| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 872094 = | 203 (1.000) | 11 (0.060) | 8/144 | NT | 5.8% | intergenic (+8/‑209) | USA300HOU_RS04260/USA300HOU_RS04265 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 872124 = | 177 (0.970) | intergenic (+38/‑179) | USA300HOU_RS04260/USA300HOU_RS04265 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
AAACAACTACCCTCTTAAATCAATTTTTAGATAAACTGCAAATCATAAATTTCTTTATTATTATAAGTATTAAAACGGTCGATTTGACC‑TTTTAATA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/872190‑872094‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ttttaataCTTATAATAATAAAGAAATTTATGATTTGCAGTTTATCTAAAAATTGATTTAAGAGGGTAGTTGTTTATTGCGAAAAATATCATTCAATT > USA300TCH1516_ALE/872124‑872213 AAACAACTACCCTCTTAAATCAATTTTTAGATAAACTGCAAATCATAAATTTCTTTATTATTATAAGTATTAAAACGGTCGATTTGACC‑TT > 2:502339/1‑91AAACAACTACCCTCTTAAATCAATTTTTAGATAAACTGCAAATCATAAATTTCTTTATTATTATAAGTATTAAAACGGTCGATTTGACC‑TT < 1:618870/91‑1 AACAACTACCCTCTTAAATCAATTTTTAGATAAACTGCAAATCATAAATTTCTTTATTATTATAAGTATTAAAACGGTCGATTTGACC‑TTT < 1:1703864/91‑1 ACAACTACCCTCTTAAATCAATTTTTAGATAAACTGCAAATCATAAATTTCTTTATTATTATAAGTATTAAAACGGTCGATTTGACC‑TTTT < 2:290586/91‑1 AACTACCCTCTTAAATCAATTTTTAGATAAACTGCAAATCATAAATTTCTTTATTATTATAAGTATTAAAACGGTCGATTTGACC‑TTTTAA < 1:1464944/91‑1 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USA300TCH1516_ALE/872190‑872094‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ttttaataCTTATAATAATAAAGAAATTTATGATTTGCAGTTTATCTAAAAATTGATTTAAGAGGGTAGTTGTTTATTGCGAAAAATATCATTCAATT > USA300TCH1516_ALE/872124‑872213 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |