| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 971394 = | 213 (1.050) | 23 (0.130) | 11/142 | NT | 11.4% | intergenic (+22/+149) | USA300HOU_RS04810/cdr | hypothetical protein/Coenzyme A disulfide reductase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 971435 = | 170 (0.940) | intergenic (+63/+108) | USA300HOU_RS04810/cdr | hypothetical protein/Coenzyme A disulfide reductase | |||||
GGACTGGTACTACTATCCAGTCCATTTTTTATGTTTAACATTTTTAGAATCAAAAAAGACATAAGGTCTTGGACTAATAATTGTCCATGCCTTATGTC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/971491‑971394‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ccttatgtcTTTTTTGATTCTAAAAATGTTAAACATAAAAAATGGACTGGATAGTAGTACCAGTCCAACATAATTCTAACCTAGACAATTAAGATTAGA > USA300TCH1516_ALE/971435‑971524 GGACTGGTACTACTATCCAGTCCATTTTTTATGTTTAACATTTTTAGAATCAAAAAAGACATAAGGTCTTGGACTAATAATTGTCCATGCC > 2:1090190/1‑91GGACTGGTACTACTATCCAGTCCATTTTTTATGTTTAACATTTTTAGAATCAAAAAAGACATAAGGTCTTGGACTAATAATTGTCCATGCC > 2:2322423/1‑91GGACTGGTACTACTATCCAGTCCATTTTTTATGTTTAACATTTTTAGAATCAAAAAAGACATAAGGTCTTGGACTAATAATTGTCCATGCC > 2:3507856/1‑91GGACTGGTACTACTATCCAGTCCATTTTTTATGTTTAACATTTTTAGAATCAAAAAAGACATAAGGTCTTGGACTAATAATTGTCCATGCC < 1:2765736/91‑1 GACTGGTACTACTATCCAGTCCATTTTTTATGTTTAACATTTTTAGAATCAAAAAAGACATAAGGTCTTGGACTAATAATTGTCCATGCCT < 1:3894668/91‑1 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |