| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1005781 = | 188 (0.920) | 30 (0.170) | 14/138 | NT | 15.8% | intergenic (+417/+43) | pepF1_1/USA300HOU_RS04965 | Oligoendopeptidase F, plasmid/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1005817 = | 157 (0.900) | intergenic (+453/+7) | pepF1_1/USA300HOU_RS04965 | Oligoendopeptidase F, plasmid/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 319 total aligned reads displayed.
GTTAAATTCGAAAAATATCACTAATATATTTAGATCGATGTGTAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTAGATTTCCAGAAATCGCCATC > USA300TCH1516_ALE/1005691‑1005871 | gTTAAATTCGAAAAATATCACTAATATATTTAGATCGATGTGTAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTaaa < 2:3630090/91‑1 (MQ=255)ccattcaacaaaaaattgaaaaacttaaatatccagatggcgatttctggaaatctaaaatgcctaaaatcaaatcaaaataaataaatta > 1:712020‑M1/91‑91 (MQ=255)ccattcaacaaaaaattgaaaaacttaaatatccagatggcgatttctggaaatctaaaatgcctaaaatcaaatcaaaataaataaatta < 2:2141794‑M1/1‑1 (MQ=255) tAAATTCGAAAAATATCACTAATATATTTAGATCGATGTGGAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTaaaaa < 2:2466429/91‑1 (MQ=255) attcaacaaaaaattgaaaaacttaaatatccagatggcgatttctggaaatctaaaatgcctaaaatcaaatcaaaataaataaattaaa > 1:2053796‑M1/89‑91 (MQ=255) aaaTTCGAAAAATATCACTAATATATTTAGATCGATGTGTAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAg > 2:2954202/1‑91 (MQ=255) 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aaTATATTTAGATCGATGTGTAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGgt < 1:159159/91‑1 (MQ=255) atatatTTAGATCGATGTGTAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGgtg > 2:1194903/1‑91 (MQ=255) ttaaatatccagatggcgatttctggaaatctaaaatgcctaaaatcaaatcaaaataaataaattAAAGACCTCGTTACATTTATGgtgt > 2:1281008‑M1/67‑91 (MQ=255) taaatatccagatggcgatttctggaaatctaaaatgcctaaaatcaaatcaaaataaataaattAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTa > 1:3797857‑M1/66‑91 (MQ=255) taaatatacagatggcgatttctggaaatctaaaatgcctaaaatcaaatcaaaataaataaattAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTa > 1:1976092‑M1/66‑91 (MQ=255) attattagaacgtaatgttacacatcgatctaaTAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTa > 1:2380858‑M2/34‑91 (MQ=255) tatTTAGATCGATGTGTAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTAc > 2:100782/1‑91 (MQ=255) tatTTAGATCGATGTGTAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTAc < 2:2843535/91‑1 (MQ=255) 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GATCGATGTGTAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTc > 2:254859‑M1/1‑91 (MQ=255) tCGATGTGTAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCtt > 1:1205839/1‑91 (MQ=255) cGATGTGTAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCttt < 2:2116367/91‑1 (MQ=255) cGATGTGTAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCttt < 1:231373/91‑1 (MQ=255) cGATGTGTAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCttt > 2:569795/1‑91 (MQ=255) gATGTGTAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATAAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGACTTTa > 2:2665309/1‑91 (MQ=255) atgtcgatttctggaaatctaaaatgcctaaaatcaaatcaaaataaataaattAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTa > 2:2033837‑M1/55‑91 (MQ=255) aTGTGTAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTaa < 1:1482745/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |