| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1044649 = | 217 (1.070) | 23 (0.140) | 12/132 | NT | 12.1% | coding (958/960 nt) | yfmC_1 | Fe(3+)‑citrate‑binding protein YfmC |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1044700 = | 156 (0.930) | coding (114/117 nt) | USA300HOU_RS05165 | hypothetical protein | |||||
Only 100 of 119 total aligned reads displayed.
TTCGAAATAAACTTTCAGGTAAATCATCACATCCGACAGATAATAAACATAATTAAAAATACAGCGCCACTCTTATATGATTTACGAGTAGCGCTGTATTTTTA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1044752‑1044649‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gcgctgtatttttaATTATGTTTATTATCTGTCGGATGTGATGATTTACCTGAAAGTTTATTTCGAATAAATTTAATTACATAACCGACAAGGATTGTTTTAA > USA300TCH1516_ALE/1044700‑1044788 TTCGAAATAAACTTTCAGGTAAATCATCACATCCGACAGATAATAAACATAATTAAAAGTACAGCGCCACTCTTATATGATTTACGAGTAG < 2:3885291/91‑1TTCGAAATAAACTTTCAGGTAAATCATCACATCCGACAGATAATAAACATAATTAAAAATACAGCGCCACTCTTATATGATTTACGAGTAG > 1:1356018/1‑91TTCGAAATAAACTTTCAGGTAAATCATCACATCCGACAGATAATAAACATAATTAAAAATACAGCGCCACTCTTATATGATTTACGAGTAG > 2:3884617/1‑91TTCGAAATAAACTTTCAGGTAAATCATCACATCCGACAGATAATAAACATAATTAAAAATACAGCGCCACTCTTATATGATTTACGAGTAG > 2:3074002/1‑91TTCGAAATAAACTTTCAGGTAAATCATCACATACGACAGATAATAAACATAATTAAAAATACAGCGCCACTCTTATATGATTTACGAGTAG > 2:3884653/1‑91 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USA300TCH1516_ALE/1044700‑1044788 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |