| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1036086 | 164 (0.810) | 32 (0.190) | 15/132 | NT | 17.5% | intergenic (+16/‑1328) | USA300TCH1516_00963/USA300TCH1516_00964 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1036095 | 167 (1.000) | intergenic (+25/‑1319) | USA300TCH1516_00963/USA300TCH1516_00964 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 285 total aligned reads displayed.
CGTATAGCAACAACATCCGTTGCACAAATTGTAGCTATTATATTGTTATTAATTTTTAATGCTTAAATAAGCTTTTCTTAGACGTATGTGTTCTAAGAAAAGCTTTTTTGCTTAAGAATAGCAATACGAAGATTCGAGGCATGCTTCATTATAGTGGTAATATTTTTTAACAGCAAGCGG > USA300TCH1516_ALE/1036005‑1036184 | cGTATAGCAACAACATCCGTTGCACAAATTGTAGCTATTATATTGTTATTAATTTTTAATGCTTAAATAAGCTTTTCTTAGACGTATgtgt > 2:2635591/1‑91 (MQ=255) ataGCAACAACATCCGTTGCACAAATTGTAGCTATTATATTGTTATTAATTTTTAATGCTTAAATAAGCTTTTCTTAGACGTATGTGTtct > 2:709367‑M2/1‑88 (MQ=255) ataGCAACAACATCCGTTGCACAAATTGTAGCTATTATATTGTTATTAATTTTTAATGCTTAAATAAGCTTTTCTTAGACGTATGTGTtct > 1:134285‑M2/1‑88 (MQ=255) ataGAAACAACATCCGTTGCACAAATTGTAGCTATTATATTGTTATTAATTTTTAATGCTTAAATAAGCTTTTCTTAGACGTATGTGTtct > 2:277187‑M2/1‑88 (MQ=255) taGCAACAACATCCGTTGCACAAATTGTAGCTATTATATTGTTATTAATTTTTAATGCTTAAATAAGCTTTTCTTAGACGTATGTGTtcta < 1:2153674‑M2/91‑5 (MQ=255) aGCAACAACATCCGTTGCACAAATTGTAGCTATTATATTGTTATTAATTTTTAATGCTTAAATAAGCTTTTCTTAGACGTATGTGTtctaa < 2:3108336‑M2/91‑6 (MQ=255) aGCAACAACATCCGTTGCACAAATTGTAGCTATCATATTGTTATTAATTTTTAATGCTTAAATAAGCTTTTCTTAGACGTATGTGTtctaa < 2:1131679‑M2/91‑6 (MQ=255) acaacaTCCGTTGCACAAATTGTAGCTATTATATTGTTATTAATTTTTAATGCTTAAATAAGCTTTTCTTAGACGTATGTGTtctaagaaa > 2:1668975‑M2/1‑82 (MQ=255) caacaTCCGTTGCACAAATTGTAGCTATTATATTGTTATTAATTTTTAATGCTTAAATAAGCTTTTCTTAGACGTATGTGTtctaagaaaa < 1:1200097‑M2/91‑11 (MQ=255) caacaTCCGTTGCACAAATTGTAGCTATTATAATGTTATTAATTTTTAATGCTTAAATAAGCTTTTCTTAGACGTATGTGTtctaagaaaa > 2:507435‑M2/1‑81 (MQ=255) aacaTCCGTTGCACAAATTGTAGCTATTATATTGTTATTAATTTTTAATGCTTAAATAAGCTTTTCTTAGACGTATGTGTtctaagaaaag > 2:1783769‑M2/1‑80 (MQ=255) aacaTCCGTTGCACAAATTGTAGCTATTATATTGTTATTAATTTTTAATGCTTAAATAAGCTTTTCTTAGACGTATGTGTtctaagaaaag < 2:3391290‑M2/91‑12 (MQ=255) acaTCCGTTGCACAAATTGTAGCTATTATATTGTTATTAATTTTTAATGCTTAAATAAGCTTTTCTTAGACGTATGTGTtctaagaaaagc > 2:3906873‑M2/1‑79 (MQ=255) acaTCCGTTGCACAAATTGTAGCTATTATATTGTTATTAATTTTTAATGCTTAAATAAGCTTTTCTTAGACGTATGTGTtctaagaaaagc < 1:2755791‑M2/91‑13 (MQ=255) caTCCGTTGCACAAATTGTAGCTATTATATTGTTATTAATTTTTAATGCTTAAATAAGCTTTTCTTAGACGTATGTGTtctaagaaaagct > 1:1884839‑M2/1‑78 (MQ=255) aTCCGTTGCACAAATTGTAGCTATTATATTGTTATTAATTTTTAATGCTTAAATAAGCTTTTCTTAGACGTATGTGTtctaagaaaagctt < 1:447635‑M2/91‑15 (MQ=255) tCCGTTGCACAAATTGTAGCTATTATATTGTTATTAATTTTTAATGCTTATATAAGCTTTTCTTAGACGTATGTGTTCTAAGAAAAGCttt < 2:3243789/91‑1 (MQ=255) tCCGTTGCACAAATTGTAGCTATTATATTGTTATTAATTTTTAATGCTTAAATAAGCTTTTCTTAGACGTATGTGTTCTAAGAAAAGCttt < 1:2779215/91‑1 (MQ=255) tCCGTTGCACAAATTGTAGCTATTATATTGTTATTAATTTTTAATGCTTAAATAAGCTTTTCTTAGACGTATGTGTTCTAAGAAAAGCttt > 2:2549197/1‑91 (MQ=255) ccGTTGCACAAATTGTAGCTATTATATTGTTATTAATTTTTAATGCTTAAATAAGCTTTTCTTAGACGTATGTGTTCTAAGAAAAGCtttt < 2:598176/91‑1 (MQ=255) ccGTTGCACAAATTGTAGCTATTATATTGTTATTAATTTTTAATGCTTAAATAAGCTTTTCTTAGACGTATGTGTTCTAAGAAAAGCtttt > 1:501523/1‑91 (MQ=255) cGTTGCACAAATTGTAGCTATTATATTGTTATTAATTTTTAATGCTTAAATAAGCTTTTCTTAGACGTATGTGTTCTAAGAAAAGCttttt > 1:3849569/1‑91 (MQ=255) cGTTGCACAAATTGTAGCTATTATATTGTTATTAATTTTTAATGCTTAAATAAGCTTTTCTTAGACGTATGTGTTCTAAGAAAAGCttttt < 2:779199/91‑1 (MQ=255) gTTGCACAAATTGTAGCTATTATATTGTTATTAATTTTTAATGCTTAAATAAGCTTTTCTTAGACGTATGTGTTCTAAGAAAAGCtttttt > 1:3904017/1‑91 (MQ=255) gCACAAATTGTAGCTATTATATTGTTATTAATTTTTAATGCTTAAATAAGCTTTTCTTAGACGTATGTGTTCTAAGAAAAGCTTTTTTGCt > 2:2305961/1‑91 (MQ=255) gCACAAATTGTAGCTATTATATTGTTATTAATTTTTAATGCTTAAATAAGCTTTTCTTAGACGTATGTGTTCTAAGAAAAGCTTTTTTGCt < 1:2698592/91‑1 (MQ=255) gCACAAATTGTAGCTATTATATTGTTATTAATTTTTAATGCTTAAATAAGCTTTTCTTAGACGTATGTGTTCTAAGAAAAGCTTTTTTGCt < 2:3487525/91‑1 (MQ=255) ttGTAGCTATTATATTGTTATTAATTTTTAATGCTTAAATAAGCTTTTCTTAGACGTATGTGTTCTAAGAAAAGCTTTTTTGCTTAAGAAt < 2:1488056/91‑1 (MQ=255) gTAGCTATTATATTGTTATTAATTTTTAATGCTTAAATAAGCTTTTCTTAGACGTATGTGTTCTAAGAAAAGCTTTTTTGCTTAAGAATAg > 2:1532768/1‑91 (MQ=255) gTAGCTATTATATTGTTATTAATTTTTAATGCTTAAATAAGCTTTTCTTAGACGTATGTGTTCTAAGAAAAGCTTTTTTGCTTAAGAATAg < 1:2961563/91‑1 (MQ=255) aGCTATTATATTGTTATTAATTTTTAATGCTTAAATAAGCTTTTCTTAGACGTATGTGTTCTACGAAAAGCTTTTTTGCTTAAGAATAGCa > 1:3143108/1‑91 (MQ=255) gCTATTATATTGTTATTAATTTTTAATGCTTAAATAAGCTTTTCTTAGACGTATGTGTTCTAAGAAAAGCTTTTTTGCTTAAGAATAGCaa > 2:647842/1‑91 (MQ=255) gCTATTATATTGTTATTAATTTTTAATGCTTAAATAAGCTTTTCTTAGACGTATGTGTTCTAAGAAAAGCTTTTTTGCTTAAGAATAGCaa > 1:2927807/1‑91 (MQ=255) cTATTATATTGTTATTAATTTTTAATGCTTAAATAAGCTTTTCTTAGACGTATGTGTTCTAAGAAAAGCTTTTTTGCTTAAGAATAGCAAt > 1:592820/1‑91 (MQ=255) attatATTGTTATTAATTTTTAATGCTTAAATAAGCTTTTCTTAGACGTATGTGTTCTAAGAAAAGCTTTTTTGCTTAAGAATAGCAATAc < 2:2359845/91‑1 (MQ=255) ttatATTGTTATTAATTTTTAATGCTTAAATAAGCTTTTCTTAGACGTATGTGTTCTAAGAAAAGCTTTTTTGCTTAAGAATAGCAATACg < 1:1227398/91‑1 (MQ=255) ttatATTGTTATTAATTTTTAATGCTTAAATAAGCTTTTCTTAGACGTATGTGTTCTAAGAAAAGCTTTTTTGCTTAAGAATAGCAATACg < 2:516768/91‑1 (MQ=255) ttatATTGTTATTAATTTTTAATGCTTAAATAAGCTTTTCTTAGACGTATGTGTTCTAAGAAAAGCTTTTTTGCTTAAGAATAGCAATACg < 2:3050122/91‑1 (MQ=255) tataTTGTTATTAATTTTTAATGCTTAAATAAGCTTTTCTTAGACGTATGTGTTCTAAGAAAAGCTTTTTTGCTTAAGAATAGCAATACGa < 1:535788/91‑1 (MQ=255) tatTGTTATTAATTTTTAATGCTTAAATAAGCTTTTCTTAGACGTATGTGTTCTAAGAAAAGCTTTTTTGCTTAAGAATAGCAATACGAAg < 1:919047/91‑1 (MQ=255) ttGTTATTAATTTTTAATGCTTAAATAAGCTTTTCTTAGACGTATGTGTTCTAAGAAAAGCTTTTTTGCTTAAGAATAGCAATACGAAGAt < 1:739770/91‑1 (MQ=255) ttaATTTTTAATGCTTAAATAAGCTTTTCTTCGACGTATGTGTTCTAAGAAAAGCTTTTTTGCTTAAGAATAGCAAGACGAAGATTCAAgg > 1:3563690/1‑91 (MQ=255) aaTTTTTAATGCTTAAATAAGCTTTTCTTAGACGTATGTGTTCTAAGAAAAGCTTTTTTGCTTAAGAATAGCAATACGAAGATTCGAGGCa < 1:3850657/91‑1 (MQ=255) tttAATGCTTAAATAAGCTTTTCTTAGACGTATGTGTTCTAAGAAAAGCTTTTTTGCTTAAGAATAGCAATACGAAGATTCGAGGCATGCt > 2:446588/1‑91 (MQ=255) tAATGCTTAAATAAGCTTTTCTTAGACGTATGTGTTCTAAGAAAAGCTTTTTTGCTTAAGAATAGCAATACGAAGATTCGAGGCATGCTTc > 1:621772/1‑91 (MQ=255) tAATGCTTAAATAAGCTTTTCTTAGACGTATGTGTTCTAAGAAAAGCTTTTTTGCTTAAGAATAGCAATACGAAGATTCGAGGCATGCTTc < 1:79959/91‑1 (MQ=255) aaTGCTTAAATAAGCTTTTCTTAGACGTATGTGTTCTAAGAAAAGCTTTTTTGCTTAAGAATAGCAATACGAAGATTCGAGGCATGCTTCa > 1:1838460/1‑91 (MQ=255) agcattAAATAAGCTTTTCTTAGACGTATGTGTTCTAAGAAAAGCTTTTTTGCTTAAGAATAGCAATACGAAGATTCGAGGCATGCTTCAt > 1:1163085/5‑91 (MQ=255) aTGCTTAAATAAGCTTTTCTTAGACGTATGTGTTCTAAGAAAAGCTTTTTTGCTTAAGAATAGCAATACGAAGATTCGAGGCATGCTTCAt > 1:3196676/1‑91 (MQ=255) aTGCTTAAATAAGCTTTTCTTAGACGTATGTGTTCTAAGAAAAGCTTTTTTGCTTAAGAATAGCAATACGAAGATTCGAGGCATGCTTCAt > 1:2465769/1‑91 (MQ=255) tGCTTAAATAAGCTTTTCTTAGACGTATGTGTTCTAAGAAAAGCTTTTTTGCTTAAGAATAGCAATACGAAGATTCGAGGCATGCTTCAtt > 2:3862844/1‑91 (MQ=255) gCTTAAATAAGCTTTTCTTAGACGTATGTGTTCTAAGAAAAGCTTTTTTGCTTAAGAATAGCAATACGAAGATTCGAGGCATGCTTCATta > 2:2991761/1‑91 (MQ=255) gCTTAAATAAGCTTTTCTTAGACGTATGTGTTCTAAGAAAAGCTTTTTTGCTTAAGAATAGCAATACGAAGATTCGAGGCATGCTTCATta > 2:3564782/1‑91 (MQ=255) ttAAATAAGCTTTTCTTAGACGTATGTGTTCTAAGAAAAGCTTTTTTGCTTAAGAATAGCAATACGAAGATTCGAGGCATGCTTCATtata > 2:1356173/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |