New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 1072018 = | 176 (0.860) | 12 (0.080) | 5/126 | NT | 8.9% | intergenic (‑490/+315) | USA300HOU_RS05290/folD | Pesticidal crystal protein Cry22Aa/Bifunctional protein FolD protein |
? | USA300TCH1516_ALE | 1072073 = | 108 (0.680) | intergenic (‑545/+260) | USA300HOU_RS05290/folD | Pesticidal crystal protein Cry22Aa/Bifunctional protein FolD protein |
TTATTTTGCAATTGCAATGAATAACAAGAAAAATCTGGGACATTAATCGATCAAATGCTCCCTTCAAAGTAGACATTGAATAAATGAAGGCTTTGAAGGGAGCATTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1072124‑1072018 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ctttgaagggagcatttGATCGATTAATGTCCCAGATTTTTCTTGTTATTCATTGCAATTGCAAAATAATATTTAATGTGGGTTAAAAGACTTTATTAAAACTCAGT > USA300TCH1516_ALE/1072073‑1072162 TTATTTTGCAATTGCAATGAATAACAAGAAAAATCTGGGACATTAATCGATCAAATGCTCCCTTCAAAGTAGACATTGAATAAATGAAGGC < 1:592480/91‑1 TTATTTTGCAATTGCAATGAATAACAAGAAAAATCTGGGACATTAATCGATCAAATGCTCCCTTCAAAGTAGACATTGAATAAATGAAGGC > 1:1593957/1‑91 TTATTTTGCAATTGCAATGAATAACAAGAAAAATCTGGGACATAAATCGATCAAATGCTCCCTTCAAAGTAGACATTGAATAAATGAAGGC < 2:493788/91‑1 TATTTTGCAATTGCAATGAATAACAAGAAAAATCTGGGACATTAATCGATCAAATGCTCCCTTCAAAGTAGACATTGAATAAATGAAGGCT < 2:2683353/91‑1 TATTTTGCAATTGCAATGAATAACAAGAAAAATCTGGGACATTAATCGATCAAATGCTCCCTTCAAAGTAGACATTGAATAAATGAAGGCT > 2:3401778/1‑91 TATTTTGCAATTGCAATGAATAACAAGAAAAATCTGGGACATTAATCGATCAAATGCTCCCTTCAAAGTAGACATTGAATAAATGAAGGCT < 2:398405/91‑1 TATTTTGCAATTGCAATGAATAACAAGAAAAATCTGGGACATTAATCGATCAAATGCTCCCTTCAAAGTAGACATTGAATAAATGAAGGCT > 1:1673767/1‑91 TTTTGCAATTGCAATGAATAACAAGAAAAATCTGGGACATTAATCGATCAAATGCTCCCTTCAAAGTAGACATTGAATAAATGAAGGCTTT > 2:633715/1‑91 TTTTGCAATTGCAATGAATAACAAGAAAAATCTGGGACATTAATCGATCAAATGCTCCCTTCAAAGTAGACATTGAATAAATGAAGGCTTT > 2:633700/1‑91 TTTTGCAATTGCAATGAATAACAAGAAAAATCTGGGACATTAATCGATCAAATGCTCCCTTCAAAGTAGACATTGAATAAATGAAGGCTTT > 2:1871696/1‑91 TTTGCAATTGCAATGAATAACAAGAAAAATCTGGGACATTAATCGATCAAATGCTCCCTTCAAAGTAGACATTGAATAAATGAAGGCTTTG < 2:1679081/91‑1 TTTGCAATTGCAATGAATAACAAGAAAAATCTGGGACATTAATCGATCAAATGCTCCCTTCAAAGTAGACATTGAATAAATGAAGGCTTTG < 1:3587573/91‑1 TTGCAATTGCGATGAATAACAAGAAAAATCTGGGACATTAATCGATCAAATGCTCCCTTCAAAGGAGACAGTGAATAAATGAAGGCTTTGA > 2:1154177/1‑91 TTGCAATTGCAATGAATAACAAGAAAAATCTGGGACATTAATCGATCAAATGCTCCCTTCAAAGTAGACATTGAATAAATGAAGGCTTTGA < 1:1615271/91‑1 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‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ctttgaagggagcatttGATCGATTAATGTCCCAGATTTTTCTTGTTATTCATTGCAATTGCAAAATAATATTTAATGTGGGTTAAAAGACTTTATTAAAACTCAGT > USA300TCH1516_ALE/1072073‑1072162 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |