| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1036086 | 164 (0.810) | 32 (0.190) | 15/132 | NT | 17.5% | intergenic (+16/‑1328) | USA300TCH1516_00963/USA300TCH1516_00964 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1036095 | 167 (1.000) | intergenic (+25/‑1319) | USA300TCH1516_00963/USA300TCH1516_00964 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 357 total aligned reads displayed.
TATACTCGACGTATAGCAACAACATCCGTTGCACAAATTGTAGCTATTATATTGTTATTAATTTTTAATGCTTAAATAAGCTTTTCTTAGACGTATGTGTTCTAAGAAAAGCTTTTTTGCTTAAGAATAGCAATACGAAGATTCGAGGCATGCTTCATTATAGTGGTAATATTTTTTAACA > USA300TCH1516_ALE/1035996‑1036176 | taCTCGACGTATAGCAACAACATCCGTTGCACAAATTGTAGCTATTATATTGTTATTAATTTTTAATGCTTAAATAATCTTTTCTTAGAac > 1:1012638‑M1/1‑89 (MQ=255) taCTCGACGTATAGCAACAACATCCGTTGCACAAATTGTAGCTATTATATTGTTATTAATTTTTAATGCTTAAATAAGCTTTTCTTAGACg < 2:1491266/91‑1 (MQ=255) aCTCGACGTATAGCAACACCATCCGTTGCACAAATTGTAGCTATCATATTGTTATTAATTTTTAATGCTTAAATAAGCTTTTCTTAGACGt < 1:3144415/91‑1 (MQ=255) aCTCGACGTATAGCAACAACATCCGTTGCACAAATTGTAGCTATTATATTGTTATTAATTTTTAATGCTTAAATAAGCTTTTCTTAGACGt > 2:1776335/1‑91 (MQ=255) tCGACGTATAGCAACAACATCCGTTGCACAAATTGTAGCTATTATATTGTTATTAATTTTTAATGCTTAAATAAGCTTTTCTTAGACGTAt > 1:305294/1‑91 (MQ=255) gACGTATAGCAACAACATCCGTTGCACAAATTGTAGCTATTATATTGTTATTAATTTTTAATGCTTAAATAAGCTTTTCTTAGACGTAtgt > 2:2482383/1‑91 (MQ=255) 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aGCAACAACATCCGTTGCACAAATTGTAGCTATCATATTGTTATTAATTTTTAATGCTTAAATAAGCTTTTCTTAGACGTATGTGTtctaa < 2:1131679‑M2/91‑6 (MQ=255) gCAACAACATCCGTTGCACAAATTGTAGCTATTATATTGTTATTAATTTTTAATGCTTAAATAAGCTTTTCTTAGAacacatacgtctaag < 1:2692385‑M1/91‑16 (MQ=255) gCAACAACATCCGTTGCACAAATTGTAGCTATTATATTGTTATTAATTTTTAATGCTTAAATAAGCTTTTCTTAGACGTATGTGTtctaag < 1:1881641‑M2/91‑7 (MQ=255) caacaaCATCCGTTGCACAAATTGTAGCTATTATATTGTTATTAATTTTTAATGCTTAAATAAGCTTTTCTTAGAacacatacgtctaaga < 1:1849713‑M1/91‑17 (MQ=255) aacaacATCCGTTGCACAAATTGTAGCTATTATATTGTTATTAATTTTTAATGCTTAAATAAGCTTTTCTTAGACGTATGTGTtctaagaa < 1:2026193‑M2/91‑9 (MQ=255) aacaTCCGTTGCACAAATTGTAGCTATTATATTGTTATTAATTTTTAATGCTTAAATAAGCTTTTCTTAGACGTATGTGTtctaagaaaag < 2:3391290‑M2/91‑12 (MQ=255) aacaTCCGTTGCACAAATTGTAGCTATTATATTGTTATTAATTTTTAATGCTTAAATAAGCTTTTCTTAGACGTATGTGTtctaagaaaag > 1:3362636‑M2/1‑80 (MQ=255) acaTCCGTTGCACAAATTGTAGCTATTATATTGTTATTAATTTTTAATGCTTAAATAAGCTTTTCTTAGACGTATGTGTtctaagaagagc < 1:3559112‑M2/91‑13 (MQ=255) acaTCCGTTGCACAAATTGTAGCTATTATATTGTTATTAATTTTTAATGCTTAAATAAGCTTTTCTTAGACGTATGTGTtctaagaaaagc < 1:2755791‑M2/91‑13 (MQ=255) acaTCCGTTGCACAAATTGTAGCTATTATATTGTTATTAATTTTTAATGCTTAAATAAGCTTTTCTTAGACGTATGTGTtctaagaaaagc > 2:3906873‑M2/1‑79 (MQ=255) aTCCGTTGCACAAATTGTAGCTATTATATTGTTATTAATTTTTAATGCTTAAATAAGCTTTTCTTAGACGTATGTGTtctaagaaaagctt < 2:1584388‑M2/91‑15 (MQ=255) aTCCGTTGCACAAATTGTAGCTATTATATTGTTATTAATTTTTAATGCTTAAATAAGCTTTTCTTAGACGTATGTGTtctaagaaaagctt < 1:447635‑M2/91‑15 (MQ=255) aTCCGTTGCACAAATTGTAGCTATTATATTGTTATTAATTTTTAATGCTTAAAAAAGCTTTTCTTAGAacacatacgtctaagaaaagctt < 1:942233‑M1/91‑24 (MQ=255) tCCGTTGCACAAATTGTAGCTATTATATTGTTATTAATTTTTAATGCTTATATAAGCTTTTCTTAGACGTATGTGTTCTAAGAAAAGCttt < 2:3243789/91‑1 (MQ=255) tCCGTTGCACAAATTGTAGCTATTATATTGTTATTAATTTTTAATGCTTAAATAAGCTTTTCTTAGACGTATGTGTTCTAAGAAAAGCttt > 2:2548522/1‑91 (MQ=255) tCCGTTGCACAAATTGTAGCTATTATATTGTTATTAATTTTTAATGCTTAAATAAGCTTTTCTTAGACGTATGTGTTCTAAGAAAAGCttt < 1:768590/91‑1 (MQ=255) ccGTTGCACAAATTGTAGCTATTATATTGTTATTAATTTTTAATGCTTAAATAAGCTTTTCTTAGACGTATGTGTTCTAAGAAAAGCtttt > 1:1799589/1‑91 (MQ=255) cGTTGCACAAATTGTAGCTATTATATTGTTATTAATTTTTAATGCTTAAATAAGCTTTTCTTAGACGTATGTGTTCTAAGAAAAGCttttt > 1:3849569/1‑91 (MQ=255) cGTTGCACAAATTGTAGCTATTATATTGTTATTAATTTTTAATGCTTAAATAAGCTTTTCTTAGACGTATGTGTTCTAAGAAAAGCttttt > 2:2994816/1‑91 (MQ=255) gCACAAATTGTAGCTATTATATTGTTATTAATTTTTAATGCTTAAATAAGCTTTTCTTAGACGTATGTGTTCTAAGAAAAGCTTTTTTGCt > 1:119351/1‑91 (MQ=255) cacaAATTGTAGCTATTATATTGTTATTAATTTTTAATGCTTAAATAAGCTTTTCTTAGACGTATGTGTTCTAAGAAAAGCTTTTTTGCtt > 2:169458/1‑91 (MQ=255) aaaTTGTAGCTATTATATTGTTATTAATTTTTAATGCTTAAATAAGCTTTTCTTAGACGTATGTGTTCTAAGAAAAGCTTTTTTGCTTAAg < 2:1200685/91‑1 (MQ=255) gTAGCTATTATATTGTTATTAATTTTTAATGCTTAAATAAGCTTTTCTTAGACGTATGTGTTCTAAGAAAAGCTTTTTTGCTTAAGAATAg < 1:2961563/91‑1 (MQ=255) gTAGCTATTATATTGTTATTAATTTTTAATGCTTAAATAAGCTTTTCTTAGACGTATGTGTTCTAAGAAAAGCTTTTTTGCTTAAGAATAg > 2:1532768/1‑91 (MQ=255) aGCTATTATATTGTTATTAATTTTTAATGCTTAAATAAGCTTTTCTTAGACGTATGTGTTCTAAGAAAAGCTTTTTTGCTTAAGAATAGCa > 2:3746294/1‑91 (MQ=255) aGCTATTATATTGTTATTAATTTTTAATGCTTAAATAAGCTTTTCTTAGACGTATGTGTTCTAAGAAAAGCTTTTTTGCTTAAGAATAGCa < 1:2090641/91‑1 (MQ=255) gCTATTATATTGTTATTAATTTTTAATGCTTAAATAAGCTTTTCTTAGACGTATGTGTTCTAAGAAAAGCTTTTTTGCTTAAGAATAGCaa > 2:647842/1‑91 (MQ=255) ttatATTGTTATTAATTTTTAATGCTTAAATAAGCTTTTCTTAGACGTATGTGTTCTAAGAAAAGCTTTTTTGCTTAAGAATAGCAATACg < 1:1526333/91‑1 (MQ=255) ttatATTGTTATTAATTTTTAATGCTTAAATAAGCTTTTCTTAGACGTATGTGTTCTAAGAAAAGCTTTTTTGCTTAAGAATAGCAATACg < 2:516768/91‑1 (MQ=255) tataTTGTTATTAATTTTTAATGCTTAAATAAGCTTTTCTTAGACGTATGTGTTCTAAGAAAAGCTTTTTTGCTTAAGAATAGCAATACGa < 1:535788/91‑1 (MQ=255) tatTGTTATTAATTTTTAATGCTTAAATAAGCTTTTCTTAGACGTATGTGTTCTAAGAAAAGCTTTTTTGCTTAAGAATAGCAATACGAAg < 1:919012/91‑1 (MQ=255) gTTATTAATTTTTAATGCTTAAATAAGCTTTTCTTAGACGTATGTGTtctaagaaaagcttttttaagcattaaaaattaataacaatata < 2:2114834‑M2/91‑45 (MQ=255) gTTATTAATTTTTAATGCTTAAATAAGCTTTTCTTAGACGTATGTGTTCTAAGAAAAGCTTTTTTGCTTAAGAATAGCAATACGAAGATTc > 1:2818732/1‑91 (MQ=255) attaATTTTTAATGCTTAAATAAGCTTTGCTTAGACGTATGTGTTCTAAGAAAAGCTTTTTTGCTTAAGAATAGCAATACGAAGATTCGAg < 1:3348680/91‑1 (MQ=255) aaTTTTTAATGCTTAAATAAGCTTTTCTTAGACGTATGTGTTCTAAGAAAAGCTTTTTTGCTTAAGAATAGCAATACGAAGATTCGAGGCa < 1:3850904/91‑1 (MQ=255) tttttAATGCTTAAATAAGCTTTTCTTAGACGTATGTGTTCTAAGAAAAGCTTTTTTGCTTAAGAATAGCAATACGAAGATTCGAGGCATg > 1:2142851/1‑91 (MQ=255) tttAATGCTTAAATAAGCTTTTCTTAGACGTATGTGTTCTAAGAAAAGCTTTTTTGCTTAAGAATAGCAATACGAAGATTCGAGGCATGCt > 2:2623579/1‑91 (MQ=255) tttAATGCTTAAATAAGCTTTTCTTAGACGTATGTGTTCTAAGAAAAGCTTTTTTGCTTAAGAATAGCAATACGAAGATTCGAGGCATGCt > 2:446588/1‑91 (MQ=255) tAATGCTTAAATAAGCTTTTCTTAGACGTATGTGTTCTAAGAAAAGCTTTTTTGCTTAAGAATAGCAATACGAAGATTCGAGGCATGCTTc > 1:621772/1‑91 (MQ=255) aTGCTTAAATAAGCTTTTCTTAGACGTATGTGTTCTAAGAAAAGCTTTTTTGCTTAAGAATAGCAATACGAAGATTCGAGGCATGCTTCAt > 1:3196676/1‑91 (MQ=255) 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gCTTTTCTTAGACGTATGTGTTCTAAGAAAAGCTTTTTTGCTTAAGAATAGCAATACGAAGATTCGAGGCATGCTTCATTATAGTGGTAat > 1:3939837/1‑91 (MQ=255) cTTTTCTTAGACGTATGTGTTCTAAGAAAAGCTTTTTTTCTTAAGAATAGCAATACGAAGATTCGAGGCATGCTTCATTATAGTGGTAata > 2:2948323/1‑91 (MQ=255) cTTTTCTTAGACGTATGTGTTCTAAGAAAAGCTTTTTTGCTTAAGAATAGCAATACGAAGATTCGAGGCATGCTTCATTATAGTGGTAata < 1:1390256/91‑1 (MQ=255) cTTTTCTTAGACGTATGTGTTCTAAGAAAAGCTTTTTTGCTTAAGAATAGCAATACGAAGATTCGAGGCATGCTTCATTATAGTGGTAata < 1:1334594/91‑1 (MQ=255) ttttCTTAGAacacatacgtctaagaaaagcttatttaagcattaaaaattaataacaatataatagctacaatttgtgcaacggatgttg > 1:3736775‑M1/1‑10 (MQ=255) tttCTTAGACGTATGTGTtctaagaaaagcttatttaagcattaaaaattaataacaatataatagctacaatttgtgcaacggatgttgt < 1:2271913‑M2/91‑74 (MQ=255) ttCTTAGACGTATGTGTtctaagaaaagcttatttaagcattaaaaattaataacaatataatagctacaatttgtgcaacggatgttgtt < 2:751509‑M2/91‑75 (MQ=255) ttCTTAGACGTATGTGTTCTAAGAAAAGCTTTTTTGCTTAAGAATAGCAATACGAAGATTCGAGGCATGCTTCATTATAGTGGTAATAttt > 2:3681349/1‑91 (MQ=255) 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tAGACGTATGTGTtctaagaaaagcttatttaagcattaaaaattaataacaatataatagctacaatttgtgcaacggatgttgttgcta < 2:1946597‑M2/91‑79 (MQ=255) aGAacacatacgtctaagaaaagcttatttaagcattaaaaattaataacaatctaatagctacaatttgtgcaacggatgttgttgctat < 1:3328105‑M1/91‑89 (MQ=255) aGAacacatacgtctaagaaaagcttatttaagcattaaaaattaataacaatataatagctacaatttgtgcaacggatgttgttgctat > 2:709367‑M1/1‑3 (MQ=255) aGACGTATGTGTtctaagaaaagcttatttaagcattaaaaattaataacaatataatagctacaatttgtgcaacggatgttgttgctat < 1:2692599‑M2/91‑80 (MQ=255) aGACGTATGTGTtctaagaaaagcttatttaagcattaaaaattaataacaatataatagctacaatttgtgcaacggatgttgttgctat < 1:1488489‑M2/91‑80 (MQ=255) aGACGTATGTGTtctaagaaaagcttatttaagcattaaaaattaataacaatataatagctacaatttgtgcaacggatgttgttgctat < 1:2446613‑M2/91‑80 (MQ=255) aGACGTATGTGTtctaagaaaagcttatttaagcattaaaaattaataacaatataatagctacaatttgtgcaacggatgttgttgctat < 2:501602‑M2/91‑80 (MQ=255) aGACGTATGTGTTCTAAGAAAAGCTTTTTTGCTTAAGAATAGCAATACGAAGATTCGAGGCATGCTTCATTATAGTGGTAATATTTTTTaa > 1:2346900/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |