| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1036086 | 164 (0.810) | 32 (0.190) | 15/132 | NT | 17.5% | intergenic (+16/‑1328) | USA300TCH1516_00963/USA300TCH1516_00964 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1036095 | 167 (1.000) | intergenic (+25/‑1319) | USA300TCH1516_00963/USA300TCH1516_00964 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 122 total aligned reads displayed.
ATTAAGTTATGAGTATACTCGACGTATAGCAACAACATCCGTTGCACAAATTGTAGCTATTATATTGTTATTAATTTTTAATGCTTAAATAAGCTTTTCTTAGA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/1035983‑1036086‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aagcttttcttagaACACATACG‑TCTAAGAAAAGCTTATTTAAGCATTAAAAATTAATAACAATATAATAGCTACAATTTGTGCAACGGATGTTGTTGCTATA < USA300TCH1516_ALE/1036095‑1036007 ATTAAGTTATGAGTATACTCGACGTATAGCAACAACATCCGTTGCACAAATTGTAGCTATTATATTGTTATTAATTTTTAATGCTTAAATA < 2:962313/91‑1ATTAAGTTATGAGTATACTCGACGTATAGCAACAACATCCGTTGCACAAATTGTAGCTATTATATTGTTATTAATTTTTAATGCTTAAATA < 2:2681809/91‑1 tcAAGTTATGAGTATACTCGACGCATAGCAACAACATCCGTTGCACAAATTGTAGCTATTATATTGTTATTAATTTTTAATGCTTAAATAA > 2:3564156/3‑91 TTAAGTTATGAGTATACTCGACGTATAGCAACAACATCCGTTGCACAAATTGTAGCTATTATATTGTTATTAATTTTTAATGCTTAAATAA < 1:3313777/91‑1 TTAAGTTATGAGTATACTCGACGTATAGCAACAACATCCGTTGCACAAATTGTAGCTATTATATTGTTATTAATTTTTAATGCTTAAATAA < 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USA300TCH1516_ALE/1036095‑1036007 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |