New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 979665 | 216 (1.060) | 11 (0.060) | 8/144 | NT | 5.0% | coding (594/870 nt) | ampR | HTH‑type transcriptional activator AmpR |
? | USA300TCH1516_ALE | = 979685 | 220 (1.200) | coding (574/870 nt) | ampR | HTH‑type transcriptional activator AmpR |
Only 100 of 287 total aligned reads displayed.
AAGTATGCACATCATTGATAGATAGAAATTGTGCTTTTTCATAAATATTTAAAATATTATTTTTAAGTGATGACCAATATTCTGGATGGTTATCACTTATTATTTTGTATTTTTCAAATAAAGATGCCTCAGTTAGAAGATGATTATTCTCTTTATTGGGAGCAATCAATACAATTTTACC > USA300TCH1516_ALE/979595‑979775 | aGTATGCACATCATTGATAGATAGAAATTGTGCTTTTTCATAAATATTTAAAATATTATTTTTAAGTGATGACCAATATTCTGGATGGTTa > 2:1117218‑M2/1‑90 (MQ=255) aGTATGCACATCATTGATAGATAGAAATTGTGCTTTTTCATAAATATTTAAAATATTATTTTTAAGTGATGACCAATATTCTGGATGGTTa < 1:3568297‑M2/91‑2 (MQ=255) gTATGCACATCATTGATAGATAGAAATTGTGCTTTTTCATAAATATTTAAAATATTATTTTTAAGTGATGACCAATATTCTGGATGGTTat < 1:1760558‑M2/91‑3 (MQ=255) gTATGCACATCATTGATAGATAGAAATTGTGCCTTTTCATAAATATTTAAAATATTATTTTTAAGTGATGACCAATATTCTGGATGGTTat < 1:1319763‑M2/91‑3 (MQ=255) aTGCACATCATTGATAGATAGAAATTGTGCTTTTTCATAAATATTTAAAATATTATTTTTAAGTGATGACCAATATTCTGGATGGTTatca > 2:1303275‑M2/1‑87 (MQ=255) tGCACATCATTGATAGATAGAAATTGTGCTTTTTCATAAATATTTAAAATATTATTTTTAAGTGATGACCAATATTCTGGATGGTTatcac < 2:1507701‑M2/91‑6 (MQ=255) tGCACATCATTGATAGATAGAAATTGTGCTTTTTCATAAATATTTAAAATATTATTTTTAAGTGATGACCAATATTCTGGATGGTTatcac > 1:72761‑M2/1‑86 (MQ=255) gCACATCATTGATAGATAGAAATTGTGCTTTTTCATAAATATTTAAAATATTATTTTTAAGTGATGACCAATATTCTGGATGGTTatcact > 2:2509516‑M2/1‑85 (MQ=255) cacaTCATTGATAGATAGAAATTGTGCTTTTTCATAAATATTTAAAATATTATTTTTAAGTGATGACCAATATTCTGGATGGTTatcactt > 2:2541565‑M2/1‑84 (MQ=255) cacaTCATTGATAGATAGAAATTGTGCTTTTTCATAAATATTTAAAATATTATTTTTAAGTGATGACCAATATTCTGGATGGTTatcactt > 1:2266153‑M2/1‑84 (MQ=255) catcatTGATAGATAGAAATTGTGCTTTTTCATAAATATTTAAAATATTATTTTTAAGTGATGACCAATATTCTGGATGGTTATCACttat > 2:2668007/1‑91 (MQ=255) catTGATAGATAGAAATTGTGCTTTTTCATAAATATTTAAAATATTATTTTTAAGTGATGACCAATATTCTGGATGGTTATCACTtattat > 2:2147831/1‑91 (MQ=255) ttGATAGATAGAAATTGTGCTTTTTCATAAATATTTAAAATATTATTTTTAAGTGATGACCAATATTCTGGATGGTTATCACTTATTAttt < 1:3318028/91‑1 (MQ=255) ttGATAGATAGAAATTGTGCTTTTTCATAAATATTTAAAATATTATTTTTAAGTGATGACCAATATTCTGGATGGTTATCACTTATTAttt < 2:610528/91‑1 (MQ=255) 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tagatagaAATTGTGCTTTTTCATAAATATTTAAAATATTATTTTTAAGTGATGACCAATATTCTGGATGGTTATCACTTATTATTTTGTa < 2:3715609/91‑1 (MQ=255) tagatagaAATTGTGCTTTTTCATAAATATTTAAAATATTATTTTTAAGTGATGACCAATATTCTGGATGGTTATCACTTATTATTTTGTa < 2:245796/91‑1 (MQ=255) agatagaAATTGTGCTTTTTCATAAATATTTAAAATATTATTTTTAAGTGATGACCAATATTCTGGATGGTTATCACTTATTATTTTGTAt > 2:1138491/1‑91 (MQ=255) atagaAATTGTGCTTTTTCATAAATATTTAAAATATTATTTTTAAGTGATGACCAATATTCTGGATGGTTATCACTTATTATTTTGTAttt < 1:433251/91‑1 (MQ=255) atagaAATTGTGCTTTTTCATAAATATTTAAAATATTATTTTTAAGTGATGACCAATATTCTGGATGGTTATCACTTATTATTTTGTAttt > 1:251137/1‑91 (MQ=255) tagaAATTGTGCTTTTTCATAAATATTTAAAATATTATTTTTAAGTGATGACCAATATTCTGGATGGTTATCACTTATTATTTTGTAtttt > 2:2164358/1‑91 (MQ=255) tagaAATTGTGCTTTTTCATAAATATTTAAAATATTATTTTTAAGTGATGACCAATATTCTGGATGGTTATCACTTATTATTTTGTAtttt < 2:1920939/91‑1 (MQ=255) agaAATTGTGCTTTTTCATAAATATTTAAAATATTATTTTTAAGAGATGACCAATATTCTGGATGGTTATCACTTATTATTTTGTAttttt < 2:2215748/91‑1 (MQ=255) gaAATTGTGCTTTTTCATAAATATTTAAAATATTATTTTTAAGTGATGACCAATATTCTGGATGGTTATCACTTATTATTTTGTATTTTTc < 1:3746562/91‑1 (MQ=255) aaaTTGTGCTTTTTCATAAATATTTAAAATATTATTTTTAAGTGATGACCAATATTCTGGATGGTTATCACTTATTATTTTGTATTTTTCa < 2:121810/91‑1 (MQ=255) aaaTTGTGCTTTTTCATAAATATTTAAAATATTATTTTTAAGTGATGACCAATATTCTGGATGGTTATCACTTATTATTTTGTATTTTTCa < 2:406985/91‑1 (MQ=255) aaTTGTGCTTTTTCATAAATATTTAAAATATTATTTTTAAGTGATGACCAATATTCTGGATGGTTATCACTTATTATTTTGTATTTTTCaa < 2:3213613/91‑1 (MQ=255) aaTTGTGCTTTTTCATAAATATTTAAAATATTATTTTTAAGTGATGACCAATATTCTGGATGGTTATCACTTATTATTTTGTATTTTTCaa < 2:3370871/91‑1 (MQ=255) aTTGTGCTTTTTCATAAATATTTAAAATATTATTTTTAAGTGATGACCAATATTCTGGATGGTTATCACTTATTATTTTGTATTTTTCaaa > 1:2878516/1‑91 (MQ=255) aTTGTGCTTTTTCATAAATATTTAAAATATTATTTTTAAGTGATGACCAATATTCTGGATGGTTATCACTTATTATTTTGTATTTTTCaaa < 2:2199315/91‑1 (MQ=255) aTTGTGCTTTTTCATAAATATTTAAAATATTATTTTTAAGTGATGACCAATATTCTGGATGGTTATCACTTATTATTTTGTATTTTTCaaa < 2:1794588/91‑1 (MQ=255) aTTGTGCTTTTTCATAAATATTTAAAATATTATTTTTAAGTGATGACCAATATTCTGGATGGTTATCACTTATTATTTTGTATTTTTCaaa < 2:1999432/91‑1 (MQ=255) aTTGGGCTTTTTCATAAATATTTAAAATATTATTTTTAAGTGATGACCAATAGTCTGGATGGTTATCACTTATTATTTTGTATTTTTCaaa < 2:164136/91‑1 (MQ=255) ttGTGCTTTTTCATAAATATTTAAAATATTATTTTTAAGTGATGACCAATGTTCTGGATGGTTATCACTTATTATTTTGTATTTTTCAAAt < 2:3253185/91‑1 (MQ=255) gCTTTTTCATAAATATTTAAAATATTATTTTTAAGTGATGACCAATCTTCTGGATGGTTATCACTTATTATTTTGTATTTTTCAAATAAAg > 2:3553982/1‑91 (MQ=255) tttttCATAAATATTTAAAATATTATTTTTAAGTGATGACCAATATTCTGGATGGTTATCACTTATTATTTTGTATTTTTCAAATAAAGAt > 1:787785/1‑91 (MQ=255) ttttCATAAATATTTAAAATATTATTTTTAAGTGATGACCAATATTCTGGATGGTTATCACTTATTATTTTGTATTTTTCAAATAAAGATg > 2:2129775/1‑91 (MQ=255) ttttCATAAATATTTAAAATATTATTTTTAAGTGATGACCAATATTCTGGATGGTTATCACTTATTATTTTGTATTTTTCAAATAAAGATg > 1:3524486/1‑91 (MQ=255) ttttCATAAATATTTAAAATATTATTTTTAAGTGATGACCAATATTCTGGATGGTTATCACTTATTATTTTGTATTTTTCAAATAAAGATg > 2:453588/1‑91 (MQ=255) 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tAAAATATTATTTTTAAGTGATGACCAATATTCTGGATGGTTatcacttaaaaataatattttaaatatttatgaaaaagcacaatttcta < 1:2731274‑M2/91‑50 (MQ=255) tAAAATATTATTTTTAAGTGATGACCAATATTCTGGATGGTTATCACTTATTATTTTGTATTTTTCAAATAAAGATGCCTCAGTTagaaga < 1:839558/91‑1 (MQ=255) aaaaTATTATTTTTAAGTGATGACCAATATTCTGGATGGTTatcacttaaaaataatattttaaatatttatgaaaaagcacaatttctat < 2:2729382‑M2/91‑51 (MQ=255) aaaaTATTATTTTTAAGTGATGACCAATATTCTGGATGGTTATCACTTATTATTTTGTATTTTTCAAATAAAGATGCCTCAGTTAGAAgat < 1:1800597/91‑1 (MQ=255) aaaaTATTATTTTTAAGTGATGACCAATATTCTGGATGGTTATCACTTATTATTTTGTATTTTTCAAATAAAGATGCCTCAGTTAGAAgat < 2:2765277/91‑1 (MQ=255) aaTATTATTTTTAAGTGATGACCAATATTCTGGATGGTTATCACTTATTATTTTGTATTTTTCAAATAAAGATGCCTCAGTTAGAAgatga > 2:1190537/1‑91 (MQ=255) ttattTTTAAGTGATGACCAATATTCTGGATGGTTatcacttaaaaataatattttaaatatttatgaaaaagcacaatttctatctatca < 2:2317707‑M2/91‑57 (MQ=255) attTTTAAGTGATGACCAATATTCTGGATGGTTATCACTTATTATTTTGTATTTTTCAAATAAAGATGCCTCAGTTAGAAGATGATTATtc > 1:3451409/1‑91 (MQ=255) tttttAAGTGATGACCAATATTCTGGATGGTTATCACTTATTATTTTGTATTTTTCAAATAAAGATGCCTCAGTTAGAAGATGATTATtct < 1:1167866/91‑1 (MQ=255) tttttAAGTGATGACCAATATTCTGGATGGTTATCACTTATTATTTTGTATTTTTCAAATAAAGATGCCTCAGTTAGAAGATGATTATtct < 1:2917529/91‑1 (MQ=255) tttAAGTGATGACCAATATTCTGGATGGTTATCACTTATTATTTTGTATTTTTCAAATAAAGATGCCTCAGTTAGAAGATGATTATTctct < 2:866571/91‑1 (MQ=255) ttAAGTGATGACCAATATTCTGGATGGTTATCACTTATTATTTTGTATTTTTCAAATAAAGATGCCTCAGTTAGAAGATGATTATTCTCtt < 2:2044769/91‑1 (MQ=255) ttAAGTGATGACCAATATTCTGGATGGTTATCACTTATTATTTTGTATTTTTCAAATAAAGATGCCTCAGTTAGAAGATGATTATTCTCtt < 1:2415045/91‑1 (MQ=255) aGTGATGACCAATATTCTGGATGGTTATCACTTATTATTTTGTATTTTTCAAATAAAGATGCCTCAGTTAGAAGATGATTATTCTCTTTAt < 2:2356026/91‑1 (MQ=255) gTGATGACCAATATTCTGGATGGTTATCACTTATTATTTTGTATTTTTCAAATAAAGATGCCTCAGTTAGAAGATGATTATTCTCTTTAtt > 1:1677337/1‑91 (MQ=255) tgatgaCCAATATTCTGGATGGTTATCACTTATTATTTTGTATTTTTCAAATAAAGATGCCTCAGTTAGAAGATGATTATTCTCTTTATTg < 1:3913129/91‑1 (MQ=255) 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tatTCTGGATGGTTATCACTTATTATTTTGTATTTTTCAAATAAAGATGCCTCAGTTAGAAGATGATTATTCTCTTTATTGGGAGcaatca > 1:2517593/1‑91 (MQ=255) tatTCTGGATGGTTATCACTTATTATTTTGTATTTTTCAAATAAAGATGCCTCAGTTAGAAGATGATTATTCTCTTTATTGGGAGcaatca < 1:1081898/91‑1 (MQ=255) atTCTGGATGGTTATCACTTATTATTTTGTATTTTTCAAATAAAGATGCCTCAGTTAGAAGATGATTATTCTCTTTATTGGGAGcaatcaa > 2:977433/1‑91 (MQ=255) ttCTGGATGGTTATCACTTATTATTTTGTATTTTTCAAATAAAGATGCCTCAGTTAGAAGATGATTATTCTCTTTATTGGGAGcaatcaat < 1:1094931/91‑1 (MQ=255) tCTGGATGGTTATCACTTATTATTTTGTATTTTTCAAATAAAGATGCCTCAGTTAGAAGATGATTATTCTCTTTATTGGGAGAAATCAATa > 2:698448/1‑91 (MQ=255) cTGGATGGTTATCACTTATTATTTTGTATTTTTCAAATAAAGATGCCTCAGTTAGAAGATGATTATTCTCTTTATTGGGAGCAATCAATAc > 2:2613668/1‑91 (MQ=255) ggATGGTTATCACTTATTATTTTGTATTTTTCAAATAAAGATGCCTCAGTTAGAAGATGATTATTCTCTTTATTGGGAGCAATCAATACaa > 2:1747884/1‑91 (MQ=255) gATGGTTATCACTTATTATTTTGTATTTTTCAAATAAAGATGCCTCAGTTAGAAGATGATTATTCTCTTTATTGGGAGCAATCAATACAAt < 2:3029930/91‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |