| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 908480 = | 248 (1.220) | 23 (0.120) | 10/146 | NT | 9.7% | intergenic (+192/+43) | USA300HOU_RS04495/USA300HOU_RS04500 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 908515 = | 200 (1.080) | intergenic (+227/+8) | USA300HOU_RS04495/USA300HOU_RS04500 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 318 total aligned reads displayed.
ATAAAGTATAGATATAGATTTAGAAATAGATAAAGTATAGATATAGATTTAGAAATTATAAATTAATATTTGAGATACTGCCTCTTAAAAAAAGACAAGTTACATTAAAAAAGTAACCTGTCTTTATCTATAACTAGTTTATAGTGATTTTATCTATATCCTTTTTAAACAACATCAATCG > USA300TCH1516_ALE/908390‑908570 | agctaaagtcggtgaagtctataatgataacaaacgattgatgttgtttaaaaaggatatagataaaatcactataaactagttatagata < 1:1515043‑M1/1‑1 (MQ=255)agctaaagtcggtgaagtctataatgataacaaacgattgatgttgtttaaaaaggatatagataaaatcactataaactagttatagata < 2:313200‑M1/1‑1 (MQ=255) tAAAGTATAGATATAGATTTAGAAATAGATAAAGTATAGATATAGATTTAGAAATTATAAATTAATATTTGAGATACTGCCTCTTaaaaaa < 2:600191/91‑1 (MQ=255) ctaaagtcggtgaagtctataatgataacaaacgattgatgttgtttaaaaaggatatagataaaatcactataaactagttatagataaa > 2:3742233‑M1/89‑91 (MQ=255) ctaaagtcggtgaagtctataatgataacaaacgattgatgttgtttaaaaaggatatagataaaatcactataaactagttatagagaaa < 1:3064314‑M1/3‑1 (MQ=255) aaaGTATAGATATAGATTTAGAAATAGATAAAGTATAGATATAGATTTAGAAATTATAAATTAATATTTGAGATACTGCCTCTTaaaaaaa > 2:1578060/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |