| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 893176 = | 178 (0.870) | 15 (0.090) | 9/136 | NT | 8.9% | intergenic (+177/‑73) | trxA_1/metN2 | Thioredoxin/Methionine import ATP‑binding protein MetN 2 |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 893212 = | 155 (0.900) | intergenic (+213/‑37) | trxA_1/metN2 | Thioredoxin/Methionine import ATP‑binding protein MetN 2 | |||||
TCTTTAACAACTTCTTTTAATTCAATCACGTTGATTCCTCCCTGTGTTGCTTAATAAAATAAAAAATGCTTTCTCAATATCGATAGAAAAATTGAGAAAGCA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/893277‑893176‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑attgagaaagcaTTTTTTATTTTATTAAGCAACACAGGGAGGAATCAACGTGATTGAATTAAAAGAAGTTGTTAAAGAATATCGGACTAAAAATAAAGAAGT > USA300TCH1516_ALE/893212‑893301 TCTTTAACAACTTCTTTTAATTCAATCACGTTGATTCCTCCCTGTGTTGCTTAATAAAATAAAAAATGCTTTCTCAATATCGATAGAAAAA > 1:3194486/1‑91 CTTTAACAACTTCTTTTAATTCAATCACGTTGATTCCTCCCTGTGTTGCTTAATAAAATAAAAAATGCTTTCTCAATATCGATAGAAAAAT > 1:3083882/1‑91 CTTTAACAACTTCTTTTAATTCAATCACGTTGATTCCTCCCTGTGTTGCTTAATAAAATAAAAAATGCTTTCTCAATATCGATAGAAAAAT > 1:728461/1‑91 CTTTAACAACTTCTTTTAATTCAATCACGTTGATTCCTCCCTGTGTTGCTTAATAAAATAAAAAATGCTTTCTCAATATCGATAGAAAAAT > 2:1755374/1‑91 TTAACAACTTCTTTTAATTCAATCACGTTGATTCCTCCCTGTGTTGCTTAATAAAATAAAAAATGCTTTCTCAATATCGATAGAAAAATTG < 2:1741334/91‑1 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |