| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 909579 | 200 (0.980) | 25 (0.140) | 10/144 | NT | 12.4% | intergenic (‑502/‑532) | USA300HOU_RS04500/csbD_1 | hypothetical protein/Stress response protein CsbD |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 909596 | 172 (0.940) | intergenic (‑519/‑515) | USA300HOU_RS04500/csbD_1 | hypothetical protein/Stress response protein CsbD | |||||
Only 100 of 310 total aligned reads displayed.
GATAACATAGAGTTGTTATAGTCGCTACGCCACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACCACCTATTAATTTAGGAGTGTGGTTGTTTTCAAGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTAT > USA300TCH1516_ALE/909490‑909669 | gATAACATAGAGTTGTTATAGTCGCTACGCCACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAaccacacc > 1:299024/1‑91 (MQ=255) tAACATAGAGTTGTTATAGTCGCTACGCCACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAaccacaccac < 2:548419/91‑1 (MQ=255) tAACATAGAGTTGTTATAGTCGCTACGCCACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAaccacaccac > 1:48502/1‑91 (MQ=255) aaCATAGAGTTGTTATAGTCGCTACGCCACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACaccacc < 1:141181/91‑1 (MQ=255) aaCATAGAGTTGTTATAGTCGCTACGCCACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACaccacc > 1:2854484/1‑91 (MQ=255) aCATAGAGTTGTTATAGTCGCTACGCCACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACCACCt < 1:85198/91‑1 (MQ=255) aCATAGAGTTGTTATAGTCGCTACGCCACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACCACCt > 1:3631572/1‑91 (MQ=255) cATAGAGTTGTTATAGTCGCTACGCCACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACCACCTa > 2:490042/1‑91 (MQ=255) cATAGAGTTGTTATAGTCGCTACGCCACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACCACCTa < 1:450692/91‑1 (MQ=255) cATAGAGTTGTTATAGTCGCTACGCCACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACCACCTa < 1:2243920/91‑1 (MQ=255) aTAGAGTTGTTATAGTCGCTACGCCACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACCACCTAt > 1:3398759/1‑91 (MQ=255) gagTTGTTATAGTCGCTACGCCACTCCTACTAGTTACTGGGTGGATGTTTATATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACCACCTATTaa > 2:2721887/1‑91 (MQ=255) gagTTGTTATAGTCGCTACGCCACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATATATGATCAAACCACACCGCCTATTaa > 2:3432023/1‑91 (MQ=255) gagTTGTTATAGTCGCTACGCCACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACCACCTATTaa < 2:3722908/91‑1 (MQ=255) gagTTGTTATAGTCGCTACGCCACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACCACCTATTaa > 1:3094630/1‑91 (MQ=255) gagTTGTTATAGTCGCTACGCCACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACCACCTATTaa > 2:940671/1‑91 (MQ=255) gagTTGTTATAGTCGCTACGCCACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACCACCTATTaa < 1:2371490/91‑1 (MQ=255) agTTGTTGTAGTCGCTACGCCACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACCACCTATTAAt < 2:3498716/91‑1 (MQ=255) agTTGTTATAGTCGCTACGCCACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACCACCTATTAAt > 1:1245650/1‑91 (MQ=255) ttgttATAGTCGCTACGCCACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACCACCTATTAAttt > 2:1998627/1‑91 (MQ=255) tgttATAGTCGCTACGCCACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACCACCTATTAATTTa < 1:1098043/91‑1 (MQ=255) gttATAGTCGCTACGCCACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACtcctaaattaatagg < 1:1771368‑M1/91‑16 (MQ=255) gttATAGTCGCTACGCCACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACtcctaaattaatagg < 1:699269‑M1/91‑16 (MQ=255) gttATAGTCGCTACGCCACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACCACCTATTAATTTAg > 1:442379/1‑91 (MQ=255) ttATAGTCGCTACGCCACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACtcctaaattaataggt < 1:2960593‑M1/91‑17 (MQ=255) ttATAGTCGCTACGCCACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACtcctaaattaataggt < 1:654331‑M1/91‑17 (MQ=255) ttATAGTCGCTACGCCACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACacctaaattaataggt < 2:1593911‑M1/91‑17 (MQ=255) ttAGAGTCGCTACGCCACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATTAATGATCAAACCACACtcctaaattaataggt < 2:3878144‑M1/91‑17 (MQ=255) tataGTCGCTACGCCACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACCACCTATTAATTTAGGa > 1:1522415/1‑91 (MQ=255) taGTCGCTACGCCACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACtcctaaattaataggtggt < 1:444377‑M1/91‑20 (MQ=255) gTCGCTACGCCACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACCACCTATTAATTTAGGAgtgt > 2:3180659‑M2/1‑87 (MQ=255) gTCGCTACGCCACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACCACCTATTAATTTAGGAgtgt > 2:1311656‑M2/1‑87 (MQ=255) tCGCTACGCCACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTCTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACCACCTATTAATTTAGGAgtgtg < 2:1537179‑M2/91‑6 (MQ=255) gCTACGCCACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACCACCTATTAATTTAGGAgtgtggt > 2:1968871‑M2/1‑84 (MQ=255) gCTACGCCACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACCACCTATTAATTTAGGAgtgtggt < 1:2213661‑M2/91‑8 (MQ=255) tACGCCACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACCACCTATTAATTTAGGAGTGTGgttg < 1:2097608/91‑1 (MQ=255) tACGCCACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACCACCTATTAATTTAGGAGTGTGgttg > 2:3818651/1‑91 (MQ=255) cGCCACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACCACCTATTAATTTAGGAGTGTGgttgtt > 1:3879431/1‑91 (MQ=255) ccACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACCACCTATTAATTTAGGAGTGTGGTTGtttt < 1:3211798/91‑1 (MQ=255) ccACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACCACCTATTAATTTAGGAGTGTGGTTGtttt > 2:2864442/1‑91 (MQ=255) aCTCATACTAGTTACTGGGTGGCAGTTTTTACGTTATATTATACACGATCCCACCACACCTCTTTTTTATTCAGGAGTGTGGTTGTTTTcc > 2:784488/1‑90 (MQ=255) aTACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACCACCTATTAATTTAGGAGTGTGGTTGTTTTaaaaaa < 2:1397659/91‑4 (MQ=255) tACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACCACCTATTAATTTAGGAGTGTGGTTGTTTTCAAGGGc < 1:157828/91‑1 (MQ=255) tACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACCACCTATTAATTTAGGAGTGTGGTTGTTTTCAAGGGc > 1:2196125/1‑91 (MQ=255) cTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACCACCTATTAATTTAGGAGTGTGGTTGTTTTCAAGGGCaa > 1:981028/1‑91 (MQ=255) cTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGATATATTATAAATGATCAAACCACACCACCTATTAATTTAGGAGTGTGGTTGTTTTCAAGGGCaa > 2:2251535/1‑91 (MQ=255) ttACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACCACCTATTAATTTAGGAGTGTGGTTGTTTTCAAGGGCaaaaaa > 1:1532111/1‑91 (MQ=255) aCTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACCACCTATTAATTTAGGAGTGTGGTTGTTTTCAAGGGCAAAAAAAg > 1:1013740/1‑91 (MQ=255) tGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACCACCTATTAATTTAGGAGTGTGGTTGTTTTCAAGGGCAAAAAAAggg > 2:2555123/1‑91 (MQ=255) tggtTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACCACCTATTAATTTAGGAGTGTGGTTGTTTTCAAGGGCAAAAAAAGGGCATa > 1:2121925/1‑91 (MQ=255) tggtTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACCACCTATTAATTTAGGAGTGTGGTTGTTTTCAAGGGCAAAAAAAGGGCATa > 1:3226679/1‑91 (MQ=255) gttgttTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACCACCTATTAATTTAGGAGTGTGGTTGTTTTCAAGGGCAAAAAAAGGGCATAAt > 1:2770660/1‑91 (MQ=255) ttgttTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACCACCTATTAATTTAGGAGTGTGGTTGTTTTCAAGGGCAAAAAAAGGGCATAAtt > 2:1910487/1‑91 (MQ=255) ttgttTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACCACCTATTAATTTAGGAGTGTGGTTGTTTTCAAGGGCAAAAAAAGGGCATAAtt > 2:1293128/1‑91 (MQ=255) 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caccacCTATTAATTTAGGAgtgtggtttgatcatttataatataacataaaaacaaccacccagtaactagtatgagtggcgtagcgact < 1:2137191‑M2/91‑72 (MQ=255) caccacCTATTAATTTAGGAGTGTGGTTGTTTTCAAGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAAtt > 2:122951/1‑91 (MQ=255) accaccTATTAATTTAGGAgtgtggtttgatcatttataagataacataaaaacaaccacccagtaactagtatgagtggcgtagcgacta < 2:3245321‑M2/91‑73 (MQ=255) accaccTATTAATTTAGGAGTGTGGTTGTTTTCAAGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTa > 1:1148299/1‑91 (MQ=255) ccaccTATTAATTTAGGAgtgtggtttgatcatttataatataacataaaaacaaccacccagtaactagtatgagtggcgtagcgactat < 1:3895810‑M2/91‑74 (MQ=255) ccaccTATTAATTTAGGAGTGTGGTTGTTTTCAAGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTAt > 1:3478168/1‑91 (MQ=255) | GATAACATAGAGTTGTTATAGTCGCTACGCCACTCATACTAGTTACTGGGTGGTTGTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACCACCTATTAATTTAGGAGTGTGGTTGTTTTCAAGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTAT > USA300TCH1516_ALE/909490‑909669 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |