New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 872094 = | 203 (1.000) | 11 (0.060) | 8/144 | NT | 5.8% | intergenic (+8/‑209) | USA300HOU_RS04260/USA300HOU_RS04265 | hypothetical protein/hypothetical protein |
? | USA300TCH1516_ALE | 872124 = | 177 (0.970) | intergenic (+38/‑179) | USA300HOU_RS04260/USA300HOU_RS04265 | hypothetical protein/hypothetical protein |
Only 100 of 263 total aligned reads displayed.
CTGATTTGAATGTACGTATGACTTATTATCATAATGTAAGTCGCAAACAATAGGAAGTTATATTAAAA‑GGTCAAATCGACCGTTTTAATACTTATAATAATAAAGAAATTTATGATTTGCAGTTTATCTAAAAATTGATTTAAGAGGGTAGTTGTTTATTGCGAAAAATATCATTCAATTT > USA300TCH1516_ALE/872034‑872214 | cTGATTTGAATGTACGTATGACTTATTATCATAATGTAAGTCGCAAACAATAGGAAGTTATATTAAAA‑GGTCAAATCGACCGTTTTAATAc > 2:2729647/1‑91 (MQ=255) tGATTTGAATGTACGTATGACTTATTATCATAATGTAAGTCGCAAACAATAGGAAGTTATATTAAAA‑GGTCAAATCGACCGTTTTAATACt > 2:1167740/1‑91 (MQ=255) gATTTGAATGTACGTATGACTTATTATCATAATGTAAGTCGCAAACAATAGGAAGTTATATTAAAA‑GGTCAAATCGACCGTTTTAATACtt < 2:505342/91‑1 (MQ=255) aTTTGAATGTACGTATGACTTATTATCATAATGTAAGTCGCAAACAATAGGAAGTTATATTAAAA‑GGTCAAATCGACCGTTTTAATACTta < 1:2035359/91‑1 (MQ=255) ttGAATGTACGTATGACTTATTATCATAATGTAAGTCGCAAACAATAGGAAGTTATATTAAAA‑GTTCAAATCGACCGTTTTAATACTtata < 2:2242941/91‑1 (MQ=255) gAATGTACGTATGACTTATTATCATAATGTAAGTCGCAAACAATAGGAAGTTATATTAAAA‑GGTCAAATCGACCGTTTTAATACTTataat > 2:1571626/1‑91 (MQ=255) gAATGTACGTATGACTTATTATCATAATGTAAGTCGCAAACAATAGGAAGTTATATTAAAA‑GGTCAAATCGACCGTTTTAATACTTataat > 1:752576/1‑91 (MQ=255) cttaaatcaatttttagataaactgcaaatcataaatttctttattattataagtattaaaaggtcaaatcgaccgttttaataCTTataa < 1:38594‑M2/7‑1 (MQ=255) aaTGTACGTATGACTTATTATCATAATGTAAGTCGCAAACAATAGGAAGTTATATTAAAA‑GGTCAAATCGACCGTTTTAATACTTataata > 2:1770391/1‑91 (MQ=255) aTGTACGTATGACTTATTATCATAATGTAAGTCGCAAACAATAGGAAGTTATATTAAAA‑GGTCAAATCGACCGTTTTAATACTTataataa < 1:3491489/91‑1 (MQ=255) tGTACGTATGACTTATTATCATAATGTAAGTCGCAAACAATAGGAAGTTATATTAAAA‑GGTCAAATCGACCGTTTTAATACTTataataat < 1:78104/91‑1 (MQ=255) tGTACGTATGACTTATTATCATAATGTAAGTCGCAAACAATAGGAAGTTATATTAAAA‑GGTCAAATCGACCGTTTTAATACTTataataat > 1:1534100/1‑91 (MQ=255) tGTACGTATGACTTATTATCATAATGTAAGTCGCAAACAATAGGAAGTTATATTAAAA‑GGTCAAATCGACCGTTTTAATACTTataataat > 1:3935441/1‑91 (MQ=255) gTACGTATGACTTATTATCATAATGTAAGTCGCAAACAATAGGAAGTTATATTAAAA‑GGTCAAATCGACCGTTTTAATACTTataataata > 2:2063540/1‑91 (MQ=255) 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tattatCATAATGTAAGTCGCAAACAATAGGAAGTTATATTAAAA‑GGTCAAATCGACCGTTTTAATACTTATAATAATAAAGAAATTTATg < 1:3569002/91‑1 (MQ=255) tattatCATAATGTAAGTCGCAAACAATAGGAAGTTATATTAAAA‑GGTCAAATCGACCGTTTTAATACTTATAATAATAAAGAAATTTATg < 2:214842/91‑1 (MQ=255) attatCATAATGTAAGTCGCAAACAATAGGAAGTTATATTAAAA‑GGTCAAATCGACCGTTTTAATACTTATAATAATAAAGAAATTTATGa < 1:2953188/91‑1 (MQ=255) ttatCATAATGTGAGTCGCAAACAATAGGAAGTTATATTAAAA‑GGTCAAATCGACCGTTTTAATACTTATAATAATAAAGAAATTTATGAt > 2:2452840/1‑91 (MQ=255) ttatCATAATGTAAGTCGCAAACAATAGGAAGTTATATTAAAA‑GGTCAAATCGACCGTTTTAATACTTATAATAATAAAGAAATTTATGAt > 1:3746957/1‑91 (MQ=255) ttatCATAATGTAAGTCGCAAACAATAGGAAGTTATATTAAAA‑GGTCAAATCGACCGTTTTAATACTTATAATAATAAAGAAATTTATGAt < 2:3173460/91‑1 (MQ=255) atCATAATGTAAGTCGCAAACAATAGGAAGTTATATTAAAA‑GGTCAAATCGACCGTTTTAATACTTATAATAATAAAGAAATTTATGAttt < 1:1148790/91‑1 (MQ=255) tCATAATGTAAGTCGCAAACAATAGGAAGTTATATTAAAA‑GGTCAAATCGACCGTTTTAATACTTATAATAATAAAGAAATTTATGATTTg > 2:2630212/1‑91 (MQ=255) tCATAATGTAAGTCGCAAACAATAGGAAGTTATATTAAAA‑GGTCAAATCGACCGTTTTAATACTTATAATAATAAAGAAATTTATGATTTg > 1:3536982/1‑91 (MQ=255) cATAATGTAAGTCGCAAACAATAGGAAGTTATATTAAAA‑GGTCAAATCGACCGTTTTAATACTTATAATAATAAAGAAATTTATGATTTGc < 1:1056759/91‑1 (MQ=255) gTAAGTCGCAAACAATAGGAAGTTATATTAAAA‑GGTCAAATCGACCGTTTTAATACTTATAATAATAAAGAAATTTATGATTTGCAGTTTa < 2:3404788/91‑1 (MQ=255) gTAAGTCGCAAACAATAGGAAGTTATAGTAAAA‑GATCAAATCGACCGTTTTAATACTTATAATAATAAAGGAATTTATGATTTGCAGTTTa < 2:2880798/91‑1 (MQ=255) aaGTCGCAAACAATAGGAAGTTATATTAAAA‑GGTCAAATCGACCGTTTTAATACTTATAATAATAAAGAAATTTATGATTTGCAGTTTATc > 1:2494879/1‑91 (MQ=255) catCGCAAACAATAGGAAGTTATATTAAAA‑GGTCAAATCGACCGTTTTAATACTTATAATAATAAAGAAATTTATGATTTGCAGTTTATCt < 1:689065/89‑1 (MQ=255) aGTCGCAAACAATAGGAAGTTATATTAAAA‑GGTCAAATCGACCGTTTTAATACTTATAATAATAAAGAAATTTATGATTTGCAGTTTATCt < 2:909064/91‑1 (MQ=255) aGTCGCAAACAATAGGAAGTTATATTAAAA‑GGTCAAATCGACCGTTTTAATACTTATAATAATAAAGAAATTTATGATTTGCAGTTTATCt < 2:3753375/91‑1 (MQ=255) 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TTAAAA‑GGTCAAATCGACCGTTTTAATACTTATAATAATAAAGAAATTTATGATTTGCAGTTTATCTAAAAATTGATTTAAGAGGGTAgtt < 2:1814438‑M1/91‑1 (MQ=255) TTAAAA‑GGTCAAATCGACCGTTTTAATACTTATAATAATAAAGAAATTTATGATTTGCAGTTTATCTAAAAATTGATTTAAGAGGGTAgtt < 1:1465263‑M1/91‑1 (MQ=255) taaaacggtcgatttgaccttttaataCTTATAATAATAAAGAAATTTATGATTTGCAGTTTATCTAAAAATTGATTTAAGAGGGTAgttg > 1:213793‑M2/28‑91 (MQ=255) AA‑GGTCAAATCGACCGTTTTAATACTTATAATAATAAAGAAATTTATGATTTGCAGTTTATCTAAAAATTGATTTAAGAGGGTAGTTGttt > 2:502339‑M1/1‑91 (MQ=255) AA‑GGTCAAATCGACCGTTTTAATACTTATAATAATAAAGAAATTTATGATTTGCAGTTTATCTAAAAATTGATTTAAGAGGGTAGTTGttt < 1:618870‑M1/91‑1 (MQ=255) ggTCAAATCGACCGTTTTAATACTTATAATAATAAAGAAATTTATGATTTGCAGTTTATCTAAAAATTGATTTAAGAGGGTAGTTGTTTAt < 2:1982402/91‑1 (MQ=255) cggtcgatttgaccttttaataCTTATAATAATAAAGAAATTTATGATTTGCAGTTTATCTAAAAATTGATTTAAGAGGGTAGTTGTTTAt > 1:1944825‑M2/23‑91 (MQ=255) tCAAATCGACCGTTTTAATACTTATAATAATAAAGAAATTTATGATTTGCAGTTTATCTAAAAATTGATTTAAGAGGGTAGTTGTTTATTg > 1:1307164/1‑91 (MQ=255) 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tttaataCTTATAATAATAAAGAAATTTATGATTTGCAGTTTATCTAAAAATTGATTTAAGAGGGTAGTTGTTTATTGCGAAAAATATCAt > 2:858261‑M2/8‑91 (MQ=255) taataCTTATAATAATAAAGAAATTTATGATTTGCAGTTTATCTAAAAATTGATTTAAGAGGGTAGTTGTTTATTGCGAAAAATATCATTc > 1:84551‑M2/6‑91 (MQ=255) ataCTTATAATAATAAAGAAATTTATGATTTGCAGTTTATCTAAAAATTGATTTAAGAGGGTAGTTGTTTATTGCGAAAAATATCATTCaa > 1:2379997‑M2/4‑91 (MQ=255) taCTTATAATAATAAAGAAATTTATGATTTGCAGTTTATCTAAAAATTGATTTAAGAGGGTAGTTGTTTATTGCGAAAAATATCATTCAAt < 1:3462385‑M2/89‑1 (MQ=255) taCTTATAATAATAAAGAAATTTATGATTTGCAGTTTATCTAAAAATTGATTTAAGAGGGTAGTTGTTTATTGCGAAAAATATCATTCAAt > 1:1046829‑M2/3‑91 (MQ=255) aCTTATAATAATAAAGAAATTTATGATTTGCAGTTTATCTAAAAATTGATTTAAGAGGGTAGTTGTTTATTGCGAAAAATATCATTCAAtt > 1:1609138‑M2/2‑91 (MQ=255) | CTGATTTGAATGTACGTATGACTTATTATCATAATGTAAGTCGCAAACAATAGGAAGTTATATTAAAA‑GGTCAAATCGACCGTTTTAATACTTATAATAATAAAGAAATTTATGATTTGCAGTTTATCTAAAAATTGATTTAAGAGGGTAGTTGTTTATTGCGAAAAATATCATTCAATTT > USA300TCH1516_ALE/872034‑872214 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |