| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1072018 = | 176 (0.860) | 12 (0.080) | 5/126 | NT | 8.9% | intergenic (‑490/+315) | USA300HOU_RS05290/folD | Pesticidal crystal protein Cry22Aa/Bifunctional protein FolD protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1072073 = | 108 (0.680) | intergenic (‑545/+260) | USA300HOU_RS05290/folD | Pesticidal crystal protein Cry22Aa/Bifunctional protein FolD protein | |||||
Only 100 of 222 total aligned reads displayed.
TGTCTATATAAAATTGTTGAGCCAAGTACAAAGTGAAATGCTCCCTTCAAAGCCTTCATTTATTCAATGTCTACTTTGAAGGGAGCATTTGATCGATTAATGTCCCAGATTTTTCTTGTTATTCATTGCAATTGCAAAATAATATTTAATGTGGGTTAAAAGACTTTATTAAAACTCAGTT > USA300TCH1516_ALE/1071983‑1072163 | tGTCTATATAAAATTGTTGAGCCAAGTACAAAGTGAAATGCTCCCTTCAAAGCCTTCATTTATTCAATGTCTACTTTGAAGGGAGCATTTg > 1:2604826/1‑91 (MQ=255) gTCTATATAAAATTGTTGAGCCAAGTACAAAGTGAAATGCTCCCTTCAAAGCCTTCATTTATTCAATGTCTACTTTGAAGGGAGCATTTGa > 1:1957016/1‑91 (MQ=255) gTCTATATAAAATTGTTGAGCCAAGTACAAAGTGAAATGCTCCCTTCAAAGCCTTCATTTATTCAATGTCTACTTTGAAGGGAGCATTTGa < 2:121636/91‑1 (MQ=255) tCTATATAAAATTGTTGAGCCAAGTACAAAGTGAAATGCTCCCTTCAAAGCCTTCATTTATTCAATGTCTACTTTGAAGGGAGCATTTGAt > 2:1292765/1‑91 (MQ=255) tatataAAATTGTTGAGCCAAGTACAAAGTGAAATGCTCCCTTCAAAGCCTTCATTTATTCAATGTCTACTTTGAAGGGAGCATTTGATCg > 1:1179935/1‑91 (MQ=255) tatataAAATTGTTGAGCCAAGTACAAAGTGAAATGCTCCCTTCAAAGCCTTCATTTATTCAATGTCTACTTTGAAGGGAGCATTTGATCg > 2:3949092/1‑91 (MQ=255) atataAAATTGTTGAGCCAAGTACAAAGTGAAATGCTCCCTTCAAAGCCTTCATTTATTCAATGTCTACTTTGAAGGGAGCATTTGATCGa > 1:1369541/1‑91 (MQ=255) tataAAATTGTTGAGCCAAGTACAAAGTGAAATGCTCCCTTCAAAGCCTTCATTTATTCAATGTCTACTTTGAAGGGAGCATTTGATCGAt > 1:191509/1‑91 (MQ=255) ataAAATTGTTGAGCCAAGTACAAAGTGAAATGCTCCCTTCAAAGCCTTCATTTATTCAATGTCTACTTTGAAGGGAGCATTTGATCGAtt < 1:3865835/91‑1 (MQ=255) ataAAATTGTTGAGCCAAGTACAAAGTGAAATGCTCCCTTCAAAGCCTTCATTTATTCAATGTCTACTTTGAAGGGAGCATTTGATCGAtt < 2:3359612/91‑1 (MQ=255) taAAATTGTTGAGCCAAGTACAAAGTGAAATGCTCCCTTCAAAGCCTTCATTTATTCAATGTCTACTTTGAAGGGAGCATTTGATCGATTa > 1:3397480/1‑91 (MQ=255) aaaaTTGTTGAGCCAAGTACAAAGTGAAATGCTCCCTTCAAAGCCTTCATTTATTCAATGTCTACTTTGAAGGGAGCATTTGATCGATTaa < 1:1331633/91‑1 (MQ=255) aaTTGTTGAGCCAAGTACAAAGTGAAATGCTCCCTTCAAAGCCTTCATTTATTCAATGTCTACTTTGAAGGGAGCATTTGATCGATTAATg > 1:869686/1‑91 (MQ=255) aTTGTTGAGCCAAGTACAAAGTGAAATGCTCCCTTCAAAGCCTTCATTTATTCAATGTCTACTTTGAAGGGAGCATTTGATCGATTAATGt < 1:3755397/91‑1 (MQ=255) ttgttgAGCCAAGTACAAAGTGAAATGCTCCCTTCAAAGCCTTCATTTATTCAATGTCTACTTTGAAGGGAGCATTTGATCGATTAATGTc < 1:3642776/91‑1 (MQ=255) ttgttgAGCCAAGTACAAAGTGAAATGCTCCCTTCAAAGCCTTCATTTATTCAATGTCTACTTTGAAGGGAGCATTTGATCGATTAATGTc < 2:2983172/91‑1 (MQ=255) gttgAGCCAAGTACAAAGTGAAATGCTCCCTTCAAAGCCTTCATTTATTCAATGTCTACTTTGAAGGGAGCATTTGATCGATTAATGTccc > 2:721380/1‑91 (MQ=255) gttgAGCCAAGTACAAAGTGAAATGCTCCCTTCAAAGCCTTCATTTATTCAATGTCTACTTTGAAGGGAGCATTTGATCGATTAATGTccc > 1:1781963/1‑91 (MQ=255) gAGGCAAGTACAAAGTGAAATGCTCCCTTCAAAGCCTTCATTTATTCAATGTCTACTTTGAAGGGAGCATTTGATCGATTAATGTCCCAGa < 1:3559808/91‑1 (MQ=255) gAGCCAAGTACAAAGTGAAATGCTCCCTTCAAAGCCTTCATTTATTCAATGTCTACTTTGAAGGGAGCATTTGATCGATTAATGTCCCAGa > 1:116679/1‑91 (MQ=255) aGCCAAGTACAAAGTGAAATGCTCCCTTCAAAGCCTTCATTTATTCAATGTCTACTTTGAAGGGAGCATTTGATCGATTAATGTCCCAGAt < 1:1524558/91‑1 (MQ=255) gCCAAGTACAAAGTGAAATGCTCCCTTCAAAGCCTTCATTTATTCAATGTCTACTTTGAAGGGAGCATTTGATCGATTAATGTCCCAGAtt > 2:787964/1‑91 (MQ=255) ccAAGTACAAAGTGAAATGCTCCCTTCAAAGCCTTCATTTATTCAATGTCTACTTTGAAGGGAGCATTTGATCGATTAATGTCCCAGAttt < 1:3599520/91‑1 (MQ=255) cAAGTACAACGTGAAATGCTCCCTTCAAAGCCTTCATTTATTCAATGTCTACTTTGAAGGGAGCATTTGATCGATTAATGTCCCAGAtttt < 1:1052754/91‑1 (MQ=255) cAAGTACAAAGTGAAATGCTCCCTTCAAAGCCTTCATTTATTCAATGTCTACTTTGAAGGGAGCATTTGATCGATTAATGTCCCAGAtttt < 1:587094/91‑1 (MQ=255) gTACAAAGTGAAATGCTCCCTTCAAAGCCTTCATTTATTCAATGTCTACTTTGAAGGGAGCATTTGATCGATTAATGTCCCAGATTTTTCt > 1:1893130/1‑91 (MQ=255) gTACAAAGTGAAATGCTCCCTTCAAAGCCTTCATTTATTCAATGTCTACTTTGAAGGGAGAATTTGATCGATTAATGTCCCAGATTTTTCt > 2:369141/1‑91 (MQ=255) aCAAAGTGAAATGCTCCCTTCAAAGCCTTCATTTATTCAATGTCTACTTTGAAGGGAGCATTTGATCGATTAATGTCCCAGATTTTTCTTg > 1:2338774/1‑91 (MQ=255) cAAAGTGAAATGCTCCCTTCAAAGCCTTCATTTATTCAATGTCTACTTTGAAGGGAGCATTTGATCGATTAATGTCCCAGATTTTTCTTGt > 1:3604980/1‑91 (MQ=255) aaaGTGAAATGCTCCCTTCAAAGCCTTCATTTATTCAATGTCTACTTTGAAGGGAGCATTTGATCGATTAATGTCCCAGATTTTTCTTGtt > 2:3088386/1‑91 (MQ=255) aaaGTGAAATGCTCCCTTCAAAGCCTTCATTTATTCAATGTCTACTTTGAAGGGAGCATTTGATCGATTAATGTCCCAGATTTTTCTTGtt > 1:748338/1‑91 (MQ=255) aaaGTGAAATGCTCCCTTCAAAGCCTTCATTTATTCAATGTCTACTTTGAAGGGAGCATTTGATCGATTAATGTCCCAGATTTTTCTTGtt < 1:1679035/91‑1 (MQ=255) aaGTGAAATGCTCCCTTCAAAGCCTTCATTTATTCAATGTCTACTTTGAAGGGAGCATTTGATCGATTAATGTCCCAGATTTTTCTTGTTa > 1:1437822/1‑91 (MQ=255) aaGTGAAATGCTCCCTTCAAAGCCTTCATTTATTCAATGTCTACTTTGAAGGGAGCATTTGATCGATTAATGTCCCAGATTTTTCTTGTTa > 2:216295/1‑91 (MQ=255) gTGAAATGCTCCCTTCAAAGCCTTCATTTATTCAATGTCTACTTTGAAGGGAGCATTTGATCGATTAATGTCCCAGATTTTTCTTGTTAtt < 2:3761633/91‑1 (MQ=255) gTGAAATGCTCCCTTCAAAGCCGTCATTTATTCAATGTCTACTTTGAAGGGAGCATTTGATCGATTAATGTCCCAGATTTTTCTTGTTAtt < 2:3189672/91‑1 (MQ=255) gAAATGCTCCCTTCAAAGCCTTCATTTATTCAATGTCTACTTTGAAGGGAGCATTTGATCGATTAATGTCCCAGATTTTTCTTGTTATTCa > 2:374535/1‑91 (MQ=255) ATGCTCCCTTCAAAGCCTTCATTTATTCAATGTCTACTTTGAAGGGAGCATTTGATCGATTAATGTCCCAGATTTTTCTTGTTATTCattg < 2:463566‑M1/91‑1 (MQ=255) 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CTTCAAAGCCTTCATTTATTCAATGTCTACTTTGAAGGGAGCATTTGATCGATTAATGTCCCAGATTTTTCTTGTTATTCattgcaattgc > 1:1897425‑M1/1‑91 (MQ=255) CTTCAAAGCCTTCATTTACTCAATGTCTACTTTGAAGGGAGCATTTGATCGATTAATGTCCCAGATTTTTCTTGTTATTCattgcaattgc < 2:2567132‑M1/91‑1 (MQ=255) TCAAAGCCTTCATTTATTCACTGTCTCCTTTGAAGGGAGCATTTGATCGATTAATGTCCCAGATTTTTCTTGTTATTCAtcgcaattgcaa > 2:1154177‑M1/1‑91 (MQ=255) TCAAAGCCTTCATTTATTCAATGTCTACTTTGAAGGGAGCATTTGATCGATTAATGTCCCAGATTTTTCTTGTTATTCAttgcaattgcaa < 1:1615271‑M1/91‑1 (MQ=255) CAAAGCCTTCATTTATTCAATGTCTACTTTGAAGGGAGCATTTGATCGATTAATGTCCCAGATTTTTCTTGTTATTCATTGCAATTGCaaa < 1:3587573‑M1/91‑1 (MQ=255) AAAGCCTTCATTTATTCAATGTCTACTTTGAAGGGAGCATTTGATCGATTAATGTCCCAGATTTTTCTTGTTATTCATTGCAATTGCaaaa > 2:633700‑M1/1‑91 (MQ=255) AAAGCCTTCATTTATTCAATGTCTACTTTGAAGGGAGCATTTGATCGATTAATGTCCCAGATTTTTCTTGTTATTCATTGCAATTGCaaaa > 2:1871696‑M1/1‑91 (MQ=255) aagtagacattgaataaatgaaggctttgaagggagcatttGATCGATTAATGTCCCAGATTTTTCTTGTTATTCATTGCAATTGCAAaat > 1:3249966‑M2/42‑91 (MQ=255) agtagacattgaataaatgaaggctttgaagggagcatttGATCGATTAATGTCCCAGATTTTTCTTGTTATTCATTGCAATTGCAAaata > 2:3037185‑M2/41‑91 (MQ=255) AGCCTTCATTTATTCAATGTCTACTTTGAAGGGAGCATTTGATCGATTAATGTCCCAGATTTTTCTTGTTATTCATTGCAATTGCAAaata < 2:2683353‑M1/91‑1 (MQ=255) AGCCTTCATTTATTCAATGTCTACTTTGAAGGGAGCATTTGATCGATTAATGTCCCAGATTTTTCTTGTTATTCATTGCAATTGCAAaata < 2:398405‑M1/91‑1 (MQ=255) AGCCTTCATTTATTCAATGTCTACTTTGAAGGGAGCATTTGATCGATTAATGTCCCAGATTTTTCTTGTTATTCATTGCAATTGCAAaata > 1:1673767‑M1/1‑91 (MQ=255) gtagacattgaataaatgaaggctttgaagggagcatttGATCGATTAATGTCCCAGATTTTTCTTGTTATTCATTGCAATTGCAAaataa > 1:2980620‑M2/40‑91 (MQ=255) GCCTTCATTTATTCAATGTCTACTTTGAAGGGAGCATTTGATCGATTTATGTCCCAGATTTTTCTTGTTATTCATTGCAATTGCAAaataa < 2:493788‑M1/91‑1 (MQ=255) tagacattgaataaatgaaggctttgaagggagcatttGATCGATTAATGTCCCAGATTTTTCTTGTTATTCATTGCAATTGCAAaataat > 1:2372256‑M2/39‑91 (MQ=255) tagacattgaataaatgaaggctttgaagggagcatttGATCGATTAATGTCCCAGATTTTTCTTGCTATTCATTGCAATTGCACgataat > 2:3679685‑M2/39‑91 (MQ=255) cTTCATTTATTCAATGTCTACTTTGAAGGGAGCATTTGATCGATTAATGTCCCAGATTTTTCTTGTTATTCATTGCAATTGCAAAataata < 1:2908205/91‑1 (MQ=255) cTTCATTTATTCAATGTCTACTTTGAAGGGAGCATTTGATCGATTAATGTCCCAGATTTTTCTTGTTATTCATTGCAATTGCAAAataata > 2:3578757/1‑91 (MQ=255) ttCATTTATTCAATGTCTACTTTGAAGGGAGCATTTGATCGATTAATGTCCCAGATTTTTCTTGTTATTCATTGCAATTGCAAAATAatat > 2:1012930/1‑91 (MQ=255) ttCATTTATTCAATGTCTACTTTGAAGGGAGCATTTGATCGATTAATGTCCCAGATTTTTCTTGTTATTCATTGCAATTGCAAAATAatat > 2:2014683/1‑91 (MQ=255) tCATTTATTCAATGTCTACTTTGAAGGGAGCATTTGATCGATTAATGTCCCAGATTTTTCTTGTTATTCATTGCAATTGCAAAATAATAtt < 1:3725909/91‑1 (MQ=255) cATTTATTCAATGTCTACTTTGAAGGGAGCATTTGATCGATTAATGTCCCAGATTTTTCTTGTTATTCATTGCAATTGCAAAATAATAttt > 1:2762665/1‑91 (MQ=255) tttATTCAATGTCTACTTTGAAGGGAGCATTTGATCGATTAATGTCCCAGATTTTTCTTGTTATTTATTGCAATTGCAAAATAATATTTaa > 2:665876/1‑91 (MQ=255) ttATTCAATGTCTACTTTGAAGGGAGCATTTGATCGATTAATGTCCCAGATTTTTCTTGTTATTCATTGCAATTGCAAAATAATATTTAAt < 2:1965114/91‑1 (MQ=255) ttATTCAATGTCTACTTTGAAGGGAGCATTTGATCGATTAATGTCCCAGATTTTTCTTGTTATTCATTGCAATTGCAAAATAATATTTAAt > 2:1757507/1‑91 (MQ=255) aTTCAATGTCTACTTTGAAGGGAGCATTTGATCGATTAATGTCCCAGATTTTTCTTGTTATTCATTGCAATTGCAAAATAATATTTAAtgt < 2:1820948/91‑1 (MQ=255) aTTCAATGTCTACTTTGAAGGGAGCATTTGATCGATTAATGTCCCAGATTTTTCTTGTTATTCATTGCAATTGCAAAATAATATTTAAtgt < 2:2834408/91‑1 (MQ=255) cAATGTCTACTTTGAAGGGAGCATTTGATCGATTAATGTCCCAGATTTTTCTTGTTATTCATTGCAATTGCAAAATAATATTTAATGTggg > 1:2129747/1‑91 (MQ=255) aTGTCTACTTTGAAGGGAGCATTTGATCGATTAATGTCCCAGATTTTTCTTGTTATTCATTGCAATTGCAAAATAATATTTAATGTGGGtt > 1:523434/1‑91 (MQ=255) aTGTCTACTTTGAAGGGAGCATTTGATCGATTAATGTCCCAGATTTTTCTTGTTATTCATTGCAATTGCAAAATAATATTTAATGTGGGtt < 1:3491683/91‑1 (MQ=255) tGTCTACTTTGAAGGGAGCATTTGATCGATTAATGTCCCAGATTTTTCTTGTTATTCATTGCAATTGCAAAATAATATTTAATGTGGGTTa < 2:838717/91‑1 (MQ=255) gTCTACTTTGAAGGGAGCATTTGATCGATTAATGTCCCAGATTTTTCTTGTTATTCATTGCAATTGCAAAATAATATTTAATGTGGGTTaa < 2:3168096/91‑1 (MQ=255) 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gaagggagcatttGATCGATTAATGTCCCAGATTTTTCTTGTTATTCATTGCAATTGCAAAATAATATTTAATGTGGGTTAAAAGACTtta < 2:2944851‑M2/78‑1 (MQ=255) aagggagcatttGATCGATTAATGTCCCAGATTTTTCTTGTTATTCATTGCAATTGCAAAATAATATTTAATGTGGGTTAAAAGACTttat > 2:3484015‑M2/13‑91 (MQ=255) ggagcatttGATCGATTAATGTCCCAGATTTTTCTTGTTATTCATTGCAATTGCAAAATAATATTTAATGTGGGTTAAAAGACTTTATTaa > 2:1466217‑M2/10‑91 (MQ=255) ggagcatttGATCGATTAATGTCCCAGATTTTTCTTGTTATTCATTGCAATTGCAAAATAATATTTAATGTGGGTTAAAAGACTTTATTaa > 1:1551334‑M2/10‑91 (MQ=255) gagcatttGATCGATTAATGTCCCAGATTTTTCTTGTTATCCATTGCAATTGCAAAATAATATTTACTGTGGGTTAAAAGACTTTATTaaa > 2:3670223‑M2/9‑91 (MQ=255) agcatttGATCGATTAATGTCCCAGATTTTTCTTGTTATTCATTGCAATTGCAAAATAATATTTAATGTGGGTTAAAAGACTTTATTaaaa > 1:2917774‑M2/8‑91 (MQ=255) gcatttGATCGATTAATGTCCCAGATTTTTCTTGTTATTCCTTGCAATTGCCAACTAATATTTAATGTGGGTTAAAAGACTTTATTAAAAc > 2:3263886‑M2/7‑91 (MQ=255) catttGATCGATTAATGTCCCAGATTTTTCTTGTTATTCATTGCAATTGCAAAATAATATTTAATGTGGGTTAAAAGACTTTATTAAAACt > 1:1456914‑M2/6‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |