New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 1005781 = | 188 (0.920) | 30 (0.170) | 14/138 | NT | 15.8% | intergenic (+417/+43) | pepF1_1/USA300HOU_RS04965 | Oligoendopeptidase F, plasmid/hypothetical protein |
? | USA300TCH1516_ALE | 1005817 = | 157 (0.900) | intergenic (+453/+7) | pepF1_1/USA300HOU_RS04965 | Oligoendopeptidase F, plasmid/hypothetical protein |
Only 100 of 311 total aligned reads displayed.
GATGTGTAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTAGATTTCCAGAAATCGCCATCTGGATATTTAAGTTTTTCAATTTTTTGTTGAATGGC > USA300TCH1516_ALE/1005727‑1005907 | gATGTGTAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATAAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGACTTTa > 2:2665309/1‑91 (MQ=255) aTGTGTAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTaa < 1:3326529/91‑1 (MQ=255) aTGTGTAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTaa < 1:1482745/91‑1 (MQ=255) tgtgTAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAat > 1:1194895/1‑91 (MQ=255) gtgtAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAatt > 2:2463478/1‑91 (MQ=255) gtAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAattta > 2:2905191/1‑91 (MQ=255) tAACATTACGATCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTC‑TTAatttatt < 2:1555913/91‑1 (MQ=255) aaCATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAatttatt > 1:1573799/1‑91 (MQ=255) cATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTCCATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAatttattta > 2:921268/1‑91 (MQ=255) cATTACGTTCTAATAATTTAAGGTTGAAAAATTATGAGTCAGTAAATTGACCTCGTTACATTAATAGTGTACGAGGTATCTAatatagtta < 2:3819011/91‑1 (MQ=255) aTTACGTTCTAACAATTTAATGTCGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAatttatttat > 2:1729199/1‑91 (MQ=255) ttACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAatttatttatt < 1:2457872/91‑1 (MQ=255) ttACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAatttatttatt < 1:494068/91‑1 (MQ=255) aCGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATTTAtttt < 1:79086/91‑1 (MQ=255) cGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATTTATtttg > 2:2519942/1‑91 (MQ=255) cGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATTTATtttg > 2:2359481/1‑91 (MQ=255) gTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATTTATtttga < 2:2058314/91‑1 (MQ=255) gTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATTTATtttga > 2:1952403/1‑91 (MQ=255) gTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATCTATtttga > 2:3430007/1‑91 (MQ=255) gTTCTAATAATTAAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATTTATtttga > 1:3035686/1‑91 (MQ=255) ttCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATTTATtttgat < 2:1324382/91‑1 (MQ=255) ttCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATTTATtttgat < 2:673099/91‑1 (MQ=255) tctaaTAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATTTATtttgatt > 2:260322‑M2/6‑91 (MQ=255) tctaaTAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATTTATtttgatt < 2:3748784‑M2/86‑1 (MQ=255) ttaaTAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATTTATtttgattt < 2:3924651‑M2/87‑1 (MQ=255) ctaaTAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATTTATtttgattt > 2:2690295‑M2/5‑91 (MQ=255) ctaaTAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATTTATtttgattt < 1:1087892‑M2/87‑1 (MQ=255) aatTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATTTATTTTgatttgattt < 1:871512/91‑1 (MQ=255) tttAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTa > 1:2662097/1‑91 (MQ=255) tttAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTa < 1:3851952/91‑1 (MQ=255) tAATGTTTCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATTTATTTTGATTTGATTTGAgg < 2:3506944/91‑1 (MQ=255) aaTGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGc > 2:1414632/1‑91 (MQ=255) aTGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCa > 1:1343440/1‑91 (MQ=255) aTGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCa > 2:509104/1‑91 (MQ=255) tGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCAt > 1:2586402/1‑91 (MQ=255) gTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCAtt < 1:3100999/91‑1 (MQ=255) ttGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCAttt < 1:1630720/91‑1 (MQ=255) gCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTa > 2:2278400/1‑91 (MQ=255) aaaaTTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTAGa > 1:3570847/1‑91 (MQ=255) aaGAGTAAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTAGATTTCCa < 2:78059/91‑1 (MQ=255) gagTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTAGATTTCCAGa > 1:1770222/1‑91 (MQ=255) gagTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTAGATTTCCAGa > 1:3789272/1‑91 (MQ=255) agTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTAGATTTCCAGaa > 1:2539212/1‑91 (MQ=255) agTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTAGATTTCCAGaa > 1:1408025/1‑91 (MQ=255) gTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTAGATTTCCAGaaa > 1:1223522/1‑91 (MQ=255) aataaattaaagacctcgtacaccataaatgtaacgaggtctttAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTAGATTTCCAGaaa > 1:297199‑M2/45‑91 (MQ=255) aGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTAGATTTCCAGAAATCg < 2:2482949/91‑1 (MQ=255) tAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTAGATTTCCAGAAATCGcc > 2:2123980/1‑91 (MQ=255) tAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTAGATTTCCAGAAATCGcc > 1:2029041/1‑91 (MQ=255) tAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTAGATTTCCAGAAATCGcc < 1:322269/91‑1 (MQ=255) taaagacctcgtacaccataaatgtaacgaggtctttAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTAGATTTCCAGAAATCGACAt > 2:2033837‑M2/38‑91 (MQ=255) AAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTAGATTTCCAGAAATCGCCATCt < 2:1836188‑M1/91‑1 (MQ=255) GACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTAGATTTCCAGAAATCGCCATCTgg > 2:3590242‑M1/1‑91 (MQ=255) ACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTAGATTTCCAGAAATCGCCATCTGGa < 1:2926255‑M1/91‑1 (MQ=255) cctcgtacaccataaatgtaacgaggtctttAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTAGATTTCCAGAAATCGCCATCTGGat > 1:707054‑M2/32‑91 (MQ=255) ctcgtacaccataaatgtaacgcggtctttAATTTATCTATTTTGACTTGATCTTCGGCATTTTAGATTTCCAGAAATCGCCATCTGGata > 2:760973‑M2/31‑91 (MQ=255) CTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTAGATTTCCAGAAATCGCCATCTGGata < 2:3688885‑M1/91‑1 (MQ=255) CTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTAGATTTCCAGAAATCGCCATCTGGata > 1:573251‑M1/1‑91 (MQ=255) tcgtacaccataaatgtaacgaggtctttAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTAGATTTCCAGAAATCGCCATCTGGatat > 1:2423119‑M2/30‑91 (MQ=255) TCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTAGATTTCCAGAAATCGCCATCTGGatat > 2:278100‑M1/1‑91 (MQ=255) CGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTAGATTTCCAGAAATCGCCATCTGGATAtt < 2:2299468‑M1/91‑1 (MQ=255) gtacaccataaatgtaacgaggtctttAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTAGATTTCCAGAAATCGCCATCTGGATAttt > 1:624646‑M2/28‑91 (MQ=255) tacaccataaatgtaacgaggtctttACTTTATTCCTTTTGATTTGCTTTTAGGCATTTTAGATTTCCAGAAATAGCCATCTGGATATTTa > 2:1199807‑M2/27‑91 (MQ=255) acaccataaatgtaacgaggtctttAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTAGATTTCCAGAAATCGCCATCTGGATATTTaa > 1:2253293‑M2/26‑91 (MQ=255) acaccataaatgtaacgaggtctttAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTAGATTTCCAGAAATCGCCATCTGGATATTTaa > 1:1954909‑M2/26‑91 (MQ=255) caccataactgtaacgaggtcttaAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTAGATTTCCAGAAATCGCCATCGGGATATTTAAg > 2:1653485‑M2/25‑91 (MQ=255) accataaatgtaacgaggtctttAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTAGATTTCCAGAAATCGCCATCTGGATATTTAAGt > 1:2066446‑M2/24‑91 (MQ=255) ccataaatgtaacgaggtctttAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTAGATTTCCAGAAATCGCCATCTGGATATTTAAGtt > 1:2121522‑M2/23‑91 (MQ=255) tttATGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTAGATTTCCAGAAATCGCCATCTGGATATTTAAGttt > 1:1270448/1‑91 (MQ=255) ttATGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTAGATTTCCAGAAATCGCCATCTGGATATTTAAGtttt < 2:1013849/91‑1 (MQ=255) ttATGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTAGATTTCCAGAAATCGCCATCTGGATATTTAAGtttt < 1:7151/91‑1 (MQ=255) tATGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTAGATTTCCAGAAATCGCCATCTGGATATTTAAGttttt < 1:2387820/91‑1 (MQ=255) tATGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTAGATTTCCAGAAATCGCCATCTGGATATTTAAGttttt > 1:1300697/1‑91 (MQ=255) tATGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTAGATTTCCAGAAATCGCCATCTGGATATTTAAGttttt < 1:1813349/91‑1 (MQ=255) aaatgtaacgaggtctttAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTAGATTTCCAGAAATCGCCATCTGGATATTTAAGTTTTTc > 1:1026099‑M2/19‑91 (MQ=255) aTGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTAGATTTCCAGAAATCGCCATCTGGATATTTAAGTTTTTc < 2:168246/91‑1 (MQ=255) aTGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTAGATTTCCAGAAATCGCCATCTGGATATTTAAGTTTTTc < 2:1096520/91‑1 (MQ=255) aTGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATGTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTAGATTTCCAGGAATCGCCATCTGGATATTTAAGTTTTTc < 1:111497/91‑1 (MQ=255) 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acgaggtctttAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTAGATTTCCAGAAATCGCCATCTGGATATTTAAGTTTTTCAAttttt > 2:467923‑M2/12‑91 (MQ=255) cgaggtctttAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGGATTTTAGATTTCCAGAAATCGTCATCTGGATATTTAAGTTTTTCAAtttttt < 1:3461541‑M2/81‑1 (MQ=255) gaggtctttAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTAGATTTCCAGAAATCGCCATCTGGATATTTAAGTTTTTCAATTTTttg < 2:2148717‑M2/82‑1 (MQ=255) aggtctttAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTAGATTTCCAGAAATCGCCATCTGGATATTTAAGTTTTTCAATTTTttgt < 2:1975465‑M2/83‑1 (MQ=255) aggtctttAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTAGATTTCCAGAAATCGCCATCTGGATATTTAAGTTTTTCAATTTTttgt < 2:1246925‑M2/83‑1 (MQ=255) aggtctttAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTAGATTTCCAGAAATCGCCATCTGGATATTTAAGTTTTTCAATTTTttgt > 2:2938312‑M2/9‑91 (MQ=255) tctttAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTAGATTTCCAGAAATCGCCATCTGGATATTTAAGTTTTTCAATTTTTTGTTGa > 2:3370876‑M2/6‑91 (MQ=255) ctttAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTAGATTTCCAGAAATCGCCATCTGGATATTTAAGTTTTTCAATTTTTTGTTGaa > 1:2298066‑M2/5‑91 (MQ=255) tttAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTAGATTTCCAGAAATCGCCATCTGGATATTTAAGTTTTTCAATTTTTTGTTGAAt < 2:2579910‑M2/88‑1 (MQ=255) tttAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTAGATTTCCAGAAATCGCCATCTGGATATTTAAGTTTTTCAATTTTTTGTTGAAt < 2:309283‑M2/88‑1 (MQ=255) aaTTTATTTATTTTGATTTGTTTTTAGGCCTTTTAGATTTCCAGAGATCGCCATCTGGATATTTAAGTTTTTCAATTTTTTGTTGAATgcc > 2:3337566/1‑89 (MQ=255) aaTTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTAGATTTCCAGAAATCGCCATCTGGATATTTAAGTTTTTCAATTTTTTGTTGAATGGc < 1:3692027/91‑1 (MQ=255) aaTTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTAGATTTCCAGAAATCGCCATCTGGATATTTAAGTTTTTCAATTTTTTGTTGAATGGc < 1:329218/91‑1 (MQ=255) aaTTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTAGATTTCCAGAAATCGCCATCTGGATATTTAAGTTTTTCAATTTTTTGTTGAATGGc < 1:1709863/91‑1 (MQ=255) | GATGTGTAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTAGATTTCCAGAAATCGCCATCTGGATATTTAAGTTTTTCAATTTTTTGTTGAATGGC > USA300TCH1516_ALE/1005727‑1005907 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |