| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 971394 = | 213 (1.050) | 23 (0.130) | 11/142 | NT | 11.4% | intergenic (+22/+149) | USA300HOU_RS04810/cdr | hypothetical protein/Coenzyme A disulfide reductase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 971435 = | 170 (0.940) | intergenic (+63/+108) | USA300HOU_RS04810/cdr | hypothetical protein/Coenzyme A disulfide reductase | |||||
Only 100 of 280 total aligned reads displayed.
ATCATCACAATGGTATTAGGTGTCATTCTACCGTTAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATGTTAAACATAAAAAATGGACTGGATAGTAGTA > USA300TCH1516_ALE/971304‑971484 | tctaatcttaattgtctaggttagaattatgttggactggtactactatccagtccattttttatgtttaacatttttagaatcaaaaaag < 2:1002709‑M1/1‑1 (MQ=255)atcatcACAATGGTATTAGGTGTCATTCTACCGTTAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATg < 1:926561/91‑1 (MQ=255) tcatcaCAATGGTATTAGGTGTCATTCTACCGTTAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGa > 2:3081000/1‑91 (MQ=255) tcatcaCAATGGTATTAGGTGTCATTCTACCGTTAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGa > 2:222773/1‑91 (MQ=255) tcatcaCAATGGTATTAGGTGTCATTCTACCGTTAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGa > 1:793353/1‑91 (MQ=255) catcaCAATGGTATTAGGTGTCATTCTACCGTTAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGAc < 2:3370724/91‑1 (MQ=255) atcttaattgtctaggttagaattatgttggactggtactactatccagtccattttttatgtttaacatttttagaatcaaaaaaGACAt > 2:833298‑M1/87‑91 (MQ=255) atcttaattgtctaggttagaattatgttggactggtactactatccagtccattttttatgtttaacatttttagaatcaaaaaaGACAt > 2:1433626‑M1/87‑91 (MQ=255) atcttaattgtctaggttagaattatgttggactggtactactatccagtccattttttatgtttaacatttttagaatcaaaaaaGACAt < 1:3757179‑M1/5‑1 (MQ=255) cacaATGGTATTAGGTGTCATTCTACCGTTAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATa < 1:747063/91‑1 (MQ=255) cttaattgtctaggttagaattatgttggactggtactactatccagtccattttttatgtttaacatttttagaatcgaaaaaGACATaa > 1:3033872‑M1/85‑91 (MQ=255) ttacttgtctaggatagaattatgttggcctggtactactatccagtccattttttatgtgtaacatttttagtatcaaacacGACATAAg < 2:741667‑M1/8‑1 (MQ=255) ttaattgtctaggttagaattatgttggactggtactactatccagtccattttttatgtttaacatttttagaatcaaaaaaGACATAAg > 1:3585818‑M1/84‑91 (MQ=255) aaTGGTATTAGGTGTCATTCTACCGTTAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAgg < 1:2525110/91‑1 (MQ=255) tGGTATTAGGTGTCATTCTACCGTTAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCa > 1:1597302/1‑91 (MQ=255) ggTATTAGGTGTCATTCTACCGTTAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCAt > 2:3741141/1‑91 (MQ=255) gTATTAGGTGTCATTCTACCGTTAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATg < 2:608834/91‑1 (MQ=255) gTATTAGGTGTCATTCTACCGTTAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATg < 2:3232232/91‑1 (MQ=255) gTATTAGGTGTCATTCTACCGTTAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATg < 2:3090519/91‑1 (MQ=255) tATTAGGTGTCATTCTACCGTTAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATgg > 1:1024744/1‑91 (MQ=255) tATTAGGTGTCATTCTACCGTTAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATgg > 1:234978/1‑91 (MQ=255) tAGGTGTCATTCTACCGTTAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACa > 2:2787948/1‑91 (MQ=255) aGGTGTCATTCTACCGTTAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACaa > 2:238169/1‑91 (MQ=255) ggTGTCATTCTACCGTTAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAat < 2:3313605/91‑1 (MQ=255) gtCATTCTACCGTTAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAattat < 1:486531/91‑1 (MQ=255) tCATTCTACCGTTAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAattatt > 2:1983974/1‑91 (MQ=255) cATTCTACCGTTAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGTTAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAAttatta > 2:3471730/1‑91 (MQ=255) cATTCTACCGTTAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAAttatta > 2:2583375/1‑91 (MQ=255) aattatgttggactggtactactatccagtccattttttatgtttaacatttttagaatcaaaaaaGACATAAGGCATGGACAATTATTAg > 2:1770‑M1/67‑91 (MQ=255) aTTCTACCGTTAGGGCCTATATCAAAATTGTTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAg < 1:3166673/91‑1 (MQ=255) aTTCTACCGTTAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAg < 1:844420/91‑1 (MQ=255) aTTCTACCGTTAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAg < 2:1245923/91‑1 (MQ=255) aTTCTACCGTTAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAg > 1:1331364/1‑91 (MQ=255) ttCTACCGTTAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGt < 2:3961589/91‑1 (MQ=255) tCTACCGTTAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTc > 2:3238312/1‑91 (MQ=255) tACCGTTAGGGCGTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCa < 2:3286963/91‑1 (MQ=255) tACCGTTAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCa > 1:3773200/1‑91 (MQ=255) tACCGTTAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCa > 2:1680976/1‑91 (MQ=255) aCCGTTAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCaa < 1:2306309/91‑1 (MQ=255) gttggactggtactactatccagtccattttttatgtttaacatttttagaatcaaaaaaGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAg > 2:1735591‑M1/61‑91 (MQ=255) cGTTAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGa > 2:802428/1‑91 (MQ=255) gTTAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGAc < 2:498799/91‑1 (MQ=255) ttAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGAcc > 2:566549/1‑91 (MQ=255) ttAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGAcc > 2:1307145/1‑91 (MQ=255) ttAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGAcc > 1:945883/1‑91 (MQ=255) tAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCt > 1:118275/1‑91 (MQ=255) tAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCt > 2:1518992/1‑91 (MQ=255) tAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCt < 2:1372011/91‑1 (MQ=255) actggtactactatccagtccattttttatgtttaacatttttagaatcaaaaaaGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCtt > 1:1495798‑M1/56‑91 (MQ=255) ctggtactactatccagtccattttttatgtttaacatttttagaatcaaaaaaGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTa > 1:438778‑M1/55‑91 (MQ=255) ctggtactactatccagtccattttttatgtttaacatttttagaatcaaaaaaGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTa > 2:2050989‑M1/55‑91 (MQ=255) ggCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTAt > 2:2963280/1‑91 (MQ=255) ccTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGt < 1:10808/91‑1 (MQ=255) ccTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGt > 2:280960/1‑91 (MQ=255) ccTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGt > 1:2198325/1‑91 (MQ=255) ccTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGt > 1:2874256/1‑91 (MQ=255) tactactatccagtccattttttatgtttaacatttttagaatcaaaaaaGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTc > 1:3264530‑M1/51‑91 (MQ=255) tataTCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCt < 1:675189/91‑1 (MQ=255) tataTCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCt < 1:1718725/91‑1 (MQ=255) atCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACAAATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCtttt < 2:3790579/91‑1 (MQ=255) tCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCttttt < 1:1932895/91‑1 (MQ=255) ctatccagtccattttttatgtttaacatttttagaatcaaaaatGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCttttt > 1:2803782‑M1/46‑91 (MQ=255) aaaaTTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTg > 1:549157/1‑91 (MQ=255) aaaaTTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCCTTTTTg > 2:2167182/1‑91 (MQ=255) aaaTTATACGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATCTGACATCAGGCATGGACAATTATTACCCCAAGACCCTATGTCTTTTTTgt > 2:3675834/1‑90 (MQ=255) aaTTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGAt > 1:1586248/1‑91 (MQ=255) ttattCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTc < 1:2578787/91‑1 (MQ=255) tattCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCt < 2:2318049/91‑1 (MQ=255) tattCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCt < 2:78778/91‑1 (MQ=255) attCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTa < 2:2833224/91‑1 (MQ=255) attCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTa < 1:2033983/91‑1 (MQ=255) attCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGCCCACGACCTTATGTCTCTTTTGATTCTa > 2:270578/1‑91 (MQ=255) tCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTaaa < 2:15495/91‑1 (MQ=255) cGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTaaaa > 1:2006510/1‑91 (MQ=255) cGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTaaaa > 1:2986292/1‑91 (MQ=255) gTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAAt < 2:2444802/91‑1 (MQ=255) tATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATg > 1:3101790/1‑91 (MQ=255) tATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATg > 1:3470857/1‑91 (MQ=255) 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aaTTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATGTTAAACAt > 1:1941567/1‑91 (MQ=255) aTTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATGTTAAACATa < 1:1803487/91‑1 (MQ=255) ttGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATGTTAAACATaa < 2:3716476/91‑1 (MQ=255) aTAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATGTTAAACATaaaaa > 2:36028/1‑91 (MQ=255) aGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATGTTAAACATAAAAAATg < 2:3487924/91‑1 (MQ=255) aCATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATGTTAAACATCAAAAATGGa > 1:3547237/1‑91 (MQ=255) aCATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATGTTAAACATAAAAAATGGa < 2:2674380/91‑1 (MQ=255) aCATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATGTTAAACATAAAAAATGGa < 1:2975565/91‑1 (MQ=255) taGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATGTTAAACATAAAAAATGGACTGGa > 2:253152/1‑91 (MQ=255) taGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATGTTAAACATAAAAAATGGACTGGa > 1:623147/1‑91 (MQ=255) atatGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATGTTAAACATAAAAAATGGACTGGAtagt > 1:1452199/1‑91 (MQ=255) tatGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATGTTAAACATAAAAAATGGACTGGAtagta > 1:1064092/1‑91 (MQ=255) atGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATGTTAAACATAAAAAATGGACTGGAtagtag > 2:1930949/1‑91 (MQ=255) tGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATGTTAAACATAAAAAATGGACTGGATagtagt < 1:2205197/91‑1 (MQ=255) | ATCATCACAATGGTATTAGGTGTCATTCTACCGTTAGGGCCTATATCAAAATTATTCGGTATTGGCTAATTGATAAGACATATAGTATATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGTCTTTTTTGATTCTAAAAATGTTAAACATAAAAAATGGACTGGATAGTAGTA > USA300TCH1516_ALE/971304‑971484 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |