| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 872094 = | 203 (1.000) | 11 (0.060) | 8/144 | NT | 5.8% | intergenic (+8/‑209) | USA300HOU_RS04260/USA300HOU_RS04265 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 872124 = | 177 (0.970) | intergenic (+38/‑179) | USA300HOU_RS04260/USA300HOU_RS04265 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 271 total aligned reads displayed.
AAAGAACGATTGAGAACAATGGTCATGAAGCTGATTTGAATGTACGTATGACTTATTATCATAATGTAAGTCGCAAACAATAGGAAGTTATATTAAAA‑GGTCAAATCGACCGTTTTAATACTTATAATAATAAAGAAATTTATGATTTGCAGTTTATCTAAAAATTGATTTAAGAGGGTAG > USA300TCH1516_ALE/872004‑872184 | aattgaatgatatttttcgcaataaacaactaccctcttaaatcaatttttagataaactgcaaatcataaatttctttattattataagt > 1:3861643‑M1/91‑91 (MQ=255)aattgaatgatatttttcgcaataaacaactaccctcttaaatcaatttttagataaactgcaaatcataaatttctttattattataagt > 1:1608684‑M1/91‑91 (MQ=255) attgaatgatatttttcgcaataaacaactaccctcttaaatcaatttttagataaactgcaaatcataaatttctttattattataagTa < 1:3462385‑M1/2‑1 (MQ=255) attgaatgatatttttcgcaataaacaactaccctcttaaatcaatttttagataaactgcaaatcataaatttctttattattataagTa > 1:1046829‑M1/90‑91 (MQ=255) aagaaCGATTGAGAACAATGGTCATGAAGCTGATTTGAATGTACGTATGACTTATTATCATAATGTAAGTCGCAAACAATAGGAAGTtata < 2:2928775/91‑1 (MQ=255) ttgaatgatatttttcgcaataaacaactaccctcttaaatcaatttttagataaactgcaaatcataaatttctttattattataagTAt > 1:2379997‑M1/89‑91 (MQ=255) tgactgatatttttcgcaataaacaactaccctcttaaatcaatttttagataaactgcaaatcataaatttctttattattataagTAtt > 1:3556320‑M1/88‑91 (MQ=255) tgaatgatatttttcgcaataaacaactaccctcttaaatcaatttttagataaactgcaaatcataaatttctttattattataagTAtt > 2:3168228‑M1/88‑91 (MQ=255) gaatgatatttttcgcaataaacaactaccctcttaaatcaatttttagataaactgcaaatcataaatttctttattattataagTATTa > 1:84279‑M1/87‑91 (MQ=255) aatgatatttttcgcaataaacaactaccctcttaaatcaatttttagataaactgcaaatcataaatttctttattattataagTATTaa > 1:48556‑M1/86‑91 (MQ=255) aCGATTGAGAACAATGGTCATGAAGCTGATTTGAATGTACGTATGACTTATTATCATAATGTAAGTCGCAAACAATAGGAAGTTATATTaa > 1:1088098/1‑91 (MQ=255) aCGATTGAGAACAATGGTCATGAAGCTGATTTGAATGTACGTATGACTTATTATCATAATGTAAGTCGCAAACAATAGGAAGTTATATTaa > 1:225494/1‑91 (MQ=255) cGATTGAGAACAATGGTCATGAAGCTGATTCGAATGTACGTATGACTGATTATCATAATGTAAGTCGCAAACGAAAGGAAGTTATATTaaa > 2:580946/1‑91 (MQ=255) atgatatttttcgcaataaacaactaccctcttaaatcaatttttagataaactgcaaatcataactttctttattattataagTATTaaa < 2:324555‑M1/7‑1 (MQ=255) atgatatttttcgcaataaacaactaccctcttaaatcaatttttagataaactgcaaatcataaatttctttattattataagTATTaaa > 1:1791483‑M1/85‑91 (MQ=255) tgatatttttcgcaataaacaactaccctcttaaatcaatttttagataaactgcaaatcataaatttctttattattataagTATTaaaa < 1:1423581‑M1/8‑1 (MQ=255) ttGAGAACAATGGTCATGAAGCTGATTTGAATGTACGTATGACTTATTATCATAATGTAAGTCGCAAACAATAGGAAGTTATATTAAAA‑gg > 1:1788903/1‑91 (MQ=255) tGAGAACAATGGTCATGAAGCTGATTTGAATGTACGTATGACTTATTATCATAATGTAAGTCGCAAACAATAGGAAGTTATATTAAAA‑GGt < 1:777958/91‑1 (MQ=255) tGAGAACAATGGTCATGAAGCTGATTTGAATGTACGTATGACTTATTATCATAATGTAAGTCGCAAACAATAGGAAGTTATATTAAAA‑GGt < 2:2789690/91‑1 (MQ=255) aaCAATGGTCATGAAGCTGATTTGAATGTACGTATGACTTATTATCATAATGTAAGTCGCAAACAATAGGAAGTTATATTAAAC‑GGTcgat < 2:803356/91‑4 (MQ=255) tcgcaataaacaactaccctcttaaatcaatttttagataaactgcaaatcataaatttctttattattataagTATTAAAA‑GGTCAAATc > 1:861654‑M1/75‑91 (MQ=255) cAATGGTCATGAAGCTGATTTGAATGTACGTATGACTTATTATCATAATGTAAGTCGCAAACAATAGGAAGTTATATTAAAA‑GGTCAAATc < 1:656779/91‑1 (MQ=255) cAATGGTCATGAAGCTGATTTGAATGTACGTATGACTTATTATCATAATGTAAGTCGCAAACAATAGGAAGTTATATTAAAA‑GGTCAAATc > 1:1860447/1‑91 (MQ=255) cAATGGTCATGAAGCTGATTTGAATGTACGTATGACTTATTATCATAATGTAAGTCGCAAACAATAGGAAGTTATATTAAAA‑GGTCAAATc > 1:1276565/1‑91 (MQ=255) aTGGTCATGAAGCTGATTTGAATGTACGTATGACTTATTATCATAATGTAAGTCGCAAACAATAGGAAGTTATATTAAAA‑GGTCAAATCGa < 2:269445/91‑1 (MQ=255) ggTCATGAAGCTGATTTGAATGTACGTATGACTTATTATCATAATGTAAGTCGCAAACAATAGGAAGTTATATTAAAA‑GGTCAAATCGAcc > 2:3887406/1‑91 (MQ=255) aataaacaactaccctcttaaatcaatttttagataaactgcaaatcataaatttctttattattataagTATTAAAA‑GGTCAAATCGAcc > 1:279005‑M1/71‑91 (MQ=255) cATGAAGCTGATTTGAATGTACGTATGACTTATTATCATAATGTAAGTCGCAAACAATAGGAAGTTATATTAAAA‑GGTCAAATCGACCGtt > 2:2926439/1‑91 (MQ=255) tGAAGCTGATTTGAATGTACGTATGACTTATTATCATAATGTAAGTCGCAAACAATAGGAAGTTATATTAAAA‑GGTCAAATCGACCGtttt < 2:231960/91‑1 (MQ=255) tGAAGCTGATTTGAATGTACGTATGACTTATTATCATAATGTAAGTCGCAAACAATAGGAAGTTATATTAAAA‑GGTCAAATCGACCGtttt < 1:791313/91‑1 (MQ=255) tGAAGCTGATTTGAATGTACGTATGACTTATTATCATAATGTAAGTCGCAAACAATAGGAAGTTATATTAAAA‑GGTCAAATCGACCGtttt > 2:916058/1‑91 (MQ=255) gAAGCTGATTTGAATGTACGTATGACTTATTATCATAATGTAAGTCGCAAACAATAGGAAGTTATATTAAAA‑GGTCAAATCGACCGTTTTa < 1:209220/91‑1 (MQ=255) gaGCTGAGTGGAATGTACGGATGACTTATTAGCATAGGGGAAGTCGGAAACAAGAGGAAGTTATATTAAAA‑GGTCAAATCGGCCGTTTTaa < 2:1365609/90‑1 (MQ=255) cTGATTTGAATGTACGTATGACTTATTATCATAATGTAAGTCGCAAACAATAGGAAGTTATATTAAAA‑GGTCAAATCGACCGTTTTAATAc < 2:2145874/91‑1 (MQ=255) tGATTTGAATGTACGTATGACTTATTATCATAATGTAAGTCGCAAACAATAGGAAGTTATATTAAAA‑GGTCAAATCGACCGTTTTAATACt > 2:1167740/1‑91 (MQ=255) aTTTGAATGTACGTATGACTTATTATCATAATGTAAGTCGCAAACAATAGGAAGTTATATTAAAA‑GGTCAAATCGACCGTTTTAATACTta < 1:2035359/91‑1 (MQ=255) ttGAATGTACGTATGACTTATTATCATAATGTAAGTCGCAAACAATAGGAAGTTATATTAAAA‑GTTCAAATCGACCGTTTTAATACTtata < 2:2242941/91‑1 (MQ=255) ttGAATGTACGTATGACTTATTATCATAATGTAAGTCGCAAACAATAGGAAGTTATATTAAAA‑GGTCAAATCGACCGTTTTAATACTtata > 2:503353/1‑91 (MQ=255) tGAATGTACGTATGACTTATTATCATAAAGTAAGTCGCAAACAATAAGAAGTTATAAAAAAA‑GGTCAATTCGACCGTTTTAATACTTataa < 2:1777523/91‑1 (MQ=255) gAATGTACGTATGACTTATTATCATAATGTAAGTCGCAAACAATAGGAAGTTATATTAAAA‑GGTCAAATCGACCGTTTTAATACTTataat > 1:752576/1‑91 (MQ=255) tGTACGTATGACTTATTATCATAATGTAAGTCGCAAACAATAGGAAGTTATATTAAAA‑GGTCAAATCGACCGTTTTAATACTTataataat > 1:3935441/1‑91 (MQ=255) tGTACGTATGACTTATTATCATAATGTAAGTCGCAAACAATAGGAAGTTATATTAAAA‑GGTCAAATCGACCGTTTTAATACTTataataat > 1:1533645/1‑91 (MQ=255) gTACGTATGACTTATTATCATAATGTAAGTCGCAAACAATAGGAAGTTATATTAAAA‑GGTCAAATCGACCGTTTTAATACTTataataata > 2:2063304/1‑91 (MQ=255) gTACGTATGACTTATTATCATAATGTAAGTCGCAAACAATAGGAAGTTATATTAAAA‑GGTCAAATCGACCGTTTTAATACTTataataata > 1:3255440/1‑91 (MQ=255) gTACGTATGACTTATTATCATAATGTAAGTCGCAAACAATAGGAAGTTATATTAAAA‑GGTCAAATCGACCGTCTTAATACTTataataata > 2:2349599/1‑91 (MQ=255) tACGTATGACTTATTATCATAATGTAAGTCGCAAACAATAGGAAGTTATATTAAAA‑GGTCAAATCGACCGTTTTAATACTTAtaataataa < 2:3155633/91‑1 (MQ=255) aCGTATGACTTATTATCATAATGTAAGTCGCAAACAATAGGAAGTTATATTAAAA‑GGTCAAATCGACCGTTTTAATACTTATAATAATaaa > 2:2669790/1‑91 (MQ=255) cGTATGACTTATTATCATAATGTAAGTCGCAAACAATAGGAAGTTATATTAAAA‑GGTCAAATCGACCGTTTTAATACTTATAATAATAAAg > 2:888214/1‑91 (MQ=255) cGTATGACTTATTATCATAATGTAAGTCGCAAACAATAGGAAGTTATATTAAAA‑GGTCAAATCGACCGTTTTAATACTTATAATAATAAAg > 2:2997947/1‑91 (MQ=255) gTATGACTTATTATCATAATGTAAGTCGCAAACAATAGGAAGTTATATTAAAA‑GGTCAAATCGACCGTTTTAATACTTATAATAATAAAGa < 1:2099493/91‑1 (MQ=255) gTATGACTTATTATCATAATGTAAGTCGCAAACAATAGGAAGTTATATTAAAA‑GGTCAAATCGACCGTTTTAATACTTATAATAATAAAGa < 1:595272/91‑1 (MQ=255) tATGACTTATTATCATAATGTAAGTCGCAAACAATAGGAAGTTATATTAAAA‑GGTCAAATCGACCGTTTTAATACTTATAATAATAAAGaa > 2:68069/1‑91 (MQ=255) tGACTTCTTATCATAATGTAAGTCGCAAACAATAGGAAGTTATATTAAAA‑GGTCAAACCGACCGTTTTAATACTTATAATAATAAAGAAAt > 2:2418902/1‑91 (MQ=255) gACTTATTATCATAATGTAAGTCGCAAACAATAGGAAGTTATATTAATA‑GGTCAAATCGACCGTTTTAATACTTATAATAATAAAGAAAtt < 2:3042864/91‑1 (MQ=255) gACTTATTATCATAATGTAAGTCGCAAACAATAGGAAGTTATATTAAAA‑GGTCAAATCGACCGTTTTAATACTTATAATAATAAAGAAAtt < 2:2877452/91‑1 (MQ=255) cTTATTATCATTATGTAAGTCGAGAACAATAGGAAGTTATATTAAAA‑GGACAAATCGACTGTTTTAATACTTATAATAATAAAGAAATTTa < 2:3012283/91‑1 (MQ=255) cTTATTATCATAATGTAAGTCGCAAACAATAGGAAGTTATATTAAAA‑GGTCAAATCGACCGTTTTAATACTTATAATAATAAAGAAATTTa > 2:1920176/1‑91 (MQ=255) cTTATTATCATAATGTAAGTCGCAAACAATAGGAAGTTATATTAAAA‑GGTCAAATCGACCGTTTTAATACTTATAATAATAAAGAAATTTa > 1:834172/1‑91 (MQ=255) tattatCATAATGTAAGTCGCAAACAATAGGAAGTTATATTAAAA‑GGTCAAATCGACCGTTTTAATACTTATAATAATAAAGAAATTTATg < 2:215153/91‑1 (MQ=255) ttatCATAATGTAAGTCGCAAACAATAGGAAGTTATATTAAAA‑GGTCAAATCGACCGTTTTAATACTTATAATAATAAAGAAATTTATGAt > 1:3746957/1‑91 (MQ=255) atatCATAATGTAAGTCGCAAACAATAGAAAGTTATATTAAAA‑GGTCAAATCGACCGTTTTAATACTTATAATAATAAAGAAATTTATGAt < 2:1296403/90‑1 (MQ=255) tatCATAATGTAAGTCGCAAACAATAGGAAGTTATATTAAAA‑GGTCAAATCGACCGTTCTAATACTTATAATAATAAAGAAATTTATGAtt > 2:3155549/1‑91 (MQ=255) atCATAATGTAAGTCGCAAACAATAGGAAGTTATATTAAAA‑GGTCAAATCGACCGTTTTAATACTTATAATAATAAAGAAATTTATGAttt < 1:1148790/91‑1 (MQ=255) atCATAATGTAAGTCGCAAACAATAGGAAGTTATATTAAAA‑GGTCAAATCGACCGTTTTAATACTTATAATAATAAAGAAATTTATGAttt > 2:3605422/1‑91 (MQ=255) tCATAATGTAAGTCGCAAACAATAGGAAGTTATATTAAAA‑GGTCAAATCGACCGTTTTAATACTTATAATAATAAAGAAATTTATGATTTg > 1:3600368/1‑91 (MQ=255) gTAAGTCGCAAACAATAGGAAGTTATATTAAAA‑GGTCAAATCGACCGTTTTAATACTTATAATAATAAAGAAATTTATGATTTGCAGTTTa < 2:3404788/91‑1 (MQ=255) tAAGTCGCAAACAATAGGAAGTTATATTAAAA‑GGTCAAATCGACCGTTTTAATACTTATAATAATAAAGAAATTTATGATTTGCAGTTTAt < 1:3530944/91‑1 (MQ=255) tAAGTCGCAAACAATAGGAAGTTATATTAAAA‑GGTCAAATCGACCGTTTTAATACTTATAATAATAAAGAAATTTATGATTTGCAGTTTAt < 2:3445710/91‑1 (MQ=255) aaGTCGCAAACAATAGGAAGTTATATTAAAA‑GGTCAAATCGACCGTTTTAATACTTATAATAATATAGAAATTTATGATTTGCAGTTTATc > 1:3691207/1‑91 (MQ=255) aaGTCGCAAACAATAGGAAGTTATATTAAAA‑GGTCAAATCGACCGTTTTAATACTTATAATAATAAAGAAATTTATGATTTGCAGTTTATc > 1:2496271/1‑91 (MQ=255) aaGTCGCAAACAATAGGAAGTTATATTAAAA‑GGTCAAATCGACCGTTTTAATACTTATAATAATAAAGAAATTTATGATTTGCAGTTTATc > 2:557219/1‑91 (MQ=255) catCGCAAACAATAGGAAGTTATATTAAAA‑GGTCAAATCGACCGTTTTAATACTTATAATAATAAAGAAATTTATGATTTGCAGTTTATCt < 1:689065/89‑1 (MQ=255) aGTCGCAAACAATAGGAAGTTATATTAAAA‑GGTCAAATCGACCGTTTTAATACTTATAATAATAAAGAAATTTATGATTTGCAGTTTATCt < 1:2929837/91‑1 (MQ=255) aGTCGCAAACAATAGGAAGTTATATTAAAA‑GGTCAAATCGACCGTTTTAATACTTATAATAATAAAGAAATTTATGATTTGCAGTTTATCt < 2:3753375/91‑1 (MQ=255) aGTCGCAAACAATAGGAAGTTATATTAAAA‑GGTCAAATCGACCGTTTTAATACTTATAATAATAAAGAAATTTATGATTTGCAGTTTATCt < 1:1889762/91‑1 (MQ=255) aGTCGCAAACAATAGGAAGTTATATTAAAA‑GGTCAAATCGACCGTTTTAATACTTATAATAATAAAGAAATTTATGATTTGCAGTTTATCt < 2:2509894/91‑1 (MQ=255) gTCGCAAACAATAGGAAGTTATATTAAAA‑GGTCAAATCGACCGTTTTAATACTTATAATAATAAAGAAATTTATGATTTGCAGTTTATCTa > 2:3808523/1‑91 (MQ=255) tCGCAAACAATAGGAAGTTATATTAAAA‑GGTCAAATCGACCGTTTTAATACTTATAATAATAAAGAAATTTATGATTTGCAGTTTATCTaa > 1:3181903/1‑91 (MQ=255) 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tataTTAAAA‑GGTCAAATCGACCGTTTTAATACTTATAATAATAAAGAAATTTATGATTTGCAGTTTATCTAAAAATTGATTTAAGAGGGt < 2:143040/91‑1 (MQ=255) tataTTAAAA‑GGTCAAATCGACCGTTTTAATACTTATAATAATAAAGAAATTTATGATTTGCAGTTTATCTAAAAATTGATTTAAGAGGGt < 1:3797742/91‑1 (MQ=255) atatTAAAA‑GGTCAAATCGACCGTTTTAATACTTATAATAATAAAGAAATTTATGATTTGCAGTTTATCTAAAAATTGATTTAAGAGGGTa > 2:353986/1‑91 (MQ=255) atatTAAAA‑GGTCAAATCGACCGTTTTAATACTTATAATAATAAAGAAATTTATGATTTGCAGTTTATCTAAAAATTGATTTAAGAGGGTa > 2:3160447/1‑91 (MQ=255) TATTAAAA‑GGTCAAATCGACCGTTTTAATACTTATAATAATAAAGAAATTTATGATTTGCAGTTTATCTAAAAATTGATTTAAGAGGGTAg < 2:484300‑M1/91‑1 (MQ=255) TATTAAAA‑GGTCAAATCGACCGTTTTAATACTTATAATAATAAAGAAATTTATGATTTGCAGTTTATCTAAAAATTGATTTAAGAGGGTAg > 1:2953520‑M1/1‑91 (MQ=255) | AAAGAACGATTGAGAACAATGGTCATGAAGCTGATTTGAATGTACGTATGACTTATTATCATAATGTAAGTCGCAAACAATAGGAAGTTATATTAAAA‑GGTCAAATCGACCGTTTTAATACTTATAATAATAAAGAAATTTATGATTTGCAGTTTATCTAAAAATTGATTTAAGAGGGTAG > USA300TCH1516_ALE/872004‑872184 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |