| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 932471 | 148 (0.730) | 8 (0.050) | 6/136 | NT | 5.8% | intergenic (+17/+246) | USA300HOU_RS04635/nfuA | hypothetical protein/Fe/S biogenesis protein NfuA |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 932493 | 135 (0.780) | intergenic (+39/+224) | USA300HOU_RS04635/nfuA | hypothetical protein/Fe/S biogenesis protein NfuA | |||||
Only 100 of 223 total aligned reads displayed.
GAAACATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATATTTTAAATTTCATAGAATAGAATAGTAATATGTGCTTGGATATGTGGCAATAATAAAATAATTAATCAGATAA > USA300TCH1516_ALE/932403‑932583 | aaaCATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGt < 1:3551560‑M2/91‑2 (MQ=255) aaCATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGta > 2:2485147‑M2/1‑89 (MQ=255) aaCATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGta < 2:298229‑M2/91‑3 (MQ=255) cATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGtatg > 1:2774951‑M2/1‑87 (MQ=255) cATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGtatg > 2:1070604‑M2/1‑87 (MQ=255) atatGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGtatgt > 1:241378‑M2/1‑86 (MQ=255) atatGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGtatgt < 1:816279‑M2/91‑6 (MQ=255) tatGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGtatgtg > 1:2962663‑M2/1‑85 (MQ=255) tatGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGtatgtg > 1:1546747‑M2/1‑85 (MQ=255) taagAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTCAGAATTAACCTACAACTAGCATATAACCAAACGATTTTGATTGAGCGTAtgtg > 2:350661/4‑91 (MQ=255) aatatccaagcacatattactattctattctatgaaatttaaaatattaAAATATCATATTACTAAATGTTTTTGATTGAGCGTATGTGCt > 2:3781626‑M1/50‑91 (MQ=255) ccaagcacatattactattctattctatgaaatttaaaatataaAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTAtttt > 1:190561‑M1/45‑91 (MQ=255) aaCCACAACCTGAAGTAGATATACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTtata > 2:860552/1‑91 (MQ=255) aaCCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTtata > 2:1703112/1‑91 (MQ=255) 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aaCCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATATTTTaa < 1:1784401/91‑1 (MQ=255) cTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATATTTTAAAtt > 1:211933/1‑91 (MQ=255) cTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATATTTTAAAtt < 2:2327175/91‑1 (MQ=255) tGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATATTTTAAAttt < 1:740940/91‑1 (MQ=255) gAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATATTTTAAATTTc > 1:3751334/1‑91 (MQ=255) gAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATATTTTAAATTTc > 1:515877/1‑91 (MQ=255) gAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATATTTTAAATTTc > 2:8047/1‑91 (MQ=255) aGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGCGCGTATGTGCTATTTTTATATTTTAAATTTCat > 1:3232335/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |