| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 924496 | 197 (0.970) | 20 (0.110) | 11/144 | NT | 10.0% | coding (795/918 nt) | lipA_1 | Lipoyl synthase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 924511 | 183 (1.000) | coding (810/918 nt) | lipA_1 | Lipoyl synthase | |||||
Only 100 of 281 total aligned reads displayed.
GGTCAATATTTACAACCTTCACGTAAACATTTAAAGGTTCAAAAATATTACACGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAATGGATAAAGGGTTTAAACATTGCCAAGCTGGACCTTTAGTACGTAGTTCTTATCATGCGGATGAGCAAGTAAATGAAGCTGCTAAAGAAAAG > USA300TCH1516_ALE/924407‑924586 | ggTCAATATTTACAACCTTCACGTAAACATTTAAAGGTTCAAAAATATTACACGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAATgg > 2:3532012/1‑91 (MQ=255)agTCAATATTTACAACCTTCACGTAAACATTAAAAAAAAAAAAAATATTACACGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAATgg < 2:3873661/90‑1 (MQ=255) gTCAATATTTACAACCTTCACGTAAACATTTAAAGGTTCAAAAATATTACACGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAATGGa < 2:1522969/91‑1 (MQ=255) gTCAATATTTACAACCTTCACGTAAACAGTTAAAGGTGCAAAAATATTACACGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAATGGa < 2:855084/91‑1 (MQ=255) tCAATATTTACAACCTTCACGTAAACATTTAAAGGTTCAAAAATATTACACGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAATGGAt < 2:1683767/91‑1 (MQ=255) atatTTACAACCTTCACGTAAACATTTAAAGGTTCAAAAATATTACACGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAATGGATaaa > 1:648435/1‑91 (MQ=255) tatTTACAACCTTCACGTAAACATTTAAAGGTTCAAAAATATTACACGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAATGGATAAAg < 1:3304961/91‑1 (MQ=255) tatTTACAACCTTCACGTAAACATTTAAAGGTTCAAAAATATTACACGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAATGGATAAAg < 1:507025/91‑1 (MQ=255) ttACAACCTTCACGTAAACATTTAAAGGTTCAAAAATATTACACGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAATGGATAAAGGGt < 1:3403204/91‑1 (MQ=255) tACAACCTTCACGTAAACATTTAAAGGTTCAAAAATATTACACGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAATGGATAAAGGGtt < 2:1636108/91‑1 (MQ=255) tACAACCTTCACGTAAACATTTAAAGGTTCAAAAATATTACACGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAATGGATAAAGGGtt > 2:3397425/1‑91 (MQ=255) tACAACCTTCACGTAAACATTTAAAGGTTCAAAAATATTACACGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAATGGATAAAGGGtt < 2:221540/91‑1 (MQ=255) tACAACCTTCACGTAAACATTTAAAGGTTCAAAAATATTACACGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAATGGATAAAGGGtt > 1:886349/1‑91 (MQ=255) tACAACCTTCACGTAAACATTTAAAGGTTCAAAAATATTACACGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAATGGATAAAGGGtt > 1:868782/1‑91 (MQ=255) aCAACCTTCACGTAAACATTTAAAGGTTCAAAAATATTACACGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAATGGATAAAGGGttt > 2:3746835/1‑91 (MQ=255) cAACCTTCACGTAAACATAAAAAAGAAAAAAAATATTACACGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAATGGATAAAGGGTTTa < 2:3324588/91‑1 (MQ=255) aaCCTTCACGTAAACATTTAAAGGTTCAAAAATATTACACGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGCAAAGTGGCAATGtttaaaccctttat < 2:2243670‑M1/91‑15 (MQ=255) aaCCTTCACGTAAACATTTAAAGGTTCAAAAATATTACACGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAATGtttaaaccctttat < 1:1775065‑M1/91‑15 (MQ=255) aaCCTTCACGTAAACATTTAAAGGTTCAAAAATATTACACGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAATGGATAAAGGGTTTaa < 1:2384719/91‑1 (MQ=255) aaCCTACACGTAAACATTTAAAGGTTCAAAAATATTACACGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAATGtttaaaccctttat < 2:3655640‑M1/91‑15 (MQ=255) aCCTTCACGTAAACATTTAAAGGTTCAAAAATATTACACGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAATGtttaaaccctttatc < 1:459075‑M1/91‑16 (MQ=255) aCCTTCACGTAAACATTTAAAGGTTCAAAAATATTACACGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAATGtttaaaccctttatc < 2:721379‑M1/91‑16 (MQ=255) aCCTTCACGTAAACATTTAAAGGTTCAAAAATATTACACGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAATGGATAAAGGGTTTaaa < 1:1092587/91‑1 (MQ=255) ccTTCACGTAAACATTTAAAGGTTCAAAAATATTACACGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAATGtttaaaccctttatcc < 2:2762692‑M1/91‑17 (MQ=255) ccTTCACGTAAACATTTAAAGGTTCAAAAATATTACACGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAATGGATAAAGGGTTTAAAc > 1:2661053‑M2/1‑90 (MQ=255) ccTTCACGTAAACATTTAAAGGTTCAAAAATATTACACGCCTTGAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAATGGATAAAGGGTTTAAAc > 1:3948727‑M2/1‑90 (MQ=255) cTTCACGTAAACATTTAAAGGTTCAAAAATATTACACGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAATGGATAAAGGGTTTAAAca > 2:3040798‑M2/1‑89 (MQ=255) tCACGTAAACATTTAAAGGTTCAAAAATATTACACGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAATGGATAAAGGGTTTAAAcatt > 2:3318181‑M2/1‑87 (MQ=255) aCGTAAACATTTAAAGGTTCAAAAATATTACACGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAATGGATAAAGGGTTTAAAcattgc < 1:2636904‑M2/91‑7 (MQ=255) aCGTAAACATTTAAAGGTTCAAAAATATTACACGCCTATAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAATGGATAAAGGGTTTAAAcattgc < 2:2637010‑M2/91‑7 (MQ=255) cGTAAACATTTAAAGGTTCAAAAATATTACACGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAATGGATAAAGGGTTTAAAcattgcc > 2:3301513‑M2/1‑84 (MQ=255) gTAAACATTTAAAGGTTCAAAAATATTACACGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAATGGATAAAGGGTTTAAAcattgcca > 2:1505379‑M2/1‑83 (MQ=255) aaaCATTTAAAGGTTCAAAAATATTACACGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAATGtttaaaccctttatccattgccact < 2:803525‑M1/91‑26 (MQ=255) aaaCATTTAAAGGTTCAAAAATATTACACGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAATGGATAAAGGGTTTAAACATTGCCAAg < 2:921716/91‑1 (MQ=255) aaCATTTAAAGGTTCAAAAATATTACACGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAATGGATAAAGGGTTTAAACATTGCCAAGc > 1:1014982/1‑91 (MQ=255) aaCATATAAAGGTTCAAAAATATTATACGCCTTTAGAGTATGGTAAATTAAGACAAGTGGCAATGGATAAAGGGTTTAAACATTGCCAAGc < 1:3673256/91‑1 (MQ=255) aCATTTAAAGGTTCAAAAATATTACACGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAATGGATAAAGGGTTTAAACATTGCCAAGCt < 1:971386/91‑1 (MQ=255) aCATTTAAAGGATCAAAAATATTACACGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAATGGATAAAGGGTTTAAACATTGCCAAGCt < 1:1515290/91‑1 (MQ=255) aTTTAAAGGTTCAAAAATATTACACGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAATGGATAAAGGGTTTAAACATTGCCAAGCTgg < 1:1879597/91‑1 (MQ=255) tttAAAGGTTCAAAAATATTACACGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAATGtttaaaccctttatccattgccacttttct < 1:2970918‑M1/91‑31 (MQ=255) tttAAAGGTTCAAAAATATTACACGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAATGGATAAAGGGTTTAAACATTGCCAAGCTGGa > 1:1434120/1‑91 (MQ=255) tttAAAGGTTCAAAAATATTACACGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAATGGATAAAGGGTTTAAACATTGCCAAGCTGGa > 1:1836252/1‑91 (MQ=255) tttAAAGGTTCAAAAATATTACACGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAATGGATAAAGGGTTTAAACATTGCCAAGCTGGa > 1:2326226/1‑91 (MQ=255) ttAAAGGTTCAAAAATATTACACGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAATGGATAAAGGGTTTAAACATTGCCAAGCTGGAc < 1:2038018/91‑1 (MQ=255) ttAAAGGTTCAAAAATATTACACGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAATGGATAAAGGGTTTAAACATTGCCAAGCTGGAc < 1:2779560/91‑1 (MQ=255) tAAAGGTTCAAAAATATTACACGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAATGGATAAAGGGTTTAAACATTGCCAAGCTGGAcc > 1:178912/1‑91 (MQ=255) tAAAGGTTCAAAAATATTACACGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAATGGATAAAGGGTTTAAACATTGCCAAGCTGGAcc > 1:1500173/1‑91 (MQ=255) tAAAGGTTCAAAAATATTACACGCCTTTAGAGATTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAATGGATAAAGGGTTTAAACATTGCCAAGCTGGAcc > 1:116205/1‑91 (MQ=255) aaaGGTTCAAAAATATTACACGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAATGGATAAAGGGTTTAAACATTGCCAAGCTGGACCt > 2:3887/1‑91 (MQ=255) aaGGTTCAAAAATATTACACGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAATGGATAAAGGGTTTAAACATTGCCAAGCTGGACCtt > 1:3915380/1‑91 (MQ=255) aaGGTTCAAAAATATTACACGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAATGGATAAAGGGTTTAAACATTGCCAAGCTGGACCtt < 1:3554322/91‑1 (MQ=255) aaGGTTCAAAAATATTACACGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAATGGATAAAGGGTTTAAACATTGCCAAGCTGGACCtt < 2:346484/91‑1 (MQ=255) ttCAAAAATATTACACGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAATGGATAAAGGGTTTAAACATTGCCAAGCTGGACCTTTAGt < 1:3187386/91‑1 (MQ=255) ttCAAAAATATTACACGCCCTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAATGGATAAAGGGTTTAAACATTGCCAAGCTGGACCTTTAGt > 2:2629405/1‑91 (MQ=255) cAAAAATATTACACGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAATGGATAAAGGGTTTAAACATTGCCAAGCTGGACCTTTAGTAc < 1:826224/91‑1 (MQ=255) cAAAAATATTACACGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAATGGATAAAGGGTTTAAACATTGCCAAGCTGGACCTTTAGTAc > 2:1415280/1‑91 (MQ=255) aaTATTACACGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAATGGATAAAGGGTTTAAACATTGCCAAGCTGGACCTTTAGTACGTAg < 1:2557636/91‑1 (MQ=255) atatTACACGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAATGGATAAAGGGTTTAAACATTGCCAAGCTGGACCTTTAGTACGTAGt > 2:2477336/1‑91 (MQ=255) tatTACACGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAATGGATAAAGGGTTTAAACATTGCCAAGCTGGACCTTTAGTACGTAGtt < 2:3039961/91‑1 (MQ=255) atTACACGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAATGGATAAAGGGTTTAAACATTGCCAAGCTGGACCTTTAGTACGTAGTTc < 1:1614747/91‑1 (MQ=255) ttACACGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAATGGATAAAGGGTTTAAACATTGCCAAGCTGGACCTTTAGTACGTAGTTCt > 1:2149179/1‑91 (MQ=255) ttACACGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAATGGATAAAGGGTTTAAACATTGCCAAGCTGGACCTTTAGTACGTAGTTCt < 1:1928346/91‑1 (MQ=255) acacGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAATGGATAAAGGGTTTAAACATTGCCAAGCTGGACCTTTAGTACGTAGTTCTTa > 1:3650532/1‑91 (MQ=255) cacGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGAGGCAATGGATAAAGGGTTTAAACATTGCCAAGCTGGACCTTTAGTACGTAGTTCTTAt > 2:3880170/1‑91 (MQ=255) cGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAATGGATAAAGGGTTTAAACATTGCCAAGCTGGACCTTTAGTACGTAGTTCTTATCa < 1:3804935/91‑1 (MQ=255) gCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAATGGATAAAGGGTTTAAACATTGCCAAGCTGGACCTTTAGTACATAGTTCTTATCAt < 2:1252863/91‑1 (MQ=255) ccTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAATGGATAAGGGGTTTAAACATTGCCAAGCTGGACCTTTAGTACGTAGTTCTTATCATg < 2:764433/91‑1 (MQ=255) cTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAATGGATAAAGGGTTTAAACATTGCCAAGCTGGACCTTTAGTACGTAGTTCTTATCATGc < 1:493705/91‑1 (MQ=255) ttAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAATGGATAAAGGGTTTAAACATTGCCAAGCTGGACCTTTAGTACGTAGTTCTTATCATGCgg < 1:2493639/91‑1 (MQ=255) tAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAATGGATAAAGGGTTTAAACATTGCCAAGCTGGACCTTTAGTACGTAGTTCTTATCATGCGGa < 2:753265/91‑1 (MQ=255) agagTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAATGGATAAAGGGTTTAAACATTGCCAAGCTGGACCTTTAGTACGTAGTTCTTATCATGCGGAt > 2:2096742/1‑91 (MQ=255) agagTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAATGGATAAAGGGTTTAAACATTGCCAAGCTGGACCTTTAGTACGTAGTTCTTATCATGCGGAt > 1:2601220/1‑91 (MQ=255) gagTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAATGGATAAAGGGTTTAAACATTGCCAAGCTGGACCTTTAGTACGTAGTTCTTATCATGCGGATg < 2:207327/91‑1 (MQ=255) gagTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAATGGATAAAGGGTTTAAACATTGCCAAGCTGGACCTTTAGTACGTAGTTCTTATCATGCGGATg < 1:1313114/91‑1 (MQ=255) ttGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAATGGATAAAGGGTTTAAACATTGCCAAGCTGGACCTTTAGTACGTCGTTCTTATCATGCGGATGAGCa > 2:954324/1‑91 (MQ=255) ggTAAATTAAGAAAAGTGGCAATGGATAAAGGGTTTAAACATTGCCAAGCTGGACCTTTAGTACGTAGTTCTTATCATGCGGATGAGCAAg > 1:2244508/1‑91 (MQ=255) ggTAAATTAAGAAAAGTGGCAATGGATAAAGGGTTTAAACATTGCCAAGCTGGACCTTTAGTACGTAGTTCTTATCATGCGGATGAGCAAg < 1:3605531/91‑1 (MQ=255) gTAAATTAAGAAAAGTGGCAATGGATAAAGGGTTTAAACATTGCCAAGCTGGACCTTTAGTACGTAGTTCTTATCATGCGGATGAGCAAGt > 1:1243085/1‑91 (MQ=255) tAAATTAAGAAAAGTGGCAATGGATAAAGGGTTTAAACATTGCCAAGCTGGACCTTTAGTACGTAGTTCTTATCATGCGGATGAGCAAGTa > 1:2682211/1‑91 (MQ=255) ttAAGAAAAGTGGCAATGGATAAAGGGTTTAAACATTGCCAAGCTGGACCTTTAGTACGTAGTTCTTATCATGCGGATGAGCAAGTAAATg > 2:2879195/1‑91 (MQ=255) ttAAGAAAAGTGGCAATGGATAAAGGGTTTAAACATTGCCAAGCTGGACCTTTAGTACGTAGTTCTTATCATGCGGATGAGCAAGTAAATg > 2:1323650/1‑91 (MQ=255) aaGAAAAGTGGCAATGGATAAAGGGTTTAAACATTGCCAAGCTGGACCTTTAGTACGTAGTTCTTATCATGCGGATGAGCAAGTAAATGaa < 2:2730329/91‑1 (MQ=255) aGAAAAGTGGCAATGGATAAAGGGTTTAAACATTGCCAAGCTGGACCTTTAGTACGTAGTTCTTATCATGCGGATGAGCAAGTAAATGAAg > 2:443488/1‑91 (MQ=255) gAAAAGTGGCAATGGATAAAGGGTTTAAACATTGCCAAGCTGGACCTTTAGTACGTAGTTCTTATCATGCGGATGAGCAAGTAAATGAAgc > 2:3594980/1‑91 (MQ=255) aaaGTGGCAATGGATAAAGGGTTTAAACATTGCCAAGCTGGACCTTTAGTACGTAGTTCTTATCATGCGGATGAGCAAGTAAATGAAgctg < 1:934805/91‑1 (MQ=255) aaGTGGCAATGGATAAAGGGTTTAAACATTGCCAAGCTGGACCTTTAGTACGTAGTTCTTATCATGCGGATGAGCAAGTAAATGAAgctgc < 2:3279154/91‑1 (MQ=255) aaGTGGCAATGGATAAAGGGTTTAAACATTGCCAAGCTGGACCTGTAGTACGTAGTTCTTATCATGCGGATGCGCAAGTAAATGAAgctgc < 2:3126662/91‑1 (MQ=255) aaGGGGCAATGGAGAAAGGGTTTAAACATTGCGAAGCTGGACCGTTAGTACGTAGTTCTTATCATGCGGATGAGCAAGTAGATGAAgcggc < 2:512817/91‑1 (MQ=255) aGTGGCAATGGATAAAGGGTTTGAACATTGCCAAGCTGGACCTTTAGTACGTAGTTCTTATCATGCGGATGAGCAAGTAAATGAAgctgct < 2:3194251/91‑1 (MQ=255) gTGGCAATGGATAAAGGGTTTAAACATTGCCAAGCTGGACCTTTAGTACGTAGTTCTTATCATGCGGATGAGCAAGTAAATGAAGCTGCTa > 1:1140640/1‑91 (MQ=255) tGGCAATGGATAAAGGGTTTAAACATTGCCAAGCTGGACCTTTAGTACGTAGTTCTTATCATGCGGATGAGCAAGTAAATGAAGCTGCTaa > 1:1725313/1‑91 (MQ=255) ggCAATGtttaaaccctttatccattgccacttttcttaatttaccaaactctaaaggcgtgtaatatttttgttcctttttttgtttacg > 2:2441097‑M1/1‑7 (MQ=255) ggCAATGtttaaaccctttatccattgccacttttcttaatttaccaaactctaaaggcgtgtaatatttttgaacctttaaatgtttacg > 2:1626912‑M1/1‑7 (MQ=255) cAATGtttaaaccctttatccattgccacttttcttaatttaccaaactctaaaggcgtgtaatatttttgaacctttaaatgtttacgtg > 2:1197785‑M1/1‑5 (MQ=255) cAATGtttaaaccctttatccattgccacttttcttaatttaccaaactctaaaggcgtgtaatatttttgaacctttaaatgtttacgtg > 2:1730582‑M1/1‑5 (MQ=255) cAATGGATAAAGGGTTTAAAcattgccacttttcttaatttaccaaactctaaaggcgtgtaatatttttgaacctttaaatgtttacgtg < 2:1750929‑M2/91‑72 (MQ=255) tGtttaaaccctttatccattgccacttttcttaatttaccaaactctaaaggcgtgtaatatttttgaacctttaaatgtttacgtgaag < 1:304038‑M1/91‑90 (MQ=255) tGGATAAAGGGTTTAAAcattgccacttttcttaatttaccaaactctaaaggcgtgtaatatttttgaacctttaaatgtttacgtgaag < 1:2342505‑M2/91‑75 (MQ=255) tGGATAAAGGGTTTAAACATTGCCAAGCTGGACCTTTAGTACGTAGTTCTTATCATGCGGATGAGCAAGTAAATGAAGCTGCTAAAGaaaa < 2:103590/91‑1 (MQ=255) tGGATAAAGGGTTTAAACATTGCCAAGCTGGACCTTTAGTACGTAGTTCTTATCATGCGGATGAGCAAGGAAATGAAGCTGCTAAAGaaaa < 2:3836894/91‑1 (MQ=255) | GGTCAATATTTACAACCTTCACGTAAACATTTAAAGGTTCAAAAATATTACACGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAATGGATAAAGGGTTTAAACATTGCCAAGCTGGACCTTTAGTACGTAGTTCTTATCATGCGGATGAGCAAGTAAATGAAGCTGCTAAAGAAAAG > USA300TCH1516_ALE/924407‑924586 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |