2:945027/1‑91 (MQ=255) aaaaGGCGAGAGTAAAGCTTACTTGTTTATTATACATATTTAAAATCCAAGAGTCAGAACAGACTACTCCTCTTTATAACTATAAAAAATa > 2:1859095/1‑91 (MQ=255) aaaaGGCGAGAGTAAAGCTTACTTGTTTATTATACATATTTAAAATCCAAGAGTCAGAACAGACTACTCCTCTTTATAACTATAAAAAATa > 2:3714113/1‑91 (MQ=255) aaaaGGCGAGAGTAAAGCTTACTTGTTTATTATACATATTTAAAATCCAAGAGTCAGAACAGACTACTCCTCTTTATAACTATAAAAAATa < 1:2596910/91‑1 (MQ=255) aaaGGCGAGAGTAAAGCTTACTTGTTTATTATACATATTTAAAATCCAAGAGTCAGAACAGACTACTCCTCTTTATAACTATAAAAAATAg > 1:3290843/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |