New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 1134014 = | 170 (0.830) | 9 (0.050) | 6/132 | NT | 5.8% | intergenic (+8/+54) | coaD/USA300HOU_RS05620 | Phosphopantetheine adenylyltransferase/Nicotinamide‑nucleotide adenylyltransferase |
? | USA300TCH1516_ALE | 1134060 = | 154 (0.920) | intergenic (+54/+8) | coaD/USA300HOU_RS05620 | Phosphopantetheine adenylyltransferase/Nicotinamide‑nucleotide adenylyltransferase |
Only 100 of 264 total aligned reads displayed.
TTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTGCTGTATGACAGGCGTGTTGAAATCTGTTTGTTGTTGCCCGCTTATTGCATTGTATATGTGTGTTGCTTTG > USA300TCH1516_ALE/1133970‑1134149 | ctATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGttt < 1:2506911/90‑1 (MQ=255) tATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGtttt > 2:1495147/1‑91 (MQ=255) aTGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTc < 1:101169/91‑1 (MQ=255) tGTCGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCa < 1:3558267/91‑1 (MQ=255) ttGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCAtt < 1:1785294/91‑1 (MQ=255) tGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCAttt > 1:1786856/1‑91 (MQ=255) gAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTg > 2:2708543/1‑91 (MQ=255) gAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTCACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTg < 2:765266/91‑1 (MQ=255) aaGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTa < 2:1070017/91‑1 (MQ=255) aGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTaa < 1:2830425/91‑1 (MQ=255) ggCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAAc < 2:3486237/91‑1 (MQ=255) gCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACg > 1:1986189/1‑91 (MQ=255) cATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGa > 1:2567183/1‑91 (MQ=255) cATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGa > 1:1673934/1‑91 (MQ=255) 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gaaATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTGCTGTa > 2:321400/1‑91 (MQ=255) gaaATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTGCTGTa > 2:1361949/1‑91 (MQ=255) aaTTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTGCTGTATg < 1:750589/91‑1 (MQ=255) ttAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTGCTGTATGACa < 2:3271744/91‑1 (MQ=255) ttAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTGCTGTATGACa < 2:2348005/91‑1 (MQ=255) ttAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTGCTGTATGACa > 2:2500029/1‑91 (MQ=255) tAAGTGATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTGCTGTATGACAg < 2:3207566/91‑1 (MQ=255) tAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTGCTGTATGACAg > 1:3764249/1‑91 (MQ=255) aaGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTGCTGTATGACAgg > 2:2269084/1‑91 (MQ=255) aGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTGCTGTATGACAGGc > 1:2631076/1‑91 (MQ=255) gTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTGCTGTATGACAGGCg < 2:3855581/91‑1 (MQ=255) aataaAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTTTTAACGATATTGCTGTATGACAGGCgtg > 2:607811/1‑91 (MQ=255) ataaAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATAATGTTTTCATTTGTTAACGATATTGCTGTATTACAGGCgtgt < 2:392940/91‑1 (MQ=255) taaAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTGCTGTATGACAGGCGTGtt > 2:3766693/1‑91 (MQ=255) taaAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTGCTGTATGACAGGCGTGtt > 1:5079/1‑91 (MQ=255) aaaaaTAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAAACCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTGCTGTATGACAGGCGTGTTg > 1:3329931/1‑91 (MQ=255) aaaaTAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTGCTGTATGACAGGCGTGTTGa < 1:1334221/91‑1 (MQ=255) aaaaTAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTGCTGTATGACAGGCGTGTTGa > 2:3374038/1‑91 (MQ=255) aaaaTAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTGCTGTATGACAGGCGTGTTGa > 2:1311874/1‑91 (MQ=255) aaaaTAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTGCTGTATGACAGGCGTGTTGa < 1:1220751/91‑1 (MQ=255) aaaaTAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTGCTGTATGACAGGCGTGTTGa < 1:1524949/91‑1 (MQ=255) aaaTAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTGCTGTATGACAGGCGTGTTGaa > 2:1156420/1‑91 (MQ=255) aaaTAACAGTATTTTAGGTCTATCATGGTTTACAATACTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTGCTGTATGACTGGAGTGTTgca > 2:3656794/1‑89 (MQ=255) aaTAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTGCTGTATGACAGGCGTGTTGaaa < 1:3225920/91‑1 (MQ=255) aaTAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTGCTGTATGACAGGCGTGTTGaaa < 1:3226092/91‑1 (MQ=255) aaTAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTGCTGGATGACAGGCGTGTTGaaa < 1:3096504/91‑1 (MQ=255) aTAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTGCTGTATGACAGGCGTGTTGAAAt < 1:1255104/91‑1 (MQ=255) aTAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTGCTGTATGACAGGCGTGTTGAAAt < 1:1385153/91‑1 (MQ=255) ACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTGCTGTATGACAGGCGTGTTGAAATCtg < 1:1031714‑M1/91‑1 (MQ=255) ACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTGCTGTATGACAGGCGTGTTGAAATCtg > 1:268697‑M1/1‑91 (MQ=255) AGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTGCTGTATGACAGGCGTGTTGAAATCtgtt > 1:1516943‑M1/1‑91 (MQ=255) gtattttaggattgtaaaccatgataaacctaaaatactgttTTCATTTGTTAACGATATTGCTGTATGACAGGCGTGTTGAAATCtgttt > 2:3312199‑M2/43‑91 (MQ=255) TATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTGCTGTATGACAGGCGTGTTGAAATCtgtttg < 2:3708830‑M1/91‑1 (MQ=255) TATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTGCTGTATGACAGGCGTGTTGAAATCtgtttg > 2:2945253‑M1/1‑91 (MQ=255) ttttaggattgtaaaccatgataaacctaaaatactgttTTCATTTGTTAACGATATTGCTGTATGACAGGCGTGTTGAAATCtgtttgtt > 1:587604‑M2/40‑91 (MQ=255) ttttaggattgtaaaccatgataaacctaaaatactgttTTCATTTGTTAACGATATTGCTGTATGACAGGCGTGTTGAAATCtgtttgtt > 2:3452031‑M2/40‑91 (MQ=255) ttttaggattgtaaaccatgataaacctaaaatactgttTTCATTTGTTAACGATATTGCTGTATGACAGGCGTGTTGAAATCtgtttgtt > 2:2048422‑M2/40‑91 (MQ=255) TTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTGCTGTATGACAGGCGTGTTGAAATCtgtttgtt < 1:3924086‑M1/91‑1 (MQ=255) TTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTGCTGTATGACAGGCGTGTTGAAATCTGTttgttg > 2:1251979‑M1/1‑91 (MQ=255) TTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTGCTGTATGACAGGCGTGTTGAAATCTGTttgttgt > 2:704078‑M1/1‑91 (MQ=255) 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aTGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTGCTGTATGACAGGCGTGTTGAAATCTGTTTGTTGTTGCCCGCTTAt < 1:1172803/91‑1 (MQ=255) ggTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTGCTGTATGACAGGCGTGTTGAAATCTGTTTGTTGTTGCCCGCTTATTg > 2:1020955/1‑91 (MQ=255) ggTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTGCTGTATGACAGGCGTGTTGAAATCTGTTTGTTGTTGCCCGCTTATTg > 2:1047826/1‑91 (MQ=255) gTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTGCTGTATGACAGGCGTGTTGAAATCTGTTTGTTGTTGCCCGCTTATTGc > 1:2036137/1‑91 (MQ=255) gTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTGCTGTATGACAGGCGTGTTGAAATCTGTTTGTTGTTGCCCGCTTATTGc > 2:198502/1‑91 (MQ=255) gTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTGCTGTATGACAGGCGTGTTGAAATCTGTTTGTCGTTGCCCGCTTATTGc > 2:3778050/1‑91 (MQ=255) ttACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTGCTGTATGACAGGCGTGTTGAAATCTGTTTGTTGTTGCCCGCTTATTGCAt < 2:888684/91‑1 (MQ=255) ttACAATCCTAAAATACTGTGTTCATTTGTTAACGATATTGCTGTATGACAGGCGTGTTGAAATCTGTTTGTTGTTGCCCGCTTATTGCAt < 2:3953477/91‑1 (MQ=255) 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actgttTTCATTTGTTAACGATATTGCTGTATGACAGGCGTGTTGAAATCTGTTTGTTGTTGCCCACTTATTGCATTGTATATGTGTGTTg > 1:3676900‑M2/7‑91 (MQ=255) tgttTTCATTTGTTAACGATATTGCTGTATGACAGGCGTGTTGAAATCTGTTTGTTGTTGCCCGCTTATTGCATTGTATATGTGTGTTGCt < 1:302657‑M2/87‑1 (MQ=255) gttTTCATTTGTTAACGATATTGCTGTATGACAGGCGTGTTGAAATCTGTTTGTTGTTGCCCGCTTATTGCATTGTATATGTGTGTTGCtt < 1:926721‑M2/88‑1 (MQ=255) gttTTCATTTGTTAACGATATTGCTGTATGACAGGCGTGTTGAAATCTGTTTGTTGTTGCCCGCTTATTGCATTGTATATGTGTGTTGCtt > 1:2274620‑M2/4‑91 (MQ=255) gttTTCATTTGTTAACGATATTGATGTATGACATGCGAGTTGAAATATGTTTGTTGTTGGCCGCTTATTGCATTGTATATGTGTGTTGCtt > 1:3155975‑M2/4‑91 (MQ=255) ttTTCATTTGTTAACGATATTGCTGTATGACAGGCGTGTTGAAATCTGTTTGTTGTTGCCCGCTTATTGCATTGTATATGTGTGTTGCttt < 1:1566101‑M2/89‑1 (MQ=255) | TTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTGCTGTATGACAGGCGTGTTGAAATCTGTTTGTTGTTGCCCGCTTATTGCATTGTATATGTGTGTTGCTTTG > USA300TCH1516_ALE/1133970‑1134149 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |