New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 971394 = | 213 (1.050) | 23 (0.130) | 11/142 | NT | 11.4% | intergenic (+22/+149) | USA300HOU_RS04810/cdr | hypothetical protein/Coenzyme A disulfide reductase |
? | USA300TCH1516_ALE | 971435 = | 170 (0.940) | intergenic (+63/+108) | USA300HOU_RS04810/cdr | hypothetical protein/Coenzyme A disulfide reductase |
Only 100 of 258 total aligned reads displayed.
TATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATG‑TTAAACATAAAAAATGGACTGGATAGTAGTACCAGTCCAACATAATTCTAACCTAGACAATTAAGATTAGAT > USA300TCH1516_ALE/971345‑971525 | tactatccagtccattttttatgtttaacatttttagaatcaaagaaGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCttt > 1:3136514‑M1/48‑91 (MQ=255) tCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCttttt < 1:1932895/91‑1 (MQ=255) aaaaTTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTg > 1:549157/1‑91 (MQ=255) aaaTTATACGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATCTGACATCAGGCATGGACAATTATTACCCCAAGACCCTATGTCTTTTTTgt > 2:3675834/1‑90 (MQ=255) aaTTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGAt > 1:1586248/1‑91 (MQ=255) ttattCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTc < 1:2578787/91‑1 (MQ=255) attCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTa < 2:2833224/91‑1 (MQ=255) attCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTa < 1:2033983/91‑1 (MQ=255) tCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTaaa > 1:2260197/1‑91 (MQ=255) tCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTaaa > 2:1680539/1‑91 (MQ=255) cGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTaaaa > 1:2986292/1‑91 (MQ=255) cGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTaaaa > 1:1730908/1‑91 (MQ=255) cGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTaaaa > 1:2006510/1‑91 (MQ=255) ggTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTaaaaa > 1:895798/1‑91 (MQ=255) 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tAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATG‑TTAAACATaaaaaa < 2:1711152/91‑1 (MQ=255) tAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATG‑TTAAACATaaaaaa < 1:1314211/91‑1 (MQ=255) aGACATATAGTATATGACATAAGGCAAGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATG‑TTAAACATAAAAAATg < 2:364760/91‑1 (MQ=255) gACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATG‑TTAAACATAAAAAATgg < 2:798203/91‑1 (MQ=255) aCATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATG‑TTAAACATCAAAAATGGa > 1:3547237/1‑91 (MQ=255) aCATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATG‑TTAAACATAAAAAATGGa < 1:2975565/91‑1 (MQ=255) aCATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATG‑TTAAACATAAAAAATGGa > 1:2426535/1‑91 (MQ=255) aCATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATG‑TTAAACATAAAAAATGGa > 1:2841626/1‑91 (MQ=255) 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tatGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATG‑TTAAACATAAAAAATGGACTGGAtagta > 1:1064092/1‑91 (MQ=255) atGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATG‑TTAAACATAAAAAATGGACTGGAtagtag > 2:1930949/1‑91 (MQ=255) gacataaggtcttggactaataattgtccatgccttatgtcTTTTTTGATTCTAAAAATG‑TTAAACATAAAAAATGGACTGGATAgtagta > 1:3264530‑M2/42‑91 (MQ=255) GACATAAGGCATGGATAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATG‑TTAAAAAAAAAAAATGGACTGGATAgtagta > 2:2405264‑M1/1‑91 (MQ=255) GACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATG‑TTAAACATAAAAAATGGACTGGATAgtagta > 2:127901‑M1/1‑91 (MQ=255) ATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATG‑TTAAACATAAAAAATGGACTGGATAGTAGtacta < 2:863213‑M1/91‑3 (MQ=255) tacggtcttggactcataattgtccatgccttatgtcTTTTTTGATTCCACAACTG‑TTCAACATAAAAAATGGCCTGCATCGTAGTACCAg > 2:602414‑M2/38‑91 (MQ=255) taaggtcttggactaataattgtccatgccttatgtcTTTTTTGATTCTAAAAATG‑TTAAACATAAAAAATGGACTGGATAGTAGTACCAg > 2:2050989‑M2/38‑91 (MQ=255) taaggtcttggactaataattgtccatgccttatgtcTTTTTTGATTCTAAAAATG‑TTAAACATAAAAAATGGACTGGATAGTAGTACCAg > 1:438778‑M2/38‑91 (MQ=255) TAAGGCATGGACAAGTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTGAAAATG‑TTAAACATAAAAAATGGACTGGATAGTAGTACCAg > 2:221160‑M1/1‑91 (MQ=255) ggtcttggactaataattgtccatgccttatgtcTTTTTTGATTCTAAAAATG‑TTAAACATAAAAAATGGACTGGATAGTAGTACCAGTcc > 1:3346183‑M2/35‑91 (MQ=255) GGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATG‑TTAAACATAAAAAATGGACTGGATAGTAGTACCAGTcc > 2:2322423‑M1/1‑91 (MQ=255) tcttggactaataattgtccatgccttatgtcTTTTTTGATTCTAAAAATG‑TTAAACATAAAAAATGGACTGGATAGTAGTACCAGTCCaa > 2:330906‑M2/33‑91 (MQ=255) tcttggactaataattgtccatgccttatgtcTTTTTTGATTCTAAAAATG‑TTAAACATAAAAAATGGACTGGATAGTAGTACCAGTCCaa > 1:179385‑M2/33‑91 (MQ=255) cATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATG‑TTAAACATAAAAAATGGACTGGATAGTAGTACCAGTCCaa < 1:528386/91‑1 (MQ=255) aTGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATG‑TTAAACATAAAAAATGGACTGGATAGTAGTACCAGTCCAAc > 1:278093/1‑91 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |