| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1115642 | 189 (0.930) | 22 (0.120) | 9/146 | NT | 10.9% | intergenic (‑137/+47) | mntH_1/USA300TCH1516_01038 | Divalent metal cation transporter MntH/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1115662 | 188 (1.010) | intergenic (‑157/+27) | mntH_1/USA300TCH1516_01038 | Divalent metal cation transporter MntH/hypothetical protein | |||||
ATAAAATGTTTAGGTCAACCTAAATTTATTTTAATTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCAC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/1115547‑1115642‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑agagcacTTAATCACATCCATGATTTCGTGCTCTTTTTTCTTAATATTAAATCGAACGTTCAACATAATAATTCATACTTTTAAAAAAATTAAAATA < USA300TCH1516_ALE/1115662‑1115573 ATAAAATGTTTAGGTCAACCTAAATTTATTTTAATTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAG > 2:979745/1‑91ATAAAATGTTTAGGTCAACCTAAATTTATTTTAATTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAG > 2:1914941/1‑91 TAAAATGTTTAGGTCAACCTAAATTTATTTTAATTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGA < 2:2112122/91‑1 TAAAATGTTTAGGTCAACCTAAATTTATTTTAATTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGA > 1:1038826/1‑91 TAAAATGTTTAGGTCAACCTAAATTTATTTTAATTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGA < 1:2841075/91‑1 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TTTAATTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACTTAATTACATCCATGATTTCGTGC < 2:1357703/91‑1 TTTAATTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACTTAATCACATCCATGATTTCGTGC < 1:3738281/91‑1 TTTAATTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACTTAATCACATCCATGATTTCGTGC < 2:853549/91‑1 TTTAATTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACTTAATCACATCCATGATTTCGTGC < 1:3015169/91‑1 TTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACTTAATCACATCCATGATTTCGTGCTCTTTTTTC < 1:1085408/91‑1 TTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACTTAATCACATCCATGATTTCGTGCTCTTTTTTC < 1:1085400/91‑1 AGAGCACTTAATCACATCCATGATTTCGTGCTCTTTTTTCTTAATATTAAATCGAACGTTCAACATAATAATTCATACTTTTAAAAAAATT < 1:2776339/91‑1 AGAGCACTTAATCACATCCATGATTTCGTGCTCTTTTTTCTTAATATTAAATCGAACGTTCAACATAATAATTCATACTTTTAAAAAAATT > 1:1594504/1‑91 AGAGCACTTAATCACATCCATGATTTCGTGCTCTTTTTTCTTAATATTAAATCGAACGTTCAACATAATAATTCATACTTTTAAAAAAATT < 1:511499/91‑1 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ATAAAATGTTTAGGTCAACCTAAATTTATTTTAATTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCAC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/1115547‑1115642‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑agagcacTTAATCACATCCATGATTTCGTGCTCTTTTTTCTTAATATTAAATCGAACGTTCAACATAATAATTCATACTTTTAAAAAAATTAAAATA < USA300TCH1516_ALE/1115662‑1115573 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |