| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 924496 | 197 (0.970) | 20 (0.110) | 11/144 | NT | 10.0% | coding (795/918 nt) | lipA_1 | Lipoyl synthase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 924511 | 183 (1.000) | coding (810/918 nt) | lipA_1 | Lipoyl synthase | |||||
TAACGATTGGTCAATATTTACAACCTTCACGTAAACATTTAAAGGTTCAAAAATATTACACGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAATG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/924399‑924496‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tggcaatgTTTAAACCCTTTATCCATTGCCACTTTTCTTAATTTACCAAACTCTAAAGGCGTGTAATATTTTTGAACCTTTAAATGTTTACGTGAAGG < USA300TCH1516_ALE/924511‑924422 TAACGATTGGTCAATATTTACATTCTTCACGTAAACATTTAAAGGTTCAGAAATATTACGCGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGT < 2:3008717/91‑1TAACGATTGGTCAATATTTACAACCTTCACGTAAACATTTAAAGGTTCAAAAATATTACACGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGT > 2:2033061/1‑91TAACGATTGGTCAATATTTACAACCTTCACGTAAACATTTAAAGGTTCAAAAATATTACACGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGT > 2:1989757/1‑91TAACGATTGGTCAATATTTACAACCTTCACGTAAACATTTAAAGCTTAAAAAATATTACACGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGT < 2:3540322/91‑1 AACGATTGGTCAATATTTACAACCTTCACGTAAACATTTAAAGGTTCAAAAATATTACACGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTG < 2:979570/91‑1 AACGATTGGTCAATATTTACAACCTTCACGTAAACATTTAAAGGTTCAAAAATATTACACGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTG < 2:1885359/91‑1 AACGATTGGTCAATATTTACAACCTTCACGTAAACATTTAAAGGTTCAAAAATATTACACGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTG < 2:1498871/91‑1 ACGATTGGTCAATATTTACAACCTTCACGTAAACATTTAAAGGTTCAAAAATATTACACGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGG > 1:2020079/1‑91 ACGATTGGTCAATATTTACAACCTTCACGTAAACATTTAAAGGTTCAAAAATATTACACGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGG > 1:871262/1‑91 ACGATTGGTCAATATTTACAACCTTCACGTAAACATTTAAAGGTTCAAAAATATTACACGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGG > 1:822676/1‑91 ACGATTGGTCAATATTTACAACCTTCACGTAAACATTTAAAGGTTCAAAAATATTACACGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGG < 1:3601089/91‑1 CGATTGGTCAATATTTACAACCTTCACGTAAACATTTAAAGGTTCAAAAATATTACACGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGC > 2:1583274/1‑91 CGATTGGTCAATATTTACAACCTTCACGTAAACATTTAAAGGTTCAAAAATATTACACGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGC > 1:81750/1‑91 CGAGTGGTCTATATTTACAACCTTCACGTAAACATTTAAAGGTTCAAAAATATTACACGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGC < 1:3551781/91‑1 GATTGGTCAATATTTACAACCTTCACGTAAACATTTAAAGGTTCAAAAATATTACACGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCA < 2:2347392/91‑1 GATTGGTCAATATTTACAACCTTCACGTAAACATTTAAAGGTTCAAAAATATTACACGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCA > 1:1171685/1‑91 GATTGGTCAATATTTACAACCTTCACGTAAACATTTAAAGGTTCAAAAATATTACACGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCA < 2:1220343/91‑1 GATTGGTCAATATTTACAACCTTCACGTAAACATTTAAAGGTTCAAAAATATTACACGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCA > 1:2356931/1‑91 ATTGGTCAATATTTACAACCTTCACGTAAACATTTAAAGGTTCAAAAATATTACACGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAA < 2:3459855/91‑1 ATTGGTCAATATTTACAACCTTCACGTAAACATTTAAAGGTTCAAAAATATTACACGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAA < 2:2793401/91‑1 ATTGGTCAATATTTACAACCTTCACGTAAACATTTAAAGGTTCAAAAATATTACACGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAA > 2:3658151/1‑91 ATTGGTCAATATTTACAACCTTCACGTAAACATTTAAAGGTTCAAAAATATTACACGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAA > 2:133810/1‑91 TTGGTCAATATTTACAACCTTCACGTAAACATTTAAAGGTTCAAAAATATTACACGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAAT < 1:679290/91‑1 TTGGTCAATATTTACAACCTTCACGTAAACATTTAAAGGTTCAAAAATATTACACGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAAT < 1:679276/91‑1 TTGGTCAATATTTACAACCTTCACGTAAACATTTAAAGGTTCAAAAATATTACACGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAAT > 2:1327263/1‑91 TTGGTCAATATTTACAACCTTCACGTAAACATTTAAAGGTTCAAAAATATTACACGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAAT < 2:1975939/91‑1 TACAACCTTCACGTAAACATTTAAAGGTTCAAAAATATTACACGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAATGTTTAAACCCTT < 2:3803282/91‑1 ACAACCTTCACGTAAACATTTAAAGGTTCAAAAATATTACACGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGATAAGTGGCAATGTTTAAACCCTTT < 2:3574422/91‑1 AACCTTCACGTAAACATTTAAAGGTTCAAAAATATTACACGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGCAAAGTGGCAATGTTTAAACCCTTTAT < 2:2243670/91‑1 AACCTTCACGTAAACATTTAAAGGTTCAAAAATATTACACGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAATGTTTAAACCCTTTAT < 1:2514190/91‑1 AACCTTCACGTAAACATTTAAAGGTTCAAAAATATTACACGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAATGTTTAAACCCTTTAT < 1:1775065/91‑1 AACCTGCACGTAAACATTTAGAGGTTCAAAAATATTACACGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAATGTTTAAACCCTTTAT < 2:504173/91‑1 AACCTACACGTAAACATTTAAAGGTTCAAAAATATTACACGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAATGTTTAAACCCTTTAT < 2:3655640/91‑1 ACCTTCACGTAAACATTTAAAGGTTCAAAAATATTACACGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAATGTTTAAACCCTTTATC < 2:1526125/91‑1 ACCTTCACGTAAACATTTAAAGGTTCAAAAATATTACACGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAATGTTTAAACCCTTTATC < 1:3017835/91‑1 ACCTTCACGTAAACATTTAAAGGTTCAAAAATATTACACGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAATGTTTAAACCCTTTATC < 1:459075/91‑1 ACCTTCACGTAAACATTTAAAGGTTCAAAAATATTACACGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAATGTTTAAACCCTTTATC < 2:721379/91‑1 ACCTTCACGTAAACATTTAAAGGTTCAAAAATATTACACGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAATGTTTAAACCCTTTATC < 1:3941363/91‑1 CCTTCACGTAAACATTTAAAGGTTCAAAAATATTACACGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAATGTTTAAACCCTTTATCC < 2:2762692/91‑1 CTTCACGTAAACATTTAAAGGTTCAAAAATATTACACGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAATGTTTAAACCCTTTATCCA < 1:2342505/91‑1 TTCACGTAAACATTTAAAGGTTCAAAAATATTACACGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAATGTTTAAACCCTTTATCCAT < 1:870810/91‑1 CACGTAAACATTTAAAGGTTCAAAAATATTACACGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAATGTTTAAACCCTTTATCCATTG < 2:1750929/91‑1 CACGTAAACATTTAAAGGTTCAAAAATA‑TACACGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAATGTTTAAACCCTTTATCCATTGC < 2:973195/91‑1 ACGTAAACATTTAAAGGTTCAAAAATATTACACGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAATGTTTAAACCCTTTATCCATTGC < 2:3493459/91‑1 AAACATTTAAAGGTTCAAAAATATTACACGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAATGTTTAAACCCTTTATCCATTGCCACT < 2:803525/91‑1 TTTAAAGGTTCAAAAATATTACACGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAATGTTTAAACCCTTTATCCATTGCCACTTTTCT < 1:2970918/91‑1 TGGCAATGTTTAAACCCTTTATCCATTGCCACTTTTCTTAATTTACCAAACTCTAAAGGCGTGTAATATTTTTGAACCTTTAAATGTTTAC > 2:1505379/1‑91 GGCAATGTTTAAACCCTTTATCCATTGCCACTTTTCTTAATTTACCAAACTCTAAAGGCGTGTAATATTTTTGTTCCTTTTTTTGTTTACG > 2:2441097/1‑91 GGCAATGTTTAAACCCTTTATCCATTGCCACTTTTCTTAATTTACCAAACTCTAAAGGCGTGTAATATTTTTGAACCTTTAAATGTTTACG > 2:1626912/1‑91 GGCAATGTTTAAACCCTTTATCCATTGCCACTTTTCTTAATTTACCAAACTCTAAAGGCGTGTAATATTTTTGAACCTTTAAATGTTTACG > 2:3301513/1‑91 GCAATGTTTAAACCCTTTATCCATTGCCACTTTTCTTAATTTACCAAACTCTATAGGCGTGTAATATTTTTGAACCTTTAAATGTTTACGT < 2:2637010/91‑1 GCAATGTTTAAACCCTTTATCCATTGCCACTTTTCTTAATTTACCAAACTCTAAAGGCGTGTAATATTTTTGAACCTTTAAATGTTTACGT < 1:85620/91‑1 GCAATGTTTAAACCCTTTATCCATTGCCACTTTTCTTAATTTACCAAACTCTAAAGGCGTGTAATATTTTTGAACCTTTAAATGTTTACGT < 1:2636904/91‑1 CAATGTTTAAACCCTTTATCCATTGCCACTTTTCTTAATTTACCAAACTCTAAAGGCGTGTAATATTTTTGAACCTTTAAATGTTTACGTG > 2:1197785/1‑91 CAATGTTTAAACCCTTTATCCATTGCCACTTTTCTTAATTTACCAAACTCTAAAGGCGTGTAATATTTTTGAACCTTTAAATGTTTACGTG > 2:1730582/1‑91 AATGTTTAAACCCTTTATCCATTGCCACTTTTCTTAATTTACCAAACTCTAAAGGCGTGTAATATTTTTGAACCTTTAAATGTTTACGTGA > 2:3318181/1‑91 TGTTTAAACCCTTTATCCATTGCCACTTTTCTTAATTTACCAAACTCTAAAGGCGTGTAATATTTTTGAACCTTTAAATGTTTACGTGAAG > 2:3040820/1‑91 TGTTTAAACCCTTTATCCATTGCCACTTTTCTTAATTTACCAAACTCTAAAGGCGTGTAATATTTTTGAACCTTTAAATGTTTACGTGAAG < 1:304038/91‑1 TGTTTAAACCCTTTATCCATTGCCACTTTTCTTAATTTACCAAACTCTAAAGGCGTGTAATATTTTTGAACCTTTAAATGTTTACGTGAAG > 2:3040798/1‑91 GTTTAAACCCTTTATCCATTGCCACTTTTCTTAATTTACCAAACTCTCAAGGCGTGTAATATTTTTGAACCTTTAAATGTTTACGTGAAGG > 1:3948727/1‑91 GTTTAAACCCTTTATCCATTGCCACTTTTCTTAATTTACCAAACTCTAAAGGCGTGTAATATTTTTGAACCTTTAAATGTTTACGTGAAGG > 1:1786754/1‑91 GTTTAAACCCTTTATCCATTGCCACTTTTCTTAATTTACCAAACTCTAAAGGCGTGTAATATTTTTGAACCTTTAAATGTTTACGTGAAGG > 1:2661053/1‑91 TAACGATTGGTCAATATTTACAACCTTCACGTAAACATTTAAAGGTTCAAAAATATTACACGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAATG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/924399‑924496‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tggcaatgTTTAAACCCTTTATCCATTGCCACTTTTCTTAATTTACCAAACTCTAAAGGCGTGTAATATTTTTGAACCTTTAAATGTTTACGTGAAGG < USA300TCH1516_ALE/924511‑924422 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |