| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 979665 | 216 (1.060) | 11 (0.060) | 8/144 | NT | 5.0% | coding (594/870 nt) | ampR | HTH‑type transcriptional activator AmpR |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 979685 | 220 (1.200) | coding (574/870 nt) | ampR | HTH‑type transcriptional activator AmpR | |||||
Only 100 of 325 total aligned reads displayed.
CATTTCGATTAATTTAATTGAAGTATGCACATCATTGATAGATAGAAATTGTGCTTTTTCATAAATATTTAAAATATTATTTTTAAGTGATGACCAATATTCTGGATGGTTATCACTTATTATTTTGTATTTTTCAAATAAAGATGCCTCAGTTAGAAGATGATTATTCTCTTTATTGGGA > USA300TCH1516_ALE/979575‑979755 | tttCGATTAATTTAATTGAAGTATGCACATCATTGATAGATAGAAATTGTGCTTTTTCATAAATATTTAAAATATTATTTTCAAGtgatga > 2:2087697/1‑91 (MQ=255) ttCGATTAATTTAATTGAAGTATGCACATCATTGATAGATAGAAATTGTGCTTTTTCATAAATATTTAAAATATTATTTTTAAGTGATGAc < 2:730004/91‑1 (MQ=255) tCGATTAATTTAATTGAAGTATGCACATCATTGATAGATAGAAATTGTGCTTTTTCATAAATATTTAAAATATTATTTTTAAGTGATGAcc < 1:558096/91‑1 (MQ=255) tCGATTAATTTAATTGAAGTATGCACATCATTGATAGATAGAAATTGTGCTTTTTCATAAATATTTAAAATATTATTTTTAAGTGATGAcc < 1:3956859/91‑1 (MQ=255) cGATTAATTTAATTGAAGTATGCACATCATTGATAGATAGAAATTGTGCTTTTTCATAAATATTTAAAATATTATTTTTAAGTGATGACCa < 2:2433107/91‑1 (MQ=255) gATTAATTTAATTGAAGTATGCACATCATTGATAGATAGAAATTGTGCTTTTTCATAAATATTTAAAATATTATTTTTAAGTTATGACCaa > 2:380441/1‑91 (MQ=255) 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aattGAAGTATGCACATCATTGATAGATAGAAATTGTGCTTTTTCATAAATATTTAAAATATTATTTTTAAGTGATGACCAATATTCTGGa < 1:316675/91‑1 (MQ=255) attGAAGTATGCACATCATTGATAGATAGAAATTGTGCTTTTTCATAAATATTTACAATATTATTTTTAAGTGATGACCAATATTCTGGAt > 2:927222/1‑91 (MQ=255) attGAAGTATGCACATCATTGATAGATAGAAATTGTGCTTTTTCATAAATATTTAAAATATTATTTTTAAGTGATGACCAATATTCTGGAt < 1:2590861/91‑1 (MQ=255) ttGAAGTATGCACATCATTGATAGATAGAAATTGTGCTTTTTCATAAATATTTACAATATTATTTTTAAGTGATGACCAATATTCTGGATg > 2:3119497/1‑91 (MQ=255) ttGAAGTATGCACATCATTGATAGATAGAAATTGTGCTTTTTCATAAATATTTAAAATATTATTTTTAAGTGATaaccatccagaatattg < 2:336984‑M1/91‑18 (MQ=255) ttGAAGTATGCACATCATTGATAGATAGAAATTGTGCTTTTTCATAAATATTTAAAATATTATTTTTAAGTGATGACCAATATTCTGGATg > 2:377756/1‑91 (MQ=255) tGAAGTATGCACATCATTGATAGATAGAAATTGTGCTTTTTCATAAATATTTAAAATATTATTTTTAAGTGATGACCAATATTCTGGATgg > 2:207216/1‑91 (MQ=255) tGAAGTATGCACATCATTGATAGATAGAAATTGTGCTTTTTCATAAATATTTAAAATATTATTTTTAAGTGATGACCAATATTCTGGATgg < 1:2079156/91‑1 (MQ=255) gAAGTATGCACATCATTGATAGATAGAAATTGTGCTTTTTCATAAATATTTAAAATATTATTTTTAAGTGATGACCAATATTCTGGATGGt < 1:841359/91‑1 (MQ=255) aaGTATGCACATCATTGATAGATAGAAATTGTGCTTTTTCATAAATATTTAAAATATTATTTTTAAGTGATGACCAATATTCTGGATGGtt < 1:1342719/91‑1 (MQ=255) aGTATGCACATCATTGATAGATAGAAATTGTGCTTTTTCATAAATATTTAAAATATTATTTTTAAGTGATGACCAATATTCTGGATGGTTa > 1:3271479‑M2/1‑90 (MQ=255) aGTATGCACATCATTGATAGATAGAAATTGTGCTTTTTCATAAATATTTAAAATATTATTTTTAAGTGATGACCAATATTCTGGATGGTTa < 1:3568297‑M2/91‑2 (MQ=255) gTATGCACATCATTGATAGATAGAAATTGTGCTTTTTCATAAATATTTAAAATATTATTTTTAAGTGATGACCAATATTCTGGATGGTTat < 1:1760558‑M2/91‑3 (MQ=255) aTGCACATCATTGATAGATAGAAATTGTGCTTTTTCATAAATATTTAAAATATTATTTTTAAGTGATGACCAATATTCTGGATGGTTatca > 2:1303275‑M2/1‑87 (MQ=255) aTGCACATCATTGATAGATAGAAATTGTGCTTTTTCATAAATATTTAAAATATTATTTTTAAGTGATGACCAATATTCTGGATGGTTatca > 2:3873871‑M2/1‑87 (MQ=255) tGCACATCATTGATAGATAGAAATTGTGCTTTTTCATAAATATTTAAAATATTATTTTTAAGTGATGACCAATATTCTGGATGGTTatcac < 1:2460534‑M2/91‑6 (MQ=255) 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gTGATGACCAATATTCTGGATGGTTATCACTTATTATTTTGTATTTTTCAAATAAAGATGCCTCAGTTAGAAGATGATTATTCTCTTTAtt < 2:757518/91‑1 (MQ=255) atgaCCAATATTCTGGATGGTTATCACTTATTATTTTGTATTTTTCAAATAAAGATGCCTCAGTTAGAAGATGATTATTCTCTTTATTggg < 1:343483/91‑1 (MQ=255) atgaCCAATATTCTGGATGGTTATCACTTATTATTTTGTATTTTTCAAATAAAGATGCCTCAGTTAGAAGATGATTATTCTCTTTATTggg < 1:1089984/91‑1 (MQ=255) aTaaccatccagaatattggtcatcacttaaaaataatattttaaatatttatgaaaaagcacaatttctatctatcaatgatgtgcatac < 2:2199895‑M1/91‑90 (MQ=255) tgaCCAATATTCTGGATGGTTATCACTTATTATTTTGTATTTTTCAAATAAAGATGCCTCAGTTAGAAGATGATTATTCTCTTTATTGGGa < 2:112595/91‑1 (MQ=255) taaccatccagaatattggtcatcacttaaaaataatattttaaatatttatgaaaaagcacaatttctatctatcaatgatgtgcatact < 2:347821‑M1/91‑91 (MQ=255) | CATTTCGATTAATTTAATTGAAGTATGCACATCATTGATAGATAGAAATTGTGCTTTTTCATAAATATTTAAAATATTATTTTTAAGTGATGACCAATATTCTGGATGGTTATCACTTATTATTTTGTATTTTTCAAATAAAGATGCCTCAGTTAGAAGATGATTATTCTCTTTATTGGGA > USA300TCH1516_ALE/979575‑979755 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |