| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 932471 | 148 (0.730) | 8 (0.050) | 6/136 | NT | 5.8% | intergenic (+17/+246) | USA300HOU_RS04635/nfuA | hypothetical protein/Fe/S biogenesis protein NfuA |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 932493 | 135 (0.780) | intergenic (+39/+224) | USA300HOU_RS04635/nfuA | hypothetical protein/Fe/S biogenesis protein NfuA | |||||
GAAAGGTTGGGTTTATATGGATGAGCAAATTGCGAAACATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAA‑‑ATACAAATAGCACATA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/932370‑932471‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaatagcacataCGCTCAATCAAAATCGTTGAGTTATGTGCTATTTGTATTTTAATTTTTAGGTTTATCTACTTCAGGTTGTGGTTCACCTTTCATATGTTT < USA300TCH1516_ALE/932493‑932404 GAAAGGTTGGGTTTATATGGATGAGCAAATTGCGAAACATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAA‑‑ATACA > 1:507103/1‑91GAAAGGTTGGGTTTATATGGATGAGCAAATTGCGAAACATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAA‑‑ATACA < 2:1282309/91‑1GAAAGGTTGGGTTTATATGGATGAGCAAATTGCGAAACATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAA‑‑ATACA > 2:578090/1‑91GAAAGGTTGGGTTTATATGGATGAGCAAATTGCGAAACATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAA‑‑ATACA > 1:1837291/1‑91 AAAGGTTGGGTTTATATGGATGAGCAAATTGTGAAACATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAA‑‑ATACAA < 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2:2059652/91‑1 ATAGCACATACGCTCAATCAAAATCGTTGAGTTATGTGCTATTTGTATTTTAATTTTTAGGTTTATCTACTTCAGGTTGTGGTTCACCTTT < 2:2269484/91‑1 AGCACATACGCTCAATCAAAATCGTTGAGTTATGTGCTATTTGTATTTTAATTTTTAGGTTTATCTACTTCAGGTTGTGGTTCACCTTTCA < 1:1867590/91‑1 CACATACGCTCAATCAAAATCGTTGAGTTATGTGCTATTTGTATTTTAATTTTTAGGTTTATCTACTTCAGGTTGTGGTTCACCTTTCATA > 1:1546747/1‑91 CACATACGCTCAATCAAAATCGTTGAGTTATGTGCTATTTGTATTTTAATTTTTAGGTTTATCTACTTCAGGTTGTGGTTCACCTTTCATA > 1:2962663/1‑91 CACATACGCTCAATCAAAATCGTTGAGTTATGTGCTATTTGTATTTTAATTTTTAGGTTTATCTACTTCAGGTTGTGGTTCACCTTTCATA > 1:2962075/1‑91 ACATACGCTCAATCAAAATCGTTGAGTTATGTGCTATTTGTATTTTAATTTTTAGGTTTATCTACTTCAGGTTGTGGTTCACCTTTCATAT > 1:241378/1‑91 ACATACGCTCAATCAAAATCGTTGAGTTATGTGCTATTTGTATTTTAATTTTTAGGTTTATCTACTTCAGGTTGTGGTTCACCTTTCATAT > 1:241312/1‑91 ACATACGCTCAATCAAAATCGTTGAGTTATGTGCTATTTGTATTTTAATTTTTAGGTTTATCTACTTCAGGTTGTGGTTCACCTTTCATAT < 1:816279/91‑1 ACATACGCTCAATCAAAATCGTTGAGTTATGTGCTATTTGTATTTTAATTTTTAGGTTTATCTACTTCAGGTTGTGGTTCACCTTTCATAT > 1:241988/1‑91 ACATACGCTCAATCAAAATCGTTGAGTTATGTGCTATTTGTATTTTAATTTTTAGGTTTATCTACTTCAGGTTGTGGTTCACCTTTCATAT > 1:2615995/1‑91 CATACGCTCAATCAAAATCGTTGAGTTATGTGCTATTTGTATTTTAATTTTTAGGTTTATCTACTTCAGGTTGTGGTTCACCTTTCATATG > 1:2774951/1‑91 CATACGCTCAATCAAAATCGTTGAGTTATGTGCTATTTGTATTTTAATTTTTAGGTTTATCTACTTCAGGTTGTGGTTCACCTTTCATATG > 2:1070604/1‑91 TACGCTCAATCAAAATCGTTGAGTTATGTGCTATTTGTATTTTAATTTTTAGGTTTATCTACTTCAGGTTGTGGTTCACCTTTCATATGTT < 2:298229/91‑1 TACGCTCAATCAAAATCGTTGAGTTATGTGCTATTTGTATTTTAATTTTTAGGTTTATCTACTTCAGGTTGTGGTTCACCTTTCATATGTT < 2:2617620/91‑1 TACGCTCAATCAAAATCGTTGAGTTATGTGCTATTTGTATTTTAATTTTTAGGTTTATCTACTTCAGGTTGTGGTTCACCTTTCATATGTT > 2:2485147/1‑91 TACGCTCAATCAAAATCGTTGAGTTATGTGCTATTTGTATTTTAATTTTTAGGTTTATCTACTTCAGGTTGTGGTTCACCTTTCATATGTT < 2:866205/91‑1 TACGCTCAATCAAAATCGTTGAGTTATGTGCTATTTGTATTTTAATTTTTAGGTTTATCTACTTCAGGTTGTGGTTCACCTTTCATATGTT < 1:586433/91‑1 ACGCTCAATCAAAATCGTTGAGTTATGTGCTATTTGTATTTTAATTTTTAGGTTTATCTACTTCAGGTTGTGGTTCACCTTTCATATGTTc < 1:3938661/91‑2 ACGCTCAATCAAAATCGTTGAGTTATGTGCTATTTGTATTTTAATTTTTAGGTTTATCTACTTCAGGTTGTGGTTCACCTTTCATATGTTT < 1:3551560/91‑1 ACGCTCAATCAAAATCGATGAGTTATGTGCTATTTGTATTTTAATTTTTAGGTTTATCTACTTCAGGTTGTGGTTCACCTCTCATATGTTT > 2:1656957/1‑91 GAAAGGTTGGGTTTATATGGATGAGCAAATTGCGAAACATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAA‑‑ATACAAATAGCACATA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/932370‑932471‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaatagcacataCGCTCAATCAAAATCGTTGAGTTATGTGCTATTTGTATTTTAATTTTTAGGTTTATCTACTTCAGGTTGTGGTTCACCTTTCATATGTTT < USA300TCH1516_ALE/932493‑932404 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |