| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 909579 | 200 (0.980) | 25 (0.140) | 10/144 | NT | 12.4% | intergenic (‑502/‑532) | USA300HOU_RS04500/csbD_1 | hypothetical protein/Stress response protein CsbD |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 909596 | 172 (0.940) | intergenic (‑519/‑515) | USA300HOU_RS04500/csbD_1 | hypothetical protein/Stress response protein CsbD | |||||
TATATCTTGATAACATAGAGTTGTTATAGTCGCTACGCCACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACAC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/909482‑909579‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaccacacTCCTAAATTAATAGGTGGTGTGGTTTGATCATTTATAATATAACATAAAAACAACCACCCAGTAACTAGTATGAGTGGCGTAGCGACTAT < USA300TCH1516_ALE/909596‑909507 TATATCTTGATAACATAGAGTTGTTATAGTCGCTACGCCACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAA > 1:3044193/1‑91TATATCTTGATAACATAGAGTTGTTATAGTCGCTACGCCACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAA < 1:2755835/91‑1TATATCTTGATAACATAGAGTTGTTATAGTCGCTACGCCACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAA > 2:2861741/1‑91 ATATCTTGATAACATAGAGTTGTTATAGTCGCTACGCCACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAA > 1:3580670/1‑91 ATATCTTGATAACATAGAGTTGTTATAGTCGCTACGCCACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAA < 1:654311/91‑1 ATATCTTGATAACATAGAGTTGTTATAGTCGCTACGCCACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAA < 2:2955287/91‑1 ATATCTTGATAACATAGAGTTGTTATAGTCGCTACGCCACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTACAAATGATCAAA > 1:3580827/1‑91 TATCTTGATAACATAGAGTTGTTATAGTCGCTACGCCACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAAC > 2:1255390/1‑91 TATCTTGATAACATAGAGTTGTTATAGTCGCTACGCCACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAAC > 2:1260080/1‑91 TATCTTGATAACATAGAGTTGTTATAGTCGCTACGCCACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAAC > 1:3007978/1‑91 TATCTTGATAACATAGAGTTGTTATAGTCGCTACGCCACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAAC > 1:2963268/1‑91 TATCTTGATAACATAGAGTTGTTATAGTCGCTACGCCACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAAC < 1:1789180/91‑1 ATCTTGATAACATCGAGTTGTTATAGTCGCTACGCCACTCATAGTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACC < 1:3959415/91‑1 ATCTTGATAACATAGAGTTGTTATAGTCGCTACGCCACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACC < 1:2716029/91‑1 TCTTGATAACATAGAGTTGTTATAGTCGCTACGCCACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCA < 1:3591990/91‑1 CTTGATAACATAGAGTTGTTATAGTCGCTACGCCACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCAC > 1:3810714/1‑91 TTGATAACATAGAGTTGTTATAGTCGCTACGCCACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACA < 2:3266983/91‑1 TTGATAACATAGAGTTGTTATAGTCGCTACGCCACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACA > 1:557205/1‑91 TTGATAACATAGAGTTGTTATAGTCGCTACGCCACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACA < 2:1119014/91‑1 TTGATAACATAGAGTTGTTATAGTCGCTACGCCACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACA > 1:766586/1‑91 TGTTATAGTCGCTACGCCACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACTCCTAAATTAATAG < 1:2258625/91‑1 TGTTATAGTCGCTACGCCACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACTCCTAAATTAATAG < 2:2344195/91‑1 GTTATAGTCGCTACGCCACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACTCCTAAATTAATAGG < 1:842313/91‑1 GTTATAGTCGCTACGCCACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACTCCTAAATTAATAGG < 1:3658597/91‑1 GTTATAGTCGCTACGCCACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACTCCTAAATTAATAGG < 1:699269/91‑1 GTTATAGTCGCTACGCCACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACTCCTAAATTAATAGG < 2:2426688/91‑1 GTTATAGTCGCTACGCCACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACTCCTAAATTAATAGG < 1:1771368/91‑1 tcATAGTCGCTACGCCACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACTCCTAAATTAATAGGT < 1:3685301/89‑1 TTATAGTCGCTACGCCACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACTCCTAAATTAATAGGT < 1:2960593/91‑1 TTATAGTCGCTACGCCACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACTCCTAAATTAATAGGT < 1:2779150/91‑1 TTATAGTCGCTACGCCACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACTCCTAAATTAATAGGT < 1:654331/91‑1 TTATAGTCGCTACGCCACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACACCTAAATTAATAGGT < 2:1593911/91‑1 TTAGAGTCGCTACGCCACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATTAATGATCAAACCACACTCCTAAATTAATAGGT < 2:3878144/91‑1 TATAGTCGCTACGCCACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACTCCTAAATTAATAGGTG < 2:562280/91‑1 TATAGTCGCTACGCCACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTATATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACTCCTAAATTAATAGGTG < 2:2543150/91‑1 ATAGTCGCTACGCCACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACTCCTAAATTAATAGGTGG < 1:3895810/91‑1 TAGTCGCTACGCCACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATCTTATAAATGATCAAACCACACTCCTAAATTAATAGGTGGT < 2:3245321/91‑1 TAGTCGCTACGCCACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACTCCTAAATTAATAGGTGGT < 1:444251/91‑1 TAGTCGCTACGCCACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACTCCTAAATTAATAGGTGGT < 2:3665199/91‑1 TAGTCGCTACGCCACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACTCCTAAATTAATAGGTGGT < 1:444377/91‑1 AGTCGCTACGCCACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACTCCTAAATTAATAGGTGGTG < 1:2137191/91‑1 TCGCTACGCCACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACTCCTAAATTAATAGGTGGTGTG < 2:945068/91‑1 TCGCTACGCCACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACTCCTAAATTAATAGGTGGTGTG < 1:720645/91‑1 ATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACTCCTAAATTAATAGGTGGTGTGGTTTGATCATTTAT > 1:1671406/1‑91 AGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACTCCTAAATTAATAGGTGGTGTGGTTTGATCATTTATAATAT < 1:2396735/91‑1 AACCACACTCCTAAATTAATAGGTGGTGTGGTTTGATCATTTATAATATAACATAAAAACAACCACCCAGTAACTAGTATGAGTGGCGTAG > 1:1332667/1‑91 AACCACACTCCTAAATTAATAGGTGGTGTGGTTTGATCATTTATAATATAACATAAAAACAACCACCCAGTAACTAGTATGAGTGGCGTAG < 2:895691/91‑1 AACCACACTCCTAAATTAATAGGTGGTGTGGTTTGATCATTTATAATATAACATAAAAACAACCACCCAGTAACTAGTATGAGTGGCGTAG < 1:296140/91‑1 AACCACACTCCTAAATTAATAGGTGGTGTGGTTTGATCATTCATAATATAACATAAAAACAACCACCCAGTAACTAGTATGAGTGGCGTAG > 1:3421668/1‑91 ACCACACTCCTAAATTAATAGGTGGTGTGGTTTGATCATTTATAATATAACATAAAAACAACCACCCAGTAACTCGTATGAGTGGCGTAGC > 2:3030746/1‑91 ACCACACTCCTAAATTAATAGGTGGTGTGGTTTGATCATTTATAATATAACATAAAAACAACCACCCAGTAACTAGTATGAGTGGCGTAGC < 2:1357830/91‑1 ACCACACTCCTAAATTAATAGGTGGTGTGGTTTGATCATTTATAATATAACATAAAAACAACCACCCAGTAACTAGTATGAGTGGCGTAGC > 2:1968871/1‑91 ACCACACTCCTAAATTAATAGGTGGTGTGGTTTGATCATTTATAATATAACATAAAAACAACCACCCAGTAACTAGTATGAGTGGCGTAGC > 2:1968937/1‑91 ACCACACTCCTAAATTAATAGGTGGTGTGGTTTGATCATTTATAATATAACATAAAAACAACCACCCAGTAACTAGTATGAGTGGCGTAGC > 2:2168072/1‑91 ACCACACTCCTAAATTAATAGGTGGTGTGGTTTGATCATTTATAATATAACATAAAAACAACCACCCAGTAACTAGTATGAGTGGCGTAGC > 1:2621375/1‑91 ACCACACTCCTAAATTAATAGGTGGTGTGGTTTGATCATTTATAATATAACATAAAAACAACCACCCAGTAACTAGTATGAGTGGCGTAGC < 1:2213661/91‑1 ACCACACTCCTAAATTAATAGGTGGTGTGGTTTGATCATTTATAATACAACATAAAAACAACCACCCAGTAACTAGTCTGAGTGGCGTAGC > 1:3953760/1‑91 CCACACTCCTAAATTAATAGGTGGTGTGGTTTGATCATTTATAATATAACATAAAAACAACCACCCAGTAACTAGTATGAGTGGCGTAGCG > 1:1692706/1‑91 CCACACTCCTAAATTAATAGGTGGTGTGGTTTGATCATTTATAATATAACATAAAAACAACCACCCAGTAACTAGTATGAGTGGCGTAGCG < 1:2709993/91‑1 CACACTCCTAAATTAATAGGTGGTGTGGTTTGATCATTTATAATATAACATAAGAACAACCACCCAGTAACTAGTATGAGTGGCGTAGCGA < 2:1537179/91‑1 CACACTCCTAAATTAATAGGTGGTGTGGTTTGATCATTTATAATATAACATAAAAACAACCACCCAGTAACTAGTATGAGTGGCGTAGCGA > 2:501132/1‑91 CACACTCCTAAATTAATAGGTGGTGTGGTTTGATCATTTATAATATAACATAAAAACAACCACCCAGTAACTAGTATGAGTGGCGTAGCGA < 1:1407465/91‑1 ACACTCCTAAATTAATAGGTGGTGTGGTTTGATCATTTATAATATAACATAAAAACAACCACCCAGTAACTAGTATGAGTGGCGTAGCGAC > 2:2914353/1‑91 ACACTCCTAAATTAATAGGTGGTGTGGTTTGATCATTTATAATATAACATAAAAACAACCACCCAGTAACTAGTATGAGTGGCGTAGCGAC < 1:2347957/91‑1 ACACTCCTAAATTAATAGGTGGTGTGGTTTGATCATTTATAATATAACATAAAAACAACCACCCAGTAACTAGTATGAGTGGCGTAGCGAC < 1:2348101/91‑1 ACACTCCTAAATTAATAGGTGGTGTGGTTTGATCATTTATAATATAACATAAAAACAACCACCCAGTAACTAGTATGAGTGGCGTAGCGAC > 2:3180659/1‑91 ACACTCCTAAATTAATAGGTGGTGTGGTTTGATCATTTATAATATAACATAAAAACAACCACCCAGTAACTAGTATGAGTGGCGTAGCGAC > 2:1311656/1‑91 CACTCCTAAATTAATAGGTGGTGTGGTTTGATCATTTATAATATAACATAAAAACAACCACCCAGTAACTAGTATGAGTGGCGTAGCGACT < 1:2143241/91‑1 CTCCTAAATTAATAGGTGGTGTGGTTTGATCATTTATAATCTAACATAAAAACAACCACCCCGTAACTAGTATGAGTGGCGTAGCGACTAT > 2:2645496/1‑91 TATATCTTGATAACATAGAGTTGTTATAGTCGCTACGCCACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACAC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/909482‑909579‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaccacacTCCTAAATTAATAGGTGGTGTGGTTTGATCATTTATAATATAACATAAAAACAACCACCCAGTAACTAGTATGAGTGGCGTAGCGACTAT < USA300TCH1516_ALE/909596‑909507 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |