| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1036825 | 238 (1.170) | 11 (0.060) | 5/140 | NT | 5.0% | intergenic (+755/‑589) | USA300TCH1516_00963/USA300TCH1516_00964 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1036842 | 210 (1.180) | intergenic (+772/‑572) | USA300TCH1516_00963/USA300TCH1516_00964 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
GATTTCTATTGAATATGTAATGAAGTTCATATATTAATATAACTTTCATTGATATAGAAGTCGCAATGATTAATTTAAACAATAAAAAACAACCATCATT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/1036726‑1036825‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaccatcattCGTTGTCAAAGTTTGGAAATGATGGTTGTTTTTTATTGTTTAAATTAATCATTGCGACTTCTATATCAATGAAAGTTATATTAATATATG < USA300TCH1516_ALE/1036842‑1036753 GATTTCTATTGAATATGTAATGAAGTTCATATATTAATATAACTTTCATTGATATAGAAGTCGCAATGATTAATTTAAACAATAAAAAACA > 2:1112331/1‑91 ATTTCTATTGAATATGTAATGAAGTTCATATATTAATATAACTTTCATTGATATAGAAGTCGCAATGATTAATTTAAACAATAAAAAACAA > 1:711295/1‑91 ATTTCTATTGAATATGTAATGAAGTTCATATATTAATATAACTTTCATTGATATAGAAGTCGCAATGATTAATTTAAACAATAAAAAACAA > 1:711242/1‑91 ATTTCTATTGAATATGTAATGAAGTTCATATATTAATATAACTTTCATTGATATAGAAGTCGCAATGATTAATTTAAACAATAAAAAACAA > 1:711184/1‑91 ATTTCTATTGAATATGTAATGAAGTTCATATATTAATATAACTTTCATTGATATAGAAGTCGCAATGATTAATTTAAACAATAAAAAACAA > 1:3869989/1‑91 ATTACTATTGAATATGTAAAGAAGTGCAAATATTAATATAACTTTCATTGATATAGAAGTCGCAATGATTAATTTAAACAATAAAAAACAA < 2:1829728/91‑1 TTCTATTGAATATGTAATGAAGTTCATATATTAATATAACTTTCATTGATATAGAAGTCGCAATGATTAATTTAAACAATAAAAAACAACC > 2:2713221/1‑91 TTCTATTGAATATGTAATGAAGTTCATATATTAATATAACTTTCATTGATATAGAAGTCGCAATGATTAATTTAAACAATAAAAAACAACC < 1:1227573/91‑1 TTCTATTGAATATGTAATGAAGTTCATATATTAATATAACTTTCATTGATATAGAAGTCGCAATGATTAATTTAAACAATAAAAAACAACC < 1:1228089/91‑1 TTCTATTGAATATGTAATGAAGTTCATATATTAATATAACTTTCATTGATATAGAAGTCGCAATGATTAATTTAAACAATAAAAAACAACC > 2:236284/1‑91 TTCTATTGAATATGTAATGAAGTTCATATATTAATATAACTTTCATTGATATAGAAGTCGCAATGATTAATTTAAACAATAAAAAACAACC < 2:2167768/91‑1 TTCTATTGAATATGTAATGAAGTTCATATATTAATATAACTTTCATTGATATAGAAGTCGCAATGATTAATTTAAACAATAAAAAACAACC < 1:2137833/91‑1 TTCTATTGAATATGTAATGAAGTTCATATATTAATATAACTTTCATTGATATAGAAGTCGCAATGATTAATTTAAACAATAAAAAACAACC < 1:2524292/91‑1 CTATTGAATATGTAATGAAGTTCATATATTAATATAACTTTCATTGATATAGAAGTCGCAATGATTAATTTAAACAATAAAACACAACCAT > 2:1660400/1‑91 CTATTGAATATGTAATGAAGTTCATATATTAATATAACTTTCATTGATATAGAAGTCGCAATGATTAATTTAAACAATAAAAAACAACCAT > 1:1194941/1‑91 TATTGAATATGTAATGAAGTTCATATATTAATATAACTTTCATTGATATAGAAGTCGCAATGATTAATTTAAACAATAAAAAACAACCATC < 1:3376651/91‑1 TATTGAATATGTAATGAAGTTCATATATTAATATAACTTTCATTGATATAGAAGTCGCAATGATTAATTTAAACAATAAAAAACAACCATC < 1:3216657/91‑1 ATTGAATATGTAATGAAGTTCATATATTAATATAACTTTCATTGATATAGAAGTCGCAATGATTAATTTAAACAATAAAAAACAACCATCA > 2:806249/1‑91 ATTGAATATGTAATGAAGTTCATATATTAATATAACTTTCATTGATATAGAAGTCGCAATGATTAATTTAAACAATAAAAAACAACCATCA < 2:3951834/91‑1 ATTGAATATGTAATGAAGTTCATATATTAATATAACTTTCATTGATATAGAAGTCGCAATGATTAATTTAAACAATAAAAAACAACCATCA > 1:1702382/1‑91 ATTGAATATGTAATGAAGTTCATATATTAATATAACTTTCATTGATATAGAAGTCGCAATGATTAATTTAAACAATAAAAAACAACCATCA > 1:1702440/1‑91 ATTGAATATGTAATGAAGTTCATATATTAATATAACTTTCATTGATATAGAAGTCGCAATGATTAATTTAAACAATAAAAAACAACCATCA > 1:402909/1‑91 ATTGAATATGTAATGAAGTTCATATATTAATATAACTTTCATTGATATAGAAGTCGCAATGATTAATTTAAACAATAAAAAACAACCATCA > 1:3281407/1‑91 ATTGAATATGTAATGAAGTTCATATATTAATATAACTTTCATTGATATAGAAGTCGCAATGATTAAAAAAAAAAAAAAAAAACAACCATCA < 2:2438092/91‑1 TTGAATATGTAATGAAGTTCATATATTAATATTACTTTCATTGATATAGAAGTCGCAATGATTAATTTAAACAATCAAAAACAACCATCAT < 1:3373244/91‑1 TTGAATATGTAATGAAGTTCATATATTAATATAACTTTCATTGATATAGAAGTCGCAATGATTAATTTAAACAATAAAAAACAACCATCAT > 2:943065/1‑91 TTGAATATGTAATGAAGTTCATATATTAATATAACTTTCATTGATATAGAAGTCGCAATGATTAATTTAAACAATAAAAAACAACCATCAT > 2:168136/1‑91 TTGAATATGTAATGAAGTTCATATATTAATATAACTTTCATTGATATAGAAGTCGCAATGATTAATTTAAACAATAAAAAACAACCATCAT > 2:167471/1‑91 TTGAATATGTAATGAAGTTCATATATTAATATAACTTTCATTGATATAGAAGTCGCAATGATTAATTTAAACAATAAAAAACAACCATCAT > 1:1435172/1‑91 TTGAATATGTAATGAAGTTCATATATTAATATAACTTTCATTGATATAGAAGTCGCAAAGATTAATTTAAACAATAAAAAACAACCATCAT > 1:3373222/1‑91 TGAATATGTAATGAAGTTCATATATTAATATAACTTTCATTGATATAGAAGTCGCAATGATTAATTTAAACAATAAAAAACAACCATCATT > 2:1011294/1‑91 TGAATATGTAATGAAGTTCATATATTAATATAACTTTCATTGATATAGAAGTCGCAATGATTAATTTAAACAATAAAAAACAACCATCATT > 2:1011003/1‑91 ATATATTAATATAACTTTCATTGATATAGAAGTCGCAATGATTAATTTAAACAATAAAAAACAACCATCATTCGTTGTCAAAGTTTGGAAA < 1:3231381/91‑1 TATATTAATATAACTTTCATTGATATAGAAGTCGCAATGATTAATTTAAACAATAAAAAACAACCATCATTCGTTGTCAAAGTTTGGAAAT < 1:2721926/91‑1 TATATTAATATAACTTTCATTGATATAGAAGTCGCAATGATTAATTTAAACAATAAAAAACAACCATCATTCGTTGTCAAAGTTTGGAAAT < 1:2721843/91‑1 TATATTAATATAACTTTCATTGATATAGAAGTCGCAATGATTAATTTAAACAATAAAAAACAACCATCATTCGTTGTCAAAGTTTGGAAAT < 2:1684143/91‑1 TATATTAATATAACTTTCATTGATATAGAAGTCGCAATGATTAATTTAAACAATAAAAAACAACCATCATTCGTTGTCAAAGTTTGGAAAT < 2:3385720/91‑1 tTTAATATAACTTTCATTGATATAGAAGTCGCAATGATTAATTTAAACAATAAAAAACATCCATCATTCGTTGTCAAAGTTTGGAAATGAT < 2:2995604/90‑1 ATTAATATAACTTTCATTGATATAGAAGTCGCAATGATTAATTTAAACAATAAAAAACAACCATCATTCGTTGTCAAAGTTTGGAAATGAT < 2:2995680/91‑1 ATTAATATAACTTTCATTGATATAGAAGTCGCAATGATTAATTTAAACAATAAAAAACAACCATCATTCGTTGTCAAAGTTTGGAAATGAT < 1:2132158/91‑1 ATATAACTTTCATTGATATAGAAGTCGCAATGATTAATTTAAACAATAAAAAACAACCATCATTCGTTGTCAAAGTTTGGAAATGATGGTT < 1:2652230/91‑1 ATATAACTTTCATTGATATAGAAGTCGCAATGATTAATTTAAACAATAAAAAACAACCATCATTCGTTGTCAAAGTTTGGAAATGATGGTT < 2:1722698/91‑1 TATAACTTTCATTGATATAGAAGTCGCAATGATTAATTTAAACAATAAAAAACAACCATCATTCGTTGTCAAAGTTTGGAAATGATGGTTG < 1:2599663/91‑1 AACCATCATTCGTTGTCAAAGTTTGGAAATGATGGTTGTTTTTTATTGTTTAAATTAATCATTGCGACTTCTATATCAATGAAAGTTATAT > 1:1315834/1‑91 AACCATCATTCGTTGTCAAAGTTTGGAAATGATGGTTGTTTTTTATTGTTTAAATTAATCATTGCGACTTCTATATCAATGAAAGTTATAT < 2:19920/91‑1 AACCATCATTCGTTGTCAAAGTTTGGAAATGATGGTTGTTTTTTATTGTTTAAATTAATCATTGCGACTTCTATATCAATGAAAGTTATAT > 1:1804234/1‑91 AACCATCATTCGTTGTCAAAGTTTGGAAATGATGGTTGTTTTTTATTGTTTAAATTAATCATTGCGACTTCTATATCAATGAAAGTTATAT < 1:3517721/91‑1 AACCATCATTCGTTGTCAAAGTTTGGAAATGATGGTTGTTTTTTATTGTTTAAATTAATCATTGCGACTTCTATATCAATGAAAGTTATAT < 1:957839/91‑1 AACCATCATTCGTTGCCAAAGTTTGGAAATGATGGTTGTTTTTTATTGCTTAAATTAATCATTGCGACTTCTATATCAATGAAAGTTATAT > 2:3864818/1‑91 ACCATCATTCGTTGTCAAAGTTTGGAAATGATGGTTGTTTTTTATTGTTTAAATTAATCATTGCGACTTCTATATCAATGAAAGTTATATT < 2:3144853/91‑1 ACCATCATTCGTTGTCAAAGTTTGGAAATGATGGTTGTTTTTTATTGTTTAAATTAATCATTGCGACTTCTATATCAATGAAAGTTATATT < 1:2659318/91‑1 ACCATCATTCGTTGTCAAAGTTTGGAAATGATGGTTGTTTTTTATTGTTTAAATTAATCATTGCGACTTCTATATCAATGAAAGTTATATT > 1:692764/1‑91 CCATCATTCGTTGTCAAAGTTTGGAAATGATGGTTGTTTTTTATTGTTTAAATTAATCATTGCGACTTCTATATCAATGAAAGTTATATTA > 1:422598/1‑91 CCATCATTCGTTGTCAAAGTTTGGAAATGATGGTTGTTTTTTATTGTTTAAATTAATCATTGCGACTTCTATATCAATGAAAGTTATATTA > 2:3833285/1‑91 CCATCATTCGTTGTCAAAGTTTGGAAATGATGGTTGTTTTTTATTGTTTAAATTAATCATTGCGACTTCTATATCAATGAAAGTTATATTA < 1:931244/91‑1 CATCATTCGTTGTCAAAGTTTGGAAATGATGGTTGTTTTTTATTGTTTAAATTAATCATTGCGACTTCTATATCAATGAAAGTTATATTAA < 1:796504/91‑1 CATCATTCGTTGTCAAAGTTTGGAAATGATGGTTGTTTTTTATTGTTTAAATTAATCATTGCGACTTCTATATCAATGAAAGTTATATTAA < 1:2722789/91‑1 CATCATTCGTTGTCAAAGTTTGGAAATGATGGTTGTTTTTTATTGTTTAAATTAATCATTGCGACTTCTATATCAATGAAAGTTATATTAA < 2:2264884/91‑1 CATCATTCGTTGTCAAAGTGTGGAAATGATGGTTGTTTTTTATTGTTTAAATTAATCATTGCGACTTCTATATCAATGAAAGTTATATTAA < 1:2722725/91‑1 ATCATTCGTTGTCAAAGTTTGGAAATGATGGTTGTTTTTTATTGTTTAAATTAATCATTGCGACTTCTATATCAATGAAAGTTATATTAAT < 1:2287220/91‑1 TCATTCGTTGTCAAAGTTTGGAAATGATGGTTGTTTTTTATTGTTTAAATTAATCATTGCGACTTCTATATCAATGTAAGTTATATTAATA > 1:1324179/1‑91 CATTCGTTGTCAAAGTTTGGAAATGATGGTTGTTTTTTATTGTTTAAATTCATCATTGCGACTTCTATATCAATGAAAGTTCTATTAATAT > 2:1257990/1‑91 CATTCGTTGTCAAAGTTTGGAAATGATGGTTGTTTTTTATTGTTTAAATTAATCATTGCGACTTCTATATCAATGCAAGTTATATTAATAT > 2:1258050/1‑91 CATTCGTTGTCAAAGTTTGGAAATGATGGTTGTTTTTTATTGTTTAAATTAATCATTGCGACTTCTATATCAATGAAAGTTATATTAATAT < 1:1344401/91‑1 CATTCGTTGTCAAAGTTTGGAAATGATGGTTGTTTTTTATTGTTTAAATTAATCATTGCGACTTCTATATCAATGAAAGTTATATTAATAT > 1:2275274/1‑91 CATTCGTTGTCAAAGTTTGGAAATGATGGTTGTTTATTATTGTTTAAATTAATCATTGCGACTTCTATATCAATGAAAGTTATATTAATAT < 2:3862887/91‑1 tTTCGTTGTCAAAGTTTGGAAATGATGGTTGTTTTTTATTGTTTAAATTAATCATTGCGACTTCTATATCAATGAAAGTTATATTAATATA < 2:3939019/90‑1 ATTCGTTGTCAAAGTTTGGAAATGATGGTTGTTTTTTATTGTTTAAATTAATCATTGCGACTTCTATATCAATGAAAGTTATATTAATATA < 2:3301308/91‑1 ATTCGTTGTCAAAGTTTGGAAATGATGGTTGTTTTTTATTGTTTAAATTAATCATTGCGACTTCTATATCAATGAAAGTTATATTAATATA > 1:543744/1‑91 TTCGTTGTCAAAGTTTGGAAATGATGGTTGTTTTTTATTGTTTAAATTAATCATTGCGACTTCTATATCAATGAAAGTTATATTAATATAT < 1:3392913/91‑1 TTCGTTGTCAAAGTTTGGAAATGATGGTTGTTTTTTATTGTTTAAATTAATCATTGCGACTTCTATATCAATGAAAGTTATATTAATATAT > 1:3102225/1‑91 TTCGTTGTCAAAGTTTGGAAATGATGGTTGTTTTTTATTGTTTAAATTAATCATTGCGACTTCTATATCAATGAAAGTTATATTAATATAT < 2:1297530/91‑1 TTCGTTGTCAAAGTTTGGAAATGATGGTTGTTTTTTATTGTTTAAATTAATCATTGCGACTTCTATATCAATGAAAGTTATATTAATATAT > 1:3102458/1‑91 TTCGTTGTCAAAGTTTGGAAATGATGGTTGTTTTTTATTGTTTAAATTAATCATTGCGACTTCTATATCAATGAAAGTTATATTAATATAT < 2:2837243/91‑1 TTCGTTGTCAAAGTTTGGAAATGATGGTTGTTTTTTATTGTTTAAATTAATCATTGCGACTTCTATATCAATGAAAGTTATATTAATATAT < 2:1297690/91‑1 TCGTTGTCAAAGTTTGGAAATGATGGTTGTTTTTTATTGTTTAAATTAATCATTGCGACTTCTATATCAATGAAAGTTATATTAATATATG < 2:755840/91‑1 TCGTTGTCAAAGTTTGGAAATGATGGTTGTTTTTTATTGTTTAAATTAATCATTGCGACTTCTATATCAATGAAAGTTATATTAATATATG < 1:235416/91‑1 TCGTTGTCAAAGTTTGGAAATGATGGTTGTTTTTTATTGTTTAAATTAATCATTGCGACTTCTATATCAATGAAAGTTATATTAATATATG > 2:3284704/1‑91 TCGTTGTCAAAGTTTGGAAATGATGGTTGTTTTTTATTGTTTAAATTAATCATTGCGACTTCTATATCAATGAAAGTTATATTAATATATG > 1:3611753/1‑91 TCGTTGTCAAAGTTTGGAAATGATGGTTGTTTTTTATTGTTTAAATTAATCATTGCGACTTCTATATCAATGAAAGTTATATTAATATATG < 1:2862018/91‑1 TCGTTGTCAAAGTTTGGAAATGATGGTTGTTTTTTATTGTTTAAATTAATCATTGCGACTTCTATATCAATGAAAGTTATATTAATATATG < 2:2971025/91‑1 TCGTTGTCAAAGTTTGGAAATGATGGTTGTTTTTTATTGTTTAAATTAATCATTGCGACTTCTATATCAATGAAAGTTATATTAATATATG < 2:2906744/91‑1 TCGTTGTCAAAGTTTGGAAATGATGGTTGTTTTTTATTGTTTAAATTAATCATTGCGACTTCTATATCAATGAAAGTTATATTAATATATG > 1:1084799/1‑91 TCGTTGTCAAAGTTTGGAAATGATGGTTGTTTTTTATTGTTTAAATTAATCATTGCGACTTCTATATCAATGAAAGTTATATTAAAATATG > 2:3649430/1‑91 GATTTCTATTGAATATGTAATGAAGTTCATATATTAATATAACTTTCATTGATATAGAAGTCGCAATGATTAATTTAAACAATAAAAAACAACCATCATT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/1036726‑1036825‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaccatcattCGTTGTCAAAGTTTGGAAATGATGGTTGTTTTTTATTGTTTAAATTAATCATTGCGACTTCTATATCAATGAAAGTTATATTAATATATG < USA300TCH1516_ALE/1036842‑1036753 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |