| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 979665 | 216 (1.060) | 11 (0.060) | 8/144 | NT | 5.0% | coding (594/870 nt) | ampR | HTH‑type transcriptional activator AmpR |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 979685 | 220 (1.200) | coding (574/870 nt) | ampR | HTH‑type transcriptional activator AmpR | |||||
CTTGATTCATTTCGATTAATTTAATTGAAGTATGCACATCATTGATAGATAGAAATTGTGCTTTTTCATAAATATTTAAAATATTATTTTTAAGTGAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/979568‑979665‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑taagtgatAACCATCCAGAATATTGGTCATCACTTAAAAATAATATTTTAAATATTTATGAAAAAGCACAATTTCTATCTATCAATGATGTGCATACT < USA300TCH1516_ALE/979685‑979596 CTTGATTCATTTCGATTAATTTAATTGAAGTATGCACATCATTGATAGATAGAAATTGTGCTTTTTCATAAATATTTAAAATATTATTTTT > 2:84201/1‑91CTTGATTCATTTCGATTAATTTAATTGAAGTATGCACATCATTGATAGATAGAAATTGTGCTTTTTCATAAATATTTAAAATATTATTTTT < 2:662282/91‑1CTTGATTCATTTCGATTAATTTAATTGAAGTATGCACATCATTGATAGATAGAAATTGTGCTTTTTCATAAATATTTAAAATATTATTTTT > 1:2969674/1‑91CTTGATTCATTTCGATTAATTTAATTGAAGTATGCACATCATTGATAGATAGAAATTGTGCTTTTTCATAAATATTTAAAATATTATTTTT > 1:2969709/1‑91 TTGATTCATTTCGATTAATTTAATTGAAGTATGCACATCATTGATAGATAGAAATTGTGCTTTTTCATAAATATTTAAAATATTATTTTTA < 1:205262/91‑1 TTGATTCATTTCGATTAATTTAATTGAAGTATGCACATCATTGATAGATAGAAATTGTGCTTTTTCATAAATATTTAAAATATTATTTTTA < 1:727336/91‑1 TGATTCATTTCGATTAATTTAATTGAAGTATGCACATCATTGATAGATAGAAATTGTGCTTTTTCATAAATATTTAAAATATTATTTTTAA > 2:57317/1‑91 TGATTCATTTCGATTAATTTAATTGAAGTATGCACATCATTGATAGATAGAAATTGTGCTTTTTCATAAATATTTAAAATATTATTTTTAA > 2:56875/1‑91 TGATTCATTTCGATTAATTTAATTGAAGTATGCACATCATTGATAGATAGAAATTGTGCTTTTTCATAAATATTTAAAATATTATTTTTAA > 1:940685/1‑91 GATTCATTTCGATTAATTTAATTGAAGTATGCACATCATTGATAGATAGAAATTGTGCTTTTTCATAAATATTTAAAATATTATTTTTAAG > 2:1113315/1‑91 ATTCATTTCGATTAATTTAATTGAAGTATGCACATCATTGATAGATAGAAATTGTGCTTTTTCATAAATATTTAAAATATTATTTTTAAGT > 2:3816976/1‑91 TTCATTTCGATTAATTTAATTGAAGTATGCACATCATTGATAGATAGAAATTGTGCTTTTTCATAAATATTTAAAATATTATTTTTAAGTG > 2:54991/1‑91 TTCATTTCGATTAATTTAATTGAAGTATGCACATCATTGATAGATAGAAATTGTGCTTTTTCATAAATATTTAAAATATTATTTTTAAGTG < 2:1296849/91‑1 TCATTTCGATTAATTTAATTGAAGTATGCACATCATTGATAGATAGAAATTGTGCTTTTTCATAAATATTTAAAATATTATTTTTAAGTGA < 1:1687751/91‑1 TCATTTCGATTAATTTAATTGAAGTATGCACATCATTGATAGATAGAAATTGTGCTTTTTCATAAATATTTAAAATATTATTTTTAAGTGA < 1:1687764/91‑1 CATTTCGATTAATTTAATTGAAGTATGCACATCATTGATAGATAGAAATTGTGCTTTTTCATAAATATTTAAAATATTATTTTTAAGTGAT > 1:1759872/1‑91 TTGAAGTATGCACATCATTGATAGATAGAAATTGTGCTTTTTCATAAATATTTAAAATATTATTTTTAAGTGATAACCATCCAGAATATTG < 2:336984/91‑1 AGTATGCACATCATTGATAGATAGAAATTGTGCTTTTTCATAAATATTTAAAATATTATTTTTAAGTGATAACCATCCAGAATATTGGTCA < 1:534256/91‑1 CATTGATAGATAGAAATTGTGCTTTTTCATAAATATTTAAAATATTATTTTTAAGTGATAACCATCCAGAATATTGGTCATCACTTAAAAA < 1:3741866/91‑1 CATTGATAGATAGAAATTGTGCTTTTTCATAAATATTTAAAATATTATTTTTAAGTGATAACCATCCAGAATATTGGTCATCACTTAAAAA < 1:3741867/91‑1 ATTGATAGATAGAAATTGTGCTTTTTCATAAATATTTAAAATATTATTTTTAAGTGATAACCATCCAGAATATTGGTCATCACTTAAAAAT < 1:2044253/91‑1 TGATAGATAGAAATTGTGCTTTTTCATAAATATTTAAAATATTATTTTTAAGTGATAACCATCCAGAATATTGGTCATCACTTAAAAATAA < 2:2317707/91‑1 AGATAGAAATTGTGCTTTTTCATAAATATTTAAAATATTATTTTTAAGTGATAACCATCCAGAATATTGGTCATCACTTAAAAATAATATT < 2:1642378/91‑1 ATAGAAATTGTGCTTTTTCATAAATATTTAAATTATTATTTTTAAGTGATAACCATCCAGAATATTGGTCATCACTTAAAAATAATATTTT < 2:3947214/91‑1 ATAGAAATTGTGCTTTTTCATAAATATTTAAAATATTATTTTTAAGTGATAACCATCCAGAATATTGGTCATCACTTAAAAATAATATTTT < 2:2729382/91‑1 TAGAAATTGTGCTTTTTCATAAATATTTAAAATATTATTTTTAAGTGATAACCATCCAGAATATTGGTCATCACTTAAAAATAATATTTTA < 1:2731274/91‑1 TAGAAATTGTGCTTTTGCATAAATATTTAAAATATTATTTTTAAGTGATAACCATCCAGAATATTGGTCATCACTTAAAAATAATATTTTA < 2:3040115/91‑1 AAGTGATAACCATCCAGAATATTGGTCATCACTTAAAAATAATATTTTAAATATTTATGAAAAAGCACAATTTCTATCTATCAATGATGTG < 2:307047/91‑1 AAGTGATAACCATCCAGAATATTGGTCATCACTTAAAAATAATATTTTAAATATTTATGAAAAAGCACAATTTCTATCTATCAATGATGTG > 2:2541565/1‑91 AAGTGATAACCATCCAGAATATTGGTCATCACTTAAAAATAATATTTTAAATATTTATGAAAAAGCACAATTTCTATCTATCAATGATGTG < 2:1952000/91‑1 AAGTGATAACCATCCAGAATATTGGTCATCACTTAAAAATAATATTTTAAATATTTATGAAAAAGCACAATTTCTATCTATCAATGATGTG < 2:3583132/91‑1 AAGTGATAACCATCCAGAATATTGGTCATCACTTAAAAATAATATTTTAAATATTTATGAAAAAGCACAATTTCTATCTATCAATGATGTG > 1:2266153/1‑91 AGTGATAACCATCCAGAATATTGGTCATCACTTAAAAATAATATTTTAAATATTTATGAAAAAGCACAATTTCTATCTATCAATGATGTGC > 2:215168/1‑91 AGTGATAACCATCCAGAATATTGGTCATCACTTAAAAATAATATTTTAAATATTTATGAAAAAGCACAATTTCTATCTATCAATGATGTGC > 2:2185566/1‑91 AGTGATAACCATCCAGAATATTGGTCATCACTTAAAAATAATATTTTAAATATTTATGAAAAAGCACAATTTCTATCTATCAATGATGTGC > 1:350925/1‑91 AGTGATAACCATCCAGAATATTGGTCATCACTTAAAAATAATATTTTAAATATTTATGAAAAAGCACAATTTCTATCTATCAATGATGTGC > 2:2509516/1‑91 GTGATAACCATCCAGAATATTGGTCATCACTTAAAAATAATATTTTAAATATTTATGAAAAAGCACAATTTCTATCTATCAATGATGTGCA < 2:1507701/91‑1 GTGATAACCATCCAGAATATTGGTCATCACTTAAAAATAATATTTTAAATATTTATGAAAAAGCACAATTTCTATCTATCAATGATGTGCA < 1:2460534/91‑1 GTGATAACCATCCAGAATATTGGTCATCACTTAAAAATAATATTTTAAATATTTATGAAAAAGCACAATTTCTATCTATCAATGATGTGCA > 1:72761/1‑91 GTGATAACCATCCAGAATATTGGTCATCACTTAAAAATAATATTTTAAATATTTATGAAAAAGCACAATTTCTATCTATCAATGATGTGCA > 1:3697649/1‑91 TGATAACCATCCAGAATATTGGTCATCACTTAAAAATAATATTTTAAATATTTATGAAAAAGCACAATTTCTATCTATCAATGATGTGCAT > 2:1303275/1‑91 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TAACCATCCAGAATATTGGTCATCACTTAAAAATAATATTTTAAATATTTATGAAAAAGCACAATTTCTATCTATCAATGATGTGCATACT < 2:2652720/91‑1 TAACCATCCAGAATATTGGTCATCACTTAAAAATAATATTTTAAATATTTATGAAAAAGCACAATTTCTATCTATCAATGATGTGCATACT < 2:2075995/91‑1 TAACCATCCAGAATATTGGTCATCACTTAAAAATAATATTTTAAATATTTATGAAAAAGCACAATTTCTATCTATCAATGATGTGCATACT > 2:1117218/1‑91 TAACCATCCAGAATATTGGTCATCACTTAAAAATAATATTTTAAATATTTATGAAAAAGCACAATTTCTATCTATCAATGATGTGCATACT > 1:3271479/1‑91 TAACCATCCAGAATATTGGTCATCACTTAAAAATAATATTTTAAATATTTATGAAAAAGCACAATTTCTATCTATCAATGATGTGCATACT < 1:3568297/91‑1 CTTGATTCATTTCGATTAATTTAATTGAAGTATGCACATCATTGATAGATAGAAATTGTGCTTTTTCATAAATATTTAAAATATTATTTTTAAGTGAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/979568‑979665‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑taagtgatAACCATCCAGAATATTGGTCATCACTTAAAAATAATATTTTAAATATTTATGAAAAAGCACAATTTCTATCTATCAATGATGTGCATACT < USA300TCH1516_ALE/979685‑979596 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |