| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 908480 = | 248 (1.220) | 23 (0.120) | 10/146 | NT | 9.7% | intergenic (+192/+43) | USA300HOU_RS04495/USA300HOU_RS04500 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 908515 = | 200 (1.080) | intergenic (+227/+8) | USA300HOU_RS04495/USA300HOU_RS04500 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
AACAAACGATTGATGTTGTTTAAAAAGGATATAGATAAAATCACTATAAACTAGTTATAGATAAAGACAGGTTACTTTTTTAATGTAACTTGTCTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/908576‑908480‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tgtctttATCTATAACTAGTTTATAGTGATTTTATCTATATCCTTTTTAAACAACATCAATCGTTTGTTATCATTATAGACTTCACCGACTTTAGCT > USA300TCH1516_ALE/908515‑908604 AACAAACGATTGATGTTGTTTAAAAAGGATATAGATAAAATCACTATAAACTAGTTATAGATAAAGACAGGTTACTTTTTTAATGTAACTT < 1:1314797/91‑1AACAAACGATTGATGTTGTTTAAAAAGGATATAGATAAAATCACTATAAACTAGTTATAGATAAAGACAGGTTACTTTTTTAATGTAACTT < 2:419036/91‑1 ACAAACGATTGATGTTGTTTAAAAAGGATATAGATAAAATCACTATAAACTAGTTATAGATAAAGACAGGTTACTTTTTTAATGTAACTTG < 2:2378103/91‑1 ACAAACGATTGATGTTGTTTAAAAAGGATATAGATAAAATCACTATAAACTAGTTATAGATAAAGACAGGTTACTTTTTTAATGTAACTTG < 1:3126020/91‑1 ACAAACGATTGATGTTGTTTAAAAAGGATATAGATAAAATCACTATAAACTAGTTATAGATAAAGACAGGTTACTTTTTTAATGTAACTTG > 2:1838101/1‑91 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |