| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1134014 = | 170 (0.830) | 9 (0.050) | 6/132 | NT | 5.8% | intergenic (+8/+54) | coaD/USA300HOU_RS05620 | Phosphopantetheine adenylyltransferase/Nicotinamide‑nucleotide adenylyltransferase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1134060 = | 154 (0.920) | intergenic (+54/+8) | coaD/USA300HOU_RS05620 | Phosphopantetheine adenylyltransferase/Nicotinamide‑nucleotide adenylyltransferase | |||||
GGCAACAACAAACAGATTTCAACACGCCTGTCATACAGCAATATCGTTAACAAATGAAAACAGTATTTTAGGATTGTAAACCATGATAAACCTAAAATACTGTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1134117‑1134014‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cctaaaatactgttTTCATTTGTTAACGATATTGCTGTATGACAGGCGTGTTGAAATCTGTTTGTTGTTGCCCGCTTATTGCATTGTATATGTGTGTTGCTTTG > USA300TCH1516_ALE/1134060‑1134149 GGCAACAACAAACAGATTTCAACACGCCTGTCATACAGCAATATCGTTAACAAATGAAAACAGTATTTTAGGATTGTAAACCATGATAAAC < 1:666881/91‑1GGCAACAACAAACAGATTTCAACACGCCTGTCATACAGCAATATCGTTAACAAATGAAAACAGTATTTTAGGATTGTAAACCATGATAAAC > 2:1822727/1‑91 GCAACAACAAACAGATTTCAACACGCCTGTCATACAGCAATATCGTTAACAAATGAAAACAGTATTTTAGGATTGTAAACCATGATAAACC < 1:220431/91‑1 GCAACAACAAACAGATTTCAACACGCCTGTCATACAGCAATATCGTTAACAAATGAAAACAGTATTTTAGGATTGTAAACCATGATAAACC < 1:3126317/91‑1 GCAACAACAAACAGATTTCAACACGCCTGTCATACAGCAATATCGTTAACAAATGAAAACAGTATTTTAGGATTGTAAACCATGATAAACC > 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USA300TCH1516_ALE/1134060‑1134149 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |