| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1115642 | 189 (0.930) | 22 (0.120) | 9/146 | NT | 10.9% | intergenic (‑137/+47) | mntH_1/USA300TCH1516_01038 | Divalent metal cation transporter MntH/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1115662 | 188 (1.010) | intergenic (‑157/+27) | mntH_1/USA300TCH1516_01038 | Divalent metal cation transporter MntH/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 259 total aligned reads displayed.
TTATTTTAATTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAG‑AAAAAAGAGCACGAAATCATGGATGTGATTAAGTGCTCTATTATTTAAACAAAGTTATTTATGCAGAATAAAATGGTAAGAACTGATCGAAGGTTTCTTCTAAAAATGCAATAAATGCTTTG > USA300TCH1516_ALE/1115572‑1115752 | ttatttTAATTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAG‑AAAAAAGAGCACGAAATCATGGATGTGATTaa < 1:3772347/91‑1 (MQ=255) ttttAATTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAG‑AAAAAAGAGCACGAAATCATGGATGTGATTAAgtg < 1:3293954‑M2/91‑4 (MQ=255) ttAATTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAG‑AAAAAAGAGCACGAAATCATGGATGTGATTAAgtgct > 1:1247520‑M2/1‑86 (MQ=255) ttAATTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAG‑AAAAAAGAGCACGAAATCATGGATGTGATTAAgtgct < 2:3693672‑M2/91‑6 (MQ=255) ttAATTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAG‑AAAAAAGAGCACGAAATCATGGATGTGATTAAgtgct > 1:1753944‑M2/1‑86 (MQ=255) aaTTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAG‑AAAAAAGAGCACGAAATCATGGATGTGATTAAgtgctct < 1:511499‑M2/91‑8 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |