| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 932471 | 148 (0.730) | 8 (0.050) | 6/136 | NT | 5.8% | intergenic (+17/+246) | USA300HOU_RS04635/nfuA | hypothetical protein/Fe/S biogenesis protein NfuA |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 932493 | 135 (0.780) | intergenic (+39/+224) | USA300HOU_RS04635/nfuA | hypothetical protein/Fe/S biogenesis protein NfuA | |||||
Only 100 of 268 total aligned reads displayed.
TTTATATGGATGAGCAAATTGCGAAACATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATATTTTAAATTTCATAGAATAGAATAGTAATATGTGCTTGGATATGTGGCAAT > USA300TCH1516_ALE/932381‑932561 | tttatctgattaattattttattattgccacatatccaagcacatattactattctattctatgaaatttaaaatataaAAATAGCACATa < 2:1302069‑M1/12‑1 (MQ=255)tttatctgattaattattttattattgccacatatccaagcacatattactattctattctatgaaatttaaaatataaAAATAGCACATa > 1:2864886‑M1/80‑91 (MQ=255)tttATATGGATGAGCAAATTGCGAAACATATCAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAACAATTAAAATACTAATAGCACATA > 2:3018277‑M1/1‑91 (MQ=255) tataTGGATGAGCAAATTGCGAAACATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAAc > 2:2181925/1‑91 (MQ=255) tataTGGATGAGCAAATTGCGAAACATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAAc < 1:3865856/91‑1 (MQ=255) atatGGATGAGCAAATTGCGAAACATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACt < 1:43512/91‑1 (MQ=255) atGGATGANCAANTNGCGAAACATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCa < 1:105580/91‑1 (MQ=255) atGGATGAGCAAATTGCGAAACATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCa > 2:2061038/1‑91 (MQ=255) ggATGAGCAAATTGCGAAACATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAAc > 2:1379762/1‑91 (MQ=255) gATGAGCAAATTGCGAAACATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACg > 2:1771970/1‑91 (MQ=255) gATGAGCAAATTGCGAAACATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACg > 1:2902049/1‑91 (MQ=255) gAGCAAATTGCGAACCATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGact > 2:1435889/1‑89 (MQ=255) gAGCAAATTGCGAAACATATGATAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAGACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGAtt < 2:3001793/91‑1 (MQ=255) aGCAAATTGCGAAACATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGAttt > 2:1666095/1‑91 (MQ=255) 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ccacatatccaagcacatattactattctattctatgaaatttaaaatataaAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTAtgt > 1:3619506‑M1/53‑91 (MQ=255) atatGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGtatgt > 1:241378‑M2/1‑86 (MQ=255) atatGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGtatgt < 1:816279‑M2/91‑6 (MQ=255) tatGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGtatgtg > 1:1546747‑M2/1‑85 (MQ=255) tatGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGtatgtg > 1:2962663‑M2/1‑85 (MQ=255) aatatccaagcacatattactattctattctatgaaatttaaaatattaAAATATCATATTACTAAATGTTTTTGATTGAGCGTATGTGCt > 2:3781626‑M1/50‑91 (MQ=255) aaaGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAcgctcaatcaaaatcgttgagttatgtgctat < 1:867329‑M1/91‑33 (MQ=255) aaaGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGtatgtgctat < 2:2269484‑M2/91‑11 (MQ=255) 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cacaACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATAttt < 2:3446305/91‑1 (MQ=255) cacaACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATAttt < 1:2443741/91‑1 (MQ=255) acaACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATAtttt < 2:2980480/91‑1 (MQ=255) aaCCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATATTTTaa < 1:1784401/91‑1 (MQ=255) gAAGTAGATAAATCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATATTTTAAATTTc > 2:244205/1‑91 (MQ=255) gAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATATTTTAAATTTc > 1:515877/1‑91 (MQ=255) gAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATATTTTAAATTTc > 1:3751334/1‑91 (MQ=255) aaGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATATTTTAAATTTCa > 2:715187/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |