| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1134014 = | 170 (0.830) | 9 (0.050) | 6/132 | NT | 5.8% | intergenic (+8/+54) | coaD/USA300HOU_RS05620 | Phosphopantetheine adenylyltransferase/Nicotinamide‑nucleotide adenylyltransferase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1134060 = | 154 (0.920) | intergenic (+54/+8) | coaD/USA300HOU_RS05620 | Phosphopantetheine adenylyltransferase/Nicotinamide‑nucleotide adenylyltransferase | |||||
Only 100 of 331 total aligned reads displayed.
AAGAAGTTGCAGCTTATCGAGCAGATATTTCTGAATTCGTTCCACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTGCTGTATGACAGGCGTGTTGAAATCT > USA300TCH1516_ALE/1133924‑1134104 | caaagcaacacacatatacaatgcaataagcgggcaacaacaaacagatttcaacacgcctgtcatacagcaatatcgttaacaaatgaaa > 1:574348‑M1/91‑91 (MQ=255)aagaagTTGCAGCTTATCGAGCAGATATTTCTGAATTCGTTCCACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATA < 2:280826‑M1/91‑1 (MQ=255)aagaagTTGCAGCTTATCGAGCAGATATTTCTGAATTCGTTCCACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATA > 2:3754682‑M1/1‑91 (MQ=255)aagaagTTGCAGCTTATCGAGCAGATATTTCTGAATTCGTTCCACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATA > 2:471062‑M1/1‑91 (MQ=255) agaagTTGCAGCTTATCGAGCAGATATTTCTGAATTCGTTCCACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAA > 2:1445254‑M1/1‑91 (MQ=255) agaagTTGCAGCTTATCGAGCAGATATTTCTGAATTCGTTCCACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAA < 2:1001226‑M1/91‑1 (MQ=255) agaagTTGCAGCTTATCGAGCAGATATTTCTGAATTCGTTCCACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAA > 1:45823‑M1/1‑91 (MQ=255) aaagcaacacacatatacaatgcaataagcgggcaacaacaaacagatttcaacacgcctgtcatacagcaatatcgttaacaaatgaaaa < 2:1401082‑M1/2‑1 (MQ=255) gaagTTGCAGCTTATCGAGCAGATATTTCTGAATTCGTTCCACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAAC < 2:3158445‑M1/91‑1 (MQ=255) gaagTTGCAGCTTATCGAGCAGATATTTCTGAATTCGTTCCACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAAC > 1:1283004‑M1/1‑91 (MQ=255) aagcaacacacatatacaatgcaataagcgggcaacaacaaacagatttcaacacgcctgtcatacagcaatatcgttaacaaatgaaAAc < 1:926721‑M1/3‑1 (MQ=255) aagcaacacacatatacaatgcaataagcggccaacaacaaacatatttcaactcgcatgtcatacatcaatatcgttaacaaatgaaAAc > 1:3155975‑M1/89‑91 (MQ=255) agcaacacacatatacaatgcaataagcgggcaacaacaaacagatttcaacacgcctgtcatacagcaatatcgttaacaaatgaaAACa < 1:304019‑M1/4‑1 (MQ=255) gTTGCAGCTTATCGAGCAGATATTTCTGAATTCGTTCCACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGT < 1:100753‑M1/91‑1 (MQ=255) gTTGCAGCTTATCGAGCAGATATTTCTGAATTCGTTCCACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGT > 1:2218638‑M1/1‑91 (MQ=255) caacacacatatacaatgcaataagcgggcaacaacaaacagatttcaacacgcctgtcatacagcaatatcgttaacaaatgaaAACAGt > 2:3438979‑M1/86‑91 (MQ=255) ttGCAGCTTATCGAGCAGATATTTCTGAATTCGTTCCACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTA < 1:1822513‑M1/91‑1 (MQ=255) cAGCTTATCGAGCAGATATTTCTGAATTCGTTCCACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTT < 1:3696498‑M1/91‑1 (MQ=255) cAGCTTATCGAGCAGATATTTCTGAATTCGTTCCACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTT < 1:1503968‑M1/91‑1 (MQ=255) cAGCTTATCGAGCAGATATTTCTGAATTCGTTCCACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTT > 2:926721‑M1/1‑91 (MQ=255) cAGCTTATCGAGCAGATATTTCTGAATTCGTACCACCTTATCTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTGCAGTAATAAAACTAACAGTATTT > 2:3010931‑M1/1‑91 (MQ=255) acacatatacaatgcaataagcgggcaacaacaaacagatttcaacacgcctgtcatacagcaatatcgttaacaaatgaaAACAGTAttt < 2:3532834‑M1/10‑1 (MQ=255) cacatatacaatgcaataagcgggcaacaacaaacagatttcaacacgcctgtcatacagcaatatcgttaacaaatgaaAACAGTAtttt < 2:1644915‑M1/11‑1 (MQ=255) aGCTTATCGAGCAGATATTTCTGAATTCGTTCCACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTT > 2:2925479‑M1/1‑91 (MQ=255) cTTATCGAGCAGATATTTCTGAATTCGTTCCACCTCCTGTTGAAAAGGCATTGACGAAGCCATCTCAGTAATAAAAATAACCGTATTTTAG > 2:1778762‑M1/1‑91 (MQ=255) aTCGAGCAGATATTTCTGAATTCGTTCCACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGtt < 1:1351035/91‑1 (MQ=255) aTCGAGCAGATATTTCTGAATTCGTTCCACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGtt < 1:856463/91‑1 (MQ=255) gCAGATATTTCTGAATTCGTTCCACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCa < 1:251952/91‑1 (MQ=255) gCAGATATTTCTGAATTCGTTCCACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCa > 1:644081/1‑91 (MQ=255) gCAGATATTTCTGAATTCGTTCCACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCa > 1:3509253/1‑91 (MQ=255) gATATTTCTGAATTCGTTCCACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATgg < 2:941795/91‑1 (MQ=255) atatTTCTGAATTCGTTCCACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGt > 2:1301495/1‑91 (MQ=255) tatTTCTGAATTCGTTCCACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGtt < 1:2562062/91‑1 (MQ=255) tatTTCTGAATTCGTTCCACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGtt > 2:14245/1‑91 (MQ=255) tatTTCTGAATTCGTTCCACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGtt < 2:3175097/91‑1 (MQ=255) tttCTGAATTCGTTCCACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAAATTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTa > 1:3944058/1‑91 (MQ=255) ttCTGAATTCGTTCCACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTAc > 1:1290209/1‑91 (MQ=255) ttCTGAATTCGTTCCACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTAc > 1:1176848/1‑91 (MQ=255) tCTGAATTCGTTCCACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAGATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACa < 2:3885634/91‑1 (MQ=255) tGAATTCGTTCCACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAAt > 1:1802523/1‑91 (MQ=255) tGAATTCGTTCCACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAAt > 2:58909/1‑91 (MQ=255) tCGTTCCACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATcctaa > 1:2990752‑M2/1‑86 (MQ=255) gTTCCACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATcctaaaa < 2:1831890‑M2/91‑8 (MQ=255) ttCCACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATcctaaaat < 1:3758378‑M2/91‑9 (MQ=255) tCCACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATcctaaaata < 1:1676054‑M2/91‑10 (MQ=255) ccACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATcctaaaatac > 2:2171097‑M2/1‑81 (MQ=255) ccACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATcctaaaatac > 2:806426‑M2/1‑81 (MQ=255) aaacagatttcaacacgcctgtcatacagcaatatcgttaacaaatgaaAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATAc > 2:3312682‑M1/50‑91 (MQ=255) aCCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATcctaaaatactg < 2:269903‑M2/91‑13 (MQ=255) ccTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATcctaaaatactgt < 1:3263061‑M2/91‑14 (MQ=255) ccTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATcctaaaatactgt < 1:1433717‑M2/91‑14 (MQ=255) ttATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGttt < 2:2852627/91‑1 (MQ=255) aTGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTc < 2:265245/91‑1 (MQ=255) aTGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAAAAAAAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTc < 2:2288412/91‑1 (MQ=255) tGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCa < 2:3717517/91‑1 (MQ=255) tGTCGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCa < 1:3558267/91‑1 (MQ=255) gTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCAt < 1:1786471/91‑1 (MQ=255) ttGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCAtt < 2:1735332/91‑1 (MQ=255) gAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTg < 1:1569927/91‑1 (MQ=255) aaaGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGtt > 2:3680616/1‑91 (MQ=255) aaGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTa < 2:1070017/91‑1 (MQ=255) aGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTaa < 1:2830425/91‑1 (MQ=255) aGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTaa < 1:1387828/91‑1 (MQ=255) ggCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAAc < 2:702793/91‑1 (MQ=255) ggCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAAc < 1:173233/91‑1 (MQ=255) ggCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAAc < 2:3486237/91‑1 (MQ=255) gCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACg > 1:1986189/1‑91 (MQ=255) gCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACg > 2:783157/1‑91 (MQ=255) cATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATACAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGa < 1:3672248/91‑1 (MQ=255) cATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGa < 1:1231368/91‑1 (MQ=255) cATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAAGAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGa < 1:2189088/91‑1 (MQ=255) ttGAAGAAGAAATTCAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCATAAGATACTGTTTTCATTTGTTAACGata > 2:957634/1‑91 (MQ=255) tGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGatat > 1:2326341/1‑91 (MQ=255) tGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGatat > 2:1343138/1‑91 (MQ=255) gaagaagaaATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATAtt < 2:521011/91‑1 (MQ=255) agaagaaATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTGc < 1:2882980/91‑1 (MQ=255) gaagaaATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTGCt > 2:3143918/1‑91 (MQ=255) gaaATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTGCTGTa > 1:109664/1‑91 (MQ=255) 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aaTAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTGCTGTATGACAGGCGTGTTGaaa < 1:3096505/91‑1 (MQ=255) aaTAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTGCTGTATGACAGGCGTGTTGaaa < 1:3226068/91‑1 (MQ=255) aTAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATcctaaaatactgttatttttattacttaaatttcttcttccatgccttttcaacata < 2:3776055‑M2/91‑58 (MQ=255) tAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTGCTGTATGACAGGCGTGTTGAAATc < 2:363808/91‑1 (MQ=255) aaCAGTATTTTAGGattgtaaaccatgataaacctaaaatactgttatttttattacttaaatttcttcttcaatgccttttcaacataag > 2:1707979‑M1/1‑14 (MQ=255) aaCAGTATTTTAGGattgtaaaccatgataaacctaaaatactgttatttttattacttaaatttcttcttcaatgccttttcaacataag > 1:2151892‑M1/1‑14 (MQ=255) | AAGAAGTTGCAGCTTATCGAGCAGATATTTCTGAATTCGTTCCACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTGCTGTATGACAGGCGTGTTGAAATCT > USA300TCH1516_ALE/1133924‑1134104 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |