| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1005781 = | 188 (0.920) | 30 (0.170) | 14/138 | NT | 15.8% | intergenic (+417/+43) | pepF1_1/USA300HOU_RS04965 | Oligoendopeptidase F, plasmid/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1005817 = | 157 (0.900) | intergenic (+453/+7) | pepF1_1/USA300HOU_RS04965 | Oligoendopeptidase F, plasmid/hypothetical protein | |||||
TAAATATCCAGATGGCGATTTCTGGAAATCTAAAATGCCTAAAATCAAATCAAAATAAATAAATTAAAGACCTCGTACACCATAAATGTAACGAGGTCTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1005881‑1005781‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑acgaggtctttAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTAGATTTCCAGAAATCGCCATCTGGATATTTAAGTTTTTCAATTTTTTGTTGAATGGC > USA300TCH1516_ALE/1005817‑1005907 TAAATATCCAGATGGCGATTTCTGGAAATCTAAGATGACTAAAATCCAATCAAAATAAATAAATTAAAGACCTCGTACACCATAAATGTAA > 1:3160780/1‑91 AAATATCCAGATGGCGATTTCTGGAAATCTAAAATGCCTAAAATCAAATCAAAATAAATAAATTAAAGACCTCGTACACCATAAATGTAAC < 1:320935/91‑1 AAATATCCAGATGGCGATTTCTGGAAATCTAAAATGCCTAAAATCAAATCAAAATAAATAAATTAAAGACCTCGTACACCATAAATGTAAC > 1:655881/1‑91 AATATCCAGATGGCGATTTCTGGAAATCTAAAATGCCTAAAATCAAATCAAAATAAATAAATTAAAGACCTCGTACACCATAAATGTAACG < 1:603594/91‑1 AATATCCAGATGGCGATTTCTGGAAATCTAAAATGCCTAAAATCAAATCAAAATAAATAAATTAAAGACCTCGTACACCATAAATGTAACG > 1:202203/1‑91 AATATCCAGATGGCGATTTCTGGAAATCTAAAATGCCTAAAATCAAATCAAAATAAATAAATTAAAGACCTCGTACACCATAAATGTAACG < 2:2299468/91‑1 ATATCCAGATGGCGATTTCTGGAAATCTAAAATGCCTAAAATCAAATCAAAATAAATAAATTAAAGACCTCGTACACCATAAATGTAACGA > 2:278122/1‑91 ATATCCAGATGGCGATTTCTGGAAATCTAAAATGCCTAAAATCAAATCAAAATAAATAAATTAAAGACCTCGTACACCATAAATGTAACGA > 2:278100/1‑91 ATATCCAGATGGCGATTTCTGGAAATCTAAAATGCCTAAAATCAAATCAAAATAAATAAATTAAAGACCTCGTACACCATAAATGTAACGA > 2:2480047/1‑91 ATATCCAGATGGCGATTTCTGGAAATCTAAAATGCCTAAAATCAAATCAAAATAAATAAATTAAAGACCTCGTACACCATAAATGTAACGA > 2:1950670/1‑91 TATCCAGATGGCGATTTCTGGAAATCTAAAATGCCTAAAATCAAATCAAAATAAATAAATTAAAGACCTCGTACACCATAAATGTAACGAG < 2:1457693/91‑1 TATCCAGATGGCGATTTCTGGAAATCTAAAATGCCTAAAATCAAATCAAAATAAATAAATTAAAGACCTCGTACACCATAAATGTAACGAG > 1:573251/1‑91 TATCCAGATGGCGATTTCTGGAAATCTAAAATGCCTAAAATCAAATCAAAATAAATAAATTAAAGACCTCGTACACCATAAATGTAACGAG < 1:2583270/91‑1 TATCCAGATGGCGATTTCTGGAAATCTAAAATGCCTAAAATCAAATCAAAATAAATAAATTAAAGACCTCGTACACCATAAATGTAACGAG < 2:3688885/91‑1 TATCCAGATGGCGATTTCTGGAAATCTAAAATGCCTAAAATCAAATCAAAATAAATAAATTAAAGACCTCGTACACCATAAATGTAACGAG > 1:1339844/1‑91 ATCCAGATGGCGATTTCTGTAAATCTAAAATGCCTAAAATCAAATCAAAATAAATAAATTAAAGACCTCGTACACAATAAATGTAACGAGG < 2:1208507/91‑1 ATCCAGATGGCGATTTCTGGAAATCTAAAATGCCTAAAATCAAATCAAAATAAATAAATTAAAGACCTCGTACACCATAAATGTAACGAGG > 1:2656130/1‑91 ATCCAGATGGCGATTTCTGGAAATCTAAAATGCCTAAAATCAAATCAAAATAAATAAATTAAAGACCTCGTACACCATAAATGTAACGAGG < 1:2727595/91‑1 ATCCAGATGGCGATTTCTGGAAATCTAAAATGCCTAAAATCAAATCAAAATAAATAAATTAAAGACCTCGTACACCATAAATGTAACGAGG < 1:2727977/91‑1 TCCAGATGGCGATTTCTGGAAATCTAAAATGCCTAAAATCAAATCAAAATAAATAAATTAAAGACCTCGTACACCATAAATGTAACGAGGT < 2:499087/91‑1 TCCAGATGGCGATTTCTGGAAATCTAAAATGCCTAAAATCAAATCAAAATAAATAAATTAAAGACCTCGTACACCATAAATGTAACGAGGT < 1:2926255/91‑1 CCAGATGGCGATTTCTGGAAATCTAAAATGCCTAAAATCAAATCAAAATAAATAAATTAAAGACCTCGTACACCATAAATGTAACGAGGTC > 2:3590242/1‑91 AGATGGCGATTTCTGGAAATCTAAAATGCCTAAAATCAAATCAAAATAAATAATTTAAAGACCTCGTACACCATAAATGTAACGAGGTCTT < 1:3350617/91‑1 AGATGGCGATTTCTGGAAATCTAAAATGCCTAAAATCAAATCAAAATAAATAAATTAAAGACCTCGTACACCATAAATGTAACGAGGTCTT < 2:1836188/91‑1 GATGGCGATTTCTGGAAATCTAAAATGCCTAATATCAAATCAAAATAAATAAATTAAAGACCTCGTACACCATAAATGTAACGAGGTCTTT < 1:3363512/91‑1 GATGGCGATTTCTGGAAATCTAAAATGCCTAAAATCAAATCAAAATAAATAAATTAGAGACCTCGTACACCATAAATGTAACGAGGTCTTT > 2:2294177/1‑91 GATGGCGATTTCTGGAAATCTAAAATGCCTAAAATCAAATCAAAATAAATAAATTAAAGACCTCGTACACCATAAATGTAACGAGGTCTTT < 2:990197/91‑1 AATAAATTAAAGACCTCGTACACCATAAATGTAACGAGGTCTTTAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTAGATTTCCAGAAA > 1:127892/1‑91 AATAAATTAAAGACCTCGTACACCATAAATGTAACGAGGTCTTTAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTAGATTTCCAGAAA > 1:297199/1‑91 AAATTAAAGACCTCGTACACCATAAATGTAACGAGGTCTTTAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTAGATTTCCAGAAATCG > 2:1970543/1‑91 TAAAGACCTCGTACACCATAAATGTAACGAGGTCTTTAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTAGATTTCCAGAAATCGACAT > 2:2033837/1‑91 CCTCGTACACCATAAATGTAACGAGGTCTTTAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTAGATTTCCAGAAATCGCCATCTGGAT > 1:707054/1‑91 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TACACCATAAATGTAACGAGGTCTTTACTTTATTCCTTTTGATTTGCTTTTAGGCATTTTAGATTTCCAGAAATAGCCATCTGGATATTTA > 2:1199807/1‑91 TACACCATAAATGTAACGAGGTCTTTAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTAGATTTCCAGAAATCGCCATCTGTATATTTA > 1:1976092/1‑91 TACACCATAAATGTAACGAGGTCTTTAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTAGATTTCCAGAAATCGCCATCTGGATATTTc > 2:1542632/1‑90 TACACCATAAATGTAACGAGGTCTTTAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTAGATTTCCAGAAATCGCCATCTGGATATTTA > 2:3529069/1‑91 TACACCATAAATGTAACGAGGTCTTTAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTAGATTTCCAGAAATCGCCATCTGGATATTTA > 1:2439566/1‑91 TACACCATAAATGTAACGAGGTCTTTAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTAGATTTCCAGAAATCGCCATCTGGATATTTA > 1:3797857/1‑91 ACACCATAAATGTAACGAGGTCTTTAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTAGATTTCCAGAAATCGCCATCTGGATATTTAA > 1:2253293/1‑91 ACACCATAAATGTAACGAGGTCTTTAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTAGATTTCCAGAAATCGCCATCTGGATATTTAA > 1:1954909/1‑91 ACACCATAAATGTAACGAGGTCTTTAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTAGATTTCCAGAAATCGCCATCTGGATATTTAA > 2:1281008/1‑91 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ACGAGGTCTTTAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTAGATTTCCAGAAATCGCCATCTGGATATTTAAGTTTTTCAATTTTT > 2:467923/1‑91 ACGAGGTCTTTAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTAGATTTCCAGAAATCGCCATCTGGATATTTAAGTTTTTCAATTTTT < 2:1277569/91‑1 CGAGGTCTTTAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGGATTTTAGATTTCCAGAAATCGTCATCTGGATATTTAAGTTTTTCAATTTTTT < 1:3461541/91‑1 CGAGGTCTTTAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTAGATTTCCAGAAATCGCCATCTGGATATTTAAGTTTTTCAATTTTTT < 1:865769/91‑1 GAGGTCTTTAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTAGATTTCCAGAAATCGCCATCTGGATATTTAAGTTTTTCAATTTTTTG < 2:2148717/91‑1 AGGTCTTTAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTAGATTTCCAGAAATCGCCATCTGGATATTTAAGTTTTTCAATTTTTTGT > 1:1385235/1‑91 AGGTCTTTAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTAGATTTCCAGAAATCGCCATCTGGATATTTAAGTTTTTCAATTTTTTGT < 2:3455124/91‑1 AGGTCTTTAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTAGATTTCCAGAAATCGCCATCTGGATATTTAAGTTTTTCAATTTTTTGT > 2:2938311/1‑91 AGGTCTTTAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTAGATTTCCAGAAATCGCCATCTGGATATTTAAGTTTTTCAATTTTTTGT > 2:2938312/1‑91 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CTTTAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTAGATTTCCAGAAATCGCCATCTGGATATTTAAGTTTTTCAATTTTTTGTTGAA > 1:2298066/1‑91 TTTAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTAGATTTCCAGAAATCGCCATCTGGATATTTAAGTTTTTCAATTTTTTGTTGAAT < 2:309283/91‑1 TTTAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTAGATTTCCAGAAATCGCCATCTGGATATTTAAGTTTTTCAATTTTTTGTTGAAT > 1:2053796/1‑91 TTTAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTAGATTTCCAGAAATCGCCATCTGGATATTTAAGTTTTTCAATTTTTTGTTGAAT < 2:2579910/91‑1 TAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTAGATTTCCAGAAATCGCCATCTGGATATTTAAGTTTTTCAATTTTTTGTTGAATGG > 1:2533253/1‑91 TAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTAGATTTCCAGAAATCGCCATCTGGATATTTAAGTTTTTCAATTTTTTGTTGAATGG > 1:712020/1‑91 TAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTAGATTTCCAGAAATCGCCATCTGGATATTTAAGTTTTTCAATTTTTTGTTGAATGG < 2:2497658/91‑1 TAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTAGATTTCCAGAAATCGCCATCTGGATATTTAAGTTTTTCAATTTTTTGTTGAATGG < 2:2141794/91‑1 TAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTAGATTTCCAGAAATCGCCATCTGGATATTTAAGTTTTTCAATTTTTTGTTGAATGG > 1:712464/1‑91 TAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTAGATTTCCAGAAATCG‑CATCTGGATATTTAAGTTTTTCAATTTTTTGTTGAATGGC < 2:25275/91‑1 TAAATATCCAGATGGCGATTTCTGGAAATCTAAAATGCCTAAAATCAAATCAAAATAAATAAATTAAAGACCTCGTACACCATAAATGTAACGAGGTCTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1005881‑1005781‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑acgaggtctttAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTAGATTTCCAGAAATCGCCATCTGGATATTTAAGTTTTTCAATTTTTTGTTGAATGGC > USA300TCH1516_ALE/1005817‑1005907 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |