New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 924496 | 197 (0.970) | 20 (0.110) | 11/144 | NT | 10.0% | coding (795/918 nt) | lipA_1 | Lipoyl synthase |
? | USA300TCH1516_ALE | = 924511 | 183 (1.000) | coding (810/918 nt) | lipA_1 | Lipoyl synthase |
Only 100 of 244 total aligned reads displayed.
ACCTTCACGTAAACATTTAAAGGTTCAAAAATATTACACGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAATGGATAAAGGGTTTAAACATTGCCAAGCTGGACCTTTAGTACGTAGTTCTTATCATGCGGATGAGCAAGTAAATGAAGCTGCTAAAGAAAAGCAACGCCAAGGTGA > USA300TCH1516_ALE/924421‑924600 | aCCTTCACGTAAACATTTAAAGGTTCAAAAATATTACACGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAATGGATAAAGGGTTTaaa < 1:1092587/91‑1 (MQ=255) aCCTTCACGTAAACATTTAAAGGTTCAAAAATATTACACGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAATGGATAAAGGGTTTaaa > 2:1515290/1‑91 (MQ=255) aCCTTCACGTAAACATTTAAAGGTTCAAAAATATTACACGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAATGGATAAAGGGTTTaaa > 2:2833517/1‑91 (MQ=255) aCCTTCACGTAAACATTTAAAGGTTCAAAAATATTACACGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAATGGATAAAGGGTTTaaa > 2:740027/1‑91 (MQ=255) ccTTCACGTAAACATTTAAAGGTTCAAAAATATTACACGCCTTGAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAATGGATAAAGGGTTTAAAc > 1:3948727‑M2/1‑90 (MQ=255) cTTCACGTAAACATTTAAAGGTTCAAAAATATTACACGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAATGGATAAAGGGTTTAAAca > 2:3040798‑M2/1‑89 (MQ=255) tCACGTAAACATTTAAAGGTTCAAAAATATTACACGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAATGGATAAAGGGTTTAAAcatt > 2:3318181‑M2/1‑87 (MQ=255) aCGTAAACATTTAAAGGATCAAAAATATTACACGCCATTTGAGGTGGGTAACTTAAGAAAACAGGCAAACGATAAAGGGTTTAAACATTGc > 1:2399222/1‑91 (MQ=255) cGTAAACAAAAAAAGGAACAAAAATATTACACGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAATGGATAAAGGGTTTAAAcattgcc > 2:2441097‑M2/1‑84 (MQ=255) aaaCATTTAAAGGTTCAAAAATATTACACGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTCAGAAAAGTGGCAATGGATAAAGGGTTTAAACATTGCCAAg > 2:1374693/1‑91 (MQ=255) aaaCATTTAAAGGTTCAAAAATATTACACGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAATGGATAAAGGGTTTAAACATTGCCAAg > 1:2933585/1‑91 (MQ=255) aaaCATTTAAAGGTTCAAAAATATTACACGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAATGGATAAAGGGTTTAAACATTGCCAAg > 1:3593012/1‑91 (MQ=255) aaaCATTTAAAGGTTCAAAAATATTACACGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAATGGATAAAGGGTTTAAACATTGCCAAg < 1:2649011/91‑1 (MQ=255) aaaCATTTAAAGGTTCAAAAATATTACACGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAATGGATAAAGGGTTTAAACATTGCCAAg < 2:921716/91‑1 (MQ=255) aaCATTTAAAGGTTCAAAAATATTACACGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAATGGATAAAGGGTTTAAACATTGCCAAGc > 1:1014982/1‑91 (MQ=255) aaCATATAAAGGTTCAAAAATATTATACGCCTTTAGAGTATGGTAAATTAAGACAAGTGGCAATGGATAAAGGGTTTAAACATTGCCAAGc < 1:3673256/91‑1 (MQ=255) aCATTTAAAGGATCAAAAATATTACACGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAATGGATAAAGGGTTTAAACATTGCCAAGCt < 1:1515290/91‑1 (MQ=255) tttAAAGGTTCAAAAATATTACACGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAATGGATAAAGGGTTTAAACATTGCCAAGCTGGa > 1:1836252/1‑91 (MQ=255) tttAAAGGTTCAAAAATATTACACGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAATGGATAAAGGGTTTAAACATTGCCAAGCTGGa < 2:1637327/91‑1 (MQ=255) tttAAAGGTTCAAAAATATTACACGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAATGGATAAAGGGTTTAAACATTGCCAAGCTGGa < 2:2760309/91‑1 (MQ=255) tttAAAGGTTCAAAAATATTACACGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAATGGATAAAGGGTTTAAACATTGCCAAGCTGGa > 1:1624439/1‑91 (MQ=255) ttAAAGGTTCAAAAATATTACACGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAATGGATAAAGGGTTTAAACATTGCCAAGCTGGAc < 1:2779560/91‑1 (MQ=255) tAAAGGTTCAAAAATATTACACGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAATGGATAAAGGGTTTAAACATTGCCAAGCTGGAcc > 1:178912/1‑91 (MQ=255) tAAAGGTTCAAAAATATTACACGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAATGGATAAAGGGTTTAAACATTGCCAAGCTGGAcc > 1:1500173/1‑91 (MQ=255) tAAAGGTTCAAAAATATTACACGCCTTTAGAGATTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAATGGATAAAGGGTTTAAACATTGCCAAGCTGGAcc > 1:116205/1‑91 (MQ=255) aaaGGTTCAAAAATATTACACGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAATGGATAAAGGGTTTAAACATTGCCAAGCTGGACCt > 2:3876/1‑91 (MQ=255) aaGGTTCAAAAATATTACACGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAATGGATAAAGGGTTTAAACATTGCCAAGCTGGACCtt > 1:1889606/1‑91 (MQ=255) aaGGTTCAAAAATATTACACGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAATGGATAAAGGGTTTAAACATTGCCAAGCTGGACCtt > 1:3915380/1‑91 (MQ=255) aaGGTTCAAAAATATTACACGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAATGGATAAAGGGTTTAAACATTGCCAAGCTGGACCtt < 1:3554322/91‑1 (MQ=255) aaGGTTCAAAAATATTACACGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAATGGATAAAGGGTTTAAACATTGCCAAGCTGGACCtt < 2:339554/91‑1 (MQ=255) gTTCAAAAATATTACACGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAATGGATAAAGGGTTTAAACATTGCCAAGCTGGACCTTTAg < 2:719652/91‑1 (MQ=255) ttCAAAAATATTACACGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAATGGATAAAGGGTTTAAACATTGCCAAGCTGGACCTTTAGt < 1:3187386/91‑1 (MQ=255) ttCAAAAATATTACACGCCCTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAATGGATAAAGGGTTTAAACATTGCCAAGCTGGACCTTTAGt > 2:2629405/1‑91 (MQ=255) cAAAAATATTACACGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAATGGATAAAGGGTTTAAACATTGCCAAGCTGGACCTTTAGTAc < 1:826224/91‑1 (MQ=255) cAAAAATATTACACGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAATGGATAAAGGGTTTAAACATTGCCAAGCTGGACCTTTAGTAc > 2:1415280/1‑91 (MQ=255) aaaaTATTACACGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAATGGATAAAGGGTTTAAACATTGCCAAGCTGGACCTTTAGTACGt < 2:2004555/91‑1 (MQ=255) aaaTATTACACGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAATGGATAAAGGGTTTAAACATTGCCAAGCTGGACCTTTAGTACGTa > 1:2260421/1‑91 (MQ=255) aaTATTACACGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAATGGATAAAGGGTTTAAACATTGCCAAGCTGGACCTTTAGTACGTAg < 1:2557636/91‑1 (MQ=255) aaTATTACACGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAATGGATAAAGGGTTTAAACATTGCCAAGCTGGACCTTTAGTACGTAg < 1:687912/91‑1 (MQ=255) atatTACACGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAATGGATAAAGGGTTTAAACATTGCCAAGCTGGACCTTTAGTACGTAGt > 2:2477336/1‑91 (MQ=255) tatTACACGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAATGGATAAAGGGTTTAAACATTGCCAAGCTGGACCTTTAGTACGTAGtt > 2:3028546/1‑91 (MQ=255) tatTACACGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAATGGATAAAGGGTTTAAACATTGCCAAGCTGGACCTTTAGTACGTAGtt > 1:524505/1‑91 (MQ=255) atTACACGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAATGGATAAAGGGTTTAAACATTGCCAAGCTGGACCTTTAGTACGTAGTTc < 2:769734/91‑1 (MQ=255) atTACACGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAATGGATAAAGGGTTTAAACATTGCCAAGCTGGACCTTTAGTACGTAGTTc > 1:1469588/1‑91 (MQ=255) ttACACGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAATGGATAAAGGGTTTAAACATTGCCAAGCTGGACCTTTAGTACGTAGTTCt > 1:2149179/1‑91 (MQ=255) acacGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAATGGATAAAGGGTTTAAACATTGCCAAGCTGGACCTTTAGTACGTAGTTCTTa > 2:3223152/1‑91 (MQ=255) acacGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAATGGATAAAGGGTTTAAACATTGCCAAGCTGGACCTTTAGTACGTAGTTCTTa > 1:3650532/1‑91 (MQ=255) cacGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAATGGATAAAGGGTTTAAACATTGCCAAGCTGGACCTTTAGTACGTAGTTCTTAt > 1:938806/1‑91 (MQ=255) cacGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGCGGCAATGGATAAAGGGTTTAAACATTGCCAAGCTGGACCTTTAGTACGTAGTTCTTAt > 2:3880171/1‑91 (MQ=255) cGCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAATGGATAAAGGGTTTAAACATTGCCAAGCTGGACCTTTAGTACGTAGTTCTTATCa > 1:1353020/1‑91 (MQ=255) gCCTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAATGGATAAAGGGTTTAAACATTGCCAAGCTGGACCTTTAGTACATAGTTCTTATCAt < 2:1252863/91‑1 (MQ=255) ccTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAATGGATAAGGGGTTTAAACATTGCCAAGCTGGACCTTTAGTACGTAGTTCTTATCATg < 2:764433/91‑1 (MQ=255) ccTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAATGGATAAAGGGTTTAAACATTGCCAAGCTGGACCTTTAGTACGTAGTTCTTATCATg < 2:3859692/91‑1 (MQ=255) ccTTTAGAGTTTGGTAAATTAAGAAAAGTGGCAATGGATAAAGGGTTTAAACATTGCCAAGCTGGACCTTTAGTACGTAGTTCTTATCATg < 1:119520/91‑1 (MQ=255) 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aTAAAGGGTTTAAACATTGCCAAGCTGGACCTTTAGTACGTAGTTCTTATCATGCGGATGAGCAAGTAAATGAAGCTGCTAAAGAAAAGCa < 1:2172782/91‑1 (MQ=255) tAAAGGGTTTAAACATTGCCAAGCTGGACCTTTAGTACGTAGTTCTTATCATGCGGATGAGCAAGTAAATGAAGCTGCTAAAGAAAAGCaa < 2:1600849/91‑1 (MQ=255) aaaGGGTTTAAACATTGCCAAGCTGGACCTTTAGTACGTAGTTCTTATCATGCGGATGAGCAAGTAAATGAAGCTGCTAAAGAAAAGCAAc < 2:2156030/91‑1 (MQ=255) aaaGGGTATAAACATTGCCAAGCTGGACCTTTAGTACGTAGTTCTTATCATGCGGATGAGCAAGTAAATGAAGCTGCTAAAGAAAAGCAAc < 1:1967203/91‑1 (MQ=255) aaGGGTTTAAAcattgccacttttcttaatttaccaaactctaaaggcgtgtaatatttttgaacctttaaatgtttacgtgaaggttgta < 2:3803282‑M2/91‑81 (MQ=255) aaGGGTTTAAACATTGCCAAGCTGGACCTTTAGTACGTAGTTCTTATCATGCGGATGAGCAAGTAAATGAAGCTGCTAAAGAAAAGCAACg > 2:115514/1‑91 (MQ=255) aGGGTTTAAACATTGCCAAGCTGGCCCTTTAGTACGTAGTTCTTATCATGGGGATGAGCAAGTAAATGAAGCTGCTAAAGAAAAGCAACGc < 2:3666047/91‑1 (MQ=255) aGGGTTTAAACATTGCCAAGCTGGACCTTTAGTACGTAGTTCTTATCATGCGGATGAGCAAGTAAATGAAGCTGCTAAAGAAAAGCAACGc > 1:2847996/1‑91 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |