| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 909579 | 200 (0.980) | 25 (0.140) | 10/144 | NT | 12.4% | intergenic (‑502/‑532) | USA300HOU_RS04500/csbD_1 | hypothetical protein/Stress response protein CsbD |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 909596 | 172 (0.940) | intergenic (‑519/‑515) | USA300HOU_RS04500/csbD_1 | hypothetical protein/Stress response protein CsbD | |||||
Only 100 of 251 total aligned reads displayed.
TATAGTCGCTACGCCACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACCACCTATTAATTTAGGAGTGTGGTTGTTTTCAAGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAA > USA300TCH1516_ALE/909506‑909686 | tataGTCGCTACGCCACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACCACCTATTAATTTAGGa > 1:1522416/1‑91 (MQ=255)tataGTCGCTACGCCACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACCACCTATTAATTTAGGa < 2:3450837/91‑1 (MQ=255) ataGTCGCTACGCCACTCATACTAGTTACGGGGTGGTTGTTTTTATGTTAGATTATAAATGATCAAACCACACCACCTATTAATTTAGGAg > 2:2645496‑M2/1‑90 (MQ=255) aGTCGCTACGCCACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACCACCTATTAATTTAGGAgtg < 1:2143241‑M2/91‑4 (MQ=255) gTCGCTACGCCACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACCACCTATTAATTTAGGAgtgt > 2:3180659‑M2/1‑87 (MQ=255) gTCGCTACGCCACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACCACCTATTAATTTAGGAgtgt > 2:1311656‑M2/1‑87 (MQ=255) 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tataAATGATCAAACCACACCACCTATTAATTTAGGAGTGTGGTTGTTTTCAAGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAg < 1:2719553/91‑1 (MQ=255) aaaTGATCAAACCACACCACCTATTAATTTAGGAGTGTGGTTGTTTTCAAGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGt > 1:165108/1‑91 (MQ=255) aaaTGATCAAACCACACCACCTATTAATTTAGGAGTGTGGTTGTTTTCAAGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGt > 2:581276/1‑91 (MQ=255) aaaTGATCAAACCACACCACCTATTAATTTAGGAGTGTGGTTGTTTTCAAGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGt > 1:2965005/1‑91 (MQ=255) aaTGATCAAACCACACCACCTATTAATTTAGGAGTGTGGTTGTTTTCAAGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTa < 1:1271219/91‑1 (MQ=255) aaTGATCAAACCACACCACCTATTAATTTAGGAGTGTGGTTGTTTTCAAGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTa > 2:2532039/1‑91 (MQ=255) aaTGATCAAACCACACCACCTATTAATTTAGGAGTGTGGTTGTTTTCAAGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTa < 1:684826/91‑1 (MQ=255) aTGATCAAACCACACCACCTATTAATTTAGGAGTGTGGTTGTTTTCAAGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTAt > 2:2468987/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |