New junction evidence | |||||||||||
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* | ? | USA300TCH1516_ALE | 908480 = | 248 (1.220) | 23 (0.120) | 10/146 | NT | 9.7% | intergenic (+192/+43) | USA300HOU_RS04495/USA300HOU_RS04500 | hypothetical protein/hypothetical protein |
? | USA300TCH1516_ALE | 908515 = | 200 (1.080) | intergenic (+227/+8) | USA300HOU_RS04495/USA300HOU_RS04500 | hypothetical protein/hypothetical protein |
Only 100 of 303 total aligned reads displayed.
ATAGATATAGATTTAGAAATTATAAATTAATATTTGAGATACTGCCTCTTAAAAAAAGACAAGTTACATTAAAAAAGTAACCTGTCTTTATCTAT‑AACTAGTTTATAGTGATTTTATCTATATCCTTTTTAAACAACATCAATCGTTTGTTATCATTATAGACTTCACCGACTTTAGCTG > USA300TCH1516_ALE/908426‑908605 | atagatatagatTTAGAAATTATAAATTAATATTTGAGATACTGCCTCTTAAAAAAAGACAAGTTACATTAAAAAAGTAACCTGTCTTTAt > 2:1362094/1‑91 (MQ=255) agatatagatTTAGAAATTATAAATTAATATTTGAGATACTGCCTCTTAAAAAAAGACAAGTTACATTAAAAAAGTAACCTGTCTTTATCt > 1:1080681/1‑91 (MQ=255) agatatagatTTAGAAATTATAAATTAATATTTGAGATACTGCCTCTTAAAAAAAGACAAGTTACATTAAAAAAGTAACCTGTCTTTATCt > 2:2347253/1‑91 (MQ=255) agatatagatTTAGAAATTATAAATTAATATTTGAGATACTGCCTCTTAAAAAAAGACAAGTTACATTAAAAAAGTAACCTGTCTTTATCt > 1:2144436/1‑91 (MQ=255) gatatagatTTAGAAATTATAAATTAATATTTGAGATACTGCCTCTTAAAAAAAGACAAGTTACATTAAAAAAGTAACCTGTCTTTATCta > 1:2379946/1‑91 (MQ=255) atatagatTTAGAAATTATAAATTAATATTTGAGATACTGCCTCTTAAAAAAAGACGAGTTACATTAAAAAAGTAACCTGTCTTTATCtat > 1:608410/1‑91 (MQ=255) tagatTTAGAAATTATAAATTAATATTTGAGATACTGCCTCTTAAAAAAAGACAAGTTACATTAAAAAAGTAACCTGTCTTTATCTAT‑AAc < 2:1783927/91‑1 (MQ=255) tagatTTAGAAATTATAAATTAATATTTGAGATACTGCCTCTTAAAAAAAGACAAGTTACATTAAAAAAGTAACCTGTCTTTATCTAT‑AAc < 1:2644748/91‑1 (MQ=255) tagatTTAGAAATTATAAATTAATATTTGAGATACTGCCTCTTAAAAAAAGACAAGTTACATTAAAAAAGTAACCTGTCTTTATCTAT‑AAc > 1:2044534/1‑91 (MQ=255) tttAGAAATTATAAATTAATATTTGAGATACTGCCTCTTAAAAAAAGACAAGTTACATTAAAAAAGTAACCTGTCTTTATCTAT‑AACTAGt > 1:386087/1‑91 (MQ=255) ttAGAAATTATAAATTAATATTTGAGATACTGCCTCTTAAAAAAAGACAAGTTACATTAAAAAAGTAACCTGTCTTTATCTAT‑AACTAGtt < 1:3028402/91‑1 (MQ=255) tAGAAATTATAAATTAATATTTGAGATACTGCCTCTTAAAAAAAGACAAGTTACATTAAAAAAGTAACCTGTCTTTATCTAT‑AACTAGttt > 1:2603986/1‑91 (MQ=255) aGAAATTATAAATTAATATTTGAGATACTAAAAAAAAAAAAAAGACAAGTTACATTAAAAAAGTAACCTGTCTTTATCTAT‑AACTAGTTta < 2:3305685/91‑1 (MQ=255) gAAATTATAAATTAATATTTGAGATACTGCCTCTTAAAAAAAGACAAGTTACATTAAAAAAGTAACCTGTCTTTATCTATAAACTAGttat < 1:3812378/91‑3 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |